genome.fa.s13095.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013095.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128113, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  427744

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 137 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4570--4594	3	8.3	3	100	0	50	68	0	0	32	0.90
5855--5898	22	2.0	22	86	0	61	38	0	4	56	1.20
5867--5939	6	12.8	6	74	11	73	41	1	1	56	1.16
5867--5947	34	2.6	31	83	12	96	40	2	1	55	1.21
5876--5947	17	4.2	17	82	10	85	41	2	1	54	1.23
5974--6007	13	2.6	13	90	0	50	61	14	5	17	1.52
6641--6680	21	1.9	21	84	0	53	47	0	5	47	1.24
7820--8199	30	12.7	30	75	13	304	38	28	3	30	1.73
7850--8200	119	2.9	118	89	4	519	39	27	2	29	1.71
7850--8201	59	5.9	59	87	2	463	39	28	2	29	1.71
11219--11300	17	4.8	17	80	8	85	36	0	4	58	1.20
18068--18099	4	8.0	4	100	0	64	75	0	0	25	0.81
18609--18797	15	12.2	15	70	6	99	31	23	20	24	1.98
18609--18768	48	3.4	47	83	4	198	31	24	20	24	1.98
18637--18768	30	4.3	30	75	5	111	31	25	19	22	1.98
18637--18786	45	3.3	45	85	2	183	31	24	20	23	1.98
20998--21053	20	2.9	19	86	5	85	69	14	5	10	1.34
20998--21067	19	3.6	18	79	14	68	67	17	7	8	1.40
20955--21067	39	2.9	39	81	11	117	69	16	5	8	1.34
21997--22062	24	2.7	23	79	9	69	21	21	31	25	1.98
22087--22144	27	2.1	27	90	0	89	8	8	37	44	1.66
29863--29918	20	2.9	19	86	5	85	69	14	5	10	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29863--29932	19	3.6	18	79	14	68	67	17	7	8	1.40
29820--29932	39	2.9	39	81	11	117	69	16	5	8	1.34
30862--30927	24	2.7	23	79	9	69	21	21	31	25	1.98
30952--31009	27	2.1	27	90	0	89	8	8	37	44	1.66
36802--37007	79	2.6	79	97	0	385	18	19	29	32	1.96
38385--38443	30	2.0	30	86	6	84	28	30	20	20	1.97
39050--39312	130	2.0	130	98	0	508	36	20	16	26	1.94
39701--39739	20	2.0	20	90	10	62	5	15	15	64	1.46
45120--45165	24	1.9	24	86	0	65	45	0	2	52	1.13
45274--45311	20	1.9	20	100	0	76	52	21	2	23	1.59
47015--47094	33	2.3	35	80	6	101	48	8	18	23	1.76
48298--48362	24	2.7	24	85	4	87	41	3	1	53	1.25
48332--48416	31	2.8	30	85	1	107	38	4	2	54	1.34
48830--48858	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
48948--49001	25	2.1	27	86	6	76	40	3	0	55	1.17
60939--61004	31	2.1	31	86	10	91	37	13	6	42	1.69
69837--69869	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
77273--77338	32	2.1	31	82	2	78	31	16	18	33	1.93
78936--79074	60	2.3	60	81	0	161	38	6	11	43	1.67
80269--80519	124	2.0	124	93	1	432	41	20	10	27	1.84
82563--82606	3	14.7	3	100	0	88	65	0	0	34	0.93
83383--83438	30	1.9	28	82	7	67	60	3	7	28	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89889--89928	20	2.0	20	85	0	53	45	10	2	42	1.51
90037--90137	50	2.1	47	90	7	159	60	17	9	11	1.58
90061--90138	24	3.2	24	63	20	61	64	15	8	11	1.50
99101--99282	96	1.9	96	82	6	226	37	12	19	30	1.88
99578--99740	59	2.8	59	84	7	199	40	7	22	30	1.81
99519--99826	29	10.5	30	72	16	143	36	4	24	34	1.77
99578--99834	58	4.4	59	81	7	179	38	5	22	33	1.77
99657--99826	58	2.9	59	84	4	193	35	2	24	37	1.69
113104--113149	22	2.0	23	83	4	58	41	2	2	54	1.25
117478--117542	30	2.1	31	94	2	114	33	13	12	40	1.82
117478--117555	30	2.6	29	86	6	95	30	11	12	44	1.78
119062--119190	30	4.3	31	75	9	115	44	10	19	26	1.82
119016--119190	89	2.0	89	80	4	201	46	11	17	24	1.81
119576--119663	28	3.0	28	73	17	72	57	4	5	31	1.42
119576--119650	28	2.7	27	76	19	73	57	4	6	32	1.43
124070--124119	21	2.3	22	83	10	68	60	20	14	6	1.55
143504--143631	69	1.9	68	82	9	163	19	33	8	38	1.82
153755--153806	18	3.1	17	75	8	54	32	0	1	65	1.04
153919--153963	22	2.0	23	83	12	58	68	0	0	31	0.89
162459--162489	11	2.9	11	95	4	55	19	0	9	70	1.14
175776--175814	7	5.6	7	96	0	69	41	17	41	0	1.50
177403--177438	2	19.0	2	88	11	58	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188874--188924	23	2.4	21	81	12	59	29	3	3	62	1.31
194015--194083	25	2.7	26	82	14	83	52	2	0	44	1.16
194044--194086	17	2.5	18	81	11	54	48	2	0	48	1.14
199669--199716	24	2.0	25	87	4	71	33	10	2	54	1.46
208361--208422	26	2.3	26	78	10	63	53	3	1	41	1.27
210606--210644	18	2.1	19	85	4	53	38	2	2	56	1.27
213823--213865	19	2.1	22	87	12	65	53	0	4	41	1.21
213983--214040	18	3.1	18	72	18	55	53	5	1	39	1.33
222910--222935	6	4.3	6	100	0	52	19	0	80	0	0.71
230815--230926	43	2.6	43	84	0	134	21	16	20	41	1.89
230821--231046	86	2.6	86	79	4	233	24	13	20	42	1.88
230900--231046	43	3.4	43	71	10	129	26	10	19	42	1.84
233553--233615	24	2.6	24	84	0	81	26	14	9	49	1.74
238450--238486	16	2.3	16	90	9	58	40	2	2	54	1.29
242043--242098	6	9.8	6	74	18	57	44	1	1	51	1.22
242036--242101	23	3.0	23	82	12	84	42	1	1	54	1.18
242055--242101	17	2.8	17	81	12	69	44	2	0	53	1.12
242031--242101	11	6.2	12	80	11	78	39	1	1	57	1.16
242708--242756	12	4.1	12	75	0	53	46	4	4	44	1.41
242770--242803	15	2.3	15	94	0	59	55	11	5	26	1.58
242999--243040	21	2.0	22	85	4	59	57	2	19	21	1.52
243851--244185	29	11.4	29	69	12	220	35	30	3	30	1.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243850--244205	59	6.1	59	88	1	511	35	30	3	30	1.76
246176--246209	5	6.8	5	96	0	59	55	0	23	20	1.43
254284--254470	15	12.3	15	74	16	161	32	27	39	1	1.66
254272--254449	9	21.8	9	71	19	113	33	28	37	1	1.67
254267--254344	24	3.2	24	98	0	147	35	28	35	0	1.58
254299--254456	33	4.9	33	89	2	214	32	27	37	1	1.68
254319--254464	9	17.9	9	68	19	61	30	27	39	2	1.68
254267--254475	24	8.7	24	75	11	108	33	26	38	1	1.65
259367--259405	19	2.1	19	90	0	60	25	20	12	41	1.88
260940--261740	162	5.0	160	81	8	808	32	10	14	42	1.81
260936--261740	321	2.5	316	82	6	885	32	10	14	42	1.80
262268--262293	2	13.0	2	100	0	52	0	50	0	50	1.00
265327--265368	2	21.0	2	100	0	84	0	50	0	50	1.00
269742--269781	21	1.9	21	89	0	62	2	20	12	65	1.38
295940--296187	60	4.2	60	90	0	390	36	12	7	43	1.72
295966--296181	30	7.3	29	67	8	130	37	13	7	40	1.74
300236--300264	4	7.2	4	100	0	58	51	24	0	24	1.48
305066--305092	8	3.4	8	100	0	54	37	0	37	25	1.57
305678--305704	8	3.4	8	100	0	54	22	11	14	51	1.73
307001--307041	16	2.5	17	81	18	52	43	2	0	53	1.13
307389--307549	80	2.0	80	100	0	322	34	27	14	22	1.94
314266--314346	31	2.6	31	86	9	114	28	11	22	38	1.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
315778--315829	25	2.1	25	100	0	104	26	0	11	61	1.30
331691--331715	4	6.2	4	100	0	50	52	24	0	24	1.48
331709--331746	18	2.1	18	95	0	67	42	5	7	44	1.56
338925--338976	15	3.1	15	76	23	59	57	5	0	36	1.23
348428--348501	30	2.5	30	100	0	148	40	28	10	20	1.86
352370--352419	24	2.0	25	96	3	93	38	4	4	54	1.38
357130--357400	142	1.9	139	92	3	456	41	17	18	21	1.90
360846--360957	56	2.0	56	100	0	224	53	10	12	23	1.69
380339--380376	14	2.7	14	91	0	58	0	7	2	89	0.57
382173--382223	23	2.3	22	80	9	59	45	0	1	52	1.12

Tables:   1   2