genome.fa.s14690.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014690.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129729, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  321489

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
842--970	64	2.0	64	96	0	240	32	21	13	31	1.93
9481--9543	19	3.2	19	72	12	54	60	3	0	36	1.13
9527--9592	7	8.5	8	76	15	59	57	1	3	37	1.23
12336--12430	17	5.6	17	100	0	190	18	30	34	15	1.93
19492--19517	12	2.2	12	100	0	52	69	7	0	23	1.14
19595--19643	22	2.2	22	85	7	64	61	8	6	24	1.47
19664--19708	23	2.0	23	95	0	81	64	15	2	17	1.39
24572--24627	11	5.0	11	76	8	60	37	0	1	60	1.07
24573--24635	6	11.0	6	72	16	53	41	0	1	57	1.08
24573--24633	17	3.6	17	86	8	97	39	0	1	59	1.08
25995--26187	30	6.6	29	73	6	113	35	21	3	39	1.69
26084--26397	29	10.9	29	75	10	250	35	23	3	37	1.72
26083--26397	59	5.5	57	76	12	250	35	23	3	37	1.72
26503--26555	14	3.6	15	82	10	65	22	9	5	62	1.47
38332--38671	117	2.9	117	78	5	314	25	32	18	22	1.97
38332--38671	39	8.8	39	77	7	264	25	32	18	22	1.97
38525--38693	78	2.2	78	83	2	205	25	30	18	26	1.98
38549--38733	78	2.4	78	79	0	190	26	30	17	25	1.97
39249--39299	17	3.1	16	78	16	50	43	1	1	52	1.23
39967--40007	14	2.9	15	82	10	59	19	7	4	68	1.32
43103--43202	30	3.5	28	76	12	96	37	4	20	39	1.71
43087--43222	58	2.3	59	83	7	179	38	2	22	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
43123--43212	28	3.1	27	70	13	81	40	3	23	33	1.71
43195--43311	30	3.9	30	80	2	146	41	2	23	32	1.68
43197--43311	59	1.9	60	91	1	187	40	2	23	33	1.68
44474--44549	3	25.0	3	91	2	107	38	0	0	61	0.96
44571--44616	12	3.8	12	82	0	56	36	4	8	50	1.53
44571--44617	24	2.0	24	86	0	67	38	4	8	48	1.53
45672--46506	194	4.3	194	91	1	1258	23	22	17	35	1.95
57763--57956	97	2.0	97	81	7	225	38	13	15	31	1.87
58174--58236	29	2.2	29	83	8	76	26	11	30	31	1.91
58319--58503	29	6.3	29	76	14	161	32	3	24	39	1.72
58311--58591	59	4.8	57	80	13	243	34	2	24	38	1.69
58457--58603	30	4.9	30	76	11	133	36	1	23	39	1.63
59274--59383	53	2.1	53	96	0	202	36	20	8	35	1.82
60573--60650	6	13.3	6	75	10	72	52	3	1	42	1.27
60573--60650	11	6.7	12	75	8	72	52	3	1	42	1.27
60568--60652	17	4.9	17	77	11	82	50	5	1	42	1.34
60625--60663	17	2.3	17	86	0	51	53	7	2	35	1.43
63303--63352	19	2.6	20	81	6	59	46	26	4	24	1.70
63302--63354	20	2.7	19	80	11	63	43	26	3	26	1.72
66560--66944	29	13.2	30	74	10	242	34	24	3	37	1.71
66560--66944	58	6.6	58	76	5	296	34	24	3	37	1.71
66568--66944	116	3.2	116	80	4	375	34	24	3	37	1.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
67001--67038	17	2.3	16	86	13	51	23	2	0	73	0.95
67785--67810	3	8.7	3	100	0	52	34	30	0	34	1.58
67952--67977	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
68375--68657	153	1.9	151	86	3	406	43	4	7	44	1.52
68434--68984	298	1.8	296	82	6	693	41	3	9	44	1.56
75758--75791	12	2.6	13	90	9	52	29	2	8	58	1.43
77575--77647	30	2.4	30	90	4	112	47	28	4	19	1.67
77794--77837	22	2.0	23	95	4	81	50	18	4	27	1.66
86276--86345	27	2.6	26	84	6	86	34	10	21	34	1.87
86276--86355	27	3.0	27	81	3	81	35	11	21	32	1.89
95827--95862	19	1.9	18	88	5	54	47	0	19	33	1.50
95908--96015	47	2.3	47	87	3	164	32	12	22	32	1.92
98140--98219	40	2.0	40	100	0	160	42	15	10	32	1.79
98833--98908	15	4.8	15	70	27	50	44	0	0	55	0.99
98847--98886	10	3.8	10	83	9	53	42	0	0	57	0.98
98829--98892	11	5.2	12	73	16	51	42	0	0	57	0.98
99668--99702	15	2.4	15	90	4	54	62	2	28	5	1.32
99794--99859	36	1.9	33	84	9	87	53	0	0	46	1.00
99830--99864	16	2.2	16	94	0	61	48	0	0	51	1.00
100364--100414	25	2.0	25	100	0	102	37	0	27	35	1.57
104099--104187	33	2.7	33	86	6	119	32	21	8	37	1.85
111147--111193	21	2.2	21	84	3	58	25	17	25	31	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111911--111963	26	2.1	25	82	6	63	43	3	3	49	1.38
111939--111985	19	2.5	20	82	10	62	51	4	0	44	1.21
119353--119379	6	4.5	6	100	0	54	14	51	0	33	1.43
124763--124904	75	1.9	74	84	5	187	28	17	24	28	1.97
124753--124920	75	2.2	74	78	4	176	28	20	24	26	1.99
130395--130486	26	3.5	26	85	2	105	23	15	29	31	1.95
130384--130495	52	2.2	51	85	4	145	23	16	30	30	1.96
136254--136416	24	6.6	24	67	5	101	19	26	18	35	1.95
136336--136495	50	3.3	50	81	7	166	20	25	17	37	1.94
136229--136422	74	2.6	74	83	2	228	18	26	19	36	1.94
137415--137475	32	1.9	32	96	0	113	31	21	0	47	1.51
138751--138778	13	2.2	13	100	0	56	50	35	7	7	1.57
139800--139935	72	1.9	72	90	1	220	10	13	13	62	1.54
141132--141180	20	2.5	20	75	0	53	28	6	22	42	1.77
143772--143903	49	2.7	49	91	0	219	25	18	34	21	1.96
143863--143933	32	2.2	32	92	0	115	23	14	36	25	1.92
144581--144631	20	2.5	20	96	0	93	23	3	19	52	1.62
146558--146600	17	2.6	17	79	17	54	60	0	6	32	1.23
147948--148082	68	2.0	68	86	4	191	51	4	2	41	1.37
150073--150097	9	2.8	9	100	0	50	24	12	0	64	1.27
161361--161500	46	3.0	47	81	4	156	18	12	18	50	1.78
161495--161533	17	2.4	17	91	4	62	12	17	7	61	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
161480--161725	59	4.2	59	77	4	221	19	13	18	49	1.79
161509--161628	58	2.2	56	85	7	156	16	14	18	50	1.78
161480--161725	117	2.1	117	82	1	287	19	13	18	49	1.79
167939--168035	48	2.0	48	97	0	185	28	4	21	45	1.70
170155--170184	13	2.4	13	94	5	53	76	0	23	0	0.78
170916--170964	16	3.2	16	72	21	59	61	8	0	30	1.25
171046--171135	47	1.9	47	81	4	110	30	6	11	52	1.62
172820--172873	18	3.0	18	86	0	72	40	24	31	3	1.72
172822--172879	6	9.7	6	85	7	55	43	18	32	5	1.73
172945--173034	45	2.0	45	93	0	153	33	30	17	18	1.95
173352--173394	15	2.9	15	82	3	52	51	20	0	27	1.48
176318--176357	19	2.0	19	90	9	62	0	32	2	65	1.06
176619--176691	36	2.1	36	85	12	98	47	2	4	45	1.36
178436--178863	43	10.0	43	85	1	538	25	18	27	28	1.98
178436--178863	171	2.5	171	86	2	590	25	18	27	28	1.98
182747--182842	31	3.2	30	65	21	74	29	5	14	51	1.64
182757--182848	29	3.1	29	65	17	71	30	4	14	51	1.61
182745--182858	60	1.9	60	90	0	183	28	6	13	52	1.63
183085--183128	18	2.5	18	82	14	56	36	0	6	56	1.26
184712--184851	4	35.0	4	68	16	60	70	5	3	20	1.21
184781--184851	12	5.9	12	75	18	76	74	7	0	18	1.03
184775--184852	11	6.7	11	72	18	52	75	6	0	17	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
184835--184869	17	1.9	19	88	11	56	71	8	0	20	1.11
184824--184870	18	2.4	21	77	22	57	72	6	0	21	1.07
185530--185571	21	2.0	21	90	9	68	52	9	9	28	1.65
186803--186850	22	2.1	23	81	11	55	72	4	0	22	1.01
196066--196470	203	2.0	203	92	0	675	37	17	19	25	1.94
199522--199552	11	2.7	12	90	10	55	87	0	12	0	0.55
200118--200998	93	9.4	93	76	7	677	33	16	23	26	1.96
200165--200998	186	4.5	184	78	8	775	33	16	23	26	1.96
200576--201065	180	2.7	180	77	7	386	34	15	23	27	1.94
200576--201184	180	3.3	180	76	8	383	34	15	22	26	1.95

Tables:   1   2