genome.fa.s14470.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014470.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129509, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  254776

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
117--159	3	14.0	3	90	4	68	34	0	0	65	0.93
110--159	12	4.1	12	89	5	64	36	0	2	62	1.07
856--881	13	2.0	13	100	0	52	23	7	23	46	1.78
1312--2101	205	3.8	203	87	3	1032	22	22	19	35	1.96
8872--8917	18	2.6	18	89	3	67	47	0	2	50	1.13
8874--8949	18	4.4	17	74	11	64	50	3	2	43	1.34
9278--9933	205	3.2	205	88	1	913	21	22	20	35	1.96
17232--17292	27	2.2	28	80	19	74	27	8	24	39	1.84
17327--17566	30	8.1	30	79	9	228	35	4	27	33	1.76
17332--17567	60	4.0	59	86	4	298	35	3	27	33	1.75
19279--19323	17	2.6	17	92	0	72	48	0	0	51	1.00
22640--22824	96	1.9	96	85	6	259	35	14	19	30	1.92
23082--23424	117	3.0	116	78	8	310	34	4	27	33	1.77
23059--23479	29	14.4	29	73	13	271	34	4	26	33	1.78
24247--24283	3	12.0	3	88	5	56	35	0	0	64	0.94
25016--25081	6	11.5	6	73	15	59	54	1	0	43	1.09
25009--25054	23	2.0	22	95	4	83	54	0	0	45	0.99
25022--25081	17	3.5	17	90	0	93	55	1	0	43	1.10
28348--28454	37	2.9	34	76	19	101	53	2	0	42	1.22
33593--33689	27	3.7	25	79	8	95	25	15	24	34	1.95
33583--33689	52	2.0	54	85	3	146	25	14	23	36	1.93
33583--33662	27	3.0	27	80	7	101	25	13	22	38	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33702--33764	26	2.4	26	86	0	81	26	19	25	28	1.98
34477--34530	21	2.6	21	76	8	56	29	16	29	24	1.97
41171--41218	21	2.2	21	85	10	62	54	2	0	43	1.12
41258--41300	18	2.5	16	82	14	50	44	0	0	55	0.99
41394--41445	26	2.0	26	81	7	61	26	9	5	57	1.53
41732--41758	4	6.8	4	100	0	54	77	0	0	22	0.76
42369--42426	26	2.2	27	87	3	82	43	0	6	50	1.29
50532--50575	20	2.2	20	83	0	52	54	0	9	36	1.32
50664--50756	20	4.7	20	72	10	73	40	3	12	43	1.59
50664--51008	40	8.6	40	72	7	191	38	5	13	42	1.67
50781--51009	20	11.4	20	71	7	99	37	6	14	41	1.71
51046--51092	20	2.3	20	85	0	67	51	2	6	40	1.39
51228--51263	19	1.9	18	88	5	54	55	0	8	36	1.30
53030--53060	14	2.1	15	94	5	55	48	16	0	35	1.46
56857--56986	45	2.9	44	94	2	215	42	26	20	10	1.85
56912--57061	75	2.0	75	96	0	273	43	26	22	8	1.80
56957--57016	30	2.0	30	93	0	102	46	26	23	3	1.68
56867--57106	120	2.0	120	96	0	444	43	25	21	9	1.83
56987--57140	45	3.5	45	89	3	226	44	24	22	9	1.81
57434--57467	17	1.9	18	88	5	52	50	0	0	50	1.00
57677--57742	20	3.3	20	82	4	71	27	3	27	42	1.70
57698--57747	13	3.8	13	78	2	55	24	0	30	46	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
64662--64728	34	2.0	34	87	0	98	55	8	4	31	1.51
64650--64722	17	4.2	17	73	1	65	53	5	4	36	1.43
65107--65813	195	3.5	198	85	4	886	23	22	18	35	1.95
65629--65966	153	2.2	154	83	5	412	24	23	16	35	1.95
66358--66521	51	3.2	51	68	14	140	31	18	17	32	1.94
66662--67016	50	7.1	49	71	14	235	15	25	18	40	1.90
66641--67107	150	3.1	150	89	0	684	15	26	17	40	1.89
66786--67107	50	6.4	49	72	10	186	15	26	17	40	1.89
68403--68459	12	4.3	13	81	14	55	1	10	3	84	0.82
68403--68444	15	2.7	16	82	13	52	2	9	4	83	0.88
68401--68486	22	4.1	21	77	12	79	2	13	2	81	0.89
68403--68486	14	5.8	14	73	17	73	2	13	2	82	0.87
68405--68485	9	8.7	9	72	17	58	2	12	2	82	0.86
73878--74041	58	2.8	58	80	6	188	42	9	21	26	1.84
74018--74194	59	3.0	59	83	8	202	35	1	28	34	1.67
74033--74194	60	2.7	59	86	4	220	34	1	27	36	1.68
74019--74197	89	2.0	88	88	5	263	34	1	29	34	1.68
74018--74189	29	5.8	30	81	9	210	36	1	27	34	1.65
74778--74852	6	13.0	6	79	13	77	46	1	1	50	1.18
74768--74852	17	5.0	17	76	13	77	44	1	1	52	1.16
74778--74852	23	3.2	24	88	3	93	46	1	1	50	1.18
75822--75854	15	2.1	16	88	5	50	78	0	21	0	0.75
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76429--76829	29	13.8	29	74	9	343	36	31	3	28	1.73
76419--76832	59	7.1	58	86	3	548	37	31	3	28	1.73
76836--76955	59	2.0	59	82	3	143	28	25	10	36	1.88
88033--88081	24	2.0	24	96	0	89	10	26	8	55	1.61
88562--88947	205	1.9	205	93	0	673	37	20	22	19	1.95
88783--89096	152	2.1	152	94	0	547	36	21	21	20	1.95
89004--89260	136	1.9	136	93	0	442	35	17	24	22	1.95
89726--89781	11	5.0	11	78	8	51	39	1	1	57	1.20
89738--89801	6	11.0	6	78	18	73	45	3	1	50	1.27
89728--89800	17	4.3	16	80	11	83	42	2	1	53	1.23
89738--89801	11	5.5	12	80	17	73	45	3	1	50	1.27
90771--90803	16	2.1	16	88	11	50	72	0	27	0	0.85
91529--91584	11	5.0	11	78	8	51	39	1	1	57	1.20
91541--91604	6	11.0	6	78	18	73	45	3	1	50	1.27
91531--91603	17	4.3	16	80	11	83	42	2	1	53	1.23
91541--91604	11	5.5	12	80	17	73	45	3	1	50	1.27
92574--92606	16	2.1	16	88	11	50	72	0	27	0	0.85
93353--93777	29	14.6	28	74	11	293	37	28	3	31	1.72
93350--93777	58	7.3	58	85	4	506	37	28	3	31	1.72
95110--95182	17	4.2	17	76	1	74	53	4	4	38	1.39
95122--95188	34	2.0	34	90	0	107	55	7	4	32	1.48
95984--96033	25	1.9	27	84	8	68	52	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
99148--99177	15	2.0	15	100	0	60	66	20	6	6	1.38
103921--103957	2	18.5	2	100	0	74	51	0	0	48	1.00
104024--104053	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
105098--105156	15	3.9	15	72	14	50	0	22	10	67	1.20
111397--111444	2	24.0	2	95	0	87	52	0	0	47	1.00
119346--119619	77	3.6	77	81	1	289	29	20	19	31	1.97
122236--122295	29	2.0	30	96	3	113	41	10	10	38	1.72
122272--122330	26	2.4	24	80	8	66	38	13	11	35	1.82
126275--126379	54	1.9	54	88	3	158	51	14	20	13	1.75
126366--126441	9	8.6	9	75	8	75	82	0	14	2	0.77
127459--128238	98	8.0	97	76	5	374	40	15	22	20	1.90
127461--128162	147	4.8	145	75	6	431	40	15	23	20	1.90
127508--128210	49	14.4	49	71	8	337	41	14	23	20	1.90
127833--128226	147	2.7	147	76	6	402	42	15	21	20	1.89
128292--128981	90	7.6	89	81	4	657	31	25	16	26	1.96
128250--129005	135	5.6	135	81	5	716	31	25	15	27	1.96
128270--128981	45	15.8	45	81	6	543	31	25	16	26	1.96
129811--129896	14	6.1	14	75	11	61	17	3	5	73	1.18
129874--129907	15	2.2	16	89	5	52	17	5	5	70	1.28
129853--129916	26	2.5	24	80	14	67	17	3	6	73	1.17
129860--129977	26	4.5	25	68	17	71	20	4	6	68	1.30
131555--131646	10	8.2	10	74	18	67	38	3	19	39	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131559--131792	59	4.2	58	79	13	265	35	5	20	38	1.75
131619--131741	24	5.1	26	70	21	106	37	4	19	38	1.73
131619--131741	48	2.6	48	90	2	194	37	4	19	38	1.73
131573--131784	106	2.0	107	87	4	304	35	5	19	39	1.74
134890--135240	30	11.8	29	79	6	321	35	25	2	36	1.71
134890--135241	60	5.9	59	82	5	363	35	25	2	36	1.71
134887--135235	90	3.9	89	79	5	359	35	24	2	36	1.71
144249--144313	3	21.7	3	100	0	130	33	0	0	66	0.92
144487--144649	86	1.9	86	84	0	218	24	23	30	21	1.99
144503--145045	86	6.5	85	75	11	201	24	22	30	22	1.99

Tables:   1   2