genome.fa.s13530.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013530.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128556, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  335120

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
460--546	9	10.1	9	66	26	55	51	0	0	48	1.00
452--546	20	4.9	20	71	23	78	51	0	1	47	1.07
461--548	27	3.1	27	85	9	106	53	0	0	46	1.00
719--745	14	1.9	14	100	0	54	14	0	11	74	1.08
1076--1151	27	2.7	28	79	4	82	47	31	2	18	1.62
1139--1188	23	2.1	24	88	3	75	50	30	2	18	1.58
20313--20582	135	2.0	132	86	3	371	28	21	18	30	1.97
26964--27068	10	10.6	10	67	17	58	31	5	1	60	1.30
26964--27081	21	5.9	21	71	17	74	31	5	1	61	1.27
27194--27240	20	2.3	20	78	10	51	61	10	0	27	1.29
29914--29982	35	2.0	35	82	0	84	49	20	4	26	1.67
31611--31673	27	2.2	28	86	5	83	46	1	1	50	1.20
31697--31752	27	2.1	27	90	6	89	46	0	1	51	1.11
44944--44980	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
47872--47943	12	6.2	12	66	18	53	36	15	12	36	1.85
47897--47977	24	3.3	23	81	8	90	40	13	12	33	1.82
47879--47960	23	3.5	23	77	11	87	37	14	12	35	1.84
48239--48274	16	2.2	17	95	5	65	44	2	8	44	1.48
49749--49940	96	2.0	96	83	8	239	36	13	20	29	1.91
50164--50516	59	6.0	59	82	7	219	32	2	30	34	1.72
50164--50515	29	12.0	29	75	10	270	32	2	30	34	1.72
52321--52433	17	6.4	18	77	7	81	51	1	1	45	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
52340--52433	35	2.7	34	80	9	100	53	2	1	43	1.19
52342--52399	11	5.1	11	79	10	55	55	1	1	41	1.20
52340--52397	6	10.0	6	73	14	50	53	1	1	43	1.21
53812--53887	6	13.0	6	79	10	86	43	1	1	53	1.17
53816--53885	17	4.1	17	83	3	86	42	1	1	54	1.18
53813--53887	23	3.2	23	83	12	82	44	1	1	53	1.17
54543--54608	9	7.0	9	74	16	53	51	1	3	43	1.26
54574--54672	27	3.5	27	74	16	85	49	3	4	43	1.36
54588--54679	31	2.8	32	82	11	98	48	3	4	43	1.38
55630--56034	30	13.8	30	76	8	316	36	26	2	33	1.70
55650--56150	59	8.6	59	79	7	450	34	28	2	34	1.73
55626--56038	29	14.1	28	73	14	277	36	27	2	33	1.70
55669--56150	29	16.5	27	72	13	213	35	28	2	33	1.72
71881--72026	77	1.9	77	84	0	193	41	11	17	28	1.85
73424--73457	17	2.0	17	100	0	68	23	5	5	64	1.38
76413--76580	88	1.9	87	86	3	239	40	19	5	34	1.76
76948--76984	18	2.1	18	90	10	58	29	8	2	59	1.40
77020--77096	10	8.0	10	75	8	52	36	3	0	59	1.16
77139--77306	89	1.9	87	80	4	194	49	8	6	35	1.59
78385--78415	6	5.2	6	96	0	53	38	0	48	12	1.42
78831--78879	26	1.9	25	91	4	80	53	4	2	40	1.32
80651--80744	10	8.7	11	69	26	51	47	2	1	48	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80655--80743	41	2.1	42	84	12	121	47	2	1	49	1.21
81698--81776	31	2.5	31	83	0	95	45	12	16	25	1.82
83955--83984	12	2.4	12	94	5	51	53	10	23	13	1.69
84512--84546	18	1.9	18	88	11	54	74	0	0	25	0.82
88887--88920	16	2.1	16	88	5	50	20	0	2	76	0.92
93132--93165	7	5.0	7	92	7	61	14	0	0	85	0.60
93133--93163	13	2.4	13	100	0	62	12	0	0	87	0.55
95348--95379	15	2.1	15	94	0	55	28	12	28	31	1.93
97184--97323	53	2.7	50	75	14	124	24	30	1	43	1.63
97863--97976	57	2.0	57	81	3	131	30	18	6	44	1.74
103986--104029	15	2.8	16	75	6	54	40	6	6	45	1.57
104827--104904	28	2.8	27	71	5	66	37	1	6	55	1.34
110123--110185	24	2.6	24	87	0	90	53	12	9	23	1.67
117020--117053	17	2.1	17	88	5	52	35	14	14	35	1.87
120167--120191	7	3.6	7	100	0	50	44	0	0	56	0.99
121860--121902	11	3.8	11	80	17	52	32	2	0	65	1.06
122119--122161	20	2.0	22	82	8	54	60	0	30	9	1.28
131156--131183	6	4.7	6	100	0	56	17	32	0	50	1.47
134127--134317	60	3.2	59	77	7	199	24	14	12	49	1.76
134523--134604	30	2.7	31	84	3	112	56	7	8	28	1.56
135118--135164	11	4.3	11	77	17	53	48	4	0	46	1.21
136387--136735	172	2.0	173	97	0	655	29	10	20	40	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
149337--149488	80	1.9	80	93	0	259	31	25	21	22	1.98
158539--158717	90	2.0	87	91	3	286	26	11	27	34	1.90
162803--162893	20	4.6	20	71	9	78	32	8	13	45	1.74
165120--165152	16	2.1	16	94	0	57	57	0	0	42	0.98
166548--166589	22	2.0	22	86	13	61	38	2	0	59	1.10
166640--166700	29	2.0	31	81	6	72	54	3	1	40	1.27
167597--167642	11	4.2	11	76	20	51	60	0	0	39	0.97
167595--167641	22	2.2	21	92	3	76	59	0	0	40	0.97
171675--171740	28	2.4	28	100	0	132	19	36	34	9	1.84
172757--172811	23	2.4	22	78	6	56	60	5	1	32	1.30
173726--173761	9	3.9	9	85	7	54	80	0	0	19	0.71
173712--173762	16	3.2	16	76	15	52	78	3	0	17	0.90
173710--173763	6	8.7	6	80	15	65	79	3	0	16	0.87
173709--173763	19	3.0	17	82	15	65	80	3	0	16	0.86
187190--187546	49	7.3	49	71	13	286	38	18	23	19	1.93
187135--187546	98	4.2	98	90	0	601	39	18	23	18	1.92
188029--188064	9	3.9	9	85	7	54	80	0	0	19	0.71
188028--188066	13	3.2	12	86	10	53	82	0	0	17	0.68
188035--188066	13	2.6	12	95	5	55	81	0	0	18	0.70
188035--188066	6	5.2	6	92	7	55	81	0	0	18	0.70
193455--193524	32	2.2	32	94	2	124	17	5	28	48	1.69
196193--196237	16	2.8	17	80	9	51	31	13	20	35	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197625--197657	16	2.1	16	100	0	66	48	18	6	27	1.71
199752--199789	15	2.6	15	83	4	51	18	13	15	52	1.74
202423--202450	12	2.3	12	100	0	56	32	7	17	42	1.77
211517--211580	13	4.8	13	70	21	51	15	1	34	48	1.55
212919--212943	13	1.9	13	100	0	50	72	8	0	20	1.10
213669--213709	19	2.1	20	86	13	59	43	0	0	56	0.99
213671--213727	24	2.4	24	76	5	62	43	1	1	52	1.21
223481--223793	117	2.7	115	75	9	280	36	4	27	31	1.77
223540--223762	58	3.8	58	80	9	217	35	3	28	32	1.74
223511--223737	29	7.8	29	70	11	117	34	4	28	32	1.78
223670--223746	28	2.7	29	82	8	104	33	1	29	35	1.66
225026--225081	20	2.7	21	91	2	87	44	3	0	51	1.18
225070--225105	3	12.0	3	100	0	72	33	0	0	66	0.92
225819--225928	17	6.4	17	73	12	89	51	6	2	39	1.42
225849--225928	6	13.7	6	69	10	58	55	3	2	38	1.32
226412--226481	36	1.9	36	82	0	86	22	18	34	24	1.96
226451--226608	78	2.0	78	80	2	174	24	19	31	24	1.98
226902--227024	48	2.6	48	93	0	201	13	28	21	37	1.90
226970--227223	98	2.6	98	82	3	307	14	25	20	38	1.91
227008--227260	98	2.6	97	82	5	287	16	24	19	38	1.93
226950--227260	98	3.2	98	78	3	261	16	25	20	37	1.93
228152--228261	17	6.9	15	69	25	50	1	15	3	79	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228151--228222	33	2.2	33	82	9	85	1	13	5	79	0.98
228163--228215	27	2.0	27	84	0	70	1	15	5	77	1.04
228181--228237	12	4.9	12	73	16	57	0	17	5	77	0.95
228184--228260	21	3.8	21	79	8	79	1	16	2	79	0.92
228184--228239	23	2.5	22	85	14	78	0	17	3	78	0.89
228170--228277	33	3.4	31	78	18	89	1	16	2	78	0.95
228149--228292	19	7.6	19	69	18	70	1	18	2	77	0.96
228230--228288	22	2.8	20	78	14	64	1	18	0	79	0.81
232819--232884	29	2.4	27	78	12	71	27	3	34	34	1.72
232892--232987	30	3.3	29	69	16	72	42	4	21	31	1.72

Tables:   1   2