genome.fa.s14306.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014306.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129342, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  546136

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
4211--4340	65	2.0	65	96	0	242	26	10	16	46	1.80
6799--6857	23	2.6	22	76	15	57	67	5	1	25	1.20
7001--7055	25	2.2	25	78	15	62	69	3	9	18	1.30
6998--7083	36	2.4	37	79	11	88	68	5	5	19	1.31
7064--7155	11	8.5	11	69	14	57	69	3	4	22	1.21
8739--9154	48	8.8	48	85	3	467	24	14	25	35	1.93
8773--9357	144	4.0	142	77	12	470	24	14	24	35	1.94
9054--9366	110	3.0	111	78	9	327	24	15	23	36	1.94
9179--9357	48	3.7	47	85	5	225	25	11	26	36	1.89
16280--16345	34	1.9	34	81	6	80	19	18	13	48	1.81
16899--16945	19	2.5	19	83	16	62	74	0	23	2	0.93
16898--16949	23	2.2	24	83	10	72	76	0	21	1	0.87
41710--41739	12	2.5	12	94	0	51	0	30	0	70	0.88
53877--53937	17	3.5	17	84	2	68	49	14	18	18	1.80
67162--67236	38	1.9	37	82	12	89	21	4	22	52	1.64
68909--68982	21	3.5	21	77	14	71	33	25	12	28	1.92
69644--69939	53	5.7	53	80	5	282	34	23	16	25	1.95
69644--69939	106	2.8	104	84	4	366	34	23	16	25	1.95
70780--70823	20	2.2	20	83	4	52	34	15	2	47	1.58
78393--78418	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
79062--79234	47	3.5	50	82	5	217	34	4	9	51	1.54
79931--80087	76	2.1	72	77	10	172	31	13	10	45	1.77
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79714--80146	82	5.4	82	80	6	463	30	11	10	47	1.73
79714--80161	158	2.8	158	82	5	533	30	11	10	47	1.74
82510--82569	25	2.3	26	80	2	68	15	23	20	41	1.89
82558--82630	22	3.3	22	90	3	103	12	28	21	36	1.90
85321--85489	47	3.4	50	78	5	191	34	5	8	51	1.56
90501--90544	23	2.0	22	86	4	61	38	0	15	45	1.47
108276--108303	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
112748--112787	15	2.7	15	84	0	53	45	22	12	20	1.84
113195--113291	28	3.5	28	82	1	115	27	16	31	23	1.96
122101--122126	11	2.4	11	100	0	52	73	0	0	26	0.84
128290--128341	20	2.8	20	81	16	58	13	3	23	59	1.50
138926--138971	24	2.0	23	86	4	65	65	4	6	23	1.35
139168--139313	71	2.1	71	100	0	292	23	21	10	43	1.83
139314--139350	19	1.9	19	88	0	56	21	10	13	54	1.69
150466--150517	27	2.0	26	88	3	77	19	21	21	38	1.94
150474--150521	13	3.6	13	80	5	60	18	20	18	41	1.90
151705--151733	6	4.8	6	100	0	58	31	0	0	68	0.89
156398--156456	25	2.4	25	82	0	64	13	27	6	52	1.65
162276--162361	42	2.1	39	78	12	100	31	10	19	38	1.86
163464--163507	16	2.7	15	80	16	52	72	0	4	22	1.02
167045--167078	17	1.9	18	88	5	52	38	26	5	29	1.80
168125--168383	129	2.0	129	96	0	473	30	16	11	42	1.83
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171721--171771	22	2.3	22	96	0	93	31	13	33	21	1.92
176027--176069	17	2.6	17	92	3	70	58	9	16	16	1.63
183410--183718	94	3.3	94	84	2	419	29	17	22	30	1.97
184481--184529	21	2.3	21	82	0	62	28	8	22	40	1.82
187978--188288	94	3.3	94	89	1	484	28	17	24	29	1.97
218719--218806	44	2.0	44	95	0	158	37	14	28	19	1.91
220641--220702	21	2.9	21	80	2	70	14	27	27	30	1.95
220873--220923	25	2.0	26	88	3	77	19	5	9	64	1.44
223347--224317	324	3.0	323	93	1	1644	36	21	13	27	1.92
223347--224309	322	3.0	322	94	1	1642	36	22	13	27	1.92
229671--229708	3	12.7	3	100	0	76	34	31	0	34	1.58
230156--230671	152	3.4	151	85	5	640	41	2	10	44	1.54
231641--232111	239	2.0	237	90	2	748	37	6	14	41	1.71
232537--232581	20	2.1	20	84	12	54	28	4	8	57	1.48
232548--232586	20	1.9	21	89	5	62	25	2	12	58	1.47
233129--233171	22	1.9	23	85	4	61	23	11	6	58	1.57
238581--238606	12	2.2	12	100	0	52	65	0	7	26	1.20
239789--239818	14	2.1	14	93	0	51	13	23	46	16	1.82
239800--240053	42	6.1	42	86	2	334	21	18	23	36	1.95
239812--240048	125	1.9	126	87	2	352	21	18	21	38	1.93
241831--242018	52	3.6	51	78	9	175	28	23	14	32	1.94
247428--247668	52	4.6	52	82	5	276	31	25	12	30	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
250529--250994	230	2.0	234	90	3	735	36	6	15	41	1.73
260534--260568	18	1.9	18	88	0	52	22	11	22	42	1.85
264757--264826	31	2.3	31	100	0	140	34	11	5	48	1.63
268660--268702	16	2.4	16	85	14	50	74	0	0	25	0.82
272364--272556	28	6.7	29	77	13	150	31	4	30	34	1.77
272364--272556	29	6.7	29	79	10	166	31	4	30	34	1.77
272310--272556	57	4.3	57	75	11	173	30	4	29	35	1.76
274239--274321	43	1.9	43	87	4	123	46	3	4	44	1.42
274691--274810	48	2.5	49	82	4	136	23	25	15	35	1.94
274736--275284	208	2.6	208	91	1	852	23	22	17	36	1.94
276042--276124	44	1.9	43	92	2	139	13	21	15	49	1.79
287096--287186	29	3.2	29	83	7	98	23	4	30	41	1.74
287114--287219	29	3.6	30	81	8	112	28	5	27	38	1.79
287114--287216	30	3.5	29	82	7	111	28	5	26	39	1.79
291855--292012	86	1.8	86	87	2	237	31	12	29	27	1.92
291852--292091	43	5.7	42	79	6	211	32	11	28	27	1.92
292748--292798	21	2.4	21	87	6	68	29	11	27	31	1.92
298185--298253	24	2.9	24	93	0	120	55	8	13	23	1.65
299445--299484	20	2.0	20	100	0	80	30	20	20	30	1.97
300218--300283	24	2.9	24	88	6	93	56	9	10	24	1.62
300246--300291	21	2.2	21	84	3	58	60	6	8	23	1.49
300901--300971	31	2.3	31	92	0	115	36	15	28	19	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
301165--301235	18	3.9	17	71	14	52	53	0	5	40	1.24
304588--304704	40	2.9	41	85	5	157	38	15	19	26	1.91
304707--305016	41	7.6	41	78	7	272	36	16	24	22	1.94
309033--309061	12	2.4	12	100	0	58	31	6	0	62	1.22
313355--313471	58	2.0	58	96	3	218	42	8	1	47	1.44
313355--313507	58	2.6	58	86	4	148	44	6	1	47	1.37
313566--313607	14	3.0	14	92	0	66	45	11	2	40	1.54
313599--313627	8	3.6	8	100	0	58	34	0	0	65	0.93
319697--319912	43	5.1	43	81	2	213	27	18	25	27	1.98
324568--324621	21	2.6	21	82	5	65	31	27	12	27	1.93
334263--334322	9	6.6	9	75	17	52	18	3	1	76	1.00
334274--334322	19	2.6	19	78	12	64	16	4	2	77	1.01
341483--341545	26	2.4	26	78	5	65	26	22	19	31	1.97
341527--341567	19	2.2	19	95	0	73	19	26	21	31	1.97
345230--345268	20	2.0	20	84	0	51	33	25	17	23	1.96
347653--347745	40	2.4	39	81	10	102	27	17	12	41	1.86
351422--351556	59	2.3	59	83	10	168	42	2	3	51	1.32
351663--351749	44	1.9	45	84	13	117	36	25	4	33	1.76
353212--353450	105	2.3	104	91	2	381	36	24	13	25	1.92
353212--353451	52	4.6	52	90	3	374	36	24	13	25	1.92
354937--354965	14	2.1	14	93	6	51	51	20	6	20	1.70
355627--355672	24	1.9	24	86	8	67	54	2	2	41	1.25
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
355648--355690	16	2.6	17	78	14	54	53	0	2	44	1.13
356411--357056	30	22.2	29	81	7	568	34	27	3	34	1.74
356411--357056	59	11.1	59	80	6	592	34	27	3	34	1.74
356548--356642	50	1.9	50	86	0	136	32	30	1	35	1.65
356579--356623	21	2.1	21	84	15	58	37	31	2	28	1.69
356548--356659	50	2.2	50	83	0	134	33	31	0	33	1.64
360375--360473	24	4.1	24	94	0	162	55	8	11	25	1.62
360363--360473	48	2.3	48	88	0	168	52	9	11	27	1.67
362404--362466	24	2.6	24	89	0	99	50	11	14	23	1.74
364094--364159	19	3.3	21	77	14	68	56	7	0	36	1.28

Tables:   1   2