genome.fa.s14694.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014694.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129733, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  570195

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
112--215	41	2.5	42	84	6	133	50	5	0	42	1.32
42--172	70	1.9	67	84	6	172	48	6	0	45	1.27
1--308	112	2.7	113	91	2	539	50	6	0	42	1.31
232--406	42	3.9	44	81	10	212	48	9	0	41	1.39
299--377	8	9.5	8	70	8	50	43	6	1	49	1.36
1--356	112	3.2	107	87	5	428	50	7	0	42	1.32
302--377	16	4.6	16	73	6	62	43	6	1	48	1.37
302--406	50	2.1	50	89	5	158	45	8	0	44	1.40
318--477	77	2.1	75	84	4	205	46	10	1	41	1.48
6321--6362	21	2.0	21	90	0	66	40	16	38	4	1.70
6660--6837	44	4.1	43	86	0	158	25	16	25	33	1.96
6689--6837	44	3.4	44	88	0	201	26	16	22	33	1.96
13245--13325	40	2.0	40	100	0	162	43	22	9	24	1.83
23175--23238	30	2.1	30	88	0	92	31	12	35	20	1.90
31959--32010	27	2.0	26	89	10	81	32	15	13	38	1.86
36614--36669	24	2.3	23	82	8	67	28	26	23	21	1.99
44469--44570	45	2.3	45	84	3	125	29	15	28	26	1.96
44559--44630	30	2.4	30	97	0	135	27	19	26	26	1.99
44544--44630	15	5.8	15	72	0	66	27	19	26	26	1.99
44518--44632	15	7.7	14	67	8	52	27	19	27	25	1.98
44910--45073	82	2.0	82	87	2	240	39	4	14	41	1.67
45490--45562	19	3.9	18	81	13	76	41	2	2	53	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
45519--45578	9	6.3	10	77	11	63	36	1	1	60	1.17
45450--45569	10	12.8	9	69	12	64	40	3	1	54	1.27
49836--49877	20	2.0	21	86	4	59	23	33	0	42	1.55
50285--50366	17	4.6	17	70	18	60	39	2	2	56	1.26
50285--50342	20	3.0	20	65	14	50	36	1	3	58	1.25
53308--53354	20	2.5	18	83	16	60	34	2	2	61	1.20
53315--53354	20	2.0	20	90	9	64	35	2	2	60	1.24
53522--53695	95	1.8	96	85	7	248	48	12	3	35	1.58
53845--53901	19	2.9	18	76	21	53	35	5	0	59	1.20
53964--54009	9	5.0	9	89	2	65	54	2	0	43	1.12
56117--56174	30	1.9	30	89	0	89	50	0	3	46	1.18
67316--68337	341	3.0	339	94	0	1780	36	12	17	34	1.87
69149--69190	18	2.4	18	88	4	59	2	11	14	71	1.24
76545--76586	21	2.0	22	85	4	59	33	11	19	35	1.88
82641--82684	23	2.0	22	86	4	61	43	2	0	54	1.12
82801--82846	13	3.4	13	82	11	56	60	0	4	34	1.16
82803--82834	15	2.2	14	94	5	55	65	0	3	31	1.08
85425--85462	19	2.0	19	85	10	51	44	7	7	39	1.63
86846--86870	12	2.1	12	100	0	50	56	16	0	28	1.41
103830--103889	32	1.9	32	86	3	86	41	13	6	38	1.70
103992--104184	10	19.5	10	66	16	55	59	1	4	34	1.26
103993--104055	33	1.9	33	83	6	83	57	1	0	41	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
104091--104146	28	2.0	28	89	0	85	66	0	5	28	1.14
106861--107596	366	2.0	366	90	0	1157	25	20	22	30	1.98
107880--107932	18	3.1	18	81	10	58	45	1	0	52	1.11
111317--111466	23	6.4	23	80	9	103	11	23	24	41	1.87
111336--111438	45	2.3	46	79	5	120	11	21	27	39	1.88
114308--114354	6	7.8	6	95	0	85	14	68	2	14	1.31
116427--116466	20	2.0	20	85	9	55	62	5	2	30	1.29
117472--117541	31	2.3	31	73	4	72	34	12	14	38	1.84
117802--117848	14	3.3	14	75	13	51	51	0	0	48	1.00
117785--117865	38	2.1	38	84	4	101	49	0	2	48	1.14
118329--118386	29	2.0	29	83	3	73	58	10	12	18	1.61
123422--123479	27	2.1	28	81	9	66	6	13	3	75	1.13
132504--132530	12	2.2	12	100	0	54	40	25	0	33	1.56
134205--134260	23	2.3	23	79	11	60	53	3	1	41	1.29
134907--134988	32	2.8	29	82	12	103	29	9	18	42	1.82
144963--145010	17	2.9	15	87	12	60	0	31	0	68	0.90
144974--145010	15	2.3	17	90	9	60	0	27	0	72	0.84
144967--145012	14	3.3	14	77	19	51	0	30	0	69	0.89
144980--145025	20	2.2	20	88	11	67	0	30	2	67	1.03
144959--145023	17	3.9	18	71	18	52	0	30	1	67	1.00
150295--150359	32	2.1	31	97	2	121	26	13	9	50	1.71
150764--150789	6	4.3	6	100	0	52	19	34	0	46	1.50
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152191--152253	31	2.0	31	100	0	126	22	19	0	58	1.39
159592--159646	26	2.1	26	89	0	83	32	21	18	27	1.96
161273--161343	24	3.0	24	85	4	90	26	23	22	26	2.00
163622--163691	34	2.1	34	100	0	140	22	17	8	51	1.72
164547--164597	8	6.1	8	86	8	75	50	23	0	25	1.49
164540--164605	10	7.2	10	75	19	63	50	21	0	28	1.49
164535--164603	18	3.9	18	86	1	86	49	23	0	27	1.50
164610--164705	10	10.6	10	80	17	104	22	0	27	50	1.50
164612--164704	26	3.6	26	92	0	123	23	0	25	50	1.49
164612--164698	8	10.1	8	90	7	111	24	0	25	50	1.49
166018--166045	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
165566--167667	707	3.0	711	91	2	3267	36	17	15	31	1.91
168868--168941	38	1.9	38	91	0	121	45	12	28	13	1.79
172288--172345	26	2.2	26	87	0	80	32	17	17	32	1.93
172769--172800	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
173357--173401	17	2.6	17	82	3	54	48	15	20	15	1.80
173479--173509	6	5.3	6	92	7	55	70	12	0	16	1.16
183519--183581	26	2.4	26	86	5	83	31	20	17	30	1.96
185232--185287	24	2.3	24	85	11	71	23	28	21	26	1.99
196236--196284	22	2.3	20	83	13	62	28	2	2	67	1.13
196278--196338	20	2.9	21	77	22	65	39	0	6	54	1.27
196278--196343	19	3.2	20	80	20	66	36	0	6	57	1.23
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
196206--196345	77	1.9	75	81	13	171	37	0	4	57	1.23
196422--196448	9	3.0	9	100	0	54	22	11	22	44	1.84
199721--199756	6	6.0	6	100	0	72	33	16	33	16	1.92
203096--203132	16	2.3	16	90	0	56	21	24	5	48	1.71
205524--205577	28	1.9	28	96	0	99	33	14	29	22	1.94
219403--219531	36	3.8	36	80	10	148	33	14	28	23	1.94
224714--225149	49	9.0	48	68	5	158	23	25	14	36	1.93
224740--225176	97	4.5	97	88	1	561	22	25	15	36	1.94
225146--225478	97	3.4	98	83	5	351	21	28	16	33	1.95
224789--225482	49	14.3	48	69	9	235	22	27	15	34	1.94
227474--227500	3	9.0	3	100	0	54	0	33	0	66	0.92
241444--241490	21	2.2	21	85	7	60	61	10	27	0	1.29
242225--242255	13	2.5	13	94	5	55	80	0	19	0	0.71
243739--243778	21	2.0	20	85	5	53	17	27	5	50	1.67
244933--244967	3	11.7	3	93	0	61	65	0	2	31	1.07
248381--248409	14	2.1	14	100	0	58	41	27	6	24	1.80
251625--251727	51	2.0	51	100	0	206	43	5	13	36	1.68
254211--254270	30	2.0	30	100	0	120	30	30	16	23	1.96
258435--258475	21	2.0	21	90	0	64	39	4	0	56	1.21
264721--264817	49	2.0	49	86	11	137	28	14	10	46	1.77
268362--268443	43	1.9	43	94	0	146	25	21	26	25	2.00
269013--269037	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
281391--281425	17	2.1	17	88	0	52	71	0	28	0	0.86
281910--281954	3	15.0	3	90	0	72	66	0	33	0	0.92
282465--282502	17	2.2	17	86	9	51	15	7	15	60	1.57
293399--293432	15	2.3	15	90	5	52	85	0	14	0	0.60
295936--295960	13	1.9	13	100	0	50	0	20	0	80	0.72
299846--299903	20	2.9	20	84	0	62	29	13	27	29	1.94
300090--300140	20	2.5	20	83	0	66	35	11	25	27	1.91
312556--312634	38	2.1	39	87	2	115	46	0	2	50	1.14
313618--313682	20	3.4	19	68	20	55	47	1	0	50	1.10
316465--316615	35	4.3	35	84	2	169	37	11	20	30	1.89

Tables:   1   2