genome.fa.s14274.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014274.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129307, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  333927

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
507--585	3	26.0	3	87	2	113	62	1	1	35	1.12
1600--2209	30	20.6	29	80	10	657	34	30	3	31	1.73
1592--2214	236	2.6	235	87	3	919	34	30	3	31	1.73
1600--2218	59	10.5	59	86	4	820	34	30	3	31	1.74
2351--3650	655	2.0	645	100	0	2510	30	18	12	38	1.87
14720--15058	181	1.9	181	93	0	579	35	23	19	21	1.96
15042--15101	31	1.9	31	86	6	86	31	21	25	21	1.98
15688--15739	23	2.3	22	83	3	59	38	0	5	55	1.24
15702--15756	17	3.2	16	85	10	65	41	0	3	54	1.18
16452--16506	3	18.0	3	81	3	65	60	1	1	36	1.18
16762--16786	7	3.6	7	100	0	50	0	12	60	28	1.32
17493--17700	29	7.4	29	76	14	202	34	32	2	30	1.73
17496--17666	50	3.2	50	86	10	216	34	32	2	30	1.71
17538--17577	20	2.0	20	90	0	62	27	37	2	32	1.70
17525--17577	21	2.6	21	87	3	72	32	37	1	28	1.68
17559--17700	58	2.4	60	90	2	225	35	30	3	30	1.75
17559--17700	59	2.4	58	89	6	214	35	30	3	30	1.75
17546--17680	30	4.6	30	82	6	168	34	31	2	31	1.70
25523--26701	209	5.7	209	87	2	1579	37	18	21	22	1.94
25524--26701	419	2.8	418	87	2	1640	37	18	21	22	1.94
27099--27194	17	5.6	18	83	6	94	35	2	4	58	1.29
27119--27194	6	13.3	6	68	10	52	36	2	3	56	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28938--28994	30	1.9	30	82	7	71	40	21	1	36	1.63
29004--29104	29	3.4	29	77	12	98	41	25	0	31	1.62
29012--29143	29	4.5	28	70	13	97	37	25	2	34	1.68
29012--29127	59	2.0	59	84	6	155	37	26	1	33	1.67
37653--37692	20	2.0	20	100	0	80	35	25	10	30	1.88
53099--53142	14	2.8	16	80	16	56	52	0	0	47	1.00
54615--54678	24	2.5	24	82	10	65	50	1	1	46	1.20
54645--54867	114	2.0	114	83	3	288	45	7	1	44	1.42
54760--55044	144	2.0	144	97	0	534	44	7	5	41	1.56
54785--55113	144	2.3	140	82	8	346	44	7	5	41	1.55
55099--55140	21	2.0	20	90	4	66	54	9	0	35	1.33
61900--61958	29	2.0	29	86	3	82	54	13	3	28	1.55
62068--62108	17	2.4	18	80	12	50	68	0	0	31	0.90
62787--62918	66	2.0	66	98	0	255	28	31	12	28	1.92
71702--71734	12	2.8	12	95	0	57	21	15	33	30	1.94
78339--78390	3	16.7	3	80	7	50	61	1	0	36	1.07
78350--78390	16	2.6	16	92	0	64	58	0	0	41	0.98
78348--78390	19	2.3	19	91	0	68	60	0	0	39	0.97
79423--79621	29	6.8	29	66	16	97	32	24	3	40	1.70
79423--79680	59	4.4	58	78	4	225	32	24	3	39	1.72
79418--79680	117	2.2	118	77	7	268	32	24	3	39	1.73
81121--81147	12	2.2	12	100	0	54	37	14	18	29	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
91042--91123	17	4.8	17	80	0	92	43	3	3	48	1.38
91094--91143	24	2.1	23	85	3	64	48	0	4	48	1.20
92116--92165	26	2.0	26	92	4	84	64	0	22	14	1.29
92248--92329	21	3.6	21	69	20	65	28	18	39	14	1.90
92231--92336	49	2.2	49	100	0	212	25	17	42	14	1.87
92988--93238	30	8.5	28	80	7	223	35	27	4	32	1.77
92985--93355	59	6.3	59	81	8	348	33	29	5	31	1.79
92982--93362	29	12.9	30	74	16	291	33	29	4	32	1.79
93631--93811	96	1.9	96	85	6	251	30	19	13	36	1.90
94366--94785	49	8.5	49	71	12	243	38	18	27	15	1.92
94373--94785	99	4.2	99	82	5	414	37	19	27	15	1.92
95279--95372	6	16.0	6	69	8	59	42	3	2	52	1.29
95289--95339	17	2.9	17	80	8	59	33	1	3	60	1.26
95323--95366	23	1.9	23	85	0	61	45	4	2	47	1.35
96117--96168	3	16.7	3	80	7	59	63	1	0	34	1.06
96120--96168	16	3.1	16	84	0	62	63	2	0	34	1.06
96126--96168	19	2.3	19	95	0	77	62	0	0	37	0.95
96098--96166	13	5.2	13	78	16	61	57	1	1	39	1.16
97196--97386	59	3.2	59	82	8	203	31	25	2	40	1.69
97197--97386	29	6.4	29	72	11	120	31	25	2	40	1.69
97250--97387	29	4.7	30	77	9	124	30	26	2	39	1.71
104184--104261	21	3.7	21	98	0	147	6	19	30	43	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104188--104330	37	3.7	37	81	8	126	11	18	29	41	1.85
104304--104350	21	2.2	21	92	0	76	10	19	29	40	1.85
105396--105426	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
114131--114316	82	2.3	83	84	4	243	40	15	27	17	1.89
114131--114316	40	4.5	40	75	9	178	40	15	27	17	1.89
115479--115619	42	3.3	41	83	6	160	41	14	28	15	1.86
119699--119750	26	2.0	26	100	0	104	42	0	15	42	1.47
122314--122438	66	1.9	66	86	0	178	40	19	25	14	1.89
122713--123010	42	7.0	43	83	5	338	28	16	26	28	1.97
122726--123010	84	3.4	84	84	2	376	27	17	27	28	1.98
127659--127770	40	2.8	40	86	0	152	29	18	25	25	1.98
128542--128601	17	3.6	16	82	8	66	38	3	3	55	1.33
128536--128601	11	5.8	11	74	12	53	37	3	3	56	1.30
129837--129905	36	1.9	36	90	0	111	33	30	18	17	1.94
130277--130528	58	4.3	58	80	7	219	35	25	2	36	1.69
130278--130528	30	8.5	29	77	13	192	35	25	2	37	1.69
130437--130545	29	3.8	29	78	9	80	36	24	1	36	1.67
130266--130551	30	9.7	30	76	12	107	34	26	2	36	1.71
130264--130553	58	4.9	59	75	9	157	34	26	2	36	1.71
130808--130999	97	2.0	95	85	4	260	27	18	16	36	1.93
136622--136955	49	6.8	49	79	3	267	35	16	29	19	1.93
136622--136892	148	1.8	148	80	4	323	33	14	30	21	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
137244--137497	78	3.2	77	78	4	269	25	29	17	26	1.98
137204--137497	39	7.5	39	68	14	149	24	28	19	27	1.98
137509--138283	39	19.9	37	69	16	392	25	29	18	25	1.98
137442--137575	64	2.1	64	86	5	182	23	30	19	26	1.98
137364--138106	156	4.9	143	80	6	410	25	30	18	26	1.98
137505--138300	78	10.2	78	82	3	825	25	30	18	25	1.98
137505--138300	156	5.1	156	82	3	945	25	30	18	25	1.98
138759--138821	17	3.7	16	77	12	63	41	3	3	52	1.33
138747--138821	6	13.0	6	77	13	59	40	2	4	53	1.34
140500--140792	30	9.9	30	80	6	226	33	27	4	34	1.78
140591--140796	59	3.5	59	82	7	244	33	26	4	35	1.76
140549--140781	29	7.9	30	80	6	219	32	27	4	35	1.78
140501--140837	30	11.4	30	77	10	123	34	27	4	34	1.76
140566--140817	58	4.3	57	78	8	226	33	25	4	36	1.76
146687--146732	3	15.3	3	100	0	92	65	0	0	34	0.93
146937--146966	2	15.0	2	100	0	60	0	0	50	50	1.00
148431--148468	12	3.4	11	89	10	51	0	28	0	71	0.87
156968--157007	20	2.1	19	85	4	53	70	5	12	12	1.33
163132--163195	31	2.1	31	82	5	76	26	14	7	51	1.69
163819--163884	31	2.2	31	83	2	80	31	16	13	37	1.88
165438--165475	15	2.5	15	84	12	51	31	10	0	57	1.32
186364--186395	16	2.0	16	93	0	55	71	0	0	28	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
189516--189575	31	1.9	31	89	0	93	36	18	18	26	1.94
192520--192639	59	2.0	59	93	0	204	25	28	1	44	1.64
202595--202651	18	3.2	18	79	0	69	64	5	22	7	1.38
202760--202863	28	3.7	27	82	5	118	30	13	18	37	1.89
202739--202862	14	8.9	14	67	10	56	31	15	19	33	1.93
205356--205422	30	2.1	30	86	8	89	26	5	23	43	1.77
209266--209341	26	3.0	26	92	1	118	32	17	25	25	1.96
210572--210631	29	2.1	28	84	3	75	20	1	25	53	1.55
214648--214884	52	4.6	52	88	4	338	25	13	24	35	1.93
216895--216948	18	3.0	18	83	0	72	59	3	29	7	1.42

Tables:   1   2