genome.fa.s12455.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012455.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127459, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  421919

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1241--1281	21	1.9	22	85	14	59	24	7	12	56	1.61
1912--1948	13	2.8	14	84	12	51	32	0	0	67	0.91
6535--6590	21	2.7	21	80	0	67	33	8	21	35	1.85
14232--14297	29	2.3	29	100	0	132	27	25	13	33	1.94
18678--18708	15	2.0	16	93	6	55	61	0	0	38	0.96
18755--18802	15	2.9	16	79	14	53	56	2	0	41	1.11
19161--19211	27	1.9	26	88	11	77	47	3	5	43	1.46
22046--22097	21	2.5	21	81	6	61	30	26	13	28	1.94
28114--28152	18	2.2	18	86	9	53	41	10	10	38	1.73
36899--37009	21	5.3	21	71	4	71	15	32	17	35	1.91
37558--37616	28	2.1	28	100	0	118	44	3	25	27	1.70
48326--48725	145	2.8	145	91	0	631	39	11	12	36	1.79
49092--49161	27	2.5	27	80	15	72	64	1	0	34	1.03
49091--49161	28	2.5	28	82	11	74	63	1	0	35	1.03
50493--50560	28	2.5	26	76	9	64	30	1	1	66	1.10
50555--50584	16	1.9	15	93	6	51	46	0	0	53	1.00
53436--53532	44	2.2	44	80	8	110	64	19	5	10	1.42
53519--53563	12	3.8	12	78	0	54	68	20	4	6	1.29
53514--53601	23	3.9	23	79	7	92	71	18	3	6	1.22
53460--53568	56	2.0	56	82	7	134	66	19	4	9	1.37
53517--53586	12	5.8	12	71	5	52	68	20	4	7	1.30
53548--53673	20	6.1	20	70	12	60	70	15	5	7	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
53523--53659	23	6.2	22	76	13	106	70	16	6	7	1.32
54202--54233	13	2.6	12	90	9	55	62	0	0	37	0.95
71287--71348	30	2.1	30	100	0	124	24	19	14	41	1.88
73235--73278	21	2.1	21	82	0	52	2	34	6	56	1.38
79122--79162	18	2.5	15	79	20	55	48	17	0	34	1.47
86259--86287	2	14.5	2	100	0	58	51	0	48	0	1.00
86433--86489	29	1.9	30	82	3	71	38	19	5	36	1.74
87032--87085	27	2.0	27	85	0	72	44	3	16	35	1.66
87269--87343	39	1.9	39	88	0	114	34	0	17	48	1.48
87373--87408	17	2.2	17	90	5	56	44	2	22	30	1.67
94203--94264	24	2.5	25	75	17	65	46	11	11	30	1.75
96275--96331	21	2.7	21	81	8	62	49	36	0	14	1.43
107174--107212	20	2.0	20	85	10	53	66	10	12	10	1.44
109708--109741	17	2.0	17	100	0	68	41	11	23	23	1.87
115250--115301	18	2.9	18	77	5	52	36	7	25	30	1.84
119998--120030	2	16.5	2	100	0	66	48	0	0	51	1.00
124381--124469	44	2.0	44	97	0	169	23	15	38	22	1.93
127196--127298	52	2.0	51	94	1	179	46	7	17	28	1.75
136834--136882	12	3.8	12	81	10	53	4	24	2	69	1.17
136833--136870	15	2.5	16	79	12	53	5	26	0	68	1.11
137595--137735	70	2.0	70	97	0	264	31	21	18	29	1.97
145898--146019	57	2.1	58	80	10	142	46	4	21	27	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
150080--150118	17	2.2	17	90	4	60	53	0	10	35	1.35
152961--152999	20	2.0	19	85	5	51	28	10	12	48	1.74
155115--155157	21	2.1	20	83	12	52	46	0	27	25	1.53
156365--156404	17	2.4	17	87	4	55	72	0	0	27	0.85
159996--160030	18	1.9	18	94	0	61	42	31	2	22	1.68
162593--162618	8	3.2	8	100	0	52	11	0	0	88	0.52
163579--163616	3	12.7	3	94	0	67	31	2	0	65	1.06
163615--163691	3	25.7	3	100	0	154	0	0	32	67	0.91
168187--168348	45	3.6	45	81	5	161	38	14	19	27	1.91
181783--182068	23	12.4	23	86	0	392	34	4	13	46	1.65
184416--184500	38	2.3	38	88	10	122	60	3	0	36	1.14
190427--190541	50	2.3	49	83	7	151	39	0	4	56	1.19
190477--190527	21	2.4	21	83	6	59	33	0	3	62	1.13
190800--190844	18	2.5	17	79	10	54	73	2	2	22	1.05
192401--192425	9	2.8	9	100	0	50	36	32	0	32	1.58
193855--193946	45	2.0	45	89	0	139	30	30	7	31	1.85
194046--194128	15	5.7	15	71	13	57	19	57	2	20	1.51
194069--194151	42	2.0	42	88	4	123	22	54	3	19	1.60
195799--195861	24	2.6	24	89	0	90	23	25	23	26	2.00
195799--195873	24	3.1	23	83	7	87	26	22	22	28	1.99
197934--197993	29	2.1	29	96	0	111	43	11	10	35	1.75
198490--198539	23	2.2	23	88	0	73	50	24	4	22	1.66
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198498--198575	32	2.6	29	84	13	104	51	29	2	16	1.58
198782--198826	19	2.5	18	82	10	56	26	2	2	68	1.12
199891--199919	14	2.1	14	93	6	51	68	0	0	31	0.89
209155--209193	19	2.1	19	86	13	55	38	2	2	56	1.27
210511--210546	17	2.1	17	94	0	63	47	11	2	38	1.54
212683--212872	42	4.5	42	83	3	213	36	11	25	26	1.89
214851--214943	47	2.0	47	97	0	177	37	13	24	23	1.92
215901--215950	22	2.3	22	86	3	66	48	6	16	30	1.70
215890--215995	21	5.0	22	73	8	78	40	7	12	39	1.71
215916--215969	20	2.5	22	88	5	76	42	5	16	35	1.72
215916--215991	20	3.7	20	75	7	71	39	6	14	39	1.72
219315--219463	71	2.1	71	81	6	176	23	24	20	32	1.98
219330--219473	71	2.0	71	89	0	216	20	22	20	36	1.96
222922--222954	14	2.4	14	94	0	57	3	21	0	75	0.93
234928--235043	23	5.0	23	81	0	133	42	23	19	14	1.88
236316--236481	23	7.5	23	79	9	130	41	24	21	12	1.88
237781--237878	23	4.3	23	88	0	142	38	23	23	14	1.91
239141--239306	23	7.5	23	77	9	130	42	24	21	11	1.85
239186--239306	46	2.6	46	81	2	145	39	24	23	12	1.89
240623--240720	23	4.3	23	85	0	133	38	24	22	14	1.91
242030--242152	23	5.3	22	79	13	97	40	19	26	13	1.89
243911--243973	30	2.1	30	100	0	126	30	23	3	42	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
246756--246809	23	2.3	23	87	6	74	53	1	1	42	1.22
248038--248102	30	2.2	30	85	0	85	36	12	7	43	1.71
248808--248862	27	2.0	27	92	0	92	34	1	9	54	1.43
250277--250314	14	2.9	13	84	7	51	50	5	0	44	1.24
251392--251429	19	2.0	19	90	10	60	57	26	0	15	1.38
254627--254744	43	2.8	42	81	3	139	38	10	23	27	1.87
261676--261822	43	3.4	43	84	6	181	34	10	23	30	1.89
261676--261839	43	3.8	43	80	7	145	35	10	23	30	1.88
262881--262992	6	18.7	6	80	0	53	59	10	10	18	1.59
262995--263058	10	6.3	10	74	15	60	75	3	3	18	1.08
264743--264789	23	2.0	22	84	8	58	27	6	14	51	1.67
267456--267567	49	2.3	49	96	1	208	34	24	16	25	1.95
268283--268372	25	3.6	25	80	0	99	36	25	14	23	1.93
268284--268394	25	4.5	24	76	6	96	34	24	15	26	1.95
268284--268398	50	2.3	50	86	3	151	34	23	15	26	1.95
272160--272194	15	2.4	15	90	4	54	65	5	14	14	1.44
281801--282083	141	2.0	141	93	0	485	22	24	10	42	1.85
287469--287509	20	2.0	20	85	9	55	26	34	9	29	1.88
292147--292207	30	2.1	29	87	3	86	57	11	4	26	1.54
292584--292617	17	2.0	17	100	0	68	29	29	11	29	1.92
304247--304286	19	2.1	19	86	13	55	67	0	0	32	0.91
306216--306251	6	6.0	6	96	0	54	16	0	61	22	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
306212--306250	12	3.2	12	92	0	60	17	0	58	23	1.38
314549--314582	17	2.1	16	94	5	59	14	11	0	73	1.10
325176--325307	44	3.2	44	61	20	113	33	13	16	36	1.88
325162--325317	78	2.0	78	100	0	312	34	12	14	38	1.84
328053--328104	26	2.0	26	100	0	104	23	7	11	57	1.59
340157--340250	26	3.7	25	77	11	84	26	25	19	28	1.98
342757--342786	15	2.0	15	100	0	60	26	0	6	66	1.16
343018--343061	21	2.1	21	100	0	88	38	18	13	29	1.89
344682--344744	31	2.0	32	93	3	110	53	20	9	15	1.69
347182--347207	9	2.9	9	100	0	52	19	23	46	11	1.82

Tables:   1   2