genome.fa.s12003.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012003.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127001, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  291786

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1180--1799	194	3.2	194	89	2	857	35	18	22	22	1.95
2096--2178	11	7.4	11	77	9	69	36	0	4	59	1.19
2102--2197	17	5.9	17	75	16	71	37	1	3	58	1.21
2138--2192	6	9.3	6	80	11	69	45	1	1	50	1.22
2121--2192	23	3.1	23	81	2	90	41	1	2	54	1.23
2940--2996	21	2.8	21	78	2	62	57	1	3	36	1.26
4042--4103	30	2.1	30	87	6	90	37	25	1	35	1.66
4056--4142	30	2.9	29	84	6	95	33	22	4	39	1.75
4126--4253	58	2.2	58	87	2	177	26	27	6	39	1.80
4086--4277	30	6.6	29	74	15	114	28	25	7	39	1.82
12240--12347	56	1.9	56	81	3	128	11	28	5	54	1.58
24753--24876	29	4.3	29	85	0	95	37	20	7	34	1.80
24791--24841	14	3.6	14	78	5	66	47	19	1	31	1.61
25652--25693	21	2.0	21	86	9	59	50	19	11	19	1.78
36423--36461	17	2.4	17	87	12	55	15	17	15	51	1.77
43006--43049	16	2.9	15	76	6	52	15	34	0	50	1.45
43552--43763	91	2.3	90	84	5	266	28	23	10	36	1.89
43552--43798	91	2.7	91	82	4	250	29	23	10	37	1.87
43770--43829	31	1.9	31	86	0	84	40	20	6	33	1.78
53410--53470	25	2.4	26	83	5	79	31	11	16	40	1.84
56110--56153	6	7.3	6	82	17	56	2	15	0	81	0.78
56114--56161	11	4.4	11	82	7	53	2	12	2	83	0.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67778--67835	26	2.2	26	81	6	71	41	10	18	29	1.84
71245--71321	32	2.4	32	76	10	84	27	5	5	62	1.38
78051--78086	17	2.1	17	90	10	56	47	0	2	50	1.15
87220--87362	58	2.5	57	79	6	153	31	14	17	36	1.90
87529--87594	27	2.3	29	82	15	91	43	15	24	16	1.86
87539--87594	27	2.1	27	96	0	103	42	16	23	17	1.88
89395--89432	14	2.6	15	84	16	53	73	15	5	5	1.19
89419--89450	16	2.0	16	93	0	55	78	12	0	9	0.97
92479--92524	21	2.1	23	88	8	69	45	2	30	21	1.64
95144--95247	37	2.7	38	76	5	93	31	26	19	22	1.97
95350--95386	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
98847--99040	97	2.0	97	84	6	250	38	13	18	29	1.89
99269--99491	29	7.7	29	64	18	90	36	2	27	33	1.70
99308--99637	59	5.7	60	81	9	357	37	3	25	33	1.73
99308--99637	58	5.7	59	81	10	353	37	3	25	33	1.73
99267--99606	30	11.7	29	69	17	147	37	3	26	32	1.73
99343--99611	29	9.3	28	70	12	134	38	4	25	31	1.75
100792--100865	3	24.3	3	83	2	94	31	2	4	62	1.28
101555--101592	18	2.1	19	90	5	60	28	5	10	55	1.56
101638--101718	31	2.7	29	81	7	99	56	3	3	35	1.35
101701--101729	10	2.7	11	94	5	51	51	13	0	34	1.42
104414--104803	194	2.0	194	98	0	762	34	23	16	25	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117228--117267	18	2.2	18	95	0	71	27	22	22	27	1.99
120456--120611	79	2.0	79	83	2	197	36	10	8	44	1.69
135441--135499	31	1.9	31	96	0	109	32	8	0	59	1.28
136928--136952	13	1.9	13	100	0	50	24	0	28	48	1.52
137117--137175	20	3.0	19	80	2	55	38	10	11	38	1.76
137188--137237	20	2.5	19	84	12	64	36	8	8	48	1.62
139707--139748	22	1.9	22	85	0	57	47	14	2	35	1.57
140155--140199	22	2.0	22	83	8	56	15	11	2	71	1.24
140365--140461	44	2.2	45	94	3	178	31	8	26	32	1.86
141561--141596	18	2.0	18	100	0	72	27	11	11	50	1.72
150772--150800	10	2.9	10	100	0	58	62	10	0	27	1.28
151501--151525	12	2.1	12	100	0	50	40	16	8	36	1.77
153596--153625	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
159620--159695	23	3.3	23	69	10	75	40	18	9	31	1.82
159615--159719	45	2.4	45	93	4	178	40	19	10	30	1.85
165408--165437	13	2.3	13	94	0	51	53	0	3	43	1.17
165945--166042	31	3.3	31	70	21	100	64	11	1	23	1.32
165940--166032	28	3.2	28	73	21	102	65	10	1	22	1.30
165936--166057	58	2.1	58	95	0	217	62	11	1	24	1.38
165940--166046	28	3.8	27	75	21	94	64	11	0	23	1.32
165969--166059	27	3.2	27	73	18	87	62	9	2	25	1.38
166091--166268	30	5.9	30	81	2	171	38	6	19	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166163--166286	30	4.2	30	78	8	112	39	5	16	37	1.73
167988--168166	39	4.6	38	73	16	134	27	17	24	31	1.97
167988--168166	79	2.3	78	85	3	234	27	17	24	31	1.97
168025--168166	39	3.6	39	76	10	144	26	16	24	31	1.97
168189--168296	50	2.2	50	84	3	146	26	24	15	33	1.95
168189--168315	50	2.5	50	81	5	132	26	25	14	33	1.94
175448--175506	31	1.9	31	92	0	100	44	8	18	28	1.79
175446--175514	31	2.2	31	81	0	93	42	11	20	26	1.86
177439--177547	31	3.7	30	69	17	84	63	11	1	23	1.37
177441--177566	58	2.2	58	91	1	200	62	11	2	23	1.40
177481--177566	25	3.1	27	73	23	79	61	10	3	24	1.44
177608--177695	30	2.9	30	77	12	90	38	7	19	34	1.81
184447--184531	18	4.7	18	72	18	61	51	3	1	43	1.26
188510--188870	183	2.0	183	84	1	481	38	25	12	23	1.89
191459--191500	21	2.0	21	95	0	75	35	21	4	38	1.75
192637--192826	29	6.6	29	71	12	108	32	7	26	33	1.84
192722--193095	29	12.8	30	74	12	228	33	3	25	37	1.73
192716--193095	59	6.5	59	73	13	270	32	3	26	37	1.74
192665--193030	88	4.2	86	80	9	336	32	5	26	35	1.79
192722--193030	87	3.6	87	81	7	344	32	3	26	36	1.75
193132--193433	162	1.9	162	82	6	380	48	13	13	23	1.79
194890--194967	17	4.5	17	72	1	66	53	8	2	34	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
194897--194963	34	2.0	33	82	11	82	53	8	2	34	1.47
197648--197732	42	2.0	42	97	0	161	36	8	8	47	1.64
200581--200735	82	1.9	82	89	0	238	22	20	26	30	1.98
206087--206199	56	2.0	56	96	0	208	35	9	27	27	1.88
219284--219308	13	1.9	13	100	0	50	24	8	0	68	1.16
219382--219414	11	2.8	12	90	9	59	72	0	0	27	0.85
222481--222512	12	2.4	14	90	10	50	40	0	3	56	1.15
227237--227274	11	3.5	11	82	7	51	26	0	0	73	0.83
229573--229761	96	2.0	96	86	4	265	48	10	16	24	1.77
230639--230874	30	8.0	29	84	7	264	31	3	30	35	1.74
230644--230874	59	3.9	59	83	8	263	32	3	29	35	1.74
231848--231900	18	2.9	18	80	8	63	39	3	0	56	1.17
231848--231878	3	10.3	3	92	0	53	35	0	0	64	0.94
232654--232722	17	4.0	17	84	1	84	50	1	2	44	1.25
232661--232724	23	2.8	23	81	11	69	54	1	3	40	1.25
232654--232723	6	12.0	6	77	11	65	51	1	2	44	1.25
233185--233631	205	2.2	206	90	2	711	20	21	20	37	1.95
237495--237564	6	12.0	6	76	11	56	57	1	1	40	1.17
237498--237563	11	5.7	11	73	21	55	57	1	1	39	1.17
237489--237562	17	4.2	17	84	5	94	54	1	1	43	1.17
237489--237562	34	2.1	36	87	5	107	54	1	1	43	1.17
237498--237564	23	3.0	22	80	12	73	58	1	1	38	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247303--247398	42	2.3	43	90	5	151	28	33	19	18	1.96
253852--253897	8	6.2	8	80	19	64	58	0	0	41	0.98
253840--253914	12	6.1	12	73	26	68	52	0	1	46	1.09
253838--253894	20	2.8	20	97	0	105	57	0	0	42	0.98
253929--254022	34	2.8	34	85	0	125	43	0	9	46	1.36
253886--254322	114	3.8	113	79	9	466	42	0	9	48	1.36
253970--254288	46	7.9	45	69	23	214	42	0	9	48	1.35
253903--254294	118	3.3	118	92	4	630	41	0	9	48	1.36
254016--254136	34	3.6	34	82	0	134	42	0	9	47	1.37
253913--254322	80	5.4	77	72	12	233	41	0	10	48	1.37

Tables:   1   2