genome.fa.s14229.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014229.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129262, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  552652

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15595--15657	21	2.9	21	77	9	63	28	1	0	69	0.97
15624--15661	13	3.0	13	82	17	53	21	0	0	78	0.74
16642--16736	28	3.4	28	79	5	120	52	6	9	31	1.59
17652--17689	15	2.5	16	87	8	53	34	0	7	57	1.28
18754--18799	6	7.7	6	100	0	92	52	15	32	0	1.43
18589--18942	189	1.9	189	93	1	611	29	20	35	14	1.93
24489--24518	6	5.0	6	91	0	51	86	13	0	0	0.57
31227--31289	29	2.2	29	85	0	90	34	15	9	39	1.80
35361--35420	21	2.9	21	97	0	111	55	3	10	31	1.50
36477--36540	32	2.0	32	96	0	119	35	12	1	50	1.50
37554--37604	19	2.7	19	77	19	54	49	0	0	50	1.00
37549--37606	15	3.6	15	72	17	53	50	0	0	50	1.00
37585--37664	14	5.3	15	72	18	51	48	1	3	46	1.28
37772--37797	13	2.0	13	100	0	52	38	0	0	61	0.96
41873--41935	30	2.1	30	87	0	90	38	4	12	44	1.64
49060--49349	145	2.0	145	98	0	562	41	16	9	31	1.81
52401--52600	97	2.0	98	91	3	321	30	17	19	33	1.94
59855--59968	7	16.6	7	73	10	74	27	0	28	43	1.55
59858--59923	27	2.4	27	83	11	82	25	0	25	48	1.51
59859--59968	21	5.3	21	73	13	86	26	0	28	45	1.54
59855--59968	13	8.3	13	68	11	61	27	0	28	43	1.55
67548--67581	6	5.7	6	92	0	50	58	0	32	8	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67548--67581	12	2.8	12	90	0	59	58	0	32	8	1.29
67601--67640	21	1.9	21	84	0	53	30	0	22	47	1.52
73122--73185	33	1.9	34	90	3	103	56	4	3	35	1.36
72997--73309	157	2.0	160	87	4	456	38	8	10	42	1.69
73151--73427	128	2.2	127	82	5	341	35	9	11	44	1.72
87161--87345	96	1.9	96	84	6	250	37	13	18	30	1.90
87698--88134	29	14.9	29	75	5	326	34	2	27	36	1.70
87698--88112	58	7.1	59	82	5	468	34	2	26	36	1.71
89976--90030	17	3.2	17	80	12	67	43	3	0	52	1.18
89981--90046	23	2.9	23	80	13	66	50	6	0	43	1.27
90009--90051	11	3.8	11	78	6	50	51	9	0	39	1.34
89983--90051	17	4.0	17	85	7	86	49	7	0	43	1.30
89985--90050	6	11.3	6	76	12	66	51	6	0	42	1.26
90024--90063	17	2.4	17	86	0	53	55	12	0	32	1.38
92681--92716	18	1.9	19	94	5	65	44	0	0	55	0.99
93487--93539	24	2.3	23	78	12	56	41	1	3	52	1.30
98220--98261	9	4.6	9	80	16	50	26	0	4	69	1.08
98496--98574	39	2.0	39	87	0	113	35	27	0	36	1.57
104678--104708	16	1.9	16	93	0	53	64	6	16	12	1.47
107079--107103	12	2.1	12	100	0	50	52	32	8	8	1.60
116783--116851	31	2.2	32	80	12	81	52	4	2	40	1.36
122807--122852	23	2.0	22	83	4	56	41	6	2	50	1.40
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
124124--124161	19	2.0	19	100	0	76	31	15	10	42	1.81
138448--138482	6	5.8	6	86	0	52	82	0	17	0	0.66
141498--141525	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
141915--141968	28	2.0	27	82	7	65	50	0	0	50	1.00
142856--142911	10	5.7	10	73	10	53	69	5	1	23	1.18
142866--142929	21	3.2	20	76	8	58	70	4	1	23	1.15
142866--142929	20	3.1	21	73	8	51	70	4	1	23	1.15
153343--153385	19	2.2	20	79	12	52	62	2	2	32	1.20
153491--153590	8	11.9	8	74	18	80	59	3	1	37	1.20
155730--155912	61	3.0	61	92	4	318	36	25	12	26	1.91
165119--165243	29	4.2	30	76	10	121	26	7	8	57	1.55
165167--165247	31	2.6	29	79	11	90	25	12	8	53	1.67
165477--165577	51	2.0	51	88	0	148	56	8	10	23	1.62
165515--165559	20	2.1	21	84	12	56	64	6	6	22	1.41
166834--166897	28	2.2	30	86	8	87	26	0	29	43	1.55
168757--168880	8	15.0	8	68	14	56	37	0	2	58	1.17
168828--168880	27	2.0	25	85	7	70	41	0	3	54	1.18
168831--168897	20	3.5	19	78	15	68	40	0	5	53	1.25
168831--168902	10	7.5	10	72	21	57	38	0	5	55	1.23
179237--179453	71	3.1	70	63	17	162	39	5	5	49	1.49
179149--179549	138	2.9	138	92	0	649	41	4	5	49	1.45
190885--190923	13	2.9	13	81	7	51	41	5	5	48	1.47
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
193201--193236	15	2.5	15	90	4	56	13	2	0	83	0.76
205603--205657	19	2.8	20	78	18	62	38	0	0	61	0.96
205571--205673	49	2.0	53	83	10	135	38	0	0	60	1.04
205615--205685	33	2.2	33	87	7	101	40	1	0	57	1.07
206066--206097	16	2.0	16	93	0	55	43	3	0	53	1.16
207966--207998	18	1.9	18	88	11	52	54	0	3	42	1.15
212650--212684	17	2.0	18	88	5	54	77	2	14	5	1.07
213303--213345	10	4.4	10	82	14	54	74	2	13	9	1.16
213309--213356	18	2.6	19	87	6	64	72	2	12	12	1.20
214005--214042	16	2.3	16	86	13	51	84	10	2	2	0.83
214405--214448	6	7.3	6	94	0	79	34	15	47	2	1.58
218697--218814	44	2.6	45	69	7	114	41	22	13	22	1.89
221529--221568	19	2.1	19	85	0	53	60	2	2	35	1.24
221529--221579	22	2.3	21	78	15	50	62	1	3	31	1.24
222100--222138	15	2.6	16	84	12	55	71	0	23	5	1.05
230052--230126	36	2.0	37	87	7	107	13	18	28	40	1.88
230617--230672	12	4.7	12	78	8	60	1	21	35	41	1.64
238651--238764	55	2.1	55	100	0	228	29	14	18	37	1.90
242395--242446	26	2.0	26	85	10	72	26	0	5	67	1.13
242424--242453	13	2.4	12	94	5	51	30	0	10	60	1.30
242750--242837	31	2.8	31	79	3	88	44	9	20	26	1.81
242770--242870	31	3.4	31	71	20	106	47	7	18	25	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
243807--243846	11	3.6	11	89	0	62	52	42	0	5	1.23
243870--243936	29	2.3	28	80	12	73	53	35	0	10	1.35
243886--243937	21	2.5	22	84	6	72	50	38	0	11	1.39
243887--243936	22	2.4	21	83	6	66	50	40	0	10	1.36
243991--244036	14	3.3	14	84	9	58	26	23	19	30	1.98
244382--244432	14	3.7	14	75	12	52	19	0	25	54	1.44
248060--248161	51	2.0	51	98	0	195	33	22	7	36	1.83
251002--251063	24	2.5	24	73	17	65	54	1	0	43	1.09
251557--251824	134	2.0	131	93	2	455	38	15	14	30	1.88
256689--256718	13	2.3	13	94	0	51	23	3	0	73	0.98
262205--262237	2	16.5	2	100	0	66	0	48	0	51	1.00
267805--267857	22	2.4	22	93	0	88	18	13	5	62	1.50
282127--282158	6	5.3	6	100	0	64	0	65	0	34	0.93
286858--286898	14	2.7	15	85	14	50	17	12	0	70	1.16
290418--290860	218	2.0	218	96	0	814	27	11	15	44	1.81
302026--302063	19	2.1	18	85	14	51	10	5	2	81	0.94
311107--311145	20	2.0	20	85	10	53	71	2	0	25	0.98
315182--315221	10	3.9	10	83	3	53	32	5	0	62	1.17
316727--316768	19	2.2	19	83	8	50	78	4	2	14	1.01
317332--317421	47	2.0	46	83	14	116	22	2	3	72	1.11
334462--334486	13	1.9	13	100	0	50	44	0	0	56	0.99
334473--334514	19	2.1	19	86	8	57	52	0	0	47	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
338527--338716	41	4.7	41	76	3	152	36	14	26	22	1.93
341781--341849	31	2.2	31	94	5	122	43	8	8	39	1.66
343613--344030	206	2.0	210	94	3	740	36	16	11	35	1.85
359000--359039	19	2.1	19	100	0	80	75	10	5	10	1.19
366399--366447	26	1.9	26	83	4	64	48	8	6	36	1.58
372225--372260	16	2.1	16	90	10	54	44	0	0	55	0.99
372496--372555	30	2.0	30	90	0	93	36	13	16	33	1.88
373093--373121	3	9.7	3	100	0	58	0	34	0	65	0.93
383381--383418	19	2.0	20	85	15	53	65	0	0	34	0.93
383381--383419	20	2.0	20	85	10	53	66	0	0	33	0.92

Tables:   1   2