genome.fa.s11911.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011911.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126909, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  344796

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
474--548	40	1.9	39	81	10	91	48	1	18	32	1.57
979--1015	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
8022--8057	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
8354--8390	18	2.1	18	89	0	56	48	0	27	24	1.51
13996--14046	21	2.4	21	86	0	75	35	25	9	29	1.88
14601--14718	60	2.0	60	89	3	184	30	22	16	31	1.95
14667--14851	52	3.6	52	83	2	239	36	24	14	24	1.93
22139--22197	31	1.9	31	100	0	118	30	8	25	35	1.86
43975--44014	21	2.0	21	90	5	64	25	20	15	40	1.90
45544--45591	19	2.5	19	83	6	53	20	14	16	47	1.82
47709--47750	16	2.6	17	81	11	52	66	0	16	16	1.25
49239--49268	14	2.1	14	93	0	51	70	3	6	20	1.25
49259--49291	11	3.0	11	90	0	57	63	3	0	33	1.10
52373--52416	16	2.8	16	80	20	56	13	13	18	54	1.71
54749--54853	51	2.1	51	96	0	192	32	17	26	23	1.96
61827--61965	69	2.0	67	86	2	188	50	4	3	41	1.39
61869--61963	17	5.3	18	71	20	58	50	3	4	42	1.37
61919--61985	11	6.2	11	72	16	50	55	2	2	38	1.31
62246--62288	20	2.2	20	83	4	52	11	18	20	48	1.79
66221--66250	14	2.1	14	93	0	51	70	3	6	20	1.25
66241--66273	11	3.0	11	90	0	57	63	3	0	33	1.10
70287--70320	15	2.2	16	89	5	52	32	0	0	67	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
70305--70384	29	2.6	32	78	11	87	42	1	5	51	1.31
70305--70384	31	2.6	31	80	9	85	42	1	5	51	1.31
70249--70429	82	2.2	83	81	7	199	44	1	3	50	1.27
70932--70970	6	6.5	6	96	0	60	0	38	0	61	0.96
70981--71011	2	15.5	2	93	0	53	0	48	3	48	1.17
70951--71005	15	3.6	15	74	18	51	0	47	1	50	1.11
73239--73288	16	3.1	15	78	15	55	48	4	12	36	1.59
73247--73310	16	3.9	16	79	4	65	51	3	7	37	1.47
73699--73725	13	2.1	13	100	0	54	77	0	0	22	0.76
75995--76039	24	1.9	24	86	13	67	11	44	0	44	1.39
80004--80192	84	2.2	85	83	4	249	35	11	26	25	1.90
80004--80194	42	4.6	41	78	8	179	36	10	27	25	1.90
85544--85581	14	2.6	15	80	19	53	34	0	13	52	1.40
87049--87128	41	2.0	41	84	0	106	16	21	27	35	1.94
87122--87224	40	2.6	40	79	3	100	19	19	26	34	1.95
91352--91410	26	2.3	26	100	0	118	27	18	16	37	1.93
98037--98070	17	1.9	18	88	5	52	58	0	8	32	1.29
99356--99408	18	2.9	19	74	20	60	30	7	18	43	1.78
100951--100989	16	2.4	17	83	12	55	41	0	2	56	1.13
103931--104124	97	2.0	97	89	0	298	37	16	17	28	1.92
104254--104291	14	2.7	15	84	8	53	68	5	5	21	1.29
104420--104763	59	5.9	59	78	8	303	35	2	26	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104477--104735	88	3.0	88	82	10	255	34	2	27	35	1.71
104472--104769	59	5.1	60	81	9	328	34	2	28	34	1.70
104473--104770	29	10.1	30	81	9	314	34	2	27	35	1.70
106609--106701	17	5.4	17	87	3	132	54	2	3	39	1.28
106609--106701	6	16.0	6	69	14	61	54	2	3	39	1.28
108494--108529	16	2.2	17	90	5	56	72	0	0	27	0.85
109971--110009	20	2.0	20	89	0	60	23	33	17	25	1.96
110155--110209	26	2.1	26	86	0	74	12	32	29	25	1.93
112167--112200	7	4.9	7	92	0	59	17	26	26	29	1.98
119119--119180	7	9.1	7	83	3	56	19	24	22	33	1.97
119122--119161	14	2.9	14	88	0	62	22	25	20	32	1.98
126121--126233	50	2.3	50	93	0	199	50	8	10	30	1.67
127397--127578	24	7.3	25	82	6	201	25	20	15	37	1.93
127401--127578	74	2.4	76	83	5	220	24	20	16	38	1.93
128339--128366	12	2.3	12	100	0	56	28	7	10	53	1.62
134632--134866	26	9.2	26	77	1	208	25	20	14	39	1.90
134632--134884	52	4.9	52	80	1	235	26	20	14	39	1.90
134674--134884	78	2.7	78	82	1	253	27	20	14	37	1.91
136409--136483	36	2.1	36	100	0	150	40	10	13	36	1.79
145684--145716	15	2.3	15	89	5	50	21	12	6	60	1.53
147989--148028	18	2.3	18	86	4	55	20	12	10	57	1.63
148613--148658	18	2.5	18	86	10	58	76	0	21	2	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150845--150893	23	2.1	23	100	0	98	30	30	20	18	1.96
152681--152713	15	2.1	16	94	5	59	21	12	0	66	1.23
160267--160314	5	9.6	5	97	0	87	81	16	0	2	0.79
161806--161847	14	3.2	13	83	12	50	21	0	4	73	1.01
167991--168040	14	3.8	13	77	15	50	26	6	0	68	1.13
170900--170960	24	2.5	24	84	10	97	47	21	6	24	1.74
171525--171624	49	2.0	49	98	0	191	27	25	16	32	1.96
185122--185179	28	2.1	28	84	9	75	34	5	10	50	1.59
185142--185180	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
188455--188493	12	3.4	11	82	10	51	71	0	10	17	1.12
189971--190016	23	2.0	23	91	0	74	43	6	15	34	1.72
190268--190312	23	2.0	23	83	12	58	11	20	2	66	1.33
201522--201559	16	2.5	15	86	4	58	89	0	10	0	0.49
201525--201559	18	1.9	18	94	0	61	88	0	11	0	0.51
201880--201904	13	1.9	13	100	0	50	24	16	12	48	1.79
206390--206555	50	3.3	50	68	12	124	33	15	23	27	1.95
206276--206958	202	3.4	201	85	1	848	33	17	20	29	1.95
206376--206920	51	10.8	51	65	15	182	33	16	21	28	1.95
206276--206963	303	2.3	303	79	5	730	33	17	20	29	1.95
206276--206966	101	6.8	101	78	4	626	33	17	20	29	1.95
206276--207136	202	4.3	200	80	6	744	34	17	20	28	1.95
206276--207136	101	8.5	101	73	7	554	34	17	20	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
206276--207136	303	2.8	302	76	7	689	34	17	20	28	1.95
208862--208973	12	8.9	12	68	18	59	24	2	1	71	1.09
208886--208976	11	8.8	10	70	23	64	25	2	1	71	1.04
208887--208970	18	4.7	18	72	20	61	25	2	1	71	1.05
208932--208973	4	10.8	4	85	14	61	26	0	0	73	0.83
208889--208973	35	2.5	31	79	17	98	25	2	1	70	1.06
208920--208969	23	2.2	23	82	7	57	26	4	2	68	1.18
213470--213500	15	2.1	15	100	0	62	12	67	6	12	1.40
222340--222380	16	2.5	17	84	7	59	60	4	7	26	1.43
229357--229408	26	2.0	27	84	3	70	11	21	1	65	1.34
230497--230559	31	2.0	31	100	0	126	14	38	12	34	1.84
232357--232466	55	2.0	55	100	0	220	20	30	20	29	1.97
239709--239851	77	1.9	77	93	0	250	27	17	27	27	1.98
244822--244870	25	2.0	25	87	0	71	48	12	0	38	1.41
255513--255558	21	2.1	22	84	4	58	6	2	17	73	1.14
258563--258683	57	2.1	57	81	0	134	28	11	14	44	1.81
260502--260619	20	5.9	20	78	5	89	13	28	22	35	1.92
273492--273556	29	2.3	28	89	5	96	16	23	4	55	1.60
279684--279751	28	2.4	28	87	7	93	19	26	4	50	1.66
280715--280803	36	2.5	36	86	0	124	24	21	14	39	1.91
280781--280934	46	3.4	46	82	5	188	35	14	18	31	1.91
290653--290711	12	5.1	12	73	19	54	44	1	1	52	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
290657--290708	17	3.1	17	75	10	61	44	1	1	51	1.23
290783--290858	37	2.1	36	83	11	93	53	2	1	42	1.23
298140--298180	22	1.9	21	85	5	55	41	17	0	41	1.49
298236--298399	67	2.4	67	86	7	217	39	15	4	40	1.69
310666--310712	24	2.0	24	84	12	62	51	10	12	25	1.72
331693--331819	28	4.6	27	82	3	110	22	14	28	34	1.93
331757--331966	56	3.8	56	74	11	178	22	14	23	39	1.91
331765--331966	28	7.2	28	75	8	155	22	14	22	40	1.91
333804--333854	25	2.0	25	100	0	102	31	17	27	23	1.97
338221--338260	21	1.9	21	90	10	64	27	27	7	37	1.84

Tables:   1   2