genome.fa.s13677.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013677.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128705, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  390591

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 142 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--36	2	18.0	2	100	0	72	50	0	0	50	1.00
5366--5418	21	2.5	21	84	0	61	28	30	11	30	1.91
7772--7830	26	2.2	27	88	11	86	52	11	5	30	1.59
20189--20231	21	2.0	22	86	4	61	41	2	23	32	1.67
28466--28515	20	2.5	20	81	15	50	42	14	0	44	1.44
29131--29155	13	1.9	13	100	0	50	48	8	4	40	1.51
34088--34174	34	2.6	34	83	0	111	39	34	12	13	1.83
36007--36078	2	36.0	2	94	0	117	1	2	48	47	1.25
36748--36786	18	2.3	17	86	8	53	35	12	7	43	1.72
36844--36969	57	2.2	57	88	1	180	26	19	4	48	1.69
38459--38530	3	24.3	3	85	2	92	66	6	0	26	1.16
51314--51357	22	1.9	24	86	9	65	43	2	9	45	1.48
52814--52838	10	2.5	10	100	0	50	60	8	12	20	1.57
54941--54974	17	1.9	18	88	5	52	64	5	14	14	1.46
57302--57340	15	2.6	15	83	0	51	66	2	15	15	1.36
68572--68629	12	4.4	14	77	20	54	3	24	0	72	1.00
68572--68629	25	2.2	27	84	9	84	3	24	0	72	1.00
74433--74503	30	2.4	30	92	0	115	26	25	9	38	1.87
91297--91333	15	2.5	15	95	0	65	24	35	21	18	1.96
95240--95312	29	2.5	28	78	6	92	60	5	4	30	1.38
95562--95698	4	31.8	4	69	17	55	70	5	3	20	1.21
95595--95698	15	7.3	14	75	14	72	72	3	2	21	1.14
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95589--95638	18	2.5	20	84	9	68	72	4	2	22	1.12
95595--95708	44	2.7	43	80	14	130	71	5	2	20	1.17
95648--95691	17	2.8	15	90	10	70	79	4	0	15	0.89
95649--95698	4	12.2	4	81	12	57	76	4	0	20	0.95
95984--96034	24	2.1	24	96	0	93	50	23	1	23	1.59
95988--96041	24	2.2	24	90	3	81	48	25	1	24	1.61
96635--97077	45	9.6	45	83	3	481	27	17	25	30	1.97
96672--97089	92	4.6	90	85	2	521	27	17	24	30	1.97
97254--97649	49	8.1	49	77	1	319	20	23	16	38	1.92
97222--97507	146	1.9	148	80	2	335	20	22	16	40	1.91
97254--97649	98	4.1	98	81	1	427	20	23	16	38	1.92
107775--107827	26	2.0	26	81	0	61	30	20	22	26	1.98
108832--108891	17	3.5	17	76	2	57	48	8	18	25	1.75
114325--114359	17	1.9	17	88	11	52	0	31	0	68	0.90
122396--122459	32	2.0	32	100	0	128	28	9	25	37	1.87
123787--123826	20	2.0	20	100	0	80	55	10	15	20	1.68
133039--133094	27	2.1	27	86	0	76	23	12	30	33	1.92
135684--135723	21	1.9	21	84	0	53	15	15	22	47	1.82
136125--136193	21	3.3	21	85	0	84	30	26	11	31	1.91
136866--136968	36	2.8	35	81	8	116	23	23	15	37	1.93
142634--142674	21	2.0	21	95	0	73	31	19	9	39	1.84
143267--143367	35	2.8	36	84	3	141	24	25	14	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151824--151848	12	2.1	12	100	0	50	8	32	20	40	1.81
160159--160263	51	2.1	51	94	0	183	27	25	14	32	1.94
168753--168788	16	2.2	16	90	0	54	58	11	5	25	1.54
169257--169290	18	1.9	18	88	5	52	32	29	0	38	1.58
176267--176320	24	2.2	24	77	6	65	40	1	0	57	1.09
176373--176470	11	7.6	12	70	25	51	63	2	0	34	1.06
176384--176465	28	2.9	28	77	14	87	64	2	0	32	1.07
176399--176457	25	2.3	25	82	8	66	66	1	0	32	1.02
200383--200498	53	2.2	52	79	11	121	54	0	22	23	1.45
205145--205179	18	1.9	18	88	0	52	74	2	0	22	0.95
205145--205297	10	16.3	9	69	16	80	64	1	2	31	1.19
205199--205242	21	2.0	22	82	4	54	59	0	2	38	1.10
205234--205297	19	3.5	19	77	12	80	65	3	3	28	1.23
205222--205295	18	4.2	17	75	16	62	64	2	4	28	1.25
205317--205341	13	1.9	13	100	0	50	40	16	4	40	1.67
205496--205540	19	2.3	21	81	14	60	28	13	4	53	1.59
205551--205720	9	18.4	9	68	15	55	27	1	2	67	1.15
205518--205641	47	2.7	46	79	12	137	30	4	2	62	1.29
211203--211262	23	2.5	24	82	17	72	5	21	0	73	1.02
211847--211883	16	2.3	16	95	0	65	59	8	13	18	1.58
214132--214160	14	2.0	15	93	6	51	37	13	13	34	1.85
214555--214588	17	2.0	17	94	0	59	20	29	20	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216522--216574	20	2.6	21	82	11	65	69	3	7	18	1.28
227130--227203	37	2.0	37	86	0	103	25	29	20	24	1.99
227318--227388	26	2.7	26	91	0	106	29	19	22	28	1.98
228402--228440	16	2.4	16	91	0	60	17	23	28	30	1.97
230513--230549	17	2.2	17	90	0	56	16	16	10	56	1.66
231604--231680	37	2.1	37	85	0	100	28	28	18	24	1.98
231716--231793	37	2.1	38	83	7	97	32	23	14	30	1.94
231783--231836	26	2.1	26	82	6	65	27	14	24	33	1.94
233359--233410	25	2.0	26	82	10	63	34	11	15	38	1.83
240160--240237	26	3.0	26	85	7	97	26	25	17	29	1.98
240188--240243	26	2.2	26	90	0	85	25	23	16	35	1.94
240843--240905	12	5.1	13	75	11	60	17	3	6	73	1.18
242725--242799	35	2.1	35	100	0	150	28	14	21	36	1.93
247831--247918	46	1.9	46	85	0	122	47	15	20	15	1.82
247911--247971	1	61.0	1	73	0	50	86	1	6	3	0.69
247911--247972	10	6.7	9	81	15	65	85	1	8	3	0.74
249012--249401	49	8.0	49	71	6	166	40	17	23	19	1.91
249013--249401	98	4.0	98	73	5	266	40	17	23	19	1.91
249048--249381	147	2.3	145	78	10	356	41	16	23	19	1.90
249409--249716	45	6.8	45	80	2	332	31	25	14	28	1.95
249409--250009	135	4.6	134	76	11	528	31	24	15	28	1.96
249644--249967	89	3.9	79	79	7	267	30	26	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
249732--250009	45	6.3	45	80	7	302	31	24	16	27	1.97
249734--250008	89	3.1	88	83	5	310	30	24	16	27	1.97
249732--250009	134	2.1	128	85	6	360	31	24	16	27	1.97
256394--256433	20	2.0	21	90	5	64	17	10	7	65	1.46
266791--267325	265	2.0	265	95	0	953	30	23	14	31	1.94
271907--272046	42	3.3	42	81	5	158	40	8	27	23	1.83
277039--277077	19	2.1	19	100	0	78	35	10	10	43	1.73
279135--279192	27	2.1	27	93	0	98	43	12	20	24	1.86
285617--285719	12	8.9	12	75	7	97	69	21	4	3	1.23
285603--285718	24	5.2	21	76	13	99	68	21	4	5	1.26
285603--285718	45	2.6	45	84	2	135	68	21	4	5	1.26
285616--285719	33	3.1	33	82	8	113	70	21	4	3	1.22
285617--285721	24	4.5	24	81	8	119	69	20	4	4	1.26
291176--291226	26	1.9	26	84	11	68	66	1	0	31	1.03
294931--294972	21	2.0	21	100	0	84	38	23	9	28	1.86
295683--295941	42	6.1	42	84	2	221	28	27	8	35	1.86
295771--295935	86	1.9	88	86	2	235	29	28	9	33	1.88
295762--295941	44	4.2	44	84	2	224	27	28	10	33	1.89
300521--300596	21	3.3	21	65	28	55	40	10	7	40	1.69
300534--300615	21	3.1	30	61	34	78	41	9	12	36	1.76
300514--300615	49	2.1	49	100	0	204	42	9	10	37	1.73
301229--301307	38	2.1	39	85	2	106	37	5	22	34	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
305301--305357	23	2.4	25	80	11	66	8	12	5	73	1.23
305301--305351	24	2.2	23	82	3	57	9	11	5	72	1.27
312477--312543	33	2.0	33	88	0	98	20	28	25	25	1.99
312761--312804	21	2.1	21	87	8	63	36	18	20	25	1.95
313513--313671	25	6.4	25	88	0	219	32	23	18	25	1.97
324381--324676	37	8.0	37	87	0	387	11	19	29	39	1.88
330467--330572	37	2.9	37	85	2	142	13	16	32	37	1.88
334019--334103	18	4.4	18	78	16	98	16	12	15	55	1.70
334031--334103	6	12.3	6	79	12	80	16	13	15	54	1.71
340590--340687	28	3.4	29	78	9	94	21	17	11	50	1.77

Tables:   1   2