genome.fa.s12530.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012530.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127537, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  532565

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
9482--9517	15	2.4	15	100	0	72	52	5	0	41	1.24
10120--10248	30	4.4	30	81	2	136	36	23	3	37	1.71
10131--10242	59	1.9	59	90	3	181	37	19	2	40	1.66
10127--10280	59	2.6	58	82	8	161	35	24	3	36	1.72
14334--14383	24	2.2	21	89	10	73	78	2	20	0	0.86
14335--14377	15	2.8	14	80	19	50	76	2	20	0	0.89
14336--14384	12	4.0	13	71	12	50	75	2	22	0	0.90
16469--16560	48	1.9	48	90	0	148	42	15	20	21	1.89
16392--16758	124	3.0	122	82	5	452	40	17	19	22	1.91
16593--16684	48	1.9	48	86	0	130	39	13	23	23	1.90
16517--17129	199	3.1	198	86	2	861	39	17	20	22	1.92
16641--16834	75	2.6	75	82	2	237	39	17	20	22	1.92
16840--17016	75	2.4	75	85	0	228	40	19	17	22	1.91
17113--17146	17	2.0	17	88	0	50	26	20	11	41	1.87
17037--17221	92	2.0	92	82	2	228	37	20	17	24	1.93
17302--17414	45	2.5	45	80	2	118	35	21	15	28	1.93
19048--19172	30	4.2	29	79	10	103	40	20	3	36	1.68
19049--19197	59	2.5	59	78	7	149	38	20	4	36	1.74
19087--19178	29	3.1	29	81	10	98	34	20	4	40	1.73
52226--52272	24	2.0	23	84	12	60	51	10	12	25	1.72
55976--56024	21	2.3	21	77	19	57	18	14	24	42	1.87
63145--63202	26	2.2	26	84	9	73	48	13	13	24	1.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
63908--64261	49	7.2	49	78	1	208	42	16	20	20	1.89
64319--64932	45	13.8	45	81	4	636	30	25	16	27	1.96
65604--65682	38	2.1	38	83	9	99	25	3	6	64	1.34
65610--65790	100	1.8	98	84	9	251	22	7	7	63	1.44
65963--65997	15	2.3	15	90	0	52	25	0	2	71	1.00
66023--66068	22	2.1	21	84	11	58	19	6	6	67	1.36
66114--66158	23	2.0	23	86	8	65	24	4	4	66	1.29
66302--66354	23	2.3	23	87	6	72	28	1	7	62	1.33
70918--70942	10	2.5	10	100	0	50	48	0	0	52	1.00
71046--71082	15	2.5	15	87	12	51	43	0	2	54	1.14
81873--81906	18	1.9	17	94	5	59	23	11	8	55	1.63
83183--83230	18	2.7	18	83	0	60	35	22	14	27	1.93
89617--89649	2	16.5	2	93	0	57	45	0	3	51	1.16
93026--93058	13	2.8	12	90	9	50	15	0	12	72	1.12
93134--93178	17	2.6	17	85	3	63	17	17	13	51	1.77
94203--94265	26	2.4	26	86	0	90	28	15	22	33	1.95
104384--104425	21	2.0	21	85	4	57	11	9	0	78	0.96
115600--115643	18	2.5	18	85	10	56	77	4	18	0	0.94
121327--121372	6	7.5	6	83	13	58	0	17	2	80	0.81
121327--121372	19	2.5	18	86	10	58	0	17	2	80	0.81
121955--121992	17	2.2	17	86	9	51	55	15	13	15	1.70
128908--128987	17	4.6	17	82	1	88	22	23	10	43	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
140917--140948	16	2.0	16	93	0	55	25	18	3	53	1.59
171748--171799	18	2.9	18	76	0	59	44	19	5	30	1.74
172315--172359	3	14.7	3	90	4	72	31	0	0	68	0.89
176305--176466	19	8.1	19	70	17	71	43	16	17	21	1.87
176364--176507	14	10.6	14	73	13	81	41	17	21	19	1.90
176322--176473	81	1.9	81	95	0	277	41	16	19	22	1.90
176440--176513	27	2.6	28	78	8	87	37	21	25	14	1.92
176322--176507	81	2.3	81	89	0	273	42	17	19	20	1.89
176449--176513	14	4.7	14	80	3	87	36	21	26	15	1.93
177609--177645	17	2.1	18	90	5	58	78	0	0	21	0.75
190396--190437	21	1.9	23	85	9	61	33	19	21	26	1.97
190664--190689	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
191596--191694	40	2.5	39	88	3	135	31	18	22	28	1.97
191684--192161	78	6.1	78	81	4	511	26	19	30	24	1.98
191685--192242	39	14.3	39	68	13	238	25	19	31	24	1.98
191746--192242	117	4.3	117	75	9	429	24	19	31	24	1.98
192229--192360	41	3.2	41	88	3	185	30	14	21	33	1.93
220796--220874	27	2.9	28	81	3	83	30	18	20	30	1.97
221343--221385	22	2.0	22	85	0	59	67	2	0	30	1.03
223319--223383	25	2.5	26	92	5	114	23	23	27	26	2.00
226549--226755	43	4.8	43	87	0	234	36	11	21	30	1.88
232203--232506	158	1.9	158	81	0	365	22	21	23	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233787--233917	27	4.9	27	74	3	102	31	21	17	29	1.96
233787--233926	54	2.6	54	82	0	154	33	20	17	28	1.95
233844--233930	27	3.2	27	71	12	79	32	18	17	32	1.94
240581--240984	137	2.9	138	87	4	568	40	9	4	45	1.57
242090--242143	25	2.1	26	82	3	65	37	1	3	57	1.27
247443--247490	21	2.3	21	75	3	53	22	2	8	66	1.29
248989--249028	20	2.0	21	90	5	64	42	20	22	15	1.88
251899--251936	15	2.5	16	79	12	53	5	31	13	50	1.63
255605--255754	30	5.0	30	84	8	189	41	0	18	39	1.56
255591--255754	60	2.7	60	82	9	208	39	0	20	39	1.57
257790--258230	49	8.9	50	66	10	233	19	24	17	38	1.93
257790--258238	99	4.5	99	85	1	573	18	24	18	38	1.93
269600--269830	115	2.0	115	96	1	428	45	2	19	32	1.64
269797--269968	30	5.7	30	84	5	206	40	2	15	41	1.60
269796--269968	60	2.9	59	87	5	231	40	2	16	41	1.61
271368--271434	14	5.1	14	72	17	63	14	16	41	26	1.87
271354--271426	37	2.0	37	100	0	146	16	15	41	27	1.88
282630--282671	14	2.9	15	82	10	52	0	21	0	78	0.75
282638--282670	13	2.5	13	86	13	50	0	21	0	78	0.75
282630--282670	6	6.8	6	86	13	50	0	19	0	80	0.71
282630--282671	15	2.8	15	82	10	50	0	21	0	78	0.75
283494--283525	3	10.3	3	93	6	55	0	34	0	65	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
289865--289896	15	2.1	16	94	5	57	25	31	9	34	1.87
304561--304603	20	2.2	20	86	0	59	25	13	6	53	1.65
310705--310760	29	1.9	29	85	7	78	55	25	7	12	1.62
316108--316208	39	2.6	38	84	1	121	35	3	11	48	1.59
333745--333836	48	1.9	48	88	0	139	41	15	21	21	1.90
333671--333912	123	2.0	123	82	4	301	43	16	18	21	1.87
333963--334055	48	1.9	48	95	0	168	40	13	22	22	1.89
333728--334129	218	1.8	217	89	2	628	42	17	18	21	1.90
333946--334251	122	2.5	121	90	2	461	41	17	20	20	1.91
343616--343658	16	2.8	15	85	3	59	55	9	2	32	1.44
350072--350159	27	3.3	27	85	1	106	20	29	13	36	1.91
352007--352068	26	2.4	26	77	0	79	35	22	12	29	1.91
354374--354407	17	2.0	17	94	0	59	17	14	11	55	1.68
355524--355591	26	2.6	26	75	9	66	26	17	23	32	1.97
358968--359152	51	3.6	51	82	0	235	32	23	10	32	1.89
359858--359958	50	2.0	50	96	0	184	35	21	19	22	1.96
360400--360460	30	2.1	30	81	3	70	31	4	21	42	1.74
363026--363082	25	2.2	26	81	3	71	33	12	19	35	1.89
366053--366127	35	2.1	35	97	0	141	34	28	9	28	1.88
370312--370345	17	2.0	17	94	0	59	47	14	0	38	1.45
371362--371484	50	2.4	50	81	6	124	46	6	2	44	1.42
371219--371738	152	3.4	149	83	7	645	43	9	2	44	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
372261--372310	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
372309--372343	3	11.7	3	100	0	70	34	0	31	34	1.58
378589--378732	72	2.0	71	97	1	270	24	36	14	23	1.92
386087--386126	21	1.9	21	89	0	62	40	27	12	20	1.88
387685--387713	15	1.9	15	100	0	58	34	6	20	37	1.80
388017--388048	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
394814--394855	21	2.0	21	85	0	57	40	14	11	33	1.82
394821--394864	21	2.1	21	87	8	63	38	18	13	29	1.89
410980--411023	17	2.5	18	82	10	56	45	4	9	40	1.56
411198--411262	31	2.1	31	100	0	130	35	21	10	32	1.88

Tables:   1   2