genome.fa.s12297.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012297.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127298, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  427781

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
662--696	15	2.3	15	100	0	70	20	22	45	11	1.82
946--1016	11	6.4	11	76	9	72	52	4	0	43	1.20
946--1009	6	11.3	6	78	9	64	51	4	0	43	1.22
946--991	17	2.8	16	93	3	74	50	4	0	45	1.21
946--1009	23	2.8	23	84	11	87	51	4	0	43	1.22
16671--16722	21	2.6	20	80	14	54	63	3	0	32	1.12
18518--18706	9	20.1	9	65	20	59	60	4	1	32	1.27
19371--19575	9	21.9	9	69	19	109	33	1	3	61	1.24
19496--19555	30	2.0	30	83	6	77	26	1	5	66	1.21
20218--20257	19	2.1	19	90	9	64	57	7	0	35	1.27
23443--23505	24	2.6	24	76	0	72	49	7	12	30	1.69
25417--25472	24	2.3	24	84	6	69	46	10	14	28	1.78
25429--25479	24	2.1	24	92	0	84	52	7	11	27	1.65
27287--27384	49	2.0	49	100	0	196	40	16	20	22	1.91
27287--27367	27	3.2	27	63	22	75	38	17	17	27	1.92
30141--30185	19	2.4	20	82	14	60	57	17	8	15	1.63
30151--30191	18	2.2	19	83	12	50	56	21	9	12	1.65
30698--30781	42	2.0	42	86	4	116	38	0	14	47	1.44
31181--31233	26	2.0	26	92	0	88	5	15	3	75	1.13
32419--32463	22	2.1	21	88	12	65	24	8	33	33	1.86
32440--32570	29	4.6	29	77	9	117	30	5	24	39	1.77
33367--33405	19	2.1	18	85	4	51	15	2	2	79	0.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34279--34352	17	4.2	17	83	6	94	56	1	0	41	1.07
34281--34337	30	1.9	30	82	7	71	59	0	0	40	0.97
34306--34362	17	3.4	17	82	4	62	61	1	1	35	1.17
35708--35746	20	2.0	20	84	0	51	12	17	15	53	1.72
37103--37136	16	2.2	15	89	5	50	82	8	5	2	0.93
50656--50701	24	1.9	24	81	0	56	28	13	0	58	1.35
53247--53296	26	2.0	26	85	11	70	46	0	0	54	1.00
53307--53331	9	2.8	9	100	0	50	12	0	0	88	0.53
53345--53411	17	3.7	18	78	6	73	32	1	1	64	1.12
53345--53411	9	7.4	9	81	6	73	32	1	1	64	1.12
65592--65628	16	2.3	17	86	9	51	16	5	10	67	1.38
74918--74967	25	2.1	23	88	7	73	58	0	2	40	1.10
75187--75262	21	3.9	19	75	13	59	32	1	3	61	1.22
75744--75805	16	3.6	18	74	21	53	64	4	0	30	1.14
76088--76116	15	1.9	15	100	0	58	41	0	0	58	0.98
77026--77082	29	2.0	29	82	6	71	38	3	3	54	1.35
77021--77071	19	2.7	19	84	0	66	39	3	3	52	1.38
78088--78134	22	2.1	23	84	4	60	34	4	12	48	1.61
79679--79738	32	1.9	32	83	10	79	55	3	5	36	1.38
81409--81457	21	2.4	21	86	3	64	8	6	10	75	1.18
81409--81458	24	2.2	23	85	7	66	8	6	10	76	1.17
82524--82567	17	2.6	17	77	0	52	63	4	0	31	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85253--85297	14	3.4	14	76	17	60	48	0	0	51	1.00
85251--85312	25	2.5	25	100	0	124	51	0	0	48	1.00
86034--86064	1	31.0	1	100	0	62	100	0	0	0	0.00
91306--91347	21	2.0	21	95	0	75	45	19	9	26	1.80
100341--100401	24	2.5	24	84	5	88	65	4	0	29	1.13
100384--100446	28	2.2	28	83	5	83	68	11	1	19	1.28
102406--102461	24	2.3	24	87	0	76	30	12	8	48	1.72
108985--109109	60	2.1	60	96	1	234	34	21	18	25	1.96
136066--136409	176	2.0	176	94	1	600	37	9	24	28	1.86
138387--138459	38	1.9	38	100	0	146	34	0	24	41	1.55
138440--138482	21	2.0	21	100	0	86	39	4	4	51	1.44
139667--139706	20	2.0	19	85	9	53	57	0	0	42	0.98
139671--139748	30	2.6	30	86	9	99	53	0	1	44	1.08
140419--140486	31	2.4	28	85	11	93	48	1	0	50	1.10
140426--140489	28	2.2	30	91	8	105	46	1	0	51	1.10
145095--145157	24	2.6	24	87	0	90	50	12	14	22	1.76
148680--148737	29	2.0	29	89	0	89	27	17	13	41	1.87
154672--154708	19	1.9	19	100	0	74	32	5	8	54	1.53
159819--159874	30	1.9	30	89	7	89	50	8	3	37	1.51
161562--161811	96	2.7	93	76	7	229	42	16	19	21	1.89
162064--162182	57	2.1	57	98	1	231	41	11	10	36	1.75
164478--164515	6	6.3	6	93	0	67	47	0	18	34	1.49
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168651--168676	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
172091--172151	31	1.9	32	90	6	97	21	14	11	52	1.73
185849--185894	23	1.9	25	82	8	60	56	4	10	28	1.53
189826--189852	14	1.9	14	100	0	54	14	0	40	44	1.46
189855--189899	14	3.2	14	81	9	56	20	8	33	37	1.83
194708--194738	11	2.8	11	90	0	53	41	32	0	25	1.56
197018--197313	79	3.8	79	87	4	393	21	19	27	31	1.97
197018--197316	157	1.9	158	84	4	408	21	19	27	31	1.98
200534--200580	19	2.5	20	89	6	71	38	0	8	53	1.32
200537--200586	19	2.5	20	87	6	59	38	0	8	54	1.30
202292--202437	60	2.4	60	96	0	265	38	18	11	31	1.87
202326--202423	31	3.2	31	63	16	78	33	18	12	35	1.88
203144--203192	23	2.1	24	85	11	66	48	2	2	46	1.25
203148--203198	23	2.2	23	79	6	59	58	1	1	37	1.20
203456--203505	23	2.2	23	92	0	82	68	8	16	8	1.38
207038--207098	24	2.5	24	86	0	86	32	9	21	36	1.86
221842--222013	31	5.6	30	68	16	111	22	18	12	46	1.82
221842--222017	60	2.8	63	88	6	270	22	18	11	47	1.80
221935--222038	29	3.5	28	70	14	84	25	15	13	45	1.83
221842--222041	60	3.3	60	87	3	249	23	17	12	47	1.81
222269--222435	59	2.8	59	88	1	246	43	13	18	23	1.86
222183--222376	90	2.2	90	88	1	282	43	13	19	23	1.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222175--222524	149	2.4	149	98	0	666	45	13	18	22	1.84
222328--222524	90	2.2	90	90	1	306	44	13	18	23	1.86
229788--229872	40	2.1	40	84	4	109	36	12	7	43	1.70
229806--229944	20	7.0	20	73	1	91	42	11	7	38	1.69
230985--231029	14	3.1	14	78	15	56	53	6	2	37	1.40
232673--232911	120	2.0	119	90	0	370	30	9	20	38	1.84
234726--234917	105	1.8	105	84	4	262	34	15	19	29	1.93
238441--238488	21	2.2	22	85	3	62	43	2	6	47	1.40
240097--240143	14	3.4	14	80	11	53	59	0	2	38	1.09
240100--240142	20	2.2	20	83	8	52	60	0	2	37	1.10
240928--240957	16	1.9	16	93	6	53	76	6	3	13	1.11
256700--256813	58	2.0	58	89	1	176	47	17	0	34	1.54
257135--257170	19	1.9	19	88	5	56	16	11	19	52	1.73
261621--261645	5	5.0	5	100	0	50	0	60	0	40	0.97
265995--266028	17	2.0	17	88	0	50	58	8	0	32	1.29
274090--274176	40	2.2	40	87	4	124	29	22	13	33	1.93
274207--274244	19	2.1	18	90	5	58	36	15	0	47	1.46
277263--277298	6	6.3	6	93	6	58	55	44	0	0	0.99
277352--277438	14	6.4	14	75	10	72	17	19	26	36	1.94
277364--277403	21	1.9	21	89	0	62	12	20	35	32	1.90
277387--277439	20	2.6	21	85	8	74	16	18	22	41	1.90
284674--284716	18	2.8	14	75	24	50	6	23	37	32	1.82
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284652--284725	32	2.3	32	83	4	87	10	22	35	31	1.89
284712--284758	20	2.3	20	85	0	67	10	19	27	42	1.84
285633--285687	6	9.3	6	75	11	51	43	0	3	52	1.18
285600--285687	17	5.0	17	78	9	88	39	0	6	53	1.28
285651--285686	11	3.2	11	88	7	54	44	0	2	52	1.15
286340--286373	12	2.8	12	90	0	50	61	2	2	32	1.26
286364--286417	21	2.6	20	82	8	63	48	9	5	37	1.59
287409--287568	58	2.8	55	84	7	185	33	26	3	36	1.74
287409--287568	29	5.5	29	79	5	162	33	26	3	36	1.74
293493--293528	18	2.0	18	88	0	54	25	8	41	25	1.83

Tables:   1   2