genome.fa.s14761.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014761.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129800, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  255316

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
111--196	3	28.3	3	79	6	93	37	1	3	58	1.23
881--948	6	11.7	6	77	17	72	51	1	1	45	1.19
881--950	11	6.1	11	74	14	61	50	1	1	47	1.19
879--948	17	4.1	17	85	10	97	52	1	1	44	1.18
3344--4091	44	16.8	44	82	2	471	23	16	27	32	1.96
3371--3866	88	5.6	88	80	2	519	22	17	29	29	1.97
3563--4110	46	12.1	46	78	8	176	24	15	27	33	1.95
3381--4110	180	4.1	178	78	6	638	23	15	28	32	1.95
3864--4119	46	5.6	46	83	4	205	25	11	25	37	1.90
4194--4391	100	2.0	99	79	8	215	26	20	17	36	1.94
4226--4499	99	2.8	101	78	8	267	25	22	17	35	1.95
10620--10674	12	4.5	12	79	4	65	0	10	10	78	0.98
10620--10674	25	2.2	24	84	9	67	0	10	10	78	0.98
12092--12287	52	3.8	52	85	2	234	34	23	15	26	1.95
12092--12287	104	1.9	104	85	4	270	34	23	15	26	1.95
17964--18005	3	14.0	3	100	0	84	33	0	0	66	0.92
18551--18584	17	2.0	17	88	0	50	58	8	17	14	1.61
20703--20733	2	15.5	2	100	0	62	48	0	51	0	1.00
20734--20760	12	2.2	12	100	0	54	0	33	0	66	0.92
25857--25903	24	2.0	24	83	8	60	12	14	0	72	1.13
26108--26561	200	2.3	199	86	5	644	32	7	15	43	1.75
27703--27749	19	2.4	20	89	3	69	46	6	10	36	1.64
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34367--34406	21	1.9	21	94	0	71	67	0	10	22	1.20
38902--39078	41	4.2	41	84	5	203	27	27	9	35	1.88
39817--39880	19	3.2	19	72	12	65	35	15	0	48	1.46
39823--39896	22	3.5	21	80	12	98	32	16	0	51	1.45
39823--39905	41	2.0	41	100	0	166	31	16	0	51	1.45
39822--39910	22	4.2	21	74	9	74	33	15	0	50	1.45
44286--44349	27	2.4	27	84	2	76	42	1	4	51	1.32
44300--44356	27	2.1	27	80	6	62	49	0	5	45	1.24
47591--47788	40	4.9	40	82	1	225	27	23	17	31	1.97
47586--47788	81	2.5	80	83	0	235	27	24	16	31	1.96
50309--50358	24	2.1	24	96	0	91	16	18	16	50	1.79
51395--51449	27	2.0	27	100	0	110	30	10	29	29	1.91
55987--56086	32	2.9	35	68	19	102	41	12	6	41	1.67
55956--56086	67	2.0	67	100	0	262	41	12	6	39	1.67
55959--56062	32	3.2	32	69	17	104	43	11	5	39	1.65
60202--60226	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
68069--68143	39	1.9	39	86	10	109	30	13	16	40	1.86
79952--80145	97	2.0	97	91	0	316	38	15	17	28	1.90
80425--80678	29	8.7	29	75	10	214	39	3	22	34	1.72
80496--80655	59	2.7	58	86	5	207	38	3	23	34	1.71
80411--80655	117	2.1	117	79	9	270	37	3	23	35	1.71
80546--80709	87	1.9	89	87	5	244	40	2	21	35	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
80411--80730	29	10.9	29	72	14	176	38	2	22	36	1.69
82462--82538	6	13.7	6	77	13	83	54	1	0	44	1.08
82450--82538	17	5.4	16	82	6	106	51	1	2	44	1.21
82460--82555	17	5.7	17	85	1	122	56	4	0	39	1.19
82462--82538	11	6.9	11	75	12	77	54	1	0	44	1.08
82995--83962	39	24.9	37	70	12	349	26	19	29	24	1.98
83008--83104	38	2.5	38	80	11	117	24	23	30	19	1.98
83276--83962	78	8.8	78	77	7	437	26	20	29	23	1.99
83286--83962	156	4.3	155	78	4	549	26	20	29	23	1.98
88623--88661	17	2.4	16	86	4	51	43	0	2	53	1.14
89248--89299	25	2.0	26	92	3	88	55	0	9	34	1.32
90328--90603	29	9.5	29	74	9	147	38	25	2	34	1.70
90415--90660	29	8.6	29	72	11	134	36	27	2	32	1.72
90456--90665	86	2.4	87	80	9	209	34	29	3	32	1.74
94857--94917	10	5.8	10	78	16	52	85	6	6	1	0.81
94857--94918	22	2.9	22	81	9	67	83	6	8	1	0.86
94969--95001	16	2.2	15	89	10	50	81	0	18	0	0.68
94887--95036	80	1.9	82	79	10	175	63	12	14	9	1.52
95871--95953	14	5.9	13	76	17	53	77	0	18	4	0.95
95873--95943	25	2.8	25	79	10	65	77	0	18	4	0.93
95896--95954	13	4.5	13	80	4	66	77	0	20	1	0.85
97494--97763	85	3.2	85	85	0	342	36	17	24	21	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
97651--98357	208	3.4	207	82	4	825	36	16	22	24	1.94
98173--98530	173	2.1	172	87	0	500	36	18	22	22	1.95
98322--98735	208	2.0	210	87	1	600	37	19	22	21	1.94
99105--99166	17	3.6	17	76	8	72	30	1	9	58	1.40
99621--99660	18	2.3	19	79	16	50	35	5	12	47	1.63
99755--99804	25	2.0	25	96	0	91	54	0	10	36	1.34
100703--101074	29	12.7	30	78	9	272	37	25	3	34	1.73
100942--101102	86	1.9	86	80	2	189	35	26	5	32	1.80
105463--105671	29	7.2	28	77	10	138	38	3	25	32	1.74
105485--105555	31	2.4	28	79	9	79	33	2	30	32	1.72
105534--105595	27	2.3	27	82	2	70	46	4	19	29	1.70
105586--105692	31	3.6	30	81	8	121	38	4	23	33	1.76
105455--105671	115	1.9	116	82	6	280	38	3	24	33	1.73
105471--105711	30	8.2	31	75	12	131	37	4	26	31	1.75
107387--107463	6	13.7	6	75	13	74	54	1	1	42	1.16
107375--107463	17	5.4	16	82	6	106	51	1	3	43	1.25
107387--107463	11	6.9	11	74	12	68	54	1	1	42	1.16
107385--107463	17	4.7	17	85	1	115	55	1	1	41	1.16
107408--107452	23	2.0	23	86	0	63	53	2	2	42	1.25
107385--107480	17	5.7	17	82	1	104	58	3	1	37	1.21
116292--116353	29	2.1	29	84	0	79	35	19	16	29	1.93
118542--118587	24	1.9	24	86	8	67	30	15	23	30	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
118986--119116	53	2.5	53	88	0	190	30	25	11	32	1.91
120282--120306	12	2.1	12	100	0	50	52	16	16	16	1.76
134644--134703	31	1.9	31	100	0	120	40	10	18	31	1.84
142189--142213	9	2.8	9	100	0	50	60	0	0	40	0.97
142200--142259	20	3.3	18	78	15	61	66	1	0	31	1.01
142182--142280	40	2.5	38	82	12	112	59	1	0	39	1.04
142288--142489	100	2.0	99	97	1	386	33	15	14	36	1.88
145048--145090	14	3.1	13	81	15	50	11	0	37	51	1.39
145111--145174	29	2.2	30	78	13	71	18	1	21	57	1.48
145162--145225	29	2.2	29	85	0	83	20	0	25	54	1.44
148428--148653	30	7.6	30	80	8	255	34	3	26	34	1.75
148386--148651	58	4.4	59	78	9	254	33	4	26	36	1.76
148386--148669	59	4.8	60	78	8	267	33	4	27	34	1.76
149802--149879	3	25.0	3	82	7	75	39	0	0	60	0.97
149802--149874	25	2.8	25	89	6	101	39	0	0	60	0.97
149802--149880	28	2.8	28	96	3	142	40	0	0	59	0.97
150636--150717	35	2.3	35	89	0	119	52	3	3	40	1.37
150625--150717	17	5.3	18	76	6	93	50	3	3	43	1.34
151174--151915	205	3.6	205	86	2	987	22	21	19	36	1.95
151174--151915	411	1.8	406	85	3	1042	22	21	19	36	1.95
159970--160077	17	6.2	17	79	7	119	50	2	2	43	1.31
159970--160077	52	2.1	52	85	3	146	50	2	2	43	1.31
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159970--160077	35	3.1	33	80	10	110	50	2	2	43	1.31
163576--163642	31	2.2	31	89	7	102	41	7	4	46	1.52
165385--165421	16	2.3	16	86	13	58	40	0	0	59	0.97
166347--166388	20	2.0	21	90	4	68	52	11	11	23	1.71
173752--173802	21	2.4	21	81	12	61	33	25	11	29	1.91
184824--184850	4	6.8	4	100	0	54	51	0	22	25	1.48
186471--186502	14	2.2	15	94	5	57	12	6	3	78	1.06
191050--191585	151	3.6	149	86	5	708	43	3	9	43	1.55
192220--192280	24	2.5	24	82	12	79	27	6	13	52	1.64
192651--193128	240	2.0	239	94	0	832	35	6	15	42	1.73

Tables:   1   2