genome.fa.s13102.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013102.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128120, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  108682

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16--178	6	27.2	6	70	4	78	34	53	6	5	1.49
110--178	30	2.3	30	85	5	86	37	53	5	2	1.40
2066--2104	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
4827--4966	73	1.9	73	98	0	271	39	11	10	38	1.76
9122--9155	17	1.9	18	88	5	52	32	0	8	58	1.29
24029--24093	26	2.5	25	82	5	67	27	20	23	29	1.98
24082--24149	26	2.6	26	85	0	91	27	16	23	32	1.96
27504--27559	23	2.4	23	85	5	69	30	30	21	17	1.96
29128--29190	18	3.5	18	72	12	58	60	0	19	20	1.37
29139--29197	18	3.3	18	69	11	50	61	0	18	20	1.35
30561--30643	39	2.1	39	88	4	123	56	2	12	28	1.48
37561--39020	580	2.5	578	83	2	1818	34	16	14	35	1.88
39452--40429	528	1.8	531	83	6	1295	37	13	15	33	1.86
39956--41088	582	1.9	584	81	6	1344	34	14	15	35	1.88
43761--43794	15	2.3	15	94	0	59	26	23	20	29	1.99
44541--45028	123	4.0	121	84	7	608	44	8	10	36	1.68
44765--44811	21	2.2	21	81	11	51	55	2	10	31	1.46
44578--45028	246	1.8	247	90	2	728	44	7	9	37	1.67
49372--49415	20	2.2	20	92	4	72	25	2	0	72	0.96
49372--49423	20	2.6	20	87	6	61	26	1	0	71	0.97
51741--52070	30	11.2	30	67	21	130	37	5	22	35	1.76
51761--52039	58	4.8	58	77	10	264	37	5	22	34	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
51750--52047	119	2.5	117	79	10	302	36	5	22	34	1.78
51750--52009	59	4.4	58	77	13	192	36	6	23	33	1.80
51934--52090	29	5.3	29	69	18	101	40	4	21	33	1.73
51904--52090	59	3.2	58	77	8	164	39	4	21	34	1.75
52037--52123	30	2.9	29	80	14	81	40	4	22	32	1.75
52072--52131	30	2.0	30	87	6	86	38	6	25	30	1.81
52064--52141	30	2.6	28	77	15	77	35	6	25	32	1.81
53250--53304	3	18.3	3	90	0	74	36	3	0	60	1.15
53993--54064	17	4.4	17	77	5	76	54	5	1	38	1.33
54408--55149	377	2.0	377	79	6	806	30	18	12	38	1.88
57287--57317	2	15.5	2	100	0	62	48	0	0	51	1.00
63261--63563	152	2.0	152	98	0	579	38	17	9	34	1.83
66486--67942	375	3.9	374	83	6	1596	29	17	14	39	1.88
67972--68841	431	2.0	430	84	4	1128	38	14	14	32	1.87
68649--69677	383	2.7	382	80	4	1029	29	16	14	38	1.89
70455--72345	962	2.0	953	83	6	2381	33	16	14	36	1.89
71627--72354	378	1.9	380	81	2	892	28	18	13	39	1.88
73765--73804	18	2.3	18	91	4	64	40	0	2	57	1.12
79412--79494	8	10.4	8	74	10	64	78	0	19	2	0.86
79398--79458	20	3.0	20	83	7	61	81	0	14	3	0.80
79412--79460	21	2.3	21	83	16	66	81	0	18	0	0.69
79414--79480	30	2.2	30	84	12	84	80	0	17	1	0.79
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79413--79494	22	3.4	23	79	15	78	78	0	19	2	0.87
79412--79471	25	2.5	23	75	17	50	81	0	18	0	0.69
80434--80943	147	3.5	145	79	4	520	35	15	29	19	1.93
80634--81178	197	2.8	194	85	5	650	35	15	28	19	1.93
80473--81176	48	14.3	50	76	7	419	34	16	29	20	1.94
81400--81957	39	14.4	39	76	11	321	24	30	20	24	1.99
81398--81892	78	6.4	75	77	8	408	24	28	21	25	1.99
81398--81892	156	3.2	155	82	6	565	24	28	21	25	1.99
81490--81931	232	1.9	232	87	2	647	23	29	22	24	1.99
81398--81970	78	7.4	75	76	9	404	24	29	21	24	1.99
81400--81983	117	5.0	116	78	8	562	24	29	20	24	1.99
82969--83008	12	3.5	12	75	25	50	40	0	2	57	1.12
82968--83036	28	2.4	29	83	7	79	36	1	4	57	1.27
82969--83046	17	4.6	16	75	10	59	38	1	3	56	1.26
84817--84927	30	3.7	30	87	6	134	38	23	0	36	1.61
84832--85070	60	4.1	60	78	9	208	37	25	1	35	1.66
84832--85070	30	8.1	29	80	9	184	37	25	1	35	1.66
84832--85178	30	11.8	30	76	10	163	35	25	2	36	1.71
84861--85070	59	3.6	60	78	10	195	37	26	1	34	1.68
85059--85141	29	2.9	29	80	7	71	32	25	6	36	1.80
85431--85624	97	2.0	97	83	4	248	28	19	15	36	1.92
89694--90226	30	18.2	29	74	9	273	35	24	3	36	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
89973--90131	58	2.7	58	78	12	164	33	24	5	36	1.79
89705--90226	59	8.9	58	74	8	260	36	24	3	36	1.71
90460--90649	97	2.0	97	90	2	301	26	15	17	39	1.90
98349--99407	376	2.8	379	81	6	1113	29	17	14	38	1.89
101321--102785	379	3.9	377	85	3	1784	28	17	14	39	1.88
103081--103116	13	2.8	13	91	4	56	38	2	0	58	1.13
103052--103118	31	2.2	30	84	7	82	40	1	1	56	1.17
103079--103136	18	3.6	17	73	17	52	46	3	0	50	1.18
104923--105337	59	7.1	59	91	3	651	33	30	4	31	1.78

Tables:   1

The End!