genome.fa.s13834.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01013834.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_128862, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  21450

Tables:   1   

This is table  1  of  1  ( 62 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1--172	62	2.8	62	88	0	245	38	18	18	25	1.92
341--509	62	2.7	62	85	1	241	37	17	17	27	1.92
1--1411	340	4.1	340	83	4	1714	38	16	17	27	1.91
669--856	62	3.0	61	83	3	223	40	18	15	25	1.90
1017--1184	62	2.7	62	83	0	219	38	19	16	25	1.92
1--1411	682	2.1	682	90	1	2222	38	16	17	27	1.91
1130--3818	217	12.3	216	70	11	1455	39	15	17	27	1.90
1205--2275	430	2.5	432	78	5	1106	39	15	16	28	1.89
2210--2398	63	3.0	62	84	1	245	38	17	16	26	1.92
2567--2728	62	2.6	63	88	1	229	39	17	17	25	1.91
2002--2954	341	2.8	339	82	6	1086	38	15	17	27	1.91
2695--3818	215	5.2	215	81	4	1172	39	15	17	27	1.89
3754--3939	62	3.0	62	89	1	275	39	16	17	26	1.90
3884--9624	216	26.1	215	67	16	1512	39	15	17	27	1.90
2905--4805	986	1.9	985	81	4	2278	39	15	17	27	1.89
4957--5146	62	3.0	63	84	3	251	37	18	17	26	1.93
5298--5483	62	3.0	62	84	3	248	40	15	17	26	1.89
4789--5702	340	2.7	339	84	4	1101	39	15	17	28	1.90
5430--6566	431	2.6	430	80	4	1137	40	14	16	27	1.89
6517--6690	62	2.8	62	87	0	240	39	18	17	25	1.92
6842--7020	62	2.9	62	88	0	268	38	16	18	26	1.91
6293--7246	340	2.8	338	82	4	1073	40	15	16	27	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
6966--9624	217	12.2	216	72	12	1632	39	15	17	27	1.90
6966--8109	431	2.6	429	81	5	1295	40	14	17	27	1.89
8060--8232	62	2.8	62	84	2	213	38	16	19	26	1.92
8390--8569	62	2.9	62	87	0	279	37	16	18	27	1.92
7838--8788	340	2.8	339	83	5	1156	38	14	18	28	1.91
9632--9767	62	2.2	62	85	0	173	36	15	18	30	1.92
9397--10249	340	2.5	330	81	6	948	39	15	17	27	1.90
9935--10097	62	2.6	62	89	0	245	39	17	16	25	1.91
10044--10650	216	2.8	214	79	6	591	37	15	18	28	1.91
10755--11158	217	1.9	218	83	3	528	41	15	16	26	1.88
11109--11282	62	2.8	62	89	0	258	39	16	17	27	1.91
10884--12176	340	3.8	338	84	3	1526	39	15	17	27	1.90
11432--11622	63	3.0	61	81	6	195	37	16	18	27	1.92
11486--11622	62	2.2	63	86	1	186	37	16	18	27	1.92
11774--11959	62	3.0	62	86	1	248	38	14	18	28	1.90
11898--19214	216	33.3	216	67	15	2106	39	15	17	27	1.90
11898--13041	431	2.6	429	80	4	1149	39	15	17	27	1.89
12976--13165	62	3.0	61	78	12	208	38	15	18	27	1.91
13316--13501	62	3.0	62	85	1	248	38	15	18	28	1.91
12768--13718	339	2.8	336	83	6	1116	39	15	17	27	1.90
13440--14583	431	2.6	426	81	5	1296	39	15	17	27	1.90
14518--14707	62	3.0	62	86	2	265	37	17	18	25	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14881--15037	62	2.5	62	91	0	251	40	16	18	24	1.90
14326--15263	341	2.8	338	84	4	1163	38	15	18	27	1.91
16064--16252	62	3.0	62	83	1	236	37	17	19	25	1.93
16412--16582	62	2.8	62	82	0	207	40	16	18	24	1.91
15856--16808	341	2.8	338	82	4	1173	39	15	18	26	1.91
17609--17798	62	3.0	62	81	2	202	37	17	18	25	1.93
17950--18135	62	3.0	62	92	3	304	39	15	18	26	1.91
17401--18355	341	2.8	337	83	2	1122	39	15	18	27	1.90
18095--19214	215	5.2	214	77	7	923	39	15	17	27	1.90
18080--19214	217	5.3	213	78	6	993	39	15	17	27	1.90
19148--19338	63	3.0	64	79	10	180	38	16	18	27	1.92
19491--19676	62	3.0	62	91	1	293	37	16	19	26	1.93
18939--20292	341	4.0	341	86	2	1659	38	15	18	27	1.91
19832--20017	62	3.0	62	86	0	246	37	15	17	29	1.91
20436--20622	62	3.0	61	80	8	218	39	17	16	27	1.91
20774--20962	62	3.0	62	85	1	254	37	16	18	26	1.92
20182--21442	340	3.7	338	84	5	1500	39	16	16	26	1.90
21114--21303	62	3.0	61	80	6	204	38	15	18	26	1.91

Tables:   1

The End!