genome.fa.s12092.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012092.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127091, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  300402

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8--41	12	2.8	12	90	4	50	41	0	0	58	0.98
884--944	17	3.4	18	75	8	54	57	3	0	39	1.15
901--957	17	3.3	17	80	7	53	56	3	0	40	1.17
6556--6605	26	2.0	26	84	7	68	40	0	6	54	1.25
8869--8896	6	4.7	6	100	0	56	0	0	50	50	1.00
14543--14603	31	2.0	31	90	6	97	39	4	18	37	1.72
15309--15448	69	2.0	70	90	4	219	32	21	13	32	1.92
19796--19836	11	3.7	11	100	0	82	26	46	9	17	1.79
20038--20079	20	2.0	20	86	4	57	69	16	14	0	1.20
24876--24919	17	2.6	17	85	0	61	40	20	31	6	1.79
31620--32007	49	7.9	49	74	9	290	39	18	24	18	1.92
31623--31982	98	3.7	97	80	2	346	39	18	24	18	1.92
31916--32129	49	4.4	49	71	9	166	41	19	23	15	1.89
31841--32131	147	2.0	145	84	1	375	40	18	23	17	1.91
31898--32160	147	1.8	145	80	5	323	43	19	20	15	1.88
32640--32680	15	2.7	15	96	0	73	51	43	4	0	1.23
33012--33091	39	2.1	39	100	0	160	31	12	15	41	1.84
40203--40232	8	3.8	8	100	0	60	0	50	23	26	1.50
46350--46476	58	2.2	58	81	2	148	25	12	26	34	1.92
50052--50401	172	2.0	172	93	1	594	58	10	4	26	1.51
50387--50436	11	4.5	11	74	0	55	64	4	6	26	1.35
50392--50455	33	1.9	33	81	6	76	64	6	9	20	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
56234--56285	27	2.0	28	85	11	74	30	1	9	57	1.42
61186--61223	19	2.0	19	94	0	67	47	2	0	50	1.15
61764--61801	20	1.9	20	88	0	58	57	0	13	28	1.36
65744--65810	3	22.3	3	96	0	98	34	5	0	59	1.22
66027--66103	30	2.5	30	78	2	82	46	9	9	35	1.67
74952--75011	32	1.9	32	89	3	95	46	6	5	41	1.52
87110--87141	7	4.6	7	100	0	64	0	12	0	87	0.54
89531--89581	19	2.8	17	77	13	57	39	15	5	39	1.72
90297--90335	20	1.9	21	85	15	55	38	7	0	53	1.30
103489--103534	16	2.7	17	78	15	51	58	4	0	36	1.18
103813--103910	52	1.9	51	83	4	126	29	18	5	46	1.70
103913--103994	38	2.2	37	82	12	96	58	2	2	36	1.24
104086--104314	55	4.1	55	82	3	237	41	8	17	32	1.79
104742--104786	10	4.5	10	82	0	54	11	4	2	82	0.91
107062--107133	28	2.6	28	79	16	78	65	1	1	31	1.10
107062--107153	29	3.1	29	77	14	75	64	1	3	31	1.17
113118--113151	16	2.1	16	89	10	52	26	0	2	70	1.01
123222--123292	30	2.4	30	88	2	99	32	9	26	30	1.89
123240--123303	30	2.1	30	85	0	83	31	9	20	39	1.84
123296--123744	58	7.7	59	80	7	422	34	4	26	35	1.77
123296--123723	117	3.7	117	80	7	419	34	4	26	35	1.77
123677--123754	29	2.7	29	88	6	104	29	3	28	38	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
125519--125575	17	3.4	17	87	0	87	54	1	0	43	1.10
125898--125958	20	2.8	21	79	20	63	54	1	1	42	1.20
126468--126524	26	2.1	27	83	9	71	33	8	5	52	1.55
127678--127733	18	3.1	18	76	10	51	41	1	0	57	1.09
144962--145037	32	2.3	34	78	19	90	34	0	9	56	1.31
144990--145071	32	2.6	32	83	9	89	37	1	7	53	1.37
148988--149062	6	13.0	6	77	13	77	45	2	2	49	1.30
148988--149062	23	3.3	23	80	12	82	45	2	2	49	1.30
148988--149052	17	3.9	16	82	9	76	43	1	1	53	1.19
148988--149062	11	6.5	11	79	13	62	45	2	2	49	1.30
149087--149123	16	2.4	16	86	13	51	43	29	13	13	1.82
150855--151072	29	7.5	29	82	11	241	32	29	5	33	1.79
150855--151072	59	3.7	58	83	8	232	32	29	5	33	1.79
150855--151072	88	2.5	87	89	3	328	32	29	5	33	1.79
150851--151162	29	10.6	29	77	13	203	31	29	5	32	1.81
150997--151278	118	2.4	118	78	11	294	31	28	6	34	1.83
151097--151190	28	3.2	28	68	19	75	27	30	9	31	1.89
150964--151284	59	5.5	59	80	8	266	31	28	6	33	1.83
158452--158495	19	2.3	19	88	4	61	63	4	0	31	1.14
171294--171332	20	2.0	20	94	0	69	38	2	5	53	1.37
171317--171347	15	2.1	15	93	0	53	35	3	6	54	1.42
174562--174600	20	2.0	20	89	0	60	66	0	2	30	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
177239--177268	14	2.1	14	93	0	51	23	6	3	66	1.30
180143--180175	12	2.8	12	95	0	57	21	6	0	72	1.05
182799--182828	15	2.0	15	93	0	51	56	13	3	26	1.52
182792--182838	24	1.9	25	91	4	78	55	14	4	25	1.58
182812--182865	20	2.8	19	81	10	65	57	12	3	25	1.52
191940--191992	21	2.4	22	84	9	72	73	3	1	20	1.08
191957--192006	21	2.4	21	83	6	57	78	4	2	16	1.00
192517--192557	2	20.5	2	84	0	55	48	7	0	43	1.30
192517--192557	12	3.4	12	89	0	64	48	7	0	43	1.30
193113--193141	15	1.9	15	100	0	58	20	13	20	44	1.85
201099--201148	22	2.2	23	78	3	57	76	0	20	4	0.95
202622--202712	39	2.3	39	80	0	110	23	31	16	28	1.96
202760--204074	209	6.3	209	87	3	1458	36	18	23	22	1.95
203299--203456	86	1.8	85	83	1	208	36	13	25	23	1.92
203925--204215	134	2.2	134	91	0	474	33	16	25	24	1.95
203717--204425	344	2.1	342	88	2	1048	36	16	23	23	1.94
204059--204565	210	2.4	210	88	0	764	36	19	22	21	1.95
205901--205945	14	3.2	14	87	0	54	48	35	2	13	1.54
205893--205923	2	15.5	2	100	0	62	51	48	0	0	1.00
205897--205936	16	2.5	16	87	0	53	50	42	0	7	1.30
206986--207277	60	4.9	59	81	8	342	38	22	0	38	1.59
206986--207277	30	9.8	29	82	10	304	38	22	0	38	1.59
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207260--207400	29	4.8	30	76	7	148	29	29	8	32	1.87
207231--207414	58	3.2	56	80	8	183	31	29	7	31	1.85
210506--210566	31	2.0	31	86	0	86	36	11	8	44	1.71
211222--211293	31	2.3	32	81	11	87	36	6	2	54	1.42
214910--214970	22	2.8	22	82	5	61	40	16	18	24	1.90
215142--215239	18	5.6	17	81	10	117	40	0	3	56	1.15
215205--215259	7	8.0	7	74	25	55	54	0	1	43	1.10
215205--215242	13	3.0	13	88	7	60	55	0	0	44	0.99
215142--215241	6	17.0	6	71	13	66	42	0	3	55	1.15
216394--216427	12	2.8	12	91	8	52	85	0	5	8	0.75
217112--217537	29	14.6	29	69	14	225	30	22	3	43	1.69
217119--217537	59	7.2	58	82	6	472	31	22	2	43	1.68
217119--217515	117	3.4	116	85	6	482	30	22	3	43	1.68
228628--228662	18	1.9	18	88	0	52	20	8	11	60	1.57
229367--229619	28	8.8	28	70	14	140	31	23	2	42	1.67
229355--229769	30	14.1	27	67	21	162	30	24	2	41	1.69
229342--229768	59	7.3	58	85	6	431	31	24	2	41	1.68
229398--229769	28	12.8	28	67	23	157	31	24	2	41	1.70
238232--238277	20	2.3	20	85	3	67	54	6	2	36	1.39
240726--240760	13	2.8	12	83	8	52	17	2	0	80	0.84
240931--241074	30	4.6	30	76	15	112	27	22	16	32	1.96
244246--244318	22	3.5	22	71	19	66	69	5	1	23	1.17
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
244289--244338	12	4.2	12	79	5	57	74	4	2	20	1.08
244683--244740	25	2.3	25	96	0	107	48	6	5	39	1.52
245942--246141	96	2.1	96	98	0	384	20	11	26	42	1.85
252865--252910	25	1.9	25	86	8	69	32	4	6	56	1.45
258375--258488	62	1.9	59	89	5	174	50	5	2	42	1.39
258546--258579	16	2.1	17	88	5	52	35	0	5	58	1.22
258789--258825	19	1.9	19	89	10	58	59	5	2	32	1.34
262326--262401	30	2.7	27	74	23	68	39	2	25	32	1.70
262331--262552	59	3.8	56	78	9	214	39	2	24	32	1.70
262429--262586	29	5.4	28	72	16	101	35	3	25	34	1.74

Tables:   1   2