genome.fa.s14230.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014230.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129263, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  620973

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
487--532	18	2.6	18	92	0	74	43	8	19	28	1.80
2377--2615	41	5.8	41	77	5	225	34	17	23	24	1.96
6467--6579	43	2.6	43	81	5	138	30	18	24	26	1.98
13615--13776	24	6.6	24	68	13	96	29	22	14	34	1.93
15430--15578	66	2.3	66	92	0	244	31	19	21	27	1.97
23128--23165	16	2.3	17	86	4	51	34	2	0	63	1.09
34118--34497	195	2.0	196	82	6	470	27	18	25	27	1.98
37188--37243	27	2.1	27	100	0	112	26	25	10	37	1.88
41468--41503	2	18.0	2	100	0	72	50	50	0	0	1.00
45605--45682	39	2.0	39	94	0	138	28	12	20	38	1.89
49931--49964	18	1.9	17	88	5	50	55	2	11	29	1.50
55441--55683	89	2.7	89	84	5	285	32	2	23	41	1.69
55595--55646	17	3.3	17	65	29	51	34	0	19	46	1.50
55481--55688	59	3.5	59	83	5	256	34	1	23	40	1.66
55441--55687	30	8.3	30	84	2	237	33	3	22	40	1.70
55455--55697	120	2.0	120	85	0	326	34	2	21	41	1.68
57332--57456	40	3.1	40	82	4	162	26	18	24	31	1.98
57569--57704	50	2.7	50	86	2	166	19	22	21	36	1.96
66473--66582	24	4.6	24	89	0	166	28	22	24	24	2.00
71392--71445	21	2.6	21	85	5	65	29	11	24	35	1.90
76702--76751	20	2.4	21	81	15	52	50	0	8	42	1.32
80114--80182	4	17.5	4	73	23	58	24	2	0	72	0.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80119--80177	15	3.8	16	77	16	61	23	3	0	72	0.99
80139--80177	11	3.6	11	86	13	55	20	5	0	74	1.01
80120--80182	29	2.3	27	81	8	74	22	3	0	74	0.96
81350--81382	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
81350--81414	24	2.9	24	80	13	59	40	3	6	50	1.43
89575--89743	30	5.7	29	81	6	176	37	2	20	39	1.68
89703--89762	30	2.1	28	84	9	77	45	1	16	36	1.58
92454--92501	19	2.5	19	100	0	96	25	16	22	35	1.95
95361--95476	40	2.9	40	84	0	151	23	20	4	51	1.65
96842--96875	18	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
99857--99913	10	5.2	11	82	18	66	28	0	0	71	0.86
99878--99906	5	5.8	5	100	0	58	20	0	0	79	0.74
104255--104294	21	1.9	21	85	10	55	70	5	7	17	1.30
106680--106725	24	2.0	23	82	4	56	15	4	6	73	1.19
108028--108200	30	5.7	29	75	13	152	30	4	26	39	1.74
108028--108200	60	2.9	60	87	4	233	30	4	26	39	1.74
109837--111365	39	38.5	42	76	11	1185	26	16	26	30	1.97
109930--111365	119	12.0	120	78	8	1112	25	17	26	30	1.97
111462--111638	49	3.6	49	76	4	176	19	28	15	36	1.93
111610--111777	49	3.4	49	69	9	135	19	29	13	36	1.91
111462--111829	99	3.7	98	77	5	357	20	27	15	36	1.93
111452--111875	99	4.3	99	77	5	306	19	27	16	36	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111452--111875	198	2.2	197	78	3	433	19	27	16	36	1.93
112302--112714	112	3.7	112	88	3	616	37	9	21	30	1.85
112302--112719	223	1.9	224	91	1	687	38	9	21	30	1.85
113961--114015	11	5.0	11	84	0	74	0	16	0	83	0.64
114035--114080	14	3.3	14	80	17	51	6	17	2	73	1.14
118213--118338	30	4.2	30	79	6	114	34	8	22	34	1.85
118554--118605	24	2.2	24	86	6	70	26	25	21	26	1.99
119859--119898	17	2.3	18	86	4	55	47	2	2	47	1.29
119958--120005	23	2.1	23	88	7	71	41	2	0	56	1.11
120049--120088	20	2.0	21	90	5	64	52	2	0	45	1.14
120063--120109	18	2.6	19	77	12	55	46	4	2	46	1.34
120166--120207	16	2.7	15	82	14	50	45	0	0	54	0.99
125575--125684	54	2.0	54	92	0	184	29	23	7	40	1.81
126025--126090	28	2.4	28	94	0	114	31	25	18	24	1.97
126042--126096	28	2.0	28	88	0	83	30	23	16	29	1.96
131284--131331	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
131394--131495	22	4.4	22	81	7	114	10	21	23	44	1.84
131426--131504	26	3.2	26	82	7	94	11	26	22	39	1.88
136809--136921	23	4.9	23	80	4	102	42	19	3	34	1.68
136809--136921	46	2.5	45	78	4	118	42	19	3	34	1.68
143863--143899	3	12.3	3	100	0	74	67	0	32	0	0.91
145628--145683	24	2.2	27	81	12	73	44	12	8	33	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
145631--145682	26	2.1	26	85	7	72	42	13	7	36	1.73
145605--145682	25	3.1	26	73	14	74	39	10	12	37	1.78
148144--148195	21	2.5	21	93	0	86	26	30	13	28	1.94
149469--149639	24	7.1	24	88	0	216	30	25	15	28	1.96
151993--152036	23	1.9	23	85	0	61	40	25	22	11	1.87
154692--154838	24	6.1	24	86	3	170	26	19	20	34	1.96
154692--154838	48	3.1	48	85	2	188	26	19	20	34	1.96
155904--156084	91	2.0	91	90	2	283	45	15	11	27	1.80
158067--158091	3	8.3	3	100	0	50	0	32	0	68	0.90
159265--159331	23	3.2	23	65	30	67	32	25	17	23	1.97
159211--159475	40	6.6	40	84	2	300	36	21	17	24	1.94
159253--159317	21	3.2	21	65	30	59	32	24	21	21	1.98
159211--159456	120	2.1	119	85	3	332	36	21	17	24	1.95
166157--166386	40	5.8	40	79	1	219	36	20	15	27	1.93
166134--166398	80	3.3	79	78	4	255	37	20	13	27	1.91
166118--166424	40	7.7	41	76	4	200	37	19	14	27	1.92
166173--166424	120	2.1	120	82	5	296	36	20	14	28	1.92
175976--176215	28	8.5	29	76	12	116	32	19	4	44	1.70
176188--176234	14	3.4	14	71	11	51	31	19	4	44	1.70
176008--176235	28	8.1	28	80	9	234	33	19	4	42	1.71
177166--177208	17	2.5	17	85	11	52	0	18	4	76	0.95
177794--177836	17	2.5	17	84	0	50	58	16	9	16	1.63
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
178233--178280	15	2.9	16	81	9	53	2	33	4	60	1.27
185644--185869	28	8.1	28	79	10	223	33	18	5	42	1.73
185670--185717	14	3.4	14	75	13	53	29	20	2	47	1.61
188566--188859	151	1.9	151	89	1	455	42	21	15	21	1.89
190078--190150	37	2.0	36	94	2	128	20	28	2	47	1.64
190545--190573	14	2.0	15	93	6	51	10	6	6	75	1.17
197942--197977	15	2.3	16	90	4	56	66	0	33	0	0.92
198275--198321	24	1.9	25	86	4	69	65	8	21	4	1.37
199061--199100	14	2.6	15	85	14	55	82	0	17	0	0.67
199061--199099	13	3.0	13	81	11	53	82	0	17	0	0.68
201783--201823	21	2.0	21	95	0	73	31	9	17	41	1.82
202106--202172	23	3.0	23	88	2	91	49	19	2	28	1.63
202107--202179	22	3.3	22	84	1	83	49	19	2	28	1.62
216378--216577	43	4.6	42	86	3	220	30	24	10	36	1.88
216423--216580	45	3.6	45	87	3	182	30	24	10	35	1.88
216385--216577	88	2.2	85	82	5	217	30	23	9	36	1.86
230780--230816	19	2.0	18	89	5	56	62	8	5	24	1.44
231084--231125	15	2.8	15	82	10	50	73	7	2	16	1.15
231937--231978	23	1.9	23	85	9	61	40	11	16	30	1.85
231959--231993	18	1.9	18	94	0	61	31	11	20	37	1.88
232102--232163	30	2.1	30	84	6	81	22	30	0	46	1.52
237519--237548	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239782--239827	17	2.7	17	79	0	56	21	17	10	50	1.77
240373--240408	12	3.3	11	88	11	56	80	0	19	0	0.71
242063--242092	14	2.2	14	94	5	53	30	23	10	36	1.87
245608--245642	14	2.5	14	90	0	52	68	0	5	25	1.11
249750--249805	23	2.4	23	87	0	85	28	14	25	32	1.94
250229--250279	14	3.8	14	79	7	52	21	25	29	23	1.99
250490--250587	23	4.4	22	75	12	83	36	19	16	27	1.93
250490--250587	45	2.2	45	92	0	160	36	19	16	27	1.93
250495--250580	23	3.8	23	80	9	104	34	19	18	26	1.95
252523--252731	28	7.5	28	67	14	117	22	16	26	34	1.95

Tables:   1   2