genome.fa.s13611.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013611.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128638, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  263036

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
584--640	20	2.8	20	83	0	69	35	29	5	29	1.79
10838--11156	169	1.9	171	82	12	413	37	0	36	24	1.60
17846--18045	103	1.9	103	96	0	373	41	18	9	32	1.81
27682--27742	3	20.0	3	93	3	104	0	32	0	67	0.91
39434--39533	40	2.5	40	88	0	137	39	16	23	22	1.92
39625--39727	41	2.5	41	81	6	120	32	26	21	20	1.98
39751--39844	42	2.3	42	87	3	138	24	25	22	27	2.00
40903--40968	8	8.8	8	73	23	54	54	1	0	43	1.09
40902--40990	23	3.9	22	91	4	108	52	2	1	43	1.20
40917--40990	23	3.2	23	92	3	114	51	2	1	44	1.24
41098--41171	21	3.5	21	76	10	80	14	40	6	37	1.73
43158--43202	13	3.3	13	76	11	54	57	0	0	42	0.98
43158--43204	15	3.3	15	72	22	55	57	0	0	42	0.98
43299--43333	15	2.2	16	90	5	54	42	0	0	57	0.99
43299--43336	8	4.9	8	93	6	60	42	0	0	57	0.98
49207--49360	43	3.6	42	79	4	155	27	19	24	28	1.99
59244--59270	3	9.0	3	100	0	54	33	0	0	66	0.92
60358--60456	41	2.4	42	77	3	112	31	4	4	60	1.34
60441--60485	18	2.4	18	81	3	54	28	4	0	66	1.11
60384--60510	28	4.4	28	73	12	80	32	4	2	60	1.30
60507--60537	16	1.9	16	93	0	53	22	0	6	70	1.09
61971--62030	22	2.7	22	77	7	59	66	1	0	31	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
62002--62050	21	2.3	22	89	3	73	73	0	0	26	0.83
66058--66092	14	2.5	14	90	0	52	51	8	11	28	1.67
68621--68659	21	1.9	20	84	5	51	48	17	5	28	1.68
71982--72019	14	2.8	13	88	7	58	60	0	0	39	0.97
72748--72958	43	5.0	43	80	3	176	30	24	16	28	1.96
74207--74239	16	2.1	16	88	5	50	27	15	6	51	1.66
78646--78794	70	2.1	70	93	0	253	38	2	13	44	1.58
78783--78840	20	2.8	21	89	5	82	55	1	0	43	1.10
78754--79096	122	2.8	121	91	6	512	44	0	7	47	1.37
78998--79085	26	3.2	26	67	16	61	48	0	4	46	1.22
79103--79147	8	5.6	8	83	0	63	60	0	2	37	1.09
79103--79146	16	2.8	16	92	0	79	59	0	2	38	1.10
79822--79901	39	2.0	39	85	4	106	38	11	15	35	1.83
82674--82813	75	1.9	75	85	5	194	36	20	5	38	1.74
83662--83694	16	2.1	16	94	5	59	66	3	0	30	1.06
85754--86062	79	3.9	79	87	0	431	32	25	18	23	1.97
85761--86062	157	1.9	158	88	0	462	32	25	18	23	1.97
89869--89936	27	2.5	27	87	0	100	29	14	27	27	1.95
102764--102788	13	1.9	13	100	0	50	36	16	0	48	1.46
102736--102835	49	2.0	49	92	0	164	35	18	11	36	1.86
107301--107348	23	2.1	23	96	0	87	41	10	29	18	1.84
110639--110783	48	3.0	48	90	2	229	20	20	18	40	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
115184--115228	19	2.4	19	77	3	56	66	2	0	31	1.04
115668--115737	28	2.5	28	97	0	131	51	0	5	42	1.25
116036--116100	19	3.4	18	79	12	67	24	1	4	69	1.16
116074--116123	17	3.1	16	77	19	50	30	0	2	68	1.01
118779--118803	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
120328--120431	21	4.8	22	80	8	99	7	4	16	71	1.27
120360--120411	23	2.3	23	83	6	61	3	3	15	76	1.07
120435--120498	12	5.7	11	75	10	58	7	1	21	68	1.23
120435--120485	12	4.2	12	82	5	59	5	1	21	70	1.18
120330--120479	65	2.3	67	80	10	164	7	4	18	70	1.29
120324--120500	21	8.1	21	73	10	90	7	3	18	69	1.29
120616--120697	38	2.2	38	80	12	89	28	0	7	64	1.20
122144--122402	28	9.2	28	77	1	268	36	24	18	21	1.95
122084--122375	84	3.5	82	76	6	264	36	23	17	22	1.94
122349--122464	28	4.1	27	78	4	97	34	20	17	27	1.95
122136--122414	56	5.0	56	85	1	380	36	22	18	21	1.95
123910--124158	127	2.0	128	84	4	333	29	12	26	31	1.93
131777--131935	80	2.0	80	92	2	266	36	24	16	22	1.94
150445--150515	18	3.8	18	74	10	72	25	4	2	67	1.22
150445--150515	19	3.8	18	74	10	63	25	4	2	67	1.22
150918--150987	29	2.4	29	78	7	79	38	8	11	41	1.72
151315--151373	31	1.9	31	96	0	109	44	8	10	37	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
157070--157310	117	2.1	117	94	1	421	38	21	12	27	1.89
164593--164631	18	2.2	19	86	9	55	15	2	12	69	1.30
164897--164925	3	9.7	3	100	0	58	0	65	0	34	0.93
167805--167833	3	9.7	3	100	0	58	68	0	0	31	0.89
169335--169542	80	2.6	80	98	0	398	19	19	27	33	1.96
169401--169733	182	1.8	181	83	6	440	21	21	25	31	1.98
169582--169735	80	1.9	80	85	2	211	22	22	25	29	1.99
171071--171117	22	2.1	22	84	7	60	51	6	10	31	1.62
171602--171679	17	4.6	17	76	6	86	34	2	5	57	1.34
171693--171725	15	2.1	16	88	5	50	66	12	3	18	1.36
173431--173595	59	2.8	59	79	7	165	36	20	3	40	1.68
173431--173667	30	8.0	30	73	9	175	35	22	2	39	1.70
173559--173661	29	3.6	29	80	6	102	35	24	1	37	1.67
174026--174217	98	2.0	97	89	3	296	29	18	15	36	1.91
178622--178699	11	7.2	11	74	18	58	82	0	15	2	0.79
178622--178709	7	12.3	7	76	11	81	81	0	14	3	0.81
178622--178709	15	6.1	15	77	11	94	81	0	14	3	0.81
178622--178709	28	3.0	28	80	14	99	81	0	14	3	0.81
178636--178709	28	2.6	27	85	8	103	82	0	16	1	0.74
179661--180573	147	6.2	147	78	7	565	34	16	28	19	1.94
179665--180225	195	2.9	196	81	6	584	36	16	28	19	1.93
179721--180571	196	4.4	196	84	3	948	34	16	29	19	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
180532--180865	99	3.4	98	78	3	330	35	15	30	19	1.93
180607--180747	50	2.9	49	81	2	165	36	16	29	17	1.92
180000--180769	196	3.9	193	83	2	781	34	15	29	20	1.94
179904--180872	49	19.8	50	73	6	254	34	16	29	19	1.94
180635--181012	147	2.6	145	82	7	406	37	14	29	19	1.91
180931--181075	48	2.9	49	77	5	148	38	13	27	20	1.90
181327--181421	41	2.3	41	85	3	120	31	21	15	31	1.94
181410--181576	78	2.1	78	82	2	192	23	28	19	27	1.99
181622--182574	209	4.6	208	83	2	1117	38	16	22	23	1.93
181622--182571	418	2.3	418	85	2	1239	38	16	22	23	1.93
183082--183183	17	6.1	17	81	5	118	38	1	3	55	1.29
183084--183171	35	2.6	34	83	5	106	35	2	4	57	1.31
183084--183192	6	19.0	6	72	15	61	39	2	3	54	1.33
184930--185192	30	8.9	29	81	7	250	38	25	1	33	1.67
185575--185769	98	2.0	97	88	1	291	27	16	17	38	1.91
188450--188483	17	2.0	17	94	0	59	47	14	8	29	1.75
188703--188983	109	2.6	109	77	4	255	33	23	14	28	1.94
189006--189091	25	3.4	25	78	0	91	44	22	15	18	1.87
195940--195970	14	2.2	14	94	0	53	12	3	45	38	1.59
197331--197374	21	2.0	23	86	8	65	34	0	25	40	1.56
197674--197851	89	2.0	89	100	0	356	34	15	21	28	1.94
200734--200759	13	2.0	13	100	0	52	76	7	15	0	0.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201712--201741	13	2.3	13	100	0	60	16	16	20	46	1.84
208988--209050	26	2.5	24	76	16	65	63	6	3	26	1.34
211177--211280	33	2.8	38	76	19	110	26	26	20	25	1.99
211193--211279	33	2.6	33	98	0	165	24	29	20	25	1.99
216207--216241	16	2.1	16	89	5	52	54	0	0	45	0.99
217479--217518	19	2.1	19	85	0	53	80	5	0	15	0.88
222415--222457	3	14.3	3	95	0	77	65	0	2	32	1.06
229432--229547	38	3.1	38	100	0	232	24	15	28	31	1.95
238006--238055	23	2.2	23	82	7	57	70	2	4	24	1.15
238020--238074	11	5.2	11	76	8	51	65	1	5	27	1.25

Tables:   1   2