genome.fa.s14806.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014806.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129848, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  395033

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
8129--8187	31	1.9	31	86	6	84	38	11	8	40	1.72
8818--8842	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
13657--13717	23	2.7	22	82	7	77	59	18	16	6	1.58
14116--14189	32	2.3	32	100	0	148	44	0	10	44	1.39
21198--21273	23	3.3	23	85	5	82	30	7	13	48	1.70
21198--21289	23	4.0	23	79	1	67	30	6	15	47	1.70
23013--23061	15	3.3	15	83	11	66	48	4	2	44	1.33
23449--23475	14	1.9	14	100	0	54	40	0	44	14	1.46
24873--24905	16	2.1	16	100	0	66	15	6	36	42	1.71
28259--28477	91	2.5	87	84	8	273	39	19	8	32	1.81
28602--28640	20	1.9	21	84	5	53	33	2	0	64	1.08
30339--30497	80	2.0	80	86	7	225	20	22	23	33	1.97
31960--32001	20	2.1	20	86	0	57	45	2	4	47	1.36
34702--34734	14	2.3	15	89	5	50	51	33	15	0	1.43
35080--35131	21	2.5	21	75	6	52	38	26	11	23	1.89
35820--36064	52	4.7	52	95	0	418	35	26	15	23	1.94
49133--49278	63	2.3	63	87	0	211	31	13	19	34	1.91
49133--49299	63	2.6	63	84	2	210	33	13	19	32	1.91
53389--53435	22	2.1	23	84	11	62	59	25	0	14	1.36
58026--58055	12	2.5	12	100	0	60	36	0	6	56	1.26
59002--59069	34	2.0	35	82	2	84	19	2	26	51	1.61
64810--64867	29	2.0	29	82	0	71	29	20	15	34	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
76066--76097	16	2.1	16	88	11	50	75	0	0	25	0.81
76479--76527	15	3.3	15	78	18	50	28	4	2	65	1.22
80384--80430	15	3.3	14	82	11	51	46	0	4	48	1.21
87815--87853	19	2.1	18	85	4	51	58	2	2	35	1.25
89408--89484	30	2.5	30	85	2	91	38	5	10	45	1.61
89489--89536	24	1.9	26	87	8	73	70	4	0	25	1.04
89781--89842	29	2.2	29	82	5	74	30	6	0	62	1.20
92588--92737	57	2.6	58	82	5	187	53	2	2	42	1.26
99243--99278	18	2.1	18	89	5	56	72	2	2	22	1.11
103707--103752	3	15.7	3	95	4	85	67	0	0	32	0.91
103751--103789	3	13.0	3	100	0	78	33	0	33	33	1.58
105081--105142	20	3.3	19	80	8	74	74	1	1	22	1.00
105157--105191	18	1.9	18	88	0	52	54	0	14	31	1.40
105229--105297	28	2.4	28	79	15	70	63	1	5	28	1.26
106661--106701	22	1.9	21	85	5	55	65	4	0	29	1.13
106659--106706	21	2.3	21	78	7	53	66	4	0	29	1.10
108173--108224	21	2.4	22	93	3	88	23	23	36	17	1.95
108881--109254	49	7.6	48	73	12	179	17	25	18	39	1.91
108936--109254	99	3.2	98	86	4	462	17	24	18	39	1.92
108985--109253	50	5.4	50	72	12	207	17	25	17	39	1.91
120947--121025	30	2.6	31	82	11	103	43	5	16	35	1.70
120952--121054	31	3.4	31	80	7	97	42	3	16	36	1.67
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
123498--123535	15	2.4	16	82	13	51	7	26	0	65	1.19
123483--123543	25	2.5	24	79	12	61	6	24	0	68	1.13
128123--128291	84	2.0	84	95	2	304	24	6	20	47	1.73
128536--128704	58	2.9	57	85	9	218	45	1	0	52	1.15
128860--128913	16	3.4	16	82	5	65	29	20	3	46	1.68
129361--129399	20	1.9	21	94	5	71	38	2	0	58	1.12
133694--133764	30	2.3	30	85	7	90	49	18	12	19	1.79
134555--134626	30	2.4	30	81	6	83	20	12	18	48	1.80
137287--137331	17	2.7	17	83	10	58	35	0	4	60	1.17
146793--146835	18	2.4	18	80	7	52	46	2	0	51	1.13
147491--147583	44	2.1	44	93	0	159	30	3	10	55	1.50
149412--149476	23	2.7	23	79	11	67	43	6	1	49	1.37
150244--150316	31	2.4	30	76	13	78	34	10	13	41	1.80
151779--151812	2	17.0	2	100	0	68	0	50	0	50	1.00
157515--157646	66	2.0	66	96	0	246	29	18	26	25	1.98
157702--157780	30	2.5	33	86	14	130	18	3	7	69	1.28
157711--157780	30	2.3	30	100	0	140	20	2	8	68	1.29
159094--159141	24	2.0	23	84	11	62	18	18	8	54	1.68
159440--159466	7	3.9	7	100	0	54	29	0	40	29	1.57
160557--160609	21	2.5	22	90	9	92	33	20	5	39	1.76
173789--174023	117	2.0	117	100	0	470	33	12	5	48	1.65
174086--174123	20	1.9	20	94	0	67	18	28	15	36	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
174088--174141	20	2.7	20	85	0	63	18	29	14	37	1.91
177035--177089	18	3.1	18	86	0	74	30	0	29	40	1.57
177686--177748	22	2.8	23	83	9	85	9	6	26	57	1.55
177705--177759	22	2.5	22	84	3	56	12	7	23	56	1.61
178210--178241	11	2.8	12	95	4	57	34	53	12	0	1.39
178210--178241	6	5.5	6	92	7	57	34	53	12	0	1.39
179212--179249	18	2.2	17	90	4	58	55	0	0	44	0.99
185350--185409	24	2.5	24	81	2	77	50	0	0	50	1.00
185588--185630	16	2.6	17	82	10	54	27	20	0	51	1.48
186142--186190	24	2.2	21	85	10	62	67	2	2	28	1.13
190062--190268	109	1.9	110	82	3	265	23	21	22	32	1.98
194170--194454	56	5.1	56	90	1	412	27	23	7	41	1.81
198802--198987	52	3.6	52	83	3	234	26	23	15	34	1.94
200136--200241	53	2.0	53	98	0	203	27	26	12	33	1.92
203943--204098	56	2.8	56	87	1	215	25	23	9	41	1.84
204009--204098	27	3.3	27	75	6	99	26	25	6	41	1.80
204157--204212	28	2.0	28	86	6	78	33	19	10	35	1.87
206374--206419	21	2.2	22	85	14	62	23	13	10	52	1.71
216881--216937	21	2.6	21	81	15	55	26	12	10	50	1.72
221217--221241	12	2.1	12	100	0	50	0	0	40	60	0.97
224441--224602	81	2.0	81	98	0	315	24	16	22	36	1.94
224628--224726	36	2.8	36	90	0	162	35	11	28	25	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
226017--226102	21	4.1	21	87	0	118	45	18	4	31	1.70
225990--226102	42	2.6	42	86	5	138	45	20	4	30	1.71
226557--226619	31	2.0	31	90	0	99	47	9	11	31	1.71
226713--226847	67	2.0	67	97	0	252	31	20	4	42	1.72
228385--228424	21	1.9	22	90	10	66	45	7	5	42	1.54
247965--248138	51	3.4	53	77	7	144	26	13	25	35	1.93
247961--248138	77	2.3	78	88	1	250	26	13	24	34	1.93
247965--248157	26	7.5	26	82	3	167	25	13	25	34	1.93
265087--265262	82	2.2	81	84	1	217	30	28	18	22	1.97
266658--266834	55	3.3	54	87	7	261	49	15	8	27	1.73
269768--269875	27	4.0	27	77	6	110	28	20	29	21	1.98
269772--269893	54	2.2	56	81	4	142	27	20	27	23	1.99
272284--272313	15	1.9	16	93	6	53	36	30	6	26	1.82
277904--277968	34	1.9	34	96	0	121	32	7	30	29	1.85
288614--288658	14	2.9	16	80	16	58	53	0	0	46	1.00
289061--289161	50	2.0	51	94	1	177	14	24	6	53	1.66
292302--292490	72	2.6	72	90	0	299	25	5	15	53	1.62
294677--294806	62	2.1	63	81	4	147	31	21	15	31	1.94
294755--294995	52	4.6	52	85	5	333	37	21	14	26	1.92
294755--294995	105	2.3	104	89	2	358	37	21	14	26	1.92
295956--295988	16	2.1	16	94	0	57	24	12	3	60	1.46
300062--300249	52	3.6	52	92	0	304	35	22	14	27	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
300789--300824	18	2.1	16	90	10	54	30	16	0	52	1.44
301238--301270	16	2.1	16	94	0	57	24	18	3	54	1.57
303464--303724	53	4.9	53	85	1	319	37	20	14	26	1.92
303464--303724	105	2.5	106	84	2	328	37	20	14	26	1.92
304784--304816	14	2.3	15	89	5	50	48	18	0	33	1.48
308816--308849	6	5.7	6	96	0	59	20	47	14	17	1.83
309682--309706	10	2.5	10	100	0	50	64	0	0	36	0.94
310452--310505	27	1.9	28	85	7	74	24	0	37	38	1.56
311709--311847	37	3.8	37	92	0	215	12	19	33	34	1.89
314444--314538	37	2.6	36	83	11	129	18	21	26	33	1.96

Tables:   1   2