genome.fa.s12572.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01012572.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_127581, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  420729

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
7676--8025	190	1.8	190	95	0	628	36	13	14	35	1.85
11318--11353	19	1.9	19	88	5	56	58	0	2	38	1.13
11538--11568	14	2.2	14	94	0	53	35	0	0	64	0.94
13948--13974	7	3.9	7	100	0	54	55	0	0	44	0.99
14371--14410	20	2.0	20	85	9	55	45	2	0	52	1.14
24690--24737	25	2.0	24	84	12	62	58	6	0	35	1.23
24875--24922	22	2.3	21	80	13	55	70	12	6	10	1.32
25121--25167	13	3.5	14	81	16	55	72	0	0	27	0.85
26104--26133	7	4.3	7	95	0	51	56	0	10	33	1.32
26259--26296	18	2.1	19	90	5	60	71	0	0	28	0.87
26254--26301	18	2.5	20	76	16	55	64	0	0	35	0.94
27609--27633	13	1.9	13	100	0	50	16	12	8	64	1.49
37012--37068	29	1.9	30	89	3	89	31	1	12	54	1.48
37811--38011	60	3.2	60	76	15	213	36	12	11	38	1.80
37817--37967	72	2.1	72	92	0	248	35	13	10	40	1.80
38543--38605	28	2.3	27	83	10	74	34	19	17	28	1.94
42640--42758	30	3.9	29	72	10	78	46	15	10	28	1.78
51989--52040	22	2.4	22	80	0	59	25	3	21	50	1.65
55372--55418	7	6.7	7	78	9	51	21	0	0	78	0.75
55372--55432	27	2.3	26	83	8	70	26	0	0	73	0.83
58177--58216	20	2.0	21	90	5	64	57	5	0	37	1.21
59775--59805	16	1.9	16	100	0	62	83	0	3	12	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
61022--61082	15	4.1	15	77	8	61	6	27	19	45	1.75
61179--61232	26	2.1	26	100	0	108	59	0	11	29	1.32
61183--61238	26	2.2	26	93	3	96	58	1	10	28	1.41
63500--63552	23	2.3	23	87	6	72	41	3	3	50	1.38
63634--63673	19	2.1	19	85	0	53	45	0	12	42	1.42
70407--70438	5	6.4	5	92	0	55	40	0	59	0	0.97
72350--72393	10	4.6	9	81	13	52	27	2	2	68	1.14
72402--72438	19	2.0	19	89	5	58	37	0	5	56	1.22
72402--72455	19	2.9	18	83	8	56	42	0	3	53	1.18
72538--72573	9	4.0	9	88	0	54	36	8	8	47	1.64
72539--72576	18	2.1	18	95	0	67	36	7	5	50	1.54
81228--81323	48	2.0	48	95	0	174	48	5	2	43	1.36
81237--81334	48	2.2	45	85	9	128	52	5	3	39	1.39
85242--85266	5	5.0	5	100	0	50	20	0	0	80	0.72
87876--87923	24	2.0	24	100	0	96	41	20	12	25	1.87
88579--88634	16	3.5	17	79	18	66	53	3	1	41	1.29
88576--88634	32	1.9	30	89	6	91	50	3	1	44	1.28
88581--88621	14	2.9	14	86	10	57	51	2	2	43	1.28
101252--101351	48	2.1	48	92	0	164	35	1	14	50	1.49
103870--103930	30	2.0	30	93	0	104	49	11	4	34	1.61
105498--105557	27	2.1	29	84	6	79	56	3	5	35	1.37
119756--119809	26	2.1	26	96	0	99	31	27	3	37	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121028--121080	24	2.2	24	86	0	70	54	5	11	28	1.58
123141--123212	25	2.8	25	85	8	92	40	19	27	12	1.88
123833--123863	10	2.9	11	90	9	55	25	9	0	64	1.24
126375--126421	22	2.2	21	85	11	60	31	12	4	51	1.59
131729--131776	24	2.0	24	95	0	87	12	25	18	43	1.85
143387--143421	3	12.0	3	93	6	63	31	0	0	68	0.90
145723--145754	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
147353--147414	28	2.2	28	85	5	81	24	9	30	35	1.87
147371--147837	59	8.0	57	76	10	390	33	3	27	34	1.75
147486--147635	29	5.1	28	67	20	76	34	4	28	33	1.78
147496--147962	59	7.9	59	80	8	470	32	3	27	36	1.74
147511--147980	29	15.9	29	71	15	270	32	2	27	36	1.72
147496--147837	118	2.9	118	94	0	587	31	3	28	36	1.73
149293--149467	30	5.9	28	76	10	138	40	22	2	35	1.67
149304--149484	29	6.2	29	74	8	120	38	23	2	35	1.69
149292--149457	59	2.8	58	84	8	219	39	22	2	35	1.68
155109--155186	7	11.0	7	72	20	56	79	0	17	2	0.84
155115--155185	17	4.2	17	75	10	65	78	0	18	2	0.86
155109--155171	23	2.7	24	85	2	83	79	0	17	3	0.86
155119--155186	10	7.2	9	75	15	66	79	0	17	2	0.86
156389--156579	48	3.9	49	84	1	251	39	24	24	11	1.88
156389--156572	98	1.9	99	85	3	257	38	24	25	11	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
156697--156950	100	2.5	102	88	1	395	35	16	17	31	1.92
157092--157298	39	5.3	39	68	2	128	27	30	15	26	1.96
157042--157298	78	3.3	77	81	4	273	26	30	16	26	1.97
157328--158172	201	4.2	201	88	2	1122	35	19	22	22	1.96
158521--158563	17	2.5	17	92	0	68	32	0	4	62	1.15
159231--159288	3	19.0	3	81	10	64	63	0	3	32	1.11
159233--159278	16	2.9	15	90	3	65	58	0	4	36	1.18
159413--159459	22	2.1	22	84	0	58	63	2	19	14	1.40
160398--160463	29	2.3	29	79	10	73	39	18	3	39	1.66
160476--160657	30	6.2	29	70	11	120	34	22	3	39	1.72
160514--160603	29	3.1	28	79	9	99	38	22	3	35	1.71
160482--160648	59	2.8	59	81	4	160	34	22	4	38	1.74
160683--160760	30	2.6	30	71	16	81	33	29	3	33	1.76
160683--160845	58	2.8	57	78	10	136	35	27	4	31	1.78
163508--163551	13	3.3	13	78	6	52	6	6	6	79	1.06
164260--164436	81	2.2	81	96	0	327	25	35	16	22	1.95
167132--167229	31	3.2	31	73	12	94	41	2	8	47	1.44
167132--167252	61	2.0	61	86	3	172	42	3	9	44	1.52
168701--168743	17	2.5	17	92	0	68	32	0	4	62	1.15
169411--169468	3	19.0	3	81	10	64	63	0	3	32	1.11
169413--169458	16	2.9	15	90	3	65	58	0	4	36	1.18
169593--169639	22	2.1	22	84	0	58	63	2	19	14	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
170578--170643	29	2.3	29	79	10	73	39	18	3	39	1.66
170656--170837	30	6.2	29	70	11	120	34	22	3	39	1.72
170694--170783	29	3.1	28	79	9	99	38	22	3	35	1.71
170662--170828	59	2.8	59	81	4	160	34	22	4	38	1.74
170863--170940	30	2.6	30	71	16	81	33	29	3	33	1.76
170863--171025	58	2.8	57	78	10	136	35	27	4	31	1.78
173688--173731	13	3.3	13	78	6	52	6	6	6	79	1.06
174440--174616	81	2.2	81	96	0	327	25	35	16	22	1.95
177312--177409	31	3.2	31	73	12	94	41	2	8	47	1.44
177312--177432	61	2.0	61	86	3	172	42	3	9	44	1.52
181561--181599	18	2.1	18	90	9	60	64	0	0	35	0.94
181569--181620	19	2.7	19	80	13	54	67	1	0	30	1.02
181753--181806	24	2.2	23	78	12	54	64	11	5	18	1.44
182450--182482	5	6.6	5	92	0	57	39	36	21	3	1.69
182651--183302	51	12.9	50	76	8	456	32	26	17	23	1.97
182694--183108	99	4.1	99	82	4	467	33	26	17	22	1.96
182909--183207	156	1.9	153	83	4	386	33	28	16	22	1.95
183270--183338	36	1.9	36	84	0	93	27	28	15	27	1.96
185928--185964	10	3.5	11	82	17	51	32	10	0	56	1.34
185928--185968	20	2.0	20	90	0	64	31	9	0	58	1.31
193175--193203	15	2.0	15	93	6	51	82	3	0	13	0.79
196283--196357	30	2.5	30	93	2	123	54	0	14	30	1.41
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197332--197375	22	2.0	22	86	8	63	52	22	0	25	1.48
197991--198376	192	2.0	192	98	0	745	34	20	19	25	1.96
199657--199693	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
200808--200889	23	3.3	23	64	26	58	47	1	14	36	1.52
200796--200908	53	2.1	53	98	1	217	46	1	12	39	1.52
201988--202051	29	2.3	27	76	15	67	48	0	4	46	1.23
202156--202229	36	2.2	33	77	15	87	40	2	1	55	1.22
207485--207541	24	2.4	24	87	0	78	28	12	7	52	1.64
215806--215855	17	2.7	19	76	14	52	12	24	0	64	1.27
218643--218738	44	2.2	44	81	3	113	15	33	20	30	1.94

Tables:   1   2