genome.fa.s14753.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014753.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129792, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  729234

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8712--8755	6	7.2	6	90	10	63	79	0	20	0	0.73
8711--8755	20	2.4	19	92	7	74	77	0	22	0	0.76
12149--12190	20	2.1	20	86	0	57	35	28	7	28	1.84
20469--20511	12	3.6	12	83	0	59	62	2	34	0	1.08
20817--20866	17	2.8	18	81	6	57	14	20	14	52	1.75
21777--21817	21	2.0	21	90	4	66	24	14	14	46	1.82
26283--26321	17	2.3	17	95	0	69	53	12	17	15	1.72
37251--37392	72	2.0	72	91	0	230	42	12	20	23	1.86
47533--47572	21	1.9	21	85	10	55	40	17	12	30	1.86
54128--54175	18	2.7	18	76	0	51	39	27	14	18	1.90
59716--59760	2	23.5	2	91	8	76	51	0	0	48	1.00
70500--70543	20	2.2	20	91	0	70	11	13	2	72	1.21
72890--72931	17	2.5	16	82	17	50	16	14	19	50	1.79
73491--73536	10	4.3	11	86	8	60	78	0	21	0	0.76
81107--81184	30	2.6	30	78	13	88	57	1	2	38	1.20
81746--81783	19	1.9	19	89	5	58	42	5	5	47	1.48
81883--81920	15	2.4	17	86	8	53	18	7	2	71	1.23
97477--97508	17	1.9	17	93	6	57	56	0	18	25	1.42
98500--98530	10	3.0	10	90	9	53	22	0	0	77	0.77
99282--99644	101	3.6	101	82	3	410	28	18	17	36	1.93
100105--100182	38	2.1	38	95	0	138	23	17	25	33	1.96
100117--100199	38	2.2	38	82	0	94	28	19	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
101214--101247	17	2.0	17	88	0	50	55	14	14	14	1.69
103530--103582	26	2.0	27	82	10	65	28	24	16	30	1.97
103549--103628	38	2.1	37	81	9	90	27	20	18	33	1.96
105277--105309	17	1.9	17	93	0	57	54	6	18	21	1.64
105746--105792	21	2.2	20	79	17	51	31	42	2	23	1.66
112710--113204	149	3.3	147	83	5	591	43	10	3	43	1.55
114044--114649	42	14.5	42	88	1	811	35	23	20	20	1.96
115050--115088	18	2.2	19	86	9	55	5	12	0	82	0.83
119829--119884	16	3.5	16	82	4	60	50	0	25	25	1.50
124211--124265	24	2.3	25	75	6	60	49	0	0	50	1.00
125897--126394	150	3.3	149	88	3	685	44	9	3	43	1.53
126827--126864	3	12.7	3	100	0	76	65	0	0	34	0.93
135372--135398	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
136128--136241	47	2.4	48	82	1	140	35	20	13	30	1.90
154407--154438	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
155705--155747	15	2.9	15	80	13	54	27	34	6	30	1.83
155706--155752	14	3.4	14	82	14	53	27	31	8	31	1.87
171595--171643	21	2.4	19	77	16	53	32	14	22	30	1.93
176303--176649	165	2.2	164	83	6	433	44	11	18	25	1.84
189126--189178	20	2.6	21	82	8	65	66	9	9	15	1.45
196544--196568	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
196954--196999	24	1.9	24	82	8	58	45	17	10	26	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
197624--197658	18	1.9	18	88	0	52	2	31	0	65	1.07
204624--204693	30	2.3	30	85	0	95	44	11	10	34	1.74
213627--213673	23	2.0	24	87	4	69	59	23	0	17	1.37
217045--217087	22	2.0	22	95	0	77	62	25	2	9	1.37
219238--219312	26	2.9	25	84	5	96	45	12	12	30	1.77
222602--222677	24	3.1	25	81	7	84	27	21	17	34	1.95
222698--222784	24	3.6	24	90	0	138	22	22	19	34	1.97
223934--223983	3	16.7	3	95	0	91	32	2	0	66	1.03
227550--227647	25	4.0	25	77	5	101	28	20	21	29	1.98
228175--228214	21	1.9	21	89	0	62	27	17	20	35	1.95
242406--242449	20	2.2	20	95	4	79	4	34	0	61	1.16
246510--246682	90	1.9	90	98	0	337	20	20	15	43	1.88
249459--249516	29	2.0	30	82	3	73	44	1	1	51	1.21
249518--249561	19	2.4	19	84	3	54	50	0	0	50	1.00
260189--260232	15	2.9	15	82	0	52	27	38	15	18	1.91
260240--260300	18	3.6	18	70	26	60	21	34	19	24	1.96
260251--260316	33	2.0	33	96	0	123	22	34	21	21	1.96
260257--260318	18	3.6	18	69	20	60	22	33	20	22	1.97
269630--269682	25	2.1	25	85	0	70	24	18	24	32	1.97
273491--273842	120	2.9	119	86	1	490	30	25	15	28	1.96
277528--277594	32	2.1	32	85	0	89	26	0	23	49	1.51
277607--277693	45	2.0	45	90	2	140	22	0	32	44	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278791--278835	22	2.0	22	91	0	72	17	8	17	55	1.67
280152--280447	161	1.8	159	84	5	400	31	16	17	34	1.92
283139--283260	63	1.9	63	88	3	183	26	50	1	21	1.58
283221--283257	18	2.1	18	94	0	65	18	62	0	18	1.34
283190--283541	54	6.2	54	67	16	178	26	51	2	19	1.60
283276--283310	18	1.9	18	94	0	61	28	54	0	17	1.43
283329--283379	15	3.2	15	76	15	57	27	58	0	13	1.36
283190--283523	177	1.9	177	93	0	578	26	51	2	19	1.59
283164--283560	177	2.3	176	84	7	567	25	51	2	20	1.59
285210--285295	45	1.9	45	90	2	138	43	32	1	23	1.61
285308--285406	32	3.1	32	72	7	85	46	24	2	27	1.63
285307--285384	32	2.4	33	76	4	86	50	23	2	24	1.62
293773--293870	43	2.3	43	85	1	133	17	16	36	29	1.92
293836--293978	72	2.0	72	90	0	223	18	16	38	27	1.91
296425--296449	2	12.5	2	100	0	50	52	0	0	48	1.00
296449--296475	2	13.5	2	100	0	54	51	0	48	0	1.00
305789--305937	28	5.3	28	74	9	133	24	18	23	33	1.97
305760--305938	56	3.2	56	87	0	250	24	16	24	34	1.95
318430--318465	18	2.0	18	89	10	56	55	0	0	44	0.99
321735--321784	25	2.0	25	92	0	82	36	20	14	30	1.91
321963--322209	93	2.6	92	79	8	250	49	12	17	20	1.78
325682--325747	28	2.2	30	82	15	84	37	6	9	46	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
331501--331548	16	3.2	15	82	8	62	54	2	0	43	1.12
331499--331546	14	3.3	15	83	11	64	54	2	0	43	1.12
332739--332775	19	1.9	19	88	0	56	67	2	8	21	1.29
333113--333138	13	2.0	13	100	0	52	30	7	7	53	1.57
350624--350656	13	2.7	12	90	9	57	0	9	0	90	0.44
356824--356856	17	2.0	16	94	5	57	0	15	6	78	0.93
368942--368975	16	2.2	16	89	5	52	35	38	5	20	1.77
376624--376669	24	1.9	24	100	0	92	17	19	23	39	1.92
391788--391822	17	2.1	17	94	0	61	28	22	14	34	1.93
395448--395495	24	1.9	26	83	8	64	4	16	4	75	1.12
408544--409165	81	7.7	81	86	2	756	29	26	17	26	1.97
408544--409079	244	2.2	244	89	2	801	30	26	16	26	1.97
408544--409165	39	15.4	39	73	11	425	29	26	17	26	1.97
411005--411049	22	2.0	23	86	4	65	26	2	4	66	1.22
421429--421473	22	2.0	22	87	8	65	57	0	0	42	0.98
427902--427988	36	2.4	36	80	0	111	35	5	21	36	1.78
428360--428442	23	3.6	23	86	0	112	33	4	13	48	1.63
428459--428538	16	5.1	17	70	18	66	36	5	21	37	1.75
428452--428562	48	2.3	48	96	1	204	36	6	19	37	1.78
428449--428561	23	4.7	25	73	21	107	36	6	20	37	1.78
428505--428626	58	2.1	57	83	3	163	32	5	21	40	1.77
428431--428623	106	1.8	107	83	1	262	36	6	18	38	1.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
433025--433065	21	2.0	21	90	0	64	43	19	12	24	1.85
435457--435502	22	2.1	22	83	0	56	10	10	39	39	1.76
441142--441198	22	2.7	21	76	7	62	61	14	0	24	1.33
442245--442284	21	1.9	21	94	0	71	37	25	17	20	1.94
442244--442334	28	3.2	28	77	10	105	36	20	18	24	1.95
442323--442389	18	3.7	18	80	7	73	32	20	25	20	1.97
442359--442403	18	2.5	18	85	0	63	33	22	24	20	1.97
443573--443621	21	2.3	21	100	0	98	30	22	4	42	1.72
452661--452688	3	9.3	3	100	0	56	0	32	0	67	0.91
452714--453099	51	7.7	50	67	16	149	45	10	2	41	1.51

Tables:   1   2