genome.fa.s14289.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014289.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129323, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  627727

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2170--2207	9	4.2	9	83	9	51	28	7	0	63	1.23
4597--4631	16	2.2	16	94	0	61	20	5	8	65	1.40
4592--4632	16	2.4	16	84	8	55	17	4	9	68	1.35
10178--10369	52	3.7	52	84	4	228	33	21	13	31	1.92
14149--14205	29	2.0	28	90	10	89	66	3	19	10	1.36
16601--16651	24	2.1	24	82	10	59	13	45	1	39	1.55
20972--21102	65	2.0	65	98	0	253	31	20	19	29	1.97
31034--31241	41	5.1	41	89	1	303	25	22	12	39	1.89
34992--35031	17	2.4	17	87	8	55	25	17	7	50	1.72
36503--36557	28	2.0	28	92	7	94	23	27	18	30	1.97
39312--39431	60	2.0	60	96	0	222	30	17	17	35	1.93
59120--59214	40	2.3	40	81	16	115	33	7	10	48	1.65
59120--59214	20	4.7	20	77	16	97	33	7	10	48	1.65
59862--59954	37	2.5	37	80	5	98	31	31	16	21	1.95
60064--60121	26	2.3	26	84	3	73	36	20	15	27	1.93
66460--66518	21	2.9	20	78	14	66	10	20	1	67	1.28
77329--77547	37	5.9	37	90	0	312	32	25	12	29	1.92
86983--87110	66	1.9	66	88	0	193	41	16	14	28	1.87
88171--88208	18	2.1	18	85	9	51	23	7	15	52	1.69
88363--88410	12	3.8	12	81	10	60	37	0	2	60	1.09
90283--90656	29	12.8	29	74	13	311	35	26	2	35	1.71
90279--90656	59	6.4	59	85	5	441	34	26	2	35	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
90279--90738	176	2.6	176	81	9	512	34	26	3	35	1.73
90282--90656	117	3.2	115	85	6	461	35	26	2	35	1.71
90614--90703	29	3.1	29	71	7	85	34	23	7	34	1.84
102385--102774	50	7.8	48	68	16	206	38	21	26	13	1.90
102389--102766	100	3.8	99	89	2	535	38	21	26	13	1.90
102589--102962	180	2.1	180	93	1	642	37	20	28	13	1.91
102695--102862	80	2.1	80	96	0	309	38	20	27	13	1.89
102767--103015	100	2.5	100	89	1	385	36	21	28	13	1.91
102791--103026	50	4.8	48	73	14	160	36	22	28	13	1.91
102495--103015	280	1.9	278	87	4	771	38	21	27	13	1.90
102940--103033	48	1.9	48	89	2	143	41	24	24	9	1.84
102938--103075	49	2.8	48	81	2	150	36	22	26	13	1.92
103400--103425	7	3.7	7	100	0	52	46	11	11	30	1.76
103989--104021	17	1.9	17	93	0	57	75	3	0	21	0.93
105957--105994	18	2.1	18	90	9	60	23	2	5	68	1.23
115843--115882	20	2.0	20	90	0	62	32	25	5	37	1.77
116068--116106	20	2.0	20	84	0	51	28	28	10	33	1.90
128220--128277	22	2.6	22	97	0	107	53	0	8	37	1.32
128249--128291	18	2.6	18	85	10	56	51	0	11	37	1.39
128180--128338	85	1.9	85	91	0	264	49	0	10	39	1.41
128329--128371	17	2.5	17	96	0	77	51	0	18	30	1.47
128490--128560	19	3.8	19	78	14	69	49	1	11	38	1.48
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
128529--128627	12	8.6	11	71	18	69	50	2	12	35	1.51
128535--128578	16	2.7	16	80	16	54	54	0	13	31	1.39
128510--128629	52	2.3	51	81	9	136	50	1	11	35	1.49
128847--128919	11	6.2	12	81	9	71	56	0	6	36	1.26
128831--128919	29	3.1	29	82	8	101	53	0	6	39	1.27
128871--128901	16	1.9	16	93	0	53	58	0	12	29	1.35
128831--128919	6	15.3	6	81	9	69	53	0	6	39	1.27
128892--128922	13	2.4	13	94	0	53	58	0	0	41	0.98
129622--129660	20	2.0	20	90	10	62	20	35	7	35	1.81
130694--130760	21	3.1	21	83	12	75	34	0	1	64	1.03
130707--130760	21	2.6	21	93	0	90	31	0	1	66	1.02
130735--130791	29	1.9	30	92	3	98	31	3	1	63	1.22
130679--130890	70	2.9	71	86	4	248	34	4	2	58	1.32
130767--130821	19	2.8	19	88	2	83	36	1	0	61	1.06
130764--130824	21	3.0	21	79	11	63	36	1	0	62	1.05
130848--130895	20	2.5	20	89	3	71	31	6	2	60	1.33
132687--132801	59	1.9	59	91	5	187	30	13	16	39	1.88
132983--133105	59	2.1	60	81	7	144	42	13	21	22	1.87
133764--133991	89	2.6	85	80	6	255	36	20	9	33	1.84
137190--137220	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
138011--138068	26	2.3	26	85	8	75	29	22	17	31	1.96
138687--138737	5	9.8	5	83	12	59	0	17	0	82	0.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138693--138739	11	4.4	11	83	2	60	0	14	0	85	0.61
141172--141202	16	1.9	16	93	0	53	61	0	16	22	1.34
141971--142024	26	2.1	26	92	0	90	27	25	20	25	1.99
142014--142111	38	2.6	38	77	7	119	30	16	24	28	1.96
142131--142201	37	1.9	37	91	0	115	22	18	30	28	1.97
146325--146369	17	2.6	17	78	0	54	20	20	11	48	1.79
146924--146966	17	2.5	17	88	3	59	79	0	20	0	0.74
155616--155666	9	5.6	9	76	19	52	1	35	0	62	1.06
155624--155664	15	3.0	14	86	13	59	0	36	0	63	0.95
166136--166177	20	2.1	20	86	0	57	38	40	0	21	1.53
170512--170561	12	4.2	12	80	10	57	2	34	0	64	1.05
171965--172022	24	2.4	24	97	0	107	22	1	29	46	1.62
175053--175339	152	1.9	152	86	4	418	35	18	17	28	1.94
181045--181084	21	2.0	21	85	5	55	40	7	47	5	1.54
181750--181820	23	3.0	23	83	4	88	26	12	15	45	1.82
186294--186336	11	3.5	12	84	12	52	23	2	0	74	0.93
188269--191662	216	15.7	216	84	3	3999	27	16	14	41	1.87
188256--191662	861	3.9	861	84	3	4201	27	16	14	41	1.87
193867--193891	13	1.9	13	100	0	50	40	4	8	48	1.51
197648--197679	11	3.1	11	91	8	50	46	0	0	53	1.00
197615--197697	20	4.0	22	72	22	81	48	1	0	50	1.08
197617--197702	40	2.2	39	91	6	138	51	1	0	47	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
198619--198703	33	2.6	33	98	0	161	42	2	0	55	1.12
198675--198739	29	2.1	32	83	8	82	50	0	0	49	1.00
198684--198738	19	2.8	20	69	5	58	43	0	0	56	0.99
201524--201571	19	2.5	20	75	21	50	45	0	0	54	0.99
203140--203180	15	2.7	15	88	0	64	53	7	26	12	1.64
203137--203195	18	3.4	18	79	13	79	50	8	28	11	1.68
203143--203195	15	3.3	15	73	14	52	49	9	28	13	1.73
206697--206756	27	2.2	28	85	8	79	33	6	10	50	1.62
213609--213644	19	1.9	19	88	5	56	11	13	0	75	1.06
215669--215787	45	2.6	44	85	4	139	21	21	10	47	1.79
225684--225802	45	2.6	44	85	4	139	21	21	10	47	1.79
234945--235007	21	2.9	22	83	4	83	36	9	15	38	1.81
235087--235143	19	3.0	19	100	0	114	31	26	10	31	1.90
236998--237232	40	5.8	41	81	2	163	34	18	23	24	1.96
237099--237232	40	3.3	40	89	0	196	35	20	22	21	1.96
237760--237808	26	1.9	25	84	12	64	18	0	30	51	1.47
241369--241425	21	2.7	21	88	0	96	40	10	17	31	1.84
241836--241875	16	2.7	15	85	11	55	50	0	0	50	1.00
241837--241885	17	3.1	16	85	8	57	46	0	0	53	1.00
241844--241925	38	2.2	37	86	2	119	46	0	2	51	1.14
242910--242976	9	7.6	9	70	20	52	46	1	0	52	1.09
242922--242989	17	3.5	19	67	20	52	50	1	0	48	1.10
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
242903--242981	37	2.1	37	92	0	131	50	1	0	48	1.08
242978--243003	11	2.4	11	100	0	52	50	0	0	50	1.00
243235--243365	67	2.0	67	92	0	217	39	14	6	38	1.73
251247--251327	26	3.1	26	94	3	137	28	24	19	27	1.99
251336--251442	37	2.9	37	82	1	133	34	14	19	31	1.91
251467--251543	37	2.1	37	87	0	109	24	16	28	29	1.97
258141--258348	95	2.2	95	96	0	382	36	14	13	35	1.85
258192--258349	47	3.3	46	67	18	117	37	15	12	34	1.84
258300--258421	50	2.4	50	79	4	120	38	14	11	35	1.83
259682--259725	16	2.8	16	96	0	79	25	11	22	40	1.87

Tables:   1   2