genome.fa.s14132.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014132.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129165, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  300408

Tables:   1   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
10710--10792	24	3.5	24	86	6	123	24	19	25	31	1.98
12486--12514	13	2.2	13	100	0	58	20	17	13	48	1.81
20471--20528	18	3.3	18	80	2	64	50	17	8	24	1.74
20482--20573	29	3.2	29	81	3	105	47	15	14	22	1.81
23438--23503	29	2.2	30	86	2	89	50	12	6	31	1.64
26694--26731	8	4.6	8	81	18	51	26	2	0	71	1.00
32511--32565	26	2.2	25	80	9	58	49	1	1	47	1.23
32528--32569	22	2.1	19	86	13	57	45	0	0	54	0.99
32528--32566	16	2.5	15	83	8	51	46	0	0	53	1.00
33286--33337	27	2.0	26	88	11	79	53	21	11	13	1.70
36834--36873	3	13.3	3	94	0	71	2	32	0	65	1.06
48423--48475	15	3.6	14	82	12	61	79	1	16	1	0.92
48423--48464	16	2.8	15	86	10	59	83	2	11	2	0.84
48423--48464	22	2.0	21	90	4	66	83	2	11	2	0.84
57070--57120	20	2.5	20	87	0	66	35	1	21	41	1.65
64333--64455	61	2.0	61	100	0	246	34	8	18	39	1.81
67463--67524	31	2.0	31	100	0	124	48	9	19	22	1.78
69041--69120	41	2.0	41	90	2	126	27	17	21	33	1.96
74028--74075	12	3.9	12	82	17	55	2	25	2	70	1.09
91304--91356	21	2.5	21	87	6	72	32	13	22	32	1.92
98149--98200	21	2.5	20	87	12	70	26	13	26	32	1.94
98908--99059	56	2.7	56	82	4	173	21	23	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99494--99602	40	2.7	40	79	0	128	37	15	19	27	1.92
101258--101288	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
104724--104821	38	2.6	37	79	7	117	29	22	15	32	1.95
105645--105675	16	1.9	16	93	0	53	22	16	0	61	1.34
107519--109001	216	6.9	215	79	3	1351	28	16	14	41	1.87
109647--110423	43	18.4	43	78	11	678	19	32	29	16	1.94
109913--110020	34	3.2	34	91	0	171	19	36	29	14	1.92
110110--110183	34	2.2	34	92	0	121	18	36	29	14	1.91
110024--110400	120	3.1	119	80	9	425	19	32	30	16	1.95
109828--110423	163	3.7	161	82	5	654	19	33	30	16	1.94
111061--111251	86	2.2	87	85	7	246	17	34	24	24	1.96
111188--111300	53	2.2	53	81	1	129	17	33	22	26	1.96
112147--112483	29	11.6	27	71	14	133	34	24	2	37	1.71
112187--112436	29	8.6	28	77	11	148	33	22	2	41	1.67
112147--112464	58	5.5	57	76	9	236	33	23	2	39	1.69
112365--112483	57	2.1	58	82	7	145	36	24	4	34	1.75
113658--118344	216	21.8	216	82	3	4919	28	16	14	41	1.87
113658--118351	431	10.9	433	80	4	4874	28	16	14	41	1.87
118000--118699	351	2.0	349	85	2	931	28	15	14	42	1.86
117786--118916	565	2.0	566	86	2	1558	28	16	13	41	1.86
118351--120242	216	8.9	216	81	5	2051	27	16	14	41	1.87
118381--120244	430	4.4	430	83	4	2135	27	16	13	41	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117613--119108	781	1.9	779	84	3	1974	27	16	13	41	1.87
120090--120419	178	1.9	177	86	6	481	26	13	16	43	1.84
120245--129227	216	41.9	215	81	4	9366	27	16	13	41	1.86
120245--129227	431	20.9	432	81	4	9489	27	16	13	41	1.86
130723--131572	216	4.0	214	80	4	947	26	16	14	41	1.87
133072--133920	215	4.0	216	84	5	1060	26	17	14	42	1.87
135392--137419	216	9.4	216	84	1	2605	28	17	13	40	1.87
135392--137416	431	4.7	432	85	2	2699	28	17	13	40	1.87
146566--146605	15	2.6	15	80	4	53	65	0	32	2	1.06
147047--147087	18	2.3	18	87	4	57	14	17	12	56	1.68
149434--149479	22	2.1	22	100	0	92	8	21	4	65	1.38
152769--153046	30	9.4	29	75	11	226	38	1	22	38	1.62
152769--153084	59	5.4	58	75	9	232	37	1	22	37	1.64
152766--153075	29	10.6	29	76	7	250	37	1	23	38	1.65
153680--154577	216	4.2	217	85	4	1156	27	16	14	41	1.87
158284--158335	26	2.0	26	85	7	70	36	0	26	36	1.57
160235--160287	19	2.8	19	80	8	56	32	1	5	60	1.31
162072--162101	13	2.3	13	94	0	51	73	3	0	23	0.98
163581--163618	20	2.0	20	84	5	51	47	5	13	34	1.65
165748--165799	23	2.2	24	96	3	97	53	0	11	34	1.37
165758--166069	156	2.0	156	96	0	570	43	10	10	35	1.73
166788--166876	28	3.2	28	90	0	133	22	19	20	38	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
166826--166904	28	2.8	28	84	0	86	22	20	24	32	1.97
166788--166895	56	1.9	56	80	0	126	24	19	21	35	1.96
167941--167983	14	3.1	14	78	18	54	76	4	2	16	1.05
167940--167983	13	3.3	13	79	17	54	75	4	2	18	1.09
167942--168003	20	3.1	21	84	8	69	72	6	3	17	1.19
169144--169191	23	2.1	23	100	0	96	35	29	16	18	1.93
169822--169862	20	2.1	19	86	4	55	58	9	0	31	1.31
177071--177107	14	2.6	14	91	0	56	27	18	24	29	1.98
181923--182496	278	2.1	278	97	0	1096	31	26	12	29	1.93
186387--186570	89	2.1	89	93	0	314	50	13	9	27	1.72
194012--194062	26	2.0	26	100	0	102	25	7	19	47	1.76
210204--210245	21	2.0	22	85	4	59	64	4	19	11	1.44
215633--215679	21	2.2	21	88	7	69	76	8	6	8	1.15
234338--234373	11	3.1	11	88	11	54	80	0	19	0	0.71
234340--234366	13	2.1	13	100	0	54	77	0	22	0	0.76
234330--234373	24	1.9	22	90	9	70	77	0	22	0	0.77
236232--236284	22	2.4	22	100	0	106	26	18	33	20	1.96
240210--240242	12	2.6	13	85	4	50	69	12	3	15	1.30
242614--242702	27	3.3	27	90	1	144	35	21	16	25	1.94
243967--244007	21	2.0	20	86	13	57	48	9	0	41	1.36
251469--251515	22	2.1	22	100	0	94	17	31	17	34	1.92
255083--255110	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
257284--257324	22	1.9	21	85	5	55	73	4	17	4	1.19
263444--263482	15	2.4	16	87	8	53	76	2	12	7	1.09
263443--263485	16	2.6	16	82	17	52	74	2	11	11	1.17
265153--265199	24	2.0	24	95	0	85	74	4	14	6	1.17
281486--281747	38	6.9	38	71	15	166	34	22	15	26	1.94
281486--281747	76	3.5	75	82	7	289	34	22	15	26	1.94
281575--281926	183	1.9	181	88	2	535	33	25	17	23	1.96
281647--281843	105	1.9	105	91	0	322	32	24	16	25	1.96
281752--282051	78	3.9	78	87	0	431	34	26	16	23	1.95
281752--282040	155	1.9	156	88	0	436	33	27	15	23	1.95
285674--285750	39	2.0	39	100	0	154	57	9	12	20	1.63
291303--291328	11	2.4	11	100	0	52	0	7	0	92	0.39
292261--292324	29	2.4	27	82	15	71	39	1	1	57	1.17
292603--292627	12	2.1	12	100	0	50	68	8	0	24	1.16
292604--292691	41	2.1	43	85	4	117	63	11	2	22	1.38
293332--293377	24	2.0	23	86	4	65	65	0	2	32	1.05
294473--294508	17	2.1	17	100	0	72	41	5	5	47	1.50
294821--294918	23	4.3	23	90	0	160	33	4	15	46	1.64
294998--295101	36	2.9	36	88	0	154	25	12	22	39	1.89
297217--297564	48	7.3	48	84	1	421	21	29	15	33	1.94
297222--297552	24	13.8	24	80	0	358	20	29	16	33	1.94
297217--297552	72	4.7	72	82	0	422	21	29	15	33	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
299269--299510	23	10.4	23	81	9	233	45	19	23	12	1.84

Tables:   1

The End!