genome.fa.s14115.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014115.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129148, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  337767

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
490--525	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
8817--8981	82	2.0	82	96	0	303	31	13	21	33	1.92
19055--19131	28	2.7	29	78	6	86	45	6	15	32	1.72
21346--21528	41	4.4	41	87	2	233	39	11	26	22	1.88
22538--22573	18	2.0	18	88	0	54	52	19	8	19	1.70
23474--23658	90	2.0	91	98	1	363	32	12	9	44	1.75
23860--23900	20	2.0	20	95	0	73	19	17	4	58	1.56
27449--27565	28	4.2	29	84	7	136	32	16	16	35	1.91
27571--27677	28	3.8	28	80	6	126	25	16	23	34	1.95
27453--27614	83	1.9	84	80	6	186	29	17	19	34	1.94
27571--27680	56	1.9	57	87	1	159	24	16	23	35	1.95
27670--27738	28	2.5	28	83	6	70	24	13	20	42	1.87
30537--30664	62	2.1	62	95	2	231	46	10	10	32	1.72
30742--30790	23	2.2	22	79	10	55	38	2	28	30	1.68
33076--33108	14	2.3	15	89	5	50	60	0	3	36	1.12
41729--41980	117	2.2	116	87	4	366	26	17	16	38	1.91
41794--42027	59	4.0	60	81	8	293	29	19	16	35	1.93
41729--42012	116	2.5	114	85	6	376	28	18	16	36	1.92
42043--42306	116	2.3	114	82	9	356	35	17	18	28	1.93
42033--42313	56	4.9	57	82	7	311	35	18	18	27	1.95
42053--42344	58	5.1	57	77	5	248	34	17	18	29	1.94
42626--42655	4	7.5	4	100	0	60	26	23	50	0	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44489--44560	28	2.6	27	74	8	74	40	9	11	38	1.74
49081--49492	203	2.0	203	99	0	806	39	25	5	29	1.79
55325--55375	22	2.2	24	82	6	61	52	0	7	39	1.30
55325--55375	24	2.1	24	85	7	68	52	0	7	39	1.30
55402--55453	17	3.1	17	75	10	54	55	1	9	32	1.43
60992--61154	81	2.0	81	98	0	317	25	19	21	33	1.97
62973--63002	11	2.6	12	94	5	53	26	0	0	73	0.84
64241--64394	30	5.2	29	82	6	159	40	18	4	35	1.71
64245--64394	60	2.5	59	83	5	203	41	19	4	35	1.70
77143--77218	37	2.1	37	100	0	152	17	23	23	35	1.95
80405--80443	21	1.9	19	85	10	51	53	0	0	46	1.00
80405--80448	24	1.9	22	82	17	54	52	0	0	47	1.00
80751--80786	14	2.6	14	100	0	72	0	41	16	41	1.48
88425--88484	9	7.2	9	70	30	53	51	0	0	48	1.00
88426--88465	20	1.9	22	90	10	66	50	0	0	50	1.00
88560--88589	15	1.9	16	93	6	53	6	30	10	53	1.60
89435--89501	20	3.3	20	75	22	61	47	0	0	52	1.00
90093--90121	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
90641--90671	6	5.2	6	100	0	62	32	0	67	0	0.91
90641--90686	16	2.8	16	87	12	58	34	0	65	0	0.93
93929--94002	27	2.7	27	76	14	71	60	1	24	13	1.41
95520--95550	8	4.0	8	95	4	55	87	0	0	12	0.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95863--95982	30	4.0	30	86	6	145	37	9	23	30	1.86
95863--95982	60	2.0	60	85	3	161	37	9	23	30	1.86
97811--98002	38	4.9	39	77	9	194	26	16	24	32	1.96
97811--98002	78	2.4	78	90	0	285	26	16	24	32	1.96
98320--99016	99	7.1	99	84	1	720	18	29	15	35	1.92
98289--98881	50	12.0	49	69	6	246	18	30	15	35	1.92
98757--98915	49	3.2	49	69	6	158	21	30	12	35	1.91
107991--108031	21	1.9	22	90	5	66	75	0	9	14	1.04
111811--111985	42	4.2	42	80	2	158	29	26	11	33	1.91
114869--114933	30	2.2	30	82	0	76	49	24	13	12	1.77
116665--116739	36	2.1	35	82	9	89	61	12	4	22	1.47
118213--118291	31	2.5	31	89	4	104	37	3	17	40	1.68
118231--118293	31	2.0	31	100	0	126	38	3	19	39	1.67
118587--118764	42	4.2	42	78	3	142	36	8	28	25	1.86
118665--118847	42	4.7	39	75	16	125	37	7	27	27	1.83
118694--118835	71	2.0	71	93	2	241	40	4	29	26	1.75
118736--118793	29	2.0	29	96	0	107	46	0	29	24	1.53
118765--118846	42	2.0	42	92	0	137	36	8	26	28	1.86
128334--128371	14	2.7	14	84	11	51	10	18	2	68	1.30
130678--130719	18	2.4	18	88	4	59	19	11	9	59	1.59
133527--133588	31	2.0	31	96	0	115	30	19	25	24	1.98
133826--135063	615	2.0	618	89	1	1885	29	17	16	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
136717--136810	47	2.0	47	95	0	170	38	11	22	27	1.89
138425--138694	42	6.4	42	84	5	314	37	10	26	25	1.88
139346--139419	21	3.5	21	67	10	53	32	12	22	32	1.91
142691--142740	25	2.0	25	100	0	100	56	8	16	20	1.65
154311--154413	54	1.9	52	82	7	127	30	20	23	26	1.99
162370--162410	21	2.1	19	86	9	55	48	21	2	26	1.63
167316--167383	25	2.7	25	86	0	100	29	22	20	27	1.98
185211--185311	29	3.5	27	75	18	87	28	3	6	60	1.41
185743--185815	26	2.8	26	81	10	94	52	9	10	27	1.68
186069--186115	16	2.9	16	77	22	62	74	0	2	23	0.93
194286--194508	112	2.0	113	88	2	333	25	24	11	38	1.89
207164--207365	66	3.1	66	97	0	377	26	20	27	25	1.99
210547--210582	14	2.6	14	90	0	54	19	0	11	69	1.18
210547--210582	17	2.1	17	94	0	63	19	0	11	69	1.18
210738--210771	17	2.0	17	88	11	52	29	0	0	70	0.87
218250--218279	5	6.0	5	100	0	60	60	0	0	40	0.97
225206--225361	85	1.8	84	87	4	233	30	18	20	30	1.96
225495--225592	46	2.2	45	88	3	153	48	13	12	25	1.76
225754--225778	8	3.1	8	100	0	50	64	0	12	24	1.27
228238--228413	97	1.8	96	81	8	223	37	13	19	29	1.90
228632--228694	28	2.2	28	86	8	83	25	7	31	34	1.85
228703--228850	29	5.1	29	64	12	88	29	4	31	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
228650--229075	58	7.3	57	77	9	237	32	5	27	34	1.79
228650--228898	116	2.2	115	81	9	294	31	4	28	35	1.78
228796--229081	29	9.7	29	73	12	192	33	5	25	35	1.78
228709--229080	58	6.4	58	80	7	339	33	5	26	34	1.79
231032--231361	169	2.0	169	95	1	599	20	21	20	37	1.95
231170--231726	206	2.7	206	89	1	812	22	22	18	36	1.95
231890--232084	101	1.9	101	85	0	264	29	18	17	34	1.94
232181--232604	50	8.4	50	71	7	214	15	25	19	39	1.91
232158--232367	100	2.1	101	81	3	246	16	27	18	38	1.91
232390--232660	101	2.7	101	90	0	416	14	24	20	40	1.89
232192--232516	150	2.2	150	88	1	481	14	25	19	40	1.90
232192--232604	151	2.7	150	80	7	437	15	25	19	40	1.90
232235--232626	50	7.8	49	71	11	231	14	23	20	41	1.89
232692--232786	44	2.2	44	98	0	181	23	17	28	30	1.97
237945--238137	97	2.0	96	82	8	232	37	13	19	29	1.90
238358--238413	29	2.0	28	82	3	67	26	10	35	26	1.89
238396--238530	58	2.4	57	77	3	137	33	5	28	31	1.81
238528--238683	29	5.4	27	70	11	80	32	4	24	38	1.75
238605--238918	29	10.8	28	76	8	243	34	4	26	35	1.77
238543--238918	59	6.5	58	83	8	392	34	4	25	35	1.77
238528--238918	117	3.4	114	84	8	427	33	4	25	36	1.76
240554--240632	41	1.9	41	100	0	158	27	10	12	49	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
264785--264941	50	3.1	50	88	1	217	35	18	24	21	1.95
265018--265265	39	6.3	40	72	11	138	30	26	18	25	1.98
265018--265265	79	3.2	79	78	5	193	30	26	18	25	1.98
265043--265259	118	1.8	118	81	9	273	30	24	18	25	1.98
268048--268171	33	3.8	33	79	4	133	28	1	45	24	1.62
268070--268267	33	6.0	32	69	14	100	30	1	43	24	1.63
268303--268431	51	2.5	51	91	0	204	30	10	24	34	1.89
271191--271230	16	2.4	16	91	4	62	27	0	40	32	1.57
274060--274099	19	2.2	17	86	13	53	67	2	2	27	1.16
274103--274132	15	2.0	15	93	0	51	36	0	0	63	0.95

Tables:   1   2