genome.fa.s14648.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014648.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129687, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  363951

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 157 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286--319	14	2.5	13	90	9	59	50	0	8	41	1.34
344--415	33	2.2	32	80	11	76	29	2	15	52	1.56
2088--2171	43	2.0	43	92	0	141	44	23	4	27	1.73
9003--9045	22	2.0	22	85	0	59	25	0	6	67	1.15
9984--10037	27	2.0	27	92	0	90	42	3	12	40	1.61
10815--10868	16	3.3	15	78	17	54	44	3	0	51	1.19
13138--13191	13	4.2	13	70	0	54	59	9	0	31	1.29
23110--23240	27	4.8	27	84	0	154	25	17	22	34	1.96
23120--23240	54	2.2	55	91	1	190	26	18	23	32	1.97
23222--23282	24	2.5	24	94	0	113	22	24	24	27	2.00
25039--25071	11	2.8	12	81	9	50	45	0	0	54	0.99
25200--25237	18	2.1	18	90	0	58	23	2	10	63	1.39
25207--25252	18	2.5	18	82	3	56	30	0	13	56	1.37
26646--26701	2	28.5	2	96	3	105	50	0	0	50	1.00
31033--31143	50	2.2	50	82	6	145	22	21	28	27	1.99
33910--33990	34	2.3	35	89	2	128	38	11	12	38	1.79
43990--44041	21	2.5	20	84	6	59	28	17	21	32	1.96
45629--45681	24	2.2	24	89	0	79	58	7	5	28	1.48
52580--52627	20	2.4	20	89	6	71	58	2	0	39	1.10
53090--53143	23	2.3	23	78	6	56	42	1	1	53	1.22
57380--57465	6	14.3	6	91	0	91	39	50	9	1	1.42
57380--57465	14	6.1	14	86	0	91	39	50	9	1	1.42
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59080--59167	42	2.1	42	91	0	140	26	10	25	38	1.87
63325--63437	7	16.7	7	73	7	90	16	21	26	35	1.95
63352--63437	21	4.2	21	80	5	104	16	19	26	37	1.93
63325--63445	61	2.0	61	91	0	197	17	20	25	36	1.94
63433--63471	20	2.0	20	95	5	71	15	5	17	61	1.51
71842--71872	2	15.5	2	93	0	53	48	3	0	48	1.17
76315--76391	32	2.4	33	77	4	84	62	7	3	25	1.40
82137--82193	19	3.0	19	80	10	71	21	19	22	36	1.95
82156--82211	26	2.2	26	90	0	85	19	17	25	37	1.94
82137--82213	19	4.0	20	79	12	65	19	20	23	36	1.95
82162--82213	26	2.0	26	96	0	95	17	23	25	34	1.96
86338--86396	29	2.0	30	83	6	77	32	1	15	50	1.54
87912--88050	18	8.4	17	70	20	100	48	13	28	10	1.75
88030--88055	12	2.2	12	100	0	52	38	15	26	19	1.91
87914--88054	48	2.9	48	96	0	255	46	14	27	11	1.79
89354--89404	6	8.8	6	82	8	70	82	0	17	0	0.67
89354--89400	17	2.7	18	90	9	80	82	0	17	0	0.66
96328--96364	2	19.0	2	94	5	67	48	0	0	51	1.00
96400--96487	32	2.8	32	78	10	101	45	2	6	45	1.42
96909--96948	22	1.9	20	90	10	62	42	0	2	55	1.13
97500--97559	19	3.5	17	76	10	52	51	0	1	46	1.10
99971--100009	19	2.1	19	85	0	51	23	7	10	58	1.56
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101911--102227	158	2.0	158	94	0	553	39	15	11	32	1.84
103530--103570	21	2.0	21	85	9	57	24	39	0	36	1.56
111516--111564	14	3.5	14	86	13	66	10	16	2	71	1.22
123589--123663	24	3.1	23	83	7	87	28	22	18	30	1.97
135657--135701	3	15.3	3	95	4	83	31	0	0	68	0.89
135698--135723	6	4.3	6	100	0	52	15	0	15	69	1.20
135668--135707	18	2.2	18	91	8	64	30	0	2	67	1.04
141057--141105	21	2.3	21	92	0	80	36	8	24	30	1.85
146047--146142	48	2.0	48	100	0	192	22	22	10	43	1.84
147782--147806	13	1.9	13	100	0	50	52	0	24	24	1.48
158110--158498	208	1.9	208	83	6	511	35	12	21	30	1.91
166619--166676	12	4.8	12	77	8	64	20	24	29	25	1.99
166609--166695	24	3.6	24	81	9	106	21	26	29	21	1.99
168212--168399	88	2.1	89	87	1	261	21	18	25	35	1.95
170210--170299	37	2.5	36	81	3	126	22	15	30	32	1.95
171328--171384	27	2.1	27	83	0	69	29	10	31	28	1.90
171833--171885	14	3.8	13	76	14	52	15	1	32	50	1.54
171947--171985	16	2.5	15	84	8	51	53	28	0	17	1.44
172641--172699	21	2.8	21	79	5	66	49	25	0	25	1.51
172640--172699	7	8.6	7	72	7	50	48	25	0	26	1.52
172713--172782	15	4.7	15	70	8	54	51	27	0	21	1.48
172706--172789	22	3.9	22	78	12	93	52	28	0	19	1.46
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
172706--172789	23	3.8	23	75	12	86	52	28	0	19	1.46
172786--172944	26	6.0	26	87	1	201	55	11	0	32	1.36
180658--180853	42	4.6	42	84	3	218	34	11	26	28	1.90
182589--182676	46	2.0	44	84	13	117	42	26	3	28	1.71
190955--191031	36	2.1	36	85	4	102	37	24	9	28	1.86
193953--193986	18	1.9	17	88	5	50	26	11	23	38	1.89
196898--196985	35	2.5	35	79	0	95	30	22	15	30	1.95
198004--198043	20	2.1	20	86	9	57	30	7	2	60	1.38
198205--198255	23	2.3	22	89	3	75	45	0	3	50	1.20
198919--198960	15	2.9	15	75	3	50	54	0	2	42	1.13
199980--200197	29	7.5	29	76	10	187	34	25	2	36	1.71
199980--200197	87	2.5	88	75	8	223	34	25	2	36	1.71
200032--200244	29	7.3	29	74	8	116	34	26	2	36	1.69
205214--205275	22	2.8	22	83	11	74	45	0	3	51	1.17
214038--214110	36	2.0	36	100	0	146	21	21	12	43	1.85
218158--218228	30	2.3	30	78	9	72	26	8	2	61	1.38
221529--221693	69	2.4	69	84	2	206	23	20	24	32	1.98
222508--222543	18	2.0	18	94	0	63	36	0	0	63	0.94
222508--222967	66	6.8	65	82	8	467	33	5	2	58	1.37
222702--222964	19	14.8	18	73	17	160	30	6	2	60	1.34
222703--222878	18	9.9	18	68	18	68	32	5	1	60	1.30
222740--222925	18	10.8	16	75	18	83	30	6	2	60	1.35
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
222501--222967	70	6.8	70	85	5	559	32	6	2	58	1.37
222768--222909	55	2.7	52	78	16	148	31	5	2	60	1.31
222740--222964	32	6.4	32	73	17	164	29	7	2	60	1.37
222721--222907	37	5.3	36	72	19	160	32	5	2	59	1.33
224000--224032	17	1.9	17	93	0	57	45	0	0	54	0.99
226952--227117	82	2.0	83	90	1	262	43	22	8	25	1.81
228036--228090	26	2.1	26	86	0	74	41	9	12	36	1.75
241246--241286	18	2.3	18	86	0	55	36	9	12	41	1.76
249175--249325	24	6.4	24	86	2	146	22	17	18	41	1.90
249337--249377	19	2.2	18	86	4	55	75	12	0	12	1.05
253250--253327	12	6.7	12	75	11	81	41	14	17	26	1.88
253251--253327	23	3.3	23	83	5	93	40	14	18	27	1.89
253247--253327	35	2.3	35	82	4	101	40	14	17	27	1.88
254602--254646	19	2.4	18	78	10	54	33	0	0	66	0.92
254492--254764	93	2.8	93	81	7	291	30	11	10	48	1.72
254796--254831	18	2.0	18	88	0	54	41	0	5	52	1.24
254859--254887	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
255047--255072	7	3.7	7	100	0	52	30	0	0	69	0.89
255068--255103	18	2.0	18	88	0	54	41	0	5	52	1.24
255671--255743	25	2.9	25	95	2	128	36	19	28	15	1.92
255650--255871	23	9.5	23	79	8	148	44	18	23	13	1.86
258073--258145	38	1.9	38	88	0	110	17	28	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
260668--260700	6	5.5	6	96	0	57	0	63	0	36	0.95
260668--260708	18	2.3	18	86	0	55	2	60	0	36	1.10
262571--262655	43	2.0	43	90	0	134	29	5	25	38	1.79
264414--264449	14	2.6	14	90	0	54	33	19	2	44	1.65
270658--270709	22	2.4	21	81	9	59	40	1	1	55	1.22
270703--270749	20	2.4	21	79	13	55	44	0	2	53	1.12
270881--271018	60	2.3	59	82	1	168	27	17	7	47	1.75
270881--271054	59	2.9	59	81	4	181	26	16	7	49	1.72
271242--271292	25	2.0	25	92	0	84	64	7	3	23	1.37
273359--273410	25	2.1	25	82	7	61	38	1	1	57	1.21

Tables:   1   2