genome.fa.s11836.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011836.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126832, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  501934

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4074--4105	12	2.7	12	100	0	64	37	0	21	40	1.54
10939--10968	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
10934--10994	22	2.8	22	87	7	72	14	11	1	72	1.20
10948--10994	21	2.2	22	92	3	78	14	8	2	74	1.15
11762--11917	78	2.0	78	91	0	249	26	14	23	35	1.94
13707--13763	13	4.4	13	80	10	64	15	3	0	80	0.84
13704--13762	4	14.5	4	77	19	52	16	3	0	79	0.86
16337--16381	19	2.4	19	81	7	56	37	0	4	57	1.19
17166--17195	16	1.9	16	93	6	53	16	13	0	70	1.18
17161--17221	22	2.8	22	87	7	81	16	9	0	73	1.08
18075--18125	18	2.8	18	85	5	68	21	19	29	29	1.98
22808--22925	28	4.2	28	82	4	112	38	17	13	29	1.88
22829--22927	28	3.5	28	85	0	135	38	21	12	28	1.89
23080--23460	200	1.9	200	85	2	532	28	17	20	33	1.96
32376--32414	16	2.4	17	87	12	55	28	2	2	66	1.18
37325--37359	3	11.7	3	93	0	61	62	0	2	34	1.10
39405--39757	178	2.0	177	87	2	503	32	18	21	28	1.97
52078--52113	19	1.9	19	88	5	56	11	13	0	75	1.06
58396--58473	26	2.9	26	85	9	104	56	12	10	20	1.65
73495--73682	20	9.5	20	79	4	166	11	31	19	37	1.87
73497--73670	39	4.4	38	75	11	136	11	31	18	39	1.86
73497--73681	59	3.1	60	78	3	187	11	32	18	37	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77769--77807	16	2.4	16	86	0	51	15	7	2	74	1.15
78768--78822	28	1.9	29	88	3	85	38	25	7	29	1.83
99256--99305	23	2.2	24	80	16	63	76	2	14	8	1.10
107483--107559	30	2.5	31	82	2	93	37	2	25	33	1.70
114883--115030	74	2.0	74	98	0	287	33	17	19	29	1.95
119711--119930	61	3.6	61	85	6	286	34	11	19	35	1.87
145270--145314	21	2.1	21	84	8	56	64	0	33	2	1.06
151792--151834	21	2.0	21	95	0	77	23	16	27	32	1.96
153127--153174	8	5.9	8	78	4	51	2	16	2	79	0.93
153134--153174	17	2.4	17	83	0	64	2	19	2	75	1.03
166358--166455	48	2.0	48	100	0	196	22	18	6	53	1.66
174061--174296	112	2.1	112	89	3	359	34	17	22	25	1.96
174215--174586	195	1.9	193	83	6	475	29	19	24	26	1.99
174577--174660	42	2.0	42	92	0	141	45	11	25	17	1.83
177884--177949	24	2.8	23	75	4	69	24	13	18	43	1.86
190385--190433	3	16.3	3	95	0	89	32	30	0	36	1.58
190776--190807	3	10.7	3	100	0	64	31	0	0	68	0.90
193760--193928	10	15.2	10	68	20	63	38	20	4	36	1.74
193714--193928	68	3.2	68	87	2	290	39	20	5	33	1.76
193792--193892	23	4.4	23	69	22	70	37	20	5	35	1.77
193924--194056	23	5.8	23	83	1	151	47	13	4	34	1.63
193946--194056	46	2.4	46	93	0	186	46	12	4	36	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194551--195892	216	6.3	215	84	3	1557	41	13	16	28	1.87
195750--196070	178	1.8	177	86	0	471	39	13	21	25	1.89
195889--197766	216	8.7	216	82	3	2057	40	14	17	28	1.88
195889--197766	862	2.2	862	84	3	2409	40	14	17	28	1.88
198301--198337	2	18.5	2	100	0	74	0	0	48	51	1.00
198608--198752	74	2.0	73	97	1	272	33	12	15	39	1.84
199196--199255	5	12.0	5	80	7	68	76	1	20	1	0.96
201416--204877	216	15.9	216	79	6	3284	40	13	17	28	1.87
201416--204883	858	4.0	856	82	6	3660	40	13	17	28	1.87
204147--204883	214	3.4	214	79	7	803	40	13	16	28	1.87
204761--204983	123	1.8	123	87	3	333	44	13	16	26	1.84
204333--205435	552	2.0	552	91	0	1774	40	14	16	28	1.88
204882--206377	427	3.5	422	78	7	1323	40	14	17	27	1.89
204884--206380	638	2.3	639	87	2	2153	40	14	17	27	1.89
207728--212400	216	21.8	215	80	4	4664	40	13	16	29	1.87
207728--212400	430	10.9	431	80	5	4848	40	13	16	29	1.87
209098--212400	431	7.7	431	80	3	3461	40	13	17	29	1.88
215861--215918	21	2.9	19	80	12	71	12	18	1	67	1.31
218306--218913	215	2.9	215	81	6	660	40	13	16	28	1.87
218961--220771	216	8.4	216	81	3	1920	41	14	17	27	1.88
220788--226882	216	28.2	217	82	4	6795	40	14	16	27	1.88
224385--224416	15	2.1	15	100	0	64	50	18	6	25	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226877--231739	216	22.8	216	78	4	4593	41	14	16	28	1.87
226877--231664	646	7.5	642	79	5	4469	41	14	16	28	1.87
229735--231627	212	9.0	205	71	10	986	41	13	16	28	1.87
232201--232358	80	2.0	79	92	1	262	27	15	22	34	1.94
232795--232917	48	2.5	48	85	2	147	51	13	8	26	1.70
232832--232934	48	2.1	47	82	7	118	55	12	9	22	1.66
238795--238959	80	2.1	79	88	3	251	26	15	21	36	1.93
239397--239520	47	2.6	47	88	1	176	53	13	10	22	1.70
239831--241442	216	7.6	214	75	9	1264	41	13	15	29	1.86
239831--241392	428	3.7	420	75	9	1079	40	14	16	29	1.87
245859--245909	17	3.0	17	74	5	50	45	3	3	47	1.40
245625--246183	138	4.1	139	87	2	781	41	6	6	45	1.54
245625--246183	275	2.0	276	88	3	824	41	6	6	45	1.54
254900--255037	20	6.9	20	83	4	129	41	21	23	13	1.88
268936--269068	15	8.9	15	77	0	122	26	18	27	27	1.98
268937--269068	30	4.4	30	86	0	147	26	18	28	27	1.98
273183--273243	30	2.1	29	84	3	77	29	3	27	39	1.72
287372--287410	17	2.3	17	86	8	53	5	20	0	74	1.01
297185--297234	22	2.3	22	89	6	75	84	6	8	2	0.86
297631--298346	42	17.1	42	86	2	895	21	16	23	38	1.93
315440--315532	46	2.0	46	95	0	168	25	8	18	47	1.77
320736--320796	23	2.5	26	79	17	76	68	0	21	9	1.18
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
320765--320818	18	3.3	16	85	12	74	66	1	22	9	1.30
320742--320802	20	3.2	20	75	13	56	70	0	22	6	1.10
320763--320820	16	3.4	17	76	7	64	68	1	20	8	1.25
323388--323431	18	2.4	18	76	0	52	25	29	11	34	1.91
323388--323439	18	2.9	17	77	5	50	26	30	11	30	1.92
326022--326053	16	2.0	16	93	0	55	65	0	9	25	1.22
326104--326132	12	2.3	13	94	5	51	58	0	0	41	0.98
334710--334740	5	6.2	5	100	0	62	0	19	0	80	0.71
336876--336905	13	2.3	13	94	0	51	0	13	0	86	0.57
340081--340123	20	2.2	20	82	0	50	39	9	20	30	1.84
344776--344884	46	2.4	46	98	0	209	42	4	22	31	1.73
345603--345672	30	2.3	30	76	9	79	21	22	30	25	1.99
345848--345891	18	2.4	18	76	0	52	25	29	11	34	1.91
345848--345899	18	2.9	17	77	5	50	26	30	11	30	1.92
345988--346099	55	2.0	55	100	0	224	23	5	14	57	1.58
347992--348064	18	4.3	18	69	23	59	69	1	23	5	1.17
347980--348065	34	2.4	36	77	11	97	70	1	22	5	1.15
348000--348066	18	4.2	16	78	12	68	71	1	20	5	1.15
348129--348172	15	2.8	16	82	6	54	68	2	18	11	1.30
350410--350451	15	2.8	15	85	0	57	19	23	30	26	1.98
350422--350486	15	4.3	15	72	0	58	23	20	27	29	1.98
350624--350675	18	2.9	18	73	0	59	26	28	11	32	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
373662--373701	18	2.3	18	87	8	57	0	17	0	82	0.67
380976--381007	15	2.2	14	94	5	55	18	28	9	43	1.81
385454--385505	25	2.1	25	85	0	68	40	0	0	59	0.97
387503--387548	18	2.6	18	93	3	76	69	2	19	8	1.25
387653--387698	21	2.2	21	84	0	56	54	2	32	10	1.47
387679--387728	15	3.4	14	75	25	50	44	2	34	20	1.63
389087--389119	15	2.2	15	100	0	66	27	6	18	48	1.71
390462--390582	27	4.5	26	82	7	134	33	26	16	23	1.95
393340--394652	656	2.0	656	92	0	2180	33	21	17	27	1.96
405618--405674	25	2.3	26	78	9	64	71	5	3	19	1.19

Tables:   1   2