genome.fa.s13251.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013251.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128271, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  539417

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1859--2071	80	2.7	80	87	0	284	20	16	28	34	1.95
6809--6846	19	2.0	19	89	0	58	39	0	5	55	1.23
12131--12168	7	5.4	7	100	0	76	15	55	0	28	1.41
19059--19090	16	2.0	16	93	0	55	18	21	25	34	1.96
19977--20010	12	2.8	12	90	0	50	17	5	0	76	0.98
19977--20010	17	2.0	17	88	11	52	17	5	0	76	0.98
21454--21608	80	1.9	80	86	2	222	36	25	16	22	1.94
22320--22357	20	2.0	20	85	15	53	57	2	0	39	1.12
24533--24561	12	2.3	13	94	5	51	0	10	0	89	0.48
35282--35387	37	2.9	37	88	2	151	36	22	17	22	1.95
43091--43271	90	2.0	90	92	2	301	38	16	10	34	1.82
53682--53756	29	2.6	29	100	0	150	29	12	16	42	1.83
59765--59801	12	3.1	12	88	0	56	32	2	18	45	1.64
61875--61974	48	2.1	48	92	0	164	37	23	19	21	1.95
66484--66701	41	5.2	41	83	4	249	26	24	10	38	1.88
66472--66701	82	2.8	82	85	3	300	26	24	10	38	1.88
70118--70209	47	2.0	47	100	0	184	46	23	3	26	1.67
74209--74233	13	1.9	13	100	0	50	72	4	0	24	1.02
74849--74894	16	2.8	17	78	12	51	13	13	6	67	1.41
75288--75348	28	2.1	30	87	6	90	9	9	19	60	1.56
75969--76609	38	16.8	38	69	11	170	26	17	21	34	1.96
76081--76214	70	1.9	70	89	1	205	22	21	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76027--76300	76	3.7	76	75	13	221	24	17	23	34	1.96
76144--76394	115	2.2	114	87	3	360	26	17	20	34	1.95
76190--76608	115	3.6	113	75	11	370	28	16	20	34	1.95
86176--86408	90	2.6	90	80	6	242	35	5	19	39	1.75
86176--86407	30	7.8	30	81	5	175	35	5	19	39	1.76
86186--86407	60	3.7	59	78	6	198	36	5	19	39	1.75
86240--86448	90	2.3	90	79	4	208	34	4	20	39	1.74
86420--86521	30	3.4	30	84	1	143	33	5	23	37	1.79
87938--88366	39	10.8	39	73	15	294	25	18	24	31	1.98
87958--88366	79	5.2	79	81	6	436	25	19	24	31	1.98
87940--88173	118	2.0	118	84	3	310	24	17	24	32	1.97
87997--88362	160	2.3	157	86	5	529	25	18	24	31	1.98
99982--100040	28	2.1	30	90	9	97	67	8	0	23	1.17
100133--100343	30	7.1	30	80	5	212	36	6	19	36	1.78
100133--100343	60	3.5	58	84	10	248	36	6	19	36	1.78
100133--100336	90	2.3	89	85	5	261	37	6	18	37	1.78
100322--100396	30	2.5	30	89	6	100	36	1	20	42	1.60
100333--100422	30	3.1	29	87	9	121	35	3	22	38	1.71
100333--100422	29	3.1	30	88	6	123	35	3	22	38	1.71
100351--100445	30	3.2	29	79	11	86	36	5	20	37	1.75
104051--104189	69	2.0	69	94	0	242	32	13	28	25	1.94
113157--113209	21	2.5	21	93	0	88	35	26	16	20	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
113781--113957	51	3.5	51	90	3	266	33	23	12	29	1.92
116023--116245	43	5.3	43	82	3	213	35	9	25	29	1.87
118713--118888	87	2.0	87	100	0	352	19	31	14	34	1.92
125007--125233	62	3.8	61	86	6	272	31	21	15	31	1.94
125124--125266	53	2.8	52	90	3	225	34	22	13	29	1.93
126033--126062	11	2.7	11	94	0	51	63	0	33	3	1.11
127334--127376	18	2.4	18	88	0	59	32	0	2	65	1.06
127744--127801	28	2.1	28	96	0	107	18	39	8	32	1.82
132111--132153	21	2.0	21	90	0	68	55	11	9	23	1.64
135318--135645	164	2.0	164	98	0	638	27	17	15	39	1.90
136653--136704	21	2.5	21	81	6	61	30	30	13	25	1.94
137371--137665	52	5.7	52	89	0	428	34	21	13	31	1.92
140836--140868	13	2.6	13	90	4	50	69	6	12	12	1.35
143419--143492	30	2.5	29	79	14	80	71	2	1	24	1.07
143428--143488	30	2.0	32	83	6	81	68	3	1	26	1.14
143408--143504	19	4.9	19	68	17	56	68	3	1	27	1.11
143580--143604	12	2.1	12	100	0	50	60	0	8	32	1.26
146329--146393	23	2.8	23	85	2	85	26	12	16	44	1.83
147738--147801	16	4.0	16	73	17	53	45	0	1	53	1.10
147851--147884	15	2.2	16	89	5	52	67	0	0	32	0.91
148941--149003	29	2.2	30	85	5	85	50	9	1	38	1.44
150532--150754	78	2.8	78	85	6	261	36	10	17	34	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151078--151188	27	3.9	29	67	14	70	52	1	6	39	1.37
151092--151131	18	2.2	18	91	8	64	55	0	2	42	1.13
151095--151131	19	2.0	18	89	5	56	56	0	2	40	1.13
151159--151225	20	3.3	20	79	6	64	50	2	4	41	1.37
151173--151204	11	3.1	11	86	13	50	50	0	0	50	1.00
151173--151224	21	2.5	20	81	6	59	51	1	3	42	1.31
151799--151855	11	5.2	11	81	8	71	24	10	0	64	1.24
153833--153897	30	2.2	30	85	0	85	44	1	3	50	1.26
153830--153908	30	2.7	29	76	7	79	43	1	2	53	1.22
154381--154406	9	2.9	9	100	0	52	76	0	0	23	0.78
160850--160960	29	3.8	29	77	4	107	18	17	38	25	1.92
160850--160974	29	4.3	30	77	2	85	18	16	39	25	1.91
161561--161605	22	2.0	22	91	0	72	35	20	2	42	1.64
166499--166632	51	2.6	52	92	1	225	28	14	23	34	1.93
170636--170669	17	2.0	17	88	11	52	29	5	0	64	1.17
170657--170701	22	2.1	21	84	8	56	15	6	4	73	1.21
176644--176691	24	1.9	26	87	8	73	39	31	6	22	1.79
191072--191146	24	3.2	23	72	11	62	13	14	21	50	1.77
191069--191160	47	2.0	47	82	0	112	13	16	22	47	1.81
191149--191206	23	2.5	24	80	8	66	12	15	22	50	1.77
191102--191252	70	2.2	69	82	7	180	12	15	23	49	1.78
191444--191681	122	2.0	122	90	0	377	29	10	25	34	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
210900--210996	32	3.2	31	81	8	119	25	2	7	64	1.30
211234--211407	60	2.9	61	83	10	223	49	9	16	24	1.75
211247--211407	61	2.7	60	84	8	211	48	8	17	25	1.75
211247--211401	31	5.1	29	69	18	102	48	8	18	25	1.75
212828--212867	21	1.9	21	85	10	55	45	5	7	42	1.54
213999--214309	68	4.6	68	76	7	274	27	19	16	35	1.94
213997--214309	136	2.3	136	82	6	368	28	19	16	35	1.94
223301--223642	146	2.3	143	83	5	402	33	20	20	25	1.97
224923--224968	19	2.4	19	85	7	58	21	2	4	71	1.14
224887--225077	104	1.8	104	83	6	253	21	5	6	66	1.35
225033--225156	46	2.7	46	76	14	123	20	3	5	70	1.23
225094--225154	28	2.3	26	83	11	70	22	1	3	72	1.09
249347--249383	11	3.4	11	88	0	56	8	27	0	64	1.21
249960--250001	11	3.8	11	87	0	57	11	33	30	23	1.91
249958--249999	22	1.9	22	95	0	75	14	28	33	23	1.94
249993--250056	7	9.1	7	84	0	74	20	26	21	31	1.98
249993--250056	21	3.0	21	81	0	83	20	26	21	31	1.98
251098--251138	3	13.7	3	100	0	82	31	0	0	68	0.90
251499--251526	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
256642--256673	16	2.0	16	93	0	55	40	31	9	18	1.83
257667--257715	3	16.3	3	100	0	98	32	0	0	67	0.91
265134--265314	91	2.0	91	93	0	308	30	21	18	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
266890--267584	49	14.2	49	77	2	502	40	19	23	16	1.91
266919--267590	147	4.6	147	79	4	611	40	19	22	17	1.91
267592--267698	49	2.2	49	100	0	214	43	14	28	13	1.83
267477--267705	114	2.0	115	81	4	266	41	15	26	16	1.88
268630--268667	15	2.4	16	82	13	51	21	0	7	71	1.11
272606--272652	21	2.3	21	85	3	60	38	27	25	8	1.85
279894--279945	17	2.9	18	86	13	72	76	0	23	0	0.78
279880--279951	29	2.6	28	82	8	85	79	0	18	2	0.86
279894--279963	35	2.0	34	86	8	97	75	0	22	1	0.88
279887--279949	23	2.7	22	83	11	72	77	0	20	1	0.85

Tables:   1   2