genome.fa.s12320.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012320.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127322, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  275235

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
755--865	33	3.4	33	78	9	118	30	20	17	31	1.95
813--876	33	1.9	33	87	0	92	26	21	17	34	1.95
3106--3237	33	4.0	33	79	0	120	27	22	16	33	1.96
3110--3237	66	1.9	66	80	0	148	27	23	16	32	1.96
11734--11768	12	3.0	11	88	12	52	80	2	0	17	0.84
11708--11766	18	3.1	19	85	9	68	77	1	3	16	0.98
17306--17368	24	2.6	24	84	0	90	23	12	11	52	1.71
19290--19364	24	3.1	24	98	0	141	25	12	8	54	1.64
19902--19987	33	2.6	33	83	7	102	32	20	15	31	1.94
21152--21183	16	1.9	17	93	6	57	21	21	0	56	1.43
34436--34554	40	2.9	40	77	11	134	57	6	7	28	1.52
34431--34554	42	3.0	42	77	5	146	56	6	7	29	1.52
34977--35025	21	2.3	23	79	13	59	67	4	2	26	1.19
35016--35059	17	2.6	17	82	13	63	84	6	0	9	0.79
43623--43713	44	2.1	44	97	0	173	32	26	17	23	1.96
45247--45706	241	1.9	241	96	0	857	38	17	14	30	1.89
48940--48970	7	4.4	7	91	0	53	45	0	0	54	0.99
49806--49858	10	5.3	10	74	17	56	50	5	0	43	1.25
49806--49855	20	2.5	20	100	0	100	50	6	0	44	1.26
55344--55403	25	2.3	26	82	8	68	28	6	6	58	1.49
58033--58067	15	2.3	15	90	0	52	11	20	11	57	1.64
65752--65790	21	1.9	20	89	5	60	46	0	0	53	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
75657--75737	24	3.4	24	87	0	117	49	7	16	27	1.72
82805--82876	8	8.6	8	77	11	65	80	0	16	2	0.83
83763--83973	49	4.3	49	70	8	133	36	15	25	22	1.93
84277--84314	20	1.9	20	84	10	51	31	21	7	39	1.82
84314--84449	68	2.0	69	82	4	168	30	24	21	23	1.99
84383--84565	39	4.7	38	75	8	145	33	22	16	27	1.95
84436--84580	40	3.7	39	80	8	161	34	20	15	30	1.93
84560--84600	20	2.0	20	90	9	66	31	19	9	39	1.84
84520--84637	60	2.0	60	94	0	209	33	22	13	29	1.93
84580--85290	40	18.3	40	73	12	366	31	24	17	25	1.97
84669--85125	39	11.7	38	70	12	155	32	24	17	25	1.97
84247--84771	286	1.8	286	86	1	757	32	21	17	28	1.96
84669--85286	276	2.2	275	84	3	796	31	24	17	26	1.97
84853--85284	119	3.6	119	75	10	339	30	25	18	25	1.98
91829--91856	8	3.5	8	100	0	56	89	0	0	10	0.49
94900--94965	31	2.1	31	83	5	80	31	15	10	42	1.81
94850--95023	90	1.9	91	82	8	221	26	13	10	49	1.74
95184--95271	26	3.2	26	73	12	77	53	7	14	23	1.67
95185--95293	57	1.9	57	84	0	146	48	10	16	24	1.77
95306--95350	23	2.0	21	83	8	54	80	6	8	4	1.03
98948--98980	17	1.9	18	88	11	52	45	12	0	42	1.41
114034--114073	18	2.3	18	86	4	55	45	7	15	32	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
114165--114203	20	1.9	19	85	10	51	38	2	5	53	1.37
120384--120907	30	17.6	29	78	6	322	36	27	1	34	1.68
120384--120907	60	8.8	58	74	7	417	36	27	1	34	1.68
120384--120909	90	5.9	89	78	7	440	36	27	1	34	1.68
120384--120816	150	2.9	150	85	3	534	36	27	1	34	1.68
129053--129113	29	2.1	29	93	0	104	40	18	16	24	1.90
132784--132914	39	3.4	39	77	0	145	26	31	15	26	1.96
132745--133472	78	9.3	78	83	0	632	25	30	17	25	1.98
132821--133587	39	19.7	39	70	4	292	26	30	17	25	1.97
133447--133614	78	2.2	78	81	0	192	26	31	16	25	1.96
133123--133584	117	4.0	117	77	4	333	25	32	17	24	1.97
136086--136153	6	11.5	6	81	9	59	26	23	0	50	1.50
136105--136153	18	2.7	18	90	0	80	22	26	0	51	1.49
136105--136153	12	4.1	12	89	0	71	22	26	0	51	1.49
138729--139467	30	24.9	29	75	7	468	37	26	1	34	1.65
138729--139467	60	12.4	59	75	12	525	37	26	1	34	1.65
138729--139475	90	8.4	87	76	10	532	37	26	1	34	1.65
141493--141763	139	1.9	140	80	6	318	47	18	1	32	1.57
157803--157941	53	2.8	52	88	9	202	25	21	11	41	1.87
161685--161728	2	22.0	2	95	0	79	47	2	50	0	1.13
170147--170218	28	2.5	28	82	8	83	52	8	0	38	1.32
171681--171724	11	3.9	11	84	3	52	65	0	2	31	1.05
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171683--171724	22	1.9	22	90	0	66	64	0	2	33	1.07
171975--172036	10	6.4	10	77	9	58	35	3	0	61	1.12
171975--172036	20	3.2	19	76	17	65	35	3	0	61	1.12
175011--175099	23	3.8	24	72	11	69	57	0	0	42	0.98
175024--175101	24	3.3	24	77	7	70	58	0	0	41	0.98
175207--175245	20	2.0	20	85	10	53	38	2	0	58	1.12
175979--176049	31	2.4	31	81	11	85	30	4	14	50	1.61
179088--179246	26	6.1	26	85	2	194	27	28	16	27	1.97
180962--180995	16	2.1	16	100	0	68	61	11	5	20	1.50
187421--187445	13	1.9	13	100	0	50	60	0	0	40	0.97
189148--189201	21	2.6	21	82	5	65	29	16	25	27	1.97
195219--195291	36	2.0	36	100	0	146	19	24	19	36	1.94
199422--199456	6	5.8	6	100	0	70	51	0	34	14	1.42
202291--202334	3	14.7	3	90	9	72	34	0	31	34	1.58
219430--219539	9	12.0	9	68	14	64	30	2	0	65	1.13
219445--219517	28	2.6	28	82	4	85	34	2	1	61	1.19
219430--219526	37	2.6	38	79	9	99	32	2	1	63	1.12
219444--219539	28	3.6	25	78	9	66	29	3	1	66	1.13
219612--219830	89	2.5	89	80	7	216	32	10	18	38	1.84
219635--219853	89	2.4	88	75	5	217	30	9	18	42	1.81
222812--222916	29	3.8	29	79	10	96	34	0	2	61	1.17
222812--222894	19	4.4	18	73	19	64	37	0	2	60	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224048--224085	18	2.2	18	86	9	53	7	39	0	52	1.31
232870--232925	21	2.7	21	80	0	76	30	33	14	21	1.93
233623--233906	52	5.5	52	85	2	383	35	23	16	25	1.95
236144--236472	87	3.8	86	82	3	315	25	23	13	37	1.92
236129--236472	174	2.0	175	80	7	387	25	23	13	37	1.92
236369--236623	107	2.4	108	88	2	379	25	23	13	36	1.92
236937--237094	68	2.3	68	83	5	196	27	23	12	36	1.90
236982--237122	68	2.1	68	80	5	151	31	25	9	33	1.89
237624--237719	41	2.3	41	83	0	120	27	17	19	35	1.95
240241--240312	2	37.0	2	86	10	96	45	1	2	50	1.25
241123--241155	17	1.9	18	88	11	52	24	0	0	75	0.80
265174--265214	22	1.9	21	95	5	73	34	0	0	65	0.93
267358--267398	20	2.0	20	90	0	64	53	17	4	24	1.63

Tables:   1

The End!