genome.fa.s14734.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014734.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129773, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  222657

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 145 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8148--8211	18	3.6	18	75	8	67	23	21	23	31	1.99
9247--9286	22	1.9	20	85	10	53	52	0	5	42	1.23
9332--9373	14	2.9	15	79	10	52	19	2	7	71	1.20
12387--12455	6	12.0	6	78	17	67	49	1	2	46	1.25
12397--12462	11	5.9	11	75	22	66	54	1	1	42	1.18
15431--15493	29	2.2	29	86	8	92	20	33	1	44	1.61
17505--17639	23	5.9	22	78	12	103	10	6	18	64	1.46
17561--17616	24	2.3	24	90	3	85	8	7	14	69	1.35
17630--17760	12	11.3	12	75	6	110	6	5	19	67	1.33
17627--17758	36	3.8	36	77	9	148	7	6	19	66	1.38
17690--17775	44	2.0	43	90	2	136	11	3	18	66	1.37
17780--17824	23	2.0	23	81	0	54	24	6	4	64	1.37
18000--18266	50	5.3	50	84	1	320	35	16	27	20	1.94
18000--18252	99	2.5	100	84	2	319	35	16	27	20	1.94
18188--18265	26	3.0	26	73	10	79	32	20	29	17	1.96
23125--23162	18	2.1	18	90	0	58	26	13	13	47	1.79
23519--23555	19	2.0	19	89	5	58	35	2	0	62	1.10
29245--29589	30	11.7	29	78	4	269	35	2	26	35	1.71
29273--29589	59	5.4	57	79	6	292	35	2	26	35	1.70
29326--29589	119	2.2	118	82	7	320	35	2	25	36	1.69
31608--32360	210	3.6	210	89	1	1087	22	21	17	37	1.94
32156--32481	121	2.7	123	86	5	430	20	18	19	41	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32324--32673	162	2.2	159	84	3	443	21	20	18	39	1.92
32645--32865	48	4.6	48	79	2	210	22	23	15	38	1.92
42366--42413	12	3.9	12	80	2	60	10	16	14	58	1.63
46155--46585	30	14.6	29	80	6	357	38	2	23	35	1.68
46149--46597	177	2.5	176	80	8	471	39	2	23	34	1.70
49820--49881	31	2.1	30	85	8	83	53	4	1	40	1.32
50113--50210	10	10.0	10	70	17	55	57	1	0	41	1.05
50135--50210	10	7.7	10	75	12	77	59	0	0	40	0.98
57828--57896	22	3.1	23	83	10	81	10	23	21	44	1.82
59420--59748	158	2.1	158	82	4	405	23	23	24	29	1.99
71130--71180	24	2.1	24	92	0	84	56	7	11	23	1.61
73070--73120	24	2.1	24	92	0	84	58	9	9	21	1.58
75791--76343	293	1.9	289	94	2	973	32	18	9	39	1.83
77289--77368	37	2.1	37	97	2	151	26	18	7	47	1.75
77928--77971	23	1.9	23	90	0	70	61	6	0	31	1.22
77932--77974	11	3.8	11	80	17	52	65	4	0	30	1.13
77929--78006	27	2.9	27	78	16	83	58	6	0	34	1.23
93032--93080	23	2.1	23	100	0	98	32	12	20	34	1.90
96985--97040	29	2.0	28	89	3	85	42	0	0	57	0.99
97005--97038	17	2.0	17	88	0	50	41	0	0	58	0.98
96985--97060	29	2.6	28	84	12	75	40	1	2	55	1.22
97390--97467	6	13.7	6	70	15	58	43	1	3	51	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97390--97467	17	4.6	17	78	9	79	43	1	3	51	1.28
97390--97467	34	2.3	34	84	0	93	43	1	3	51	1.28
98125--98202	3	26.0	3	87	5	95	58	0	1	39	1.06
99453--99683	30	7.9	28	80	9	241	35	27	3	34	1.73
99457--99683	59	3.9	57	82	8	260	35	26	3	34	1.72
99638--99799	58	2.8	57	75	4	155	33	28	5	32	1.80
99785--99846	28	2.2	28	88	0	88	33	30	8	27	1.86
99884--99917	16	2.1	16	100	0	68	29	17	5	47	1.71
111549--112219	206	3.2	205	86	3	889	35	19	22	22	1.96
112542--112636	6	16.7	6	69	14	67	44	1	3	51	1.24
112542--112636	17	5.6	17	80	7	95	44	1	3	51	1.24
113127--113171	3	15.0	3	83	0	54	60	4	0	35	1.17
113191--113218	10	2.8	10	100	0	56	42	0	7	50	1.30
114081--114278	30	6.7	29	83	4	218	33	29	3	33	1.73
114081--114278	59	3.3	59	83	5	222	33	29	3	33	1.73
114172--114369	58	3.4	58	81	2	218	31	29	5	33	1.80
114082--114365	29	9.7	28	73	11	155	32	29	4	33	1.78
114379--114439	27	2.2	28	91	2	97	34	31	8	26	1.86
117322--117364	4	10.5	4	85	5	59	48	25	2	23	1.62
127690--127752	31	2.0	31	84	3	81	42	12	6	38	1.68
131287--131311	12	2.1	12	100	0	50	8	8	0	84	0.79
133513--133559	22	2.1	22	96	0	85	17	14	12	55	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135083--135265	96	1.9	97	83	7	239	36	14	19	30	1.91
135485--135547	27	2.2	28	88	5	92	26	9	28	34	1.88
135622--135792	59	2.9	59	77	15	158	29	4	28	38	1.75
135622--135795	30	5.9	29	81	6	181	28	4	29	37	1.75
136857--136949	3	29.3	3	79	8	60	30	6	5	58	1.46
137593--137638	24	2.0	23	91	4	74	47	0	2	50	1.13
137606--137685	17	4.6	17	76	7	81	47	1	3	47	1.28
137606--137685	34	2.3	34	80	6	90	47	1	3	47	1.28
138086--138880	205	3.9	205	90	2	1186	20	23	20	35	1.96
138691--139011	169	1.9	170	81	5	398	19	22	20	37	1.94
139788--139852	30	2.1	31	83	11	80	10	24	13	50	1.74
142453--142492	19	2.1	19	100	0	80	15	22	25	37	1.93
144315--144758	221	2.0	221	98	0	852	25	24	17	32	1.97
150888--150937	24	2.1	24	96	0	91	54	2	24	20	1.55
151120--151221	29	3.5	29	79	11	102	31	3	29	35	1.76
151120--151401	30	9.6	29	79	10	220	31	2	29	36	1.69
151119--151407	59	4.9	60	81	9	292	31	2	28	37	1.70
151178--151407	30	7.7	30	84	6	265	31	1	29	37	1.68
151172--151408	88	2.7	85	83	7	246	30	1	29	37	1.67
152221--152313	3	29.3	3	81	8	96	32	2	5	60	1.31
152957--153025	17	4.1	16	75	15	59	49	1	5	43	1.35
154770--154806	19	1.9	19	100	0	74	48	0	10	40	1.38
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
163826--163899	19	3.9	20	77	10	75	54	5	4	36	1.43
164648--164694	12	4.0	12	84	13	62	51	0	0	48	1.00
164824--164869	20	2.2	21	81	18	60	30	0	8	60	1.26
166119--166151	14	2.3	15	90	10	52	60	3	0	36	1.12
175332--175375	23	2.0	22	86	8	63	52	13	11	22	1.72
178758--179224	49	9.5	48	75	12	376	39	21	25	12	1.89
178706--179162	146	3.1	147	78	8	393	39	21	25	13	1.90
178758--179235	196	2.4	193	86	5	634	39	21	25	13	1.90
178911--179217	48	6.1	54	75	13	189	39	22	26	12	1.89
179007--179302	151	1.9	153	80	6	341	39	20	24	15	1.92
179724--179945	39	5.7	39	71	10	157	24	30	19	24	1.98
179714--179947	78	3.0	79	87	3	330	24	30	20	25	1.98
180365--180446	6	14.5	6	68	16	59	41	0	3	54	1.18
180374--180457	17	5.4	17	71	25	78	39	0	5	54	1.25
180375--180428	27	2.0	27	100	0	108	37	0	3	59	1.15
180392--180446	16	3.4	16	87	5	83	41	0	3	54	1.18
180392--180475	33	2.5	34	84	3	107	42	1	5	50	1.34
180382--180443	27	2.3	26	86	10	81	37	0	4	58	1.20
182196--182390	30	6.7	29	75	9	137	32	25	4	37	1.75
182218--182460	29	8.3	28	75	13	136	31	24	3	40	1.73
182201--182397	59	3.4	58	80	9	161	32	24	4	38	1.75
182299--182448	58	2.6	57	84	7	187	33	25	2	38	1.70
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182269--182514	87	2.8	86	79	9	216	32	22	4	41	1.73
182309--182506	29	6.9	29	72	14	133	30	25	4	40	1.74
182299--182506	57	3.6	57	78	8	183	32	24	3	39	1.73
182309--182521	87	2.5	88	80	6	249	29	26	4	39	1.76
182234--182521	30	9.9	30	71	12	156	30	24	4	40	1.76
182411--182551	58	2.4	57	79	6	133	29	26	7	37	1.83
182750--182931	96	1.9	97	85	5	253	31	17	13	38	1.88
187395--187429	13	2.6	13	90	4	52	82	0	14	2	0.77
187819--188106	48	5.8	48	76	13	260	37	22	25	14	1.93
187988--188098	54	2.1	54	94	3	197	41	21	27	9	1.85

Tables:   1   2