genome.fa.s11825.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011825.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126820, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  355046

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
573--604	13	2.4	14	94	5	57	81	0	15	3	0.82
2802--2859	28	2.1	28	84	9	75	34	5	10	50	1.59
2822--2860	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
12611--12931	94	3.4	94	87	0	453	26	17	25	31	1.97
16147--16252	51	2.1	51	100	0	212	29	24	13	33	1.93
16155--16233	24	3.2	24	65	28	65	29	26	11	32	1.91
20603--20632	6	5.0	6	100	0	60	33	0	16	50	1.46
20648--20718	32	2.2	32	87	0	106	32	2	15	49	1.59
21665--21701	19	1.9	19	88	0	56	29	5	21	43	1.75
21687--21868	59	3.2	58	75	15	198	30	9	15	43	1.80
21766--21862	29	3.3	29	66	18	83	28	9	17	44	1.80
22210--22251	20	2.0	21	86	4	59	52	9	4	33	1.55
24004--24069	30	2.2	29	94	5	123	31	15	3	50	1.59
24005--24083	30	2.6	30	90	7	108	35	11	5	48	1.61
24491--24517	14	1.9	14	100	0	54	51	14	0	33	1.43
29316--29645	23	14.3	23	86	0	462	35	4	14	46	1.64
36020--36052	5	6.4	5	96	3	57	0	18	0	81	0.68
36020--36065	15	2.9	16	84	12	60	0	17	2	80	0.81
36611--36658	17	2.8	17	80	0	60	50	8	14	27	1.71
38690--38720	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
40397--40498	42	2.4	42	88	0	141	20	29	25	24	1.99
46988--47062	21	3.6	21	78	7	89	25	20	6	48	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
58141--58211	21	3.4	21	86	7	99	22	18	11	47	1.80
61488--61590	20	5.1	20	73	10	75	47	11	6	33	1.66
61807--61851	22	2.0	22	100	0	90	28	13	26	31	1.94
67951--67987	3	12.3	3	100	0	74	32	0	0	67	0.91
70666--70694	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
73516--73692	38	4.7	38	77	12	141	39	28	15	16	1.89
73546--73691	76	1.9	75	83	8	188	40	28	15	15	1.88
87708--87750	21	2.0	22	86	4	61	13	13	0	72	1.13
108156--108195	15	2.7	15	85	14	64	80	7	12	0	0.91
120926--121118	52	3.7	52	81	2	244	36	25	12	24	1.92
129559--129596	19	2.1	18	85	9	51	47	2	0	50	1.15
129751--129781	15	2.1	15	94	5	55	45	3	0	51	1.17
130256--130324	23	3.0	23	74	4	68	39	18	13	28	1.88
136690--136758	24	2.9	24	95	0	120	59	7	8	24	1.52
138574--138660	24	3.6	24	84	3	122	55	8	10	26	1.61
140112--140148	19	1.9	19	88	0	56	54	8	0	37	1.30
140555--140795	35	6.9	35	70	16	115	27	17	14	40	1.89
140594--140656	29	2.2	29	88	0	90	28	12	15	42	1.84
146990--147023	17	1.9	18	88	5	52	38	26	5	29	1.80
148310--148342	14	2.4	14	85	14	50	15	0	3	81	0.80
163769--163860	39	2.3	39	79	5	105	29	20	26	23	1.99
164048--164080	7	4.7	7	88	11	50	33	0	12	54	1.37
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
164448--164495	20	2.4	20	92	0	78	41	10	20	27	1.85
165512--165866	94	3.8	94	86	2	457	28	17	21	32	1.96
166649--166705	21	2.7	21	88	0	87	31	8	24	35	1.86
173241--173282	20	2.1	20	82	8	50	30	21	28	19	1.97
174020--174057	20	1.9	20	88	0	58	39	28	2	28	1.70
175322--175357	12	3.1	12	96	4	65	25	0	0	75	0.81
180105--180149	18	2.5	18	96	0	81	33	26	20	20	1.97
183059--183116	3	19.3	3	100	0	116	32	0	0	67	0.91
184792--184829	20	1.9	20	88	0	58	52	23	10	13	1.71
184817--184855	7	5.6	7	87	0	60	30	28	23	17	1.97
184798--184851	14	4.0	13	74	9	54	37	27	18	16	1.93
184897--184936	21	1.9	21	85	10	55	7	0	40	52	1.30
191444--191595	35	4.3	35	74	5	128	26	17	15	39	1.90
191443--191595	70	2.2	70	83	2	182	26	17	15	39	1.90
200475--200500	9	2.9	9	100	0	52	0	7	11	80	0.89
205439--205484	23	2.0	23	100	0	92	56	17	8	17	1.65
211151--211276	63	2.0	63	98	0	243	40	4	24	30	1.76
213272--213306	14	2.6	14	90	4	54	20	5	11	62	1.48
215488--215681	96	2.0	96	98	0	379	40	19	17	23	1.91
220794--221270	239	2.0	239	97	0	891	31	19	17	30	1.96
224678--224709	13	2.3	15	89	10	50	28	15	0	56	1.40
238607--238652	24	2.0	23	86	4	65	28	10	8	52	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246916--246959	17	2.6	16	89	3	61	15	11	15	56	1.66
247551--247590	18	2.2	19	86	13	57	72	5	22	0	1.04
250332--250374	18	2.4	17	82	17	52	76	2	16	4	1.05
259634--259679	13	3.7	12	82	8	56	47	17	17	17	1.83
259634--259679	6	7.3	6	80	9	56	47	17	17	17	1.83
259634--259688	19	2.9	19	88	0	83	47	18	16	18	1.83
278317--278414	49	2.0	49	97	0	187	38	23	15	22	1.92
278746--279393	79	8.2	79	86	2	800	31	24	17	26	1.97
278745--279393	157	4.1	157	84	3	809	31	24	17	26	1.97
278745--279393	317	2.1	317	85	1	863	31	24	17	26	1.97
279957--280016	4	15.5	4	78	16	56	21	5	0	73	1.02
279953--280016	23	2.7	24	79	18	80	21	6	0	71	1.07
282846--282879	5	6.8	5	93	0	59	41	14	0	44	1.45
298792--298837	15	3.0	15	84	12	58	2	21	0	76	0.90
299427--299464	19	2.0	19	94	0	67	65	10	7	15	1.45
299899--299953	27	2.0	27	82	6	67	7	29	1	61	1.33
316556--316593	2	19.5	2	89	5	60	47	2	0	50	1.15
317666--317703	15	2.6	15	91	4	60	0	42	0	57	0.98
327093--327236	67	2.2	67	96	1	263	45	8	15	30	1.76
331589--331639	21	2.3	23	83	10	61	39	25	11	23	1.89
331628--331681	21	2.6	21	100	0	108	38	33	5	22	1.77
332043--332236	52	3.7	52	95	0	325	31	22	17	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
336474--336511	20	1.9	19	89	5	58	76	2	10	10	1.12
337132--343709	216	31.3	216	77	8	5712	28	16	14	40	1.87
337132--344175	633	11.2	635	77	10	5494	28	16	14	40	1.87
337132--344113	417	16.7	415	76	11	5229	28	16	14	40	1.87
341210--343709	215	11.9	208	74	12	1240	28	16	14	40	1.87
343775--344175	215	1.9	216	85	4	560	27	13	15	43	1.85
344537--344667	48	2.8	48	89	1	183	23	10	14	51	1.74
345116--345268	80	1.9	79	89	1	234	35	20	13	30	1.92
345723--350276	215	21.6	215	78	7	3990	28	16	14	40	1.88
347144--350276	216	14.8	215	77	7	2728	29	16	14	40	1.88
345723--350276	431	10.8	429	78	7	4033	28	16	14	40	1.88
351658--352028	74	5.0	74	96	0	663	39	14	12	34	1.83
351658--352028	147	2.5	148	95	0	672	39	14	12	34	1.83

Tables:   1

The End!