genome.fa.s14705.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014705.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129744, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  370394

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1120--1432	86	3.7	85	82	3	344	25	17	26	30	1.97
1123--1443	43	7.5	43	82	2	308	24	17	26	31	1.97
1744--1796	7	7.7	7	80	4	54	20	15	20	43	1.88
1744--1798	21	2.7	20	86	5	83	20	14	20	45	1.85
2209--2371	83	2.0	83	96	0	299	38	16	7	36	1.78
4831--4922	21	4.4	21	86	2	105	29	26	13	31	1.93
5274--5313	18	2.2	18	100	0	80	45	27	0	27	1.54
9729--9761	17	1.9	17	88	11	50	27	0	6	66	1.15
10016--10112	52	1.9	52	83	8	128	35	14	12	38	1.84
12259--12292	18	1.9	17	88	5	50	8	26	0	64	1.22
13275--13346	28	2.6	27	80	10	83	15	12	2	69	1.30
13906--14036	50	2.6	50	81	6	147	36	11	16	35	1.84
14078--14142	33	1.9	34	87	3	96	44	9	13	32	1.76
14239--14271	17	1.9	17	88	11	50	66	6	0	27	1.15
19719--19766	7	6.4	7	79	11	51	22	0	0	77	0.78
23524--23564	20	2.0	21	85	4	57	65	4	4	24	1.32
23593--23632	21	2.0	20	95	5	71	70	5	0	25	1.08
23976--24042	15	4.4	14	75	25	57	67	5	1	25	1.22
23993--24049	20	2.7	21	76	10	64	66	3	1	28	1.18
24653--24707	20	2.8	19	73	10	58	27	3	3	65	1.26
25858--25903	15	3.1	15	79	17	51	45	0	2	52	1.13
26274--26325	21	2.5	20	84	9	77	30	0	0	69	0.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26277--26352	24	3.2	24	79	16	72	27	1	1	69	1.04
27759--27792	13	2.6	13	80	0	50	35	0	0	64	0.94
28078--28106	14	2.1	14	100	0	58	20	13	13	51	1.75
28246--28599	164	2.2	161	83	6	430	30	12	10	46	1.75
28246--28599	82	4.4	82	83	4	389	30	12	10	46	1.75
28954--29023	6	12.0	6	77	10	74	41	1	4	52	1.30
28957--29008	11	4.5	11	78	7	59	42	1	1	53	1.23
28954--29008	23	2.4	23	93	0	92	41	1	1	54	1.21
28976--29023	17	2.8	17	90	9	71	39	0	6	54	1.26
28954--29030	17	4.5	17	81	3	66	41	1	3	53	1.27
29733--29845	3	35.7	3	69	13	57	55	3	2	38	1.31
29718--29845	13	9.0	14	70	19	61	55	3	3	37	1.34
30998--31084	30	2.9	29	89	5	131	35	29	2	32	1.70
31115--31247	58	2.3	59	77	3	135	34	21	4	39	1.73
31235--31293	28	2.1	28	87	0	82	37	28	6	27	1.82
42957--43163	115	1.8	114	91	1	342	35	17	23	23	1.96
43026--43661	206	3.2	203	85	2	756	34	19	23	23	1.96
44022--44066	17	2.6	18	82	3	56	40	4	2	53	1.33
44036--44086	23	2.2	23	85	0	66	45	3	1	49	1.32
44051--44108	23	2.5	23	86	5	73	44	3	3	48	1.36
44817--44938	3	38.7	3	76	12	102	58	2	1	37	1.21
44817--44938	10	12.9	9	77	11	102	58	2	1	37	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44816--44938	13	8.9	14	75	19	84	57	2	1	38	1.22
46043--46213	30	5.8	29	71	13	109	37	21	4	36	1.73
46069--46172	29	3.6	29	78	15	117	36	25	3	34	1.74
46044--46217	58	2.9	59	87	2	233	36	22	4	36	1.74
46199--46376	29	6.2	28	69	17	96	35	25	5	33	1.78
46052--46333	58	4.8	58	78	8	227	34	23	4	37	1.76
46314--46375	28	2.2	28	94	0	106	38	32	4	24	1.76
49692--49744	19	2.7	20	85	8	72	60	7	15	16	1.57
50144--50186	17	2.6	17	85	10	54	0	34	4	60	1.17
62187--62236	25	2.0	25	100	0	100	24	4	24	48	1.68
66997--67119	29	4.3	29	73	9	99	26	8	11	52	1.66
67330--67501	61	2.9	59	83	8	206	48	10	13	27	1.75
67328--67523	60	3.3	57	75	14	164	47	11	13	27	1.76
79282--79306	13	1.9	13	100	0	50	56	0	40	4	1.18
79742--79782	20	2.0	21	90	4	66	14	4	12	68	1.36
85259--85318	25	2.5	25	94	5	106	25	16	23	35	1.95
90593--90648	19	2.8	20	78	5	69	25	16	32	26	1.96
90592--90655	20	3.3	18	74	22	58	26	15	32	25	1.95
93101--93149	19	2.5	20	90	3	73	46	2	0	51	1.12
93766--93833	18	3.3	18	68	27	55	45	0	1	52	1.09
93778--93858	24	3.6	23	68	19	62	45	0	2	51	1.14
93766--93856	44	2.1	44	97	0	173	46	0	2	51	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
95156--95205	26	1.9	26	87	0	73	34	16	16	34	1.90
96646--96702	22	2.7	20	70	21	53	36	1	3	57	1.26
104236--104266	16	1.9	16	93	0	53	16	35	9	38	1.81
104351--104462	56	2.0	56	85	3	154	45	6	18	29	1.74
105036--105077	20	2.3	17	88	12	57	52	0	0	47	1.00
106803--106851	25	1.9	26	83	4	64	46	16	0	36	1.47
108179--108208	15	2.0	15	100	0	60	33	20	13	33	1.91
118369--118421	21	2.5	21	75	6	54	37	26	7	28	1.83
119105--119156	25	2.1	25	88	0	77	28	17	21	32	1.96
132325--132386	7	9.1	7	73	7	56	27	24	11	37	1.89
142473--143027	277	2.0	281	90	1	875	37	14	19	27	1.91
146639--146693	24	2.5	21	80	11	56	3	23	0	72	1.00
162082--162121	18	2.3	18	86	4	55	57	10	12	20	1.63
170759--171101	80	4.3	80	81	4	372	35	24	16	22	1.95
170759--171101	160	2.1	158	82	4	411	35	24	16	22	1.95
171556--171611	2	28.0	2	77	0	58	44	5	5	44	1.49
174109--174216	40	2.7	40	78	4	121	32	24	14	28	1.95
174934--174968	13	2.7	13	83	16	54	22	0	0	77	0.78
174932--174974	22	2.0	22	90	9	70	23	2	0	74	0.93
175092--175134	10	4.1	10	79	8	50	72	2	2	23	1.08
175095--175146	17	3.1	17	81	8	52	71	3	1	23	1.13
176107--176321	30	7.2	30	80	3	202	35	23	6	33	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
176107--176318	59	3.5	60	77	6	216	36	22	6	34	1.80
176121--176321	89	2.2	88	80	6	242	35	22	6	34	1.80
176487--176540	18	2.9	19	75	25	62	24	1	7	66	1.27
177679--177723	19	2.4	19	88	7	65	24	0	17	57	1.40
178685--178731	19	2.5	19	79	10	51	38	10	8	42	1.70
184683--184793	24	4.6	24	82	0	132	48	9	15	26	1.76
184683--184793	48	2.3	48	90	0	177	48	9	15	26	1.76
187875--188056	100	1.8	100	84	7	253	28	18	18	34	1.95
188706--188743	20	1.9	20	94	0	67	52	5	21	21	1.66
188705--188750	20	2.3	20	80	0	65	52	8	17	21	1.71
189148--189247	45	2.2	47	85	7	134	17	20	11	52	1.74
190827--190875	15	3.3	15	79	0	62	22	6	30	40	1.78
190811--190875	30	2.2	30	85	0	85	24	6	29	40	1.79
190821--190892	30	2.4	30	75	9	74	25	12	23	38	1.90
192474--192508	17	2.1	17	100	0	70	57	11	20	11	1.64
193319--193394	22	3.4	22	78	12	66	68	5	2	23	1.23
193552--193636	14	5.7	15	69	19	61	67	2	7	23	1.28
193605--193643	13	2.9	13	88	11	53	79	0	0	20	0.73
193579--193642	31	2.1	31	82	5	76	71	1	6	20	1.15
198329--198396	28	2.4	29	85	5	93	38	27	16	17	1.91
198406--198539	28	4.8	28	73	9	112	35	26	17	20	1.95
199650--199704	4	14.8	4	81	11	64	72	1	1	23	1.04
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
199650--199704	7	7.4	7	84	12	58	72	1	1	23	1.04
199655--199688	10	3.2	10	91	8	50	73	0	0	26	0.83
199772--199831	23	2.7	23	78	21	65	73	0	5	21	1.02
200988--201031	23	1.9	23	90	0	70	50	18	11	20	1.77
209220--209486	82	3.3	81	88	2	392	23	19	24	32	1.97
217185--217231	21	2.2	22	81	11	62	48	0	14	36	1.44
218198--218408	94	2.2	94	89	1	316	29	18	25	25	1.98
219647--219672	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
220151--220230	24	3.3	24	100	0	160	25	28	35	11	1.90
223533--223596	25	2.6	25	75	7	67	53	1	4	40	1.31

Tables:   1   2