genome.fa.s11945.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01011945.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_126943, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  301141

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 153 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2298--2348	25	2.0	25	100	0	102	35	27	21	15	1.94
6262--6752	53	9.5	53	84	6	577	25	14	22	36	1.93
6436--6519	42	2.0	42	97	0	159	23	13	23	39	1.90
6383--6752	104	3.7	97	86	7	428	25	13	22	37	1.91
6478--6754	52	5.3	52	88	2	412	25	13	23	37	1.92
8418--8724	23	13.3	23	78	12	308	47	12	4	35	1.61
8597--8658	29	2.1	29	91	5	99	48	4	3	43	1.40
9727--9901	85	2.1	85	98	0	341	36	12	8	44	1.71
12852--12889	19	2.0	19	85	10	51	39	5	0	55	1.23
20050--20107	26	2.2	26	93	0	98	41	17	0	41	1.49
20674--20736	30	2.1	30	100	0	126	33	25	11	30	1.90
33292--33332	17	2.4	17	87	4	55	26	21	0	51	1.48
39276--39312	15	2.4	16	82	13	51	37	2	0	59	1.12
39540--39591	14	3.8	13	87	10	68	48	1	7	42	1.43
39541--39594	13	3.9	14	82	7	56	50	1	7	40	1.41
44629--44751	35	3.5	35	85	0	156	26	16	17	39	1.90
47553--47672	27	4.4	27	81	1	123	28	18	20	32	1.96
48767--48820	19	2.7	19	82	5	63	38	22	1	37	1.65
50215--50270	30	1.9	28	85	7	76	39	8	26	25	1.85
57722--57785	30	2.2	29	85	2	83	45	10	20	23	1.82
57739--57806	30	2.3	30	84	2	84	48	7	25	19	1.74
58948--58988	2	21.0	2	95	5	75	48	0	0	51	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59020--59069	21	2.5	20	78	9	57	72	4	0	24	1.02
64953--65050	29	3.4	29	94	2	162	45	0	0	54	1.00
65332--65381	24	2.0	26	88	7	77	52	6	4	38	1.45
65776--65804	14	2.1	14	100	0	58	51	20	0	27	1.47
65863--65922	30	2.0	30	84	12	79	46	6	3	43	1.46
70452--70519	31	2.2	31	94	2	120	16	4	16	63	1.47
70976--71285	137	2.3	138	85	2	410	18	14	16	50	1.77
72736--72806	25	2.8	25	86	2	97	26	18	22	32	1.97
73360--73413	24	2.4	23	85	14	69	27	11	25	35	1.90
75732--75911	91	2.0	91	98	0	351	29	15	13	41	1.85
81934--81994	23	2.7	22	73	14	61	42	6	1	49	1.38
82721--82772	14	3.6	14	76	5	59	75	3	7	13	1.17
82832--82921	40	2.2	40	82	3	101	42	15	17	24	1.88
82871--83142	41	6.7	41	76	8	189	38	16	23	22	1.93
82886--83150	123	2.2	124	82	4	320	36	16	22	23	1.94
83334--83378	15	3.2	13	84	12	54	28	2	20	48	1.61
83945--84076	66	2.0	66	83	2	167	12	28	16	42	1.84
89792--89826	16	2.2	16	89	0	52	60	2	0	37	1.12
89732--89875	75	1.9	75	80	8	168	45	0	6	47	1.35
89802--90248	63	7.3	63	65	20	188	42	1	4	51	1.31
89841--90007	30	5.5	30	63	18	94	44	1	4	49	1.32
89767--90300	121	4.4	120	89	4	765	43	1	5	49	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90085--90143	22	2.7	22	82	7	59	44	0	1	54	1.10
90198--90259	21	2.9	22	81	11	58	43	0	1	54	1.09
89767--90300	241	2.2	241	90	5	812	43	1	5	49	1.35
90360--90434	28	2.6	28	89	4	114	40	1	4	54	1.27
91849--91960	50	2.2	50	87	0	161	30	1	44	23	1.63
91961--92000	19	2.1	19	90	0	62	50	0	20	30	1.49
94508--94737	41	5.6	41	81	4	216	23	26	20	28	1.99
94507--94737	82	2.8	82	81	3	241	24	26	20	28	1.99
94507--94737	123	1.9	123	81	3	286	24	26	20	28	1.99
104477--104554	8	9.5	8	75	5	75	43	3	0	52	1.19
104489--104598	34	2.8	40	77	22	126	48	5	0	46	1.25
104501--104671	34	5.3	34	72	14	155	49	5	0	44	1.31
104469--104696	94	2.5	92	83	8	293	48	4	0	46	1.27
104544--104671	60	2.1	60	84	2	168	50	5	0	43	1.31
110328--110564	43	5.5	43	82	3	208	27	14	26	31	1.95
110328--110576	129	1.9	129	80	3	286	28	14	26	31	1.95
110366--110579	86	2.5	86	81	1	241	26	15	25	32	1.95
110409--110579	43	4.0	43	86	1	218	25	16	26	31	1.96
111578--111603	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
114218--114294	38	2.1	37	85	7	104	46	5	1	46	1.33
114245--114319	39	1.9	38	81	7	89	50	4	2	42	1.35
117923--117962	20	2.0	20	85	0	53	55	2	5	37	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128471--128848	82	4.7	80	81	6	399	31	22	20	25	1.98
128485--128782	161	1.8	163	85	5	424	31	21	21	25	1.98
136298--136606	82	3.8	81	79	7	317	29	22	20	27	1.98
136304--136622	164	1.9	163	83	7	405	30	22	20	26	1.98
148889--148957	36	1.9	36	85	5	95	28	30	4	36	1.77
171470--171523	21	2.7	20	77	5	54	38	7	16	37	1.77
171485--171526	21	2.0	21	90	0	66	38	7	11	42	1.69
171595--171913	159	2.0	159	98	0	611	34	14	10	40	1.80
172875--172947	29	2.8	26	75	18	71	65	1	2	30	1.15
173137--173184	22	2.4	18	78	21	51	72	4	2	20	1.11
173321--173367	5	9.0	5	84	9	58	72	2	4	21	1.12
173321--173369	16	3.1	15	85	11	62	71	2	4	22	1.13
173419--173464	24	1.9	24	95	0	83	60	0	17	21	1.35
173420--173470	24	2.2	24	89	3	77	64	0	15	19	1.29
174427--174463	19	1.9	19	94	0	65	16	0	37	45	1.47
181405--181492	34	2.6	34	77	0	95	42	34	10	13	1.78
183368--183412	17	2.7	16	86	13	56	35	11	6	46	1.66
184693--184855	82	2.0	82	96	1	301	42	11	12	33	1.80
194137--194239	36	2.8	37	73	4	100	40	1	3	53	1.30
205876--206196	156	2.0	158	83	1	403	24	20	23	30	1.98
208105--208139	18	1.9	18	88	0	52	31	37	22	8	1.85
222988--223016	14	2.1	14	100	0	58	6	34	20	37	1.80
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226799--226849	24	2.1	24	92	0	84	21	11	11	54	1.68
228780--228843	24	2.7	23	80	9	65	28	12	10	48	1.75
229716--229755	20	2.0	20	90	9	64	52	0	5	42	1.23
233342--233381	20	2.0	20	85	0	53	62	7	5	25	1.42
240734--240831	49	2.0	50	90	6	155	23	8	13	55	1.65
240782--240897	60	1.9	60	87	3	171	26	10	12	50	1.71
242080--242142	28	2.2	28	85	0	90	28	9	28	33	1.88
242170--242496	29	11.1	28	68	17	150	37	1	27	33	1.68
242118--242492	59	6.4	58	81	8	375	37	2	26	32	1.70
242122--242494	118	3.2	117	83	4	457	37	2	27	32	1.69
242387--242605	30	7.4	29	70	20	107	36	1	24	37	1.64
242172--242574	59	6.8	57	78	10	196	36	1	26	35	1.66
242122--242552	118	3.6	118	80	8	441	37	1	26	33	1.67
242156--242552	177	2.2	177	78	12	415	37	1	26	34	1.66
242468--242611	60	2.4	59	84	4	180	34	1	23	40	1.64
242446--242609	90	1.8	89	83	6	215	35	1	23	39	1.63
243571--243672	3	33.0	3	78	13	100	35	0	3	59	1.22
244405--244516	35	3.2	34	82	5	116	52	4	0	42	1.21
244405--244496	6	15.8	6	70	10	66	53	3	0	43	1.17
244406--244461	29	1.9	29	85	7	78	51	3	0	44	1.18
244405--244516	17	6.4	17	79	4	125	52	4	0	42	1.21
244836--245602	194	3.9	193	88	2	1104	22	23	18	34	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244816--245655	395	2.1	395	85	5	1178	22	23	18	35	1.96
257063--257124	28	2.2	28	85	2	90	32	8	29	30	1.86
257137--257547	30	14.0	27	70	20	104	38	2	25	33	1.68
257107--257419	59	5.4	59	83	6	304	40	2	25	31	1.68
257100--257415	29	10.9	28	71	16	171	38	2	26	31	1.70
257162--257526	30	12.4	30	74	13	197	39	2	25	33	1.68
257161--257537	59	6.4	59	77	11	244	38	2	25	33	1.68
258638--258753	3	37.0	3	71	14	74	35	2	2	59	1.25
258673--258755	23	3.6	23	74	19	68	33	3	2	60	1.27
259462--259568	35	3.1	34	82	4	106	51	5	0	42	1.25

Tables:   1   2