genome.fa.s14625.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014625.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129664, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  378628

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
656--699	22	2.0	22	95	0	79	27	13	11	47	1.77
1317--1370	10	5.3	10	79	2	54	61	1	1	35	1.18
1317--1378	30	2.1	30	81	6	72	61	4	1	32	1.27
2249--2306	10	5.8	10	72	22	50	44	3	6	44	1.47
2284--2310	14	1.9	14	100	0	54	44	0	3	51	1.19
3798--4256	161	2.8	159	86	3	607	32	21	22	24	1.98
6148--6180	14	2.2	16	89	10	52	30	0	0	69	0.88
8229--8324	47	2.0	47	93	0	165	35	6	14	43	1.71
8602--8682	41	2.0	41	85	4	110	62	12	3	20	1.44
9734--9767	9	3.7	9	88	7	50	26	0	0	73	0.83
11339--11410	29	2.4	29	83	6	81	56	5	0	37	1.22
11893--11928	18	2.0	18	88	0	54	25	27	16	30	1.97
13478--13504	10	2.7	10	100	0	54	70	7	0	22	1.12
13849--13964	58	2.0	58	85	8	157	26	16	15	41	1.88
17626--17706	15	5.4	15	90	0	126	16	33	24	25	1.96
17718--17764	6	7.8	6	100	0	94	17	17	48	17	1.81
27758--27850	31	3.0	30	77	9	98	44	6	13	35	1.70
30783--30816	17	1.9	18	94	5	61	41	26	2	29	1.70
31256--31308	21	2.5	21	78	0	61	35	30	5	28	1.80
41233--41397	30	5.5	30	84	2	206	22	25	26	25	2.00
45711--45794	41	2.0	41	84	4	107	59	8	2	29	1.39
45804--45937	39	3.4	39	74	9	110	51	11	4	32	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45841--45937	39	2.5	39	83	5	126	50	9	2	38	1.46
46298--46350	26	2.1	25	82	10	63	47	7	1	43	1.42
52945--53125	51	3.5	51	91	3	310	32	23	14	30	1.94
55231--55264	15	2.3	15	100	0	68	11	35	5	47	1.65
56144--56191	22	2.2	21	78	7	60	52	4	0	43	1.20
56149--56190	22	1.9	22	90	0	66	47	4	0	47	1.23
58017--58085	37	1.9	35	85	11	95	40	1	2	55	1.24
68176--69443	293	4.4	294	84	4	1515	31	25	13	28	1.94
68201--69443	579	2.1	575	84	3	1566	31	25	13	28	1.94
70927--71744	275	3.0	275	97	0	1521	24	16	22	36	1.94
72065--72728	336	2.0	336	99	0	1301	31	24	18	25	1.97
72742--72936	100	2.0	100	97	0	372	25	20	16	37	1.93
73371--73452	32	2.6	32	90	0	119	32	9	6	51	1.60
74211--74293	42	2.0	42	97	0	157	40	8	24	26	1.83
74698--74744	11	4.6	10	80	12	51	29	4	2	63	1.25
75478--75535	31	1.9	30	86	6	82	36	0	12	51	1.39
75718--75809	29	3.1	29	84	7	87	53	8	5	32	1.55
75741--75809	31	2.3	30	90	5	104	53	8	5	31	1.55
80025--80067	21	2.0	21	86	0	59	39	0	0	60	0.97
82528--82597	31	2.3	31	94	0	122	40	4	17	38	1.69
89241--89280	14	2.9	13	79	13	53	40	0	5	55	1.22
90684--90731	23	2.1	22	88	3	69	43	8	2	45	1.45
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93348--93379	17	1.9	16	93	6	55	81	0	6	12	0.87
94004--94048	23	2.0	23	83	8	58	48	2	0	48	1.13
95983--96012	3	10.0	3	92	0	51	63	3	0	33	1.11
105234--105921	206	3.4	203	87	2	955	36	19	21	21	1.95
106291--106367	6	13.2	6	70	10	61	40	3	2	53	1.33
106284--106367	17	4.8	17	81	7	96	39	3	2	54	1.31
106284--106367	36	2.4	35	84	5	107	39	3	2	54	1.31
108153--108435	29	10.0	29	72	13	214	36	30	2	31	1.71
108247--108300	21	2.6	21	84	0	72	35	35	1	27	1.68
108219--108318	51	2.0	50	86	7	141	36	32	1	31	1.65
108191--108340	80	1.9	79	86	4	212	36	30	2	31	1.69
108284--108397	57	2.0	58	89	5	178	38	31	0	28	1.63
108267--108426	86	1.9	87	84	9	220	36	30	1	30	1.68
112957--113059	51	2.0	51	100	0	206	31	15	22	31	1.95
114899--114935	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
116467--116494	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
117406--117451	9	5.1	9	79	10	58	39	0	0	60	0.97
122982--123062	40	2.0	40	100	0	162	46	16	9	27	1.78
126361--126416	29	2.0	29	85	3	78	62	5	8	23	1.45
126444--126484	21	2.0	21	85	0	55	31	17	17	34	1.93
129678--129730	26	2.0	26	86	13	74	33	13	24	28	1.93
130123--130167	2	23.5	2	88	8	67	48	2	0	48	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
131431--131476	19	2.5	19	85	3	58	39	2	4	54	1.32
137529--137577	15	3.4	14	76	18	55	32	4	4	59	1.35
140792--140830	19	2.1	19	85	0	51	7	33	5	53	1.51
153064--153092	2	15.0	2	92	7	51	51	0	0	48	1.00
166348--166459	25	4.5	25	73	13	88	25	15	22	37	1.93
166341--166460	50	2.4	50	82	6	129	25	16	22	35	1.95
169454--169508	23	2.4	22	80	14	58	58	3	1	36	1.26
172191--172235	3	15.0	3	100	0	90	66	0	0	33	0.92
177641--177674	7	4.9	7	100	0	68	14	14	41	29	1.86
187385--187428	16	2.8	16	100	0	88	22	18	11	47	1.80
190002--190055	27	2.0	27	100	0	108	40	18	14	25	1.89
191973--192021	20	2.4	21	82	3	55	67	12	6	14	1.40
195363--195394	2	16.0	2	100	0	64	0	0	50	50	1.00
202375--202452	31	2.5	31	87	4	104	24	23	21	30	1.99
202744--202769	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
221371--221402	3	10.7	3	93	0	55	71	0	28	0	0.86
225607--225694	46	2.0	43	87	10	126	50	4	10	35	1.57
230254--230310	24	2.4	24	100	0	114	50	19	8	21	1.74
231384--231441	26	2.2	26	78	0	62	41	20	24	13	1.89
231560--231610	23	2.2	23	79	6	59	21	9	31	37	1.86
232140--232167	5	5.6	5	100	0	56	82	0	0	17	0.68
233200--233236	19	1.9	19	88	0	56	45	18	18	16	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
233254--233280	14	1.9	14	100	0	54	29	14	22	33	1.94
233321--233367	21	2.3	21	85	3	60	17	4	36	42	1.68
234636--234674	19	2.0	19	85	5	51	48	0	0	51	1.00
234672--234729	19	3.0	19	79	2	53	32	0	6	60	1.23
235002--235041	20	2.0	20	85	4	55	57	5	2	35	1.34
236002--236029	5	5.6	5	100	0	56	39	21	0	39	1.54
237263--237293	6	5.2	6	100	0	62	64	0	0	35	0.94
237623--237651	13	2.1	14	93	6	51	65	0	0	34	0.93
237930--237969	12	3.5	12	90	6	57	30	0	0	70	0.88
239521--239608	43	2.0	45	95	4	162	22	6	32	37	1.81
240085--240125	18	2.3	18	87	4	57	43	4	0	51	1.23
241376--241402	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
246920--246960	19	2.2	19	90	0	64	51	29	0	19	1.47
247684--247726	22	2.0	22	85	0	59	34	32	13	18	1.90
251646--251704	28	2.0	29	83	6	75	50	5	0	44	1.24
252302--252363	21	2.9	21	72	25	58	40	8	0	51	1.31
253824--253853	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
256009--256108	23	4.4	23	80	1	94	49	12	18	21	1.79
261161--261287	23	5.3	23	78	12	116	44	21	22	12	1.85
261139--261288	71	2.1	69	86	7	205	45	21	20	12	1.84
262565--262625	17	3.3	18	66	20	54	16	11	9	62	1.54
262566--262633	20	3.5	20	70	11	70	14	13	8	63	1.52
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
263746--263779	16	2.1	16	89	10	52	35	2	0	61	1.11
271949--272058	56	2.0	56	98	0	211	30	15	10	43	1.81
273406--273481	38	2.0	38	97	0	143	36	6	28	27	1.82
276512--276573	18	3.3	19	71	22	58	17	17	27	37	1.93
283649--283697	21	2.4	21	74	16	57	20	6	30	42	1.76
283727--283753	14	1.9	14	100	0	54	18	14	37	29	1.91
284198--284241	22	2.0	22	81	0	52	43	13	6	36	1.71
286474--286519	2	23.5	2	91	4	76	50	0	2	47	1.13
287020--287053	2	17.0	2	100	0	68	50	0	0	50	1.00
287090--287131	22	2.1	19	86	13	57	42	0	2	54	1.13

Tables:   1   2