genome.fa.s11834.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011834.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126830, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  294964

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9487--9562	38	2.0	38	100	0	152	31	5	23	39	1.77
12763--12852	20	4.5	20	75	10	85	43	3	10	43	1.54
12739--12852	60	1.9	60	83	3	149	41	3	10	44	1.56
12653--12809	80	2.0	80	79	5	174	41	5	10	43	1.60
12763--12849	40	2.2	40	81	4	104	43	3	9	43	1.53
12886--12923	20	1.9	20	88	0	58	44	5	13	36	1.66
13053--13103	19	2.7	19	88	11	70	35	1	17	45	1.60
21722--21786	31	2.1	31	88	2	96	44	6	12	36	1.67
24920--24975	25	2.3	25	78	3	60	46	1	1	50	1.22
26639--26671	14	2.3	15	89	5	50	63	0	0	36	0.95
31641--31688	20	2.5	19	89	3	69	52	8	0	39	1.32
32418--32514	46	2.1	46	81	9	117	30	7	4	57	1.44
44821--45147	59	5.5	59	84	2	404	30	5	29	34	1.79
44859--45129	29	9.2	27	72	17	148	30	4	30	33	1.78
44942--45151	29	7.1	28	71	16	120	30	5	30	33	1.80
46197--46239	15	2.9	15	85	0	59	25	2	11	60	1.43
46906--46963	6	10.6	5	78	14	53	58	0	1	39	1.08
46896--46953	6	10.0	6	77	17	52	50	0	3	46	1.18
46896--46963	23	3.0	22	82	6	82	52	0	2	44	1.16
46906--46960	11	4.9	11	79	18	60	56	0	1	41	1.10
46896--46952	17	3.3	17	76	11	62	49	0	3	47	1.18
47191--47840	204	3.2	203	86	4	951	20	22	20	37	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59434--59688	59	4.3	59	81	4	291	32	3	28	35	1.73
59475--59688	29	7.3	29	69	17	147	32	2	28	36	1.70
59372--59630	117	2.2	118	81	4	283	33	4	28	33	1.77
59448--59674	30	7.7	29	70	11	158	32	3	29	35	1.73
60774--60815	15	2.8	15	92	0	66	26	4	11	57	1.54
61490--61558	6	12.6	5	75	14	57	57	2	1	37	1.22
61490--61559	17	4.2	17	75	12	65	58	2	1	37	1.22
61490--61558	23	3.1	22	80	10	70	57	2	1	37	1.22
61490--61559	11	6.2	12	77	11	69	58	2	1	37	1.22
61840--61917	27	3.0	25	76	18	79	25	11	7	55	1.62
65100--65193	49	1.9	49	89	4	145	37	6	17	39	1.75
65170--65216	23	2.0	23	83	0	58	42	12	8	36	1.74
65879--65927	22	2.2	23	79	13	59	30	2	4	63	1.24
66249--66300	25	2.0	25	85	7	68	38	1	0	59	1.08
72808--72898	28	3.1	28	71	11	85	64	6	5	23	1.38
73269--73311	21	2.0	21	86	0	59	41	0	2	55	1.12
74685--74709	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
80570--80947	29	12.8	30	77	6	286	36	24	2	36	1.69
80582--80947	59	6.2	59	78	5	292	36	25	2	36	1.68
86643--86884	79	3.1	79	99	0	475	30	24	11	33	1.90
87499--87574	36	2.1	37	90	2	118	9	26	10	53	1.65
87558--87596	2	19.5	2	100	0	78	0	48	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
87625--87649	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
88639--88673	18	1.9	18	88	0	52	34	14	8	42	1.76
88223--89742	442	3.4	435	74	11	1252	25	17	9	47	1.77
88223--90109	442	4.2	434	73	10	1247	24	17	9	48	1.77
89735--89768	6	5.7	6	92	0	59	0	14	0	85	0.60
90282--90316	18	1.9	18	88	0	52	42	8	5	42	1.59
90282--90324	18	2.3	18	84	4	50	44	9	4	41	1.57
90754--90792	17	2.2	18	86	4	53	43	12	10	33	1.77
91057--91085	2	14.5	2	100	0	58	0	48	0	51	1.00
90475--91337	456	1.9	464	81	7	1058	24	15	8	51	1.71
92037--92080	18	2.4	19	88	3	63	43	11	6	38	1.67
92486--92519	18	1.9	18	88	5	52	38	8	11	41	1.73
97291--97345	29	1.9	28	92	3	92	45	5	1	47	1.36
97925--97959	17	2.0	17	88	5	52	54	0	0	45	0.99
105661--105827	84	2.0	84	92	2	282	26	19	8	44	1.80
110625--110782	78	2.0	79	93	1	273	35	23	13	27	1.93
110939--111474	267	2.0	267	99	0	1054	35	22	16	26	1.94
114617--114660	23	1.9	23	90	0	70	45	6	0	47	1.29
124234--124301	31	2.2	31	78	5	75	36	4	10	48	1.57
125486--125536	21	2.4	22	83	9	61	31	1	3	62	1.24
125481--125536	22	2.7	21	76	17	62	32	1	3	62	1.23
131126--131284	59	2.7	60	86	5	209	23	16	12	46	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131535--131638	30	3.5	30	73	20	101	45	10	18	25	1.81
131453--131638	89	2.1	90	86	5	261	46	10	18	24	1.80
131537--131640	31	3.5	28	75	16	86	46	11	17	25	1.81
132142--132189	9	4.9	10	82	7	55	29	0	0	70	0.87
134838--134874	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
135761--135786	8	3.2	8	100	0	52	61	11	0	26	1.30
142592--142627	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
142835--142884	25	2.0	25	100	0	100	32	16	12	40	1.84
146805--146842	16	2.4	17	86	8	53	5	23	5	65	1.34
147146--147175	13	2.3	13	94	0	51	66	0	3	30	1.07
147116--147232	60	2.0	60	96	0	216	49	9	5	35	1.60
150961--150985	13	1.9	13	100	0	50	40	8	8	44	1.63
157002--157104	43	2.4	43	83	1	134	30	21	10	37	1.87
173746--173776	15	2.1	15	93	0	53	70	0	6	22	1.09
174555--174719	30	5.5	30	82	7	185	37	18	1	42	1.61
174557--174720	60	2.7	60	87	3	215	37	18	2	42	1.64
174803--174835	13	2.3	15	90	10	52	12	6	15	66	1.42
174802--174842	14	2.7	16	78	21	52	12	7	14	65	1.45
182868--182955	44	2.0	44	82	6	106	50	1	21	27	1.56
184456--184500	6	7.5	6	89	0	63	46	0	31	22	1.52
189619--189785	48	3.7	47	74	18	158	37	17	22	22	1.94
189621--189776	84	1.9	84	91	0	258	36	17	23	22	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189704--189796	48	1.9	48	91	0	150	39	18	22	19	1.92
189828--189992	85	1.9	85	87	0	240	37	16	23	22	1.94
189546--190313	208	3.7	208	92	0	1214	38	18	20	21	1.93
190240--190361	48	2.5	48	97	0	226	38	17	22	22	1.93
190032--190628	256	2.3	256	87	1	822	38	16	21	22	1.92
190292--190457	85	2.0	85	83	4	210	37	16	22	22	1.93
190496--190635	48	2.9	48	85	4	149	39	15	21	23	1.92
190377--190750	171	2.2	172	85	2	493	39	17	21	22	1.93
191784--191924	30	4.8	29	73	10	124	38	22	2	36	1.66
191787--191924	59	2.3	60	81	3	163	38	23	2	36	1.67
194358--194399	17	2.6	16	77	7	57	52	9	0	38	1.34
199873--199912	21	2.0	21	95	5	73	70	2	0	27	1.01
200928--200968	21	2.0	20	85	4	55	31	12	7	48	1.68
201178--201211	6	5.5	6	86	6	50	20	0	0	79	0.73
201181--201210	13	2.3	13	94	0	51	16	0	0	83	0.65
201171--201211	19	2.1	20	90	4	66	19	2	0	78	0.87
203598--203668	32	2.2	32	90	5	108	43	5	16	33	1.72
205080--205113	17	2.0	17	88	0	50	26	17	29	26	1.98
205893--206077	91	2.0	91	92	0	307	22	8	14	55	1.65
210739--210819	28	2.9	28	96	0	144	55	9	3	30	1.50
217905--217934	15	1.9	16	93	6	53	26	6	3	63	1.35
226166--226226	17	3.6	17	79	0	59	49	9	19	21	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
235187--235263	26	3.0	26	70	0	73	28	20	19	31	1.97
239366--239430	29	2.2	29	86	8	87	58	4	0	36	1.19
244774--244798	11	2.3	11	100	0	50	44	0	48	8	1.32
251251--251292	18	2.4	18	81	18	54	59	28	0	11	1.33
252992--253049	30	1.9	30	89	6	91	32	0	10	56	1.33
252994--253066	30	2.5	29	80	8	85	36	1	6	54	1.36
253653--253682	12	2.4	13	88	11	53	20	0	0	80	0.72
253702--253743	12	3.1	14	83	16	52	28	0	4	66	1.12
253980--254022	20	2.1	21	91	4	70	32	6	2	58	1.38
254451--254516	17	3.7	17	76	11	69	40	3	6	50	1.43

Tables:   1   2