genome.fa.s14808.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014808.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129850, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  421509

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
224--272	25	2.0	24	84	4	62	42	2	2	53	1.24
1028--1116	6	15.3	6	68	15	53	49	4	2	43	1.35
1036--1116	17	4.8	17	81	0	90	50	4	1	43	1.31
1499--2055	206	2.7	206	89	1	859	20	21	21	36	1.95
2114--2156	17	2.5	17	84	0	50	48	2	4	44	1.36
2489--2614	54	2.3	54	83	6	166	22	38	2	37	1.67
2576--2612	19	1.9	19	88	0	56	21	35	2	40	1.68
3196--3224	5	5.8	5	100	0	58	17	0	0	82	0.66
4360--4385	3	8.7	3	100	0	52	30	0	0	69	0.89
11994--12063	24	2.9	24	75	8	79	8	1	18	71	1.19
11958--12024	35	2.0	34	82	5	82	10	4	14	70	1.31
11996--12052	27	2.1	27	81	12	64	8	1	19	70	1.23
11971--12063	48	2.0	47	84	2	123	10	3	16	69	1.29
16867--17037	23	7.5	23	80	3	148	12	21	22	43	1.86
20393--20455	18	3.5	18	73	0	63	34	28	15	20	1.94
22121--22172	24	2.2	24	82	6	61	34	7	7	50	1.60
25397--25450	21	2.6	21	82	5	65	20	22	29	27	1.98
25340--25559	105	2.1	105	91	0	350	24	18	28	29	1.98
25503--25588	21	4.1	21	70	14	70	23	19	24	32	1.98
25422--25698	147	1.9	147	89	0	428	23	19	26	31	1.98
25649--25696	21	2.3	21	85	0	69	16	18	31	33	1.94
25565--26648	105	10.2	105	74	9	833	23	18	27	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25340--25807	252	1.9	252	88	0	704	24	18	27	29	1.98
25964--26011	21	2.3	21	88	0	69	18	20	29	31	1.97
25565--26197	312	2.0	313	84	3	835	24	18	27	29	1.98
26393--26440	21	2.3	21	92	0	78	16	20	33	29	1.95
26498--26545	21	2.3	21	85	7	62	18	22	27	31	1.97
26607--26675	21	3.3	21	74	11	70	17	21	30	30	1.96
27047--28174	282	4.0	282	97	0	2112	27	19	18	35	1.95
32359--32421	20	3.2	20	77	6	65	65	1	0	33	1.03
32358--32441	40	2.2	38	82	8	98	61	1	0	36	1.04
32559--32704	56	2.6	58	80	6	174	48	6	13	31	1.68
32561--32849	146	2.0	145	83	5	370	45	6	15	31	1.73
32706--32888	57	3.2	54	79	9	177	41	9	18	30	1.82
32789--33032	114	2.1	115	81	3	260	31	13	21	32	1.92
35844--35884	19	2.2	19	90	0	64	36	7	2	53	1.42
36717--36769	23	2.3	23	81	9	63	69	0	1	28	0.99
38721--38773	28	1.9	29	85	11	76	26	0	11	62	1.29
38840--38935	45	2.1	46	84	3	122	42	6	3	47	1.44
43251--43500	126	2.0	128	85	6	345	36	15	16	31	1.91
72640--72718	38	2.1	38	90	0	122	35	18	7	37	1.80
75620--75649	15	1.9	16	93	6	53	60	0	10	30	1.30
80343--80379	18	2.1	18	89	0	56	27	10	16	45	1.80
85770--85834	31	2.1	31	85	5	87	4	12	26	56	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
86173--86218	22	2.1	22	84	8	58	17	2	10	69	1.27
89304--89522	93	2.4	93	78	8	214	38	20	21	19	1.93
93052--93092	15	2.6	16	78	21	50	60	0	4	34	1.18
94973--95038	30	2.2	30	86	2	87	43	4	3	48	1.38
99197--99336	51	2.7	51	81	6	151	38	7	17	36	1.78
101581--101644	31	2.1	31	96	0	119	15	20	9	54	1.68
110391--110461	28	2.7	25	76	21	65	59	5	0	35	1.21
115101--115184	28	3.0	27	81	10	82	59	1	5	33	1.29
115097--115160	29	2.3	29	81	13	80	57	1	3	37	1.24
115101--115158	27	2.1	29	87	9	86	56	1	3	37	1.26
115149--115184	19	1.9	18	88	5	54	63	0	11	25	1.27
115180--115253	19	3.8	19	77	10	69	60	2	6	29	1.36
117205--117263	26	2.3	26	75	13	61	47	3	1	47	1.29
122661--122721	22	2.7	22	80	9	70	50	0	1	47	1.10
122767--122802	18	1.9	19	88	5	56	72	0	0	27	0.85
124441--124487	12	3.7	13	80	11	53	40	14	2	42	1.58
124667--124718	24	2.2	24	96	0	95	50	15	13	21	1.78
128832--128874	18	2.4	18	80	7	52	51	0	2	46	1.13
131456--131485	6	5.0	6	100	0	60	83	0	0	16	0.65
132043--132079	11	3.4	11	88	11	58	0	43	0	56	0.99
135833--135858	6	4.3	6	100	0	52	30	15	53	0	1.42
138617--138672	11	4.9	11	77	14	60	39	1	1	57	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
138583--138681	6	17.0	6	67	15	57	43	1	2	53	1.19
138583--138680	17	5.6	17	77	7	90	42	1	2	54	1.19
138583--138680	34	2.8	35	86	6	119	42	1	2	54	1.19
140142--140454	59	5.3	59	86	2	434	32	32	5	29	1.80
140142--140454	30	10.7	28	73	15	242	32	32	5	29	1.80
141821--142018	90	2.2	87	86	5	279	30	24	2	43	1.65
141821--142036	89	2.4	90	88	3	303	31	22	1	44	1.64
143096--143123	7	4.0	7	100	0	56	14	14	28	42	1.84
143066--143121	14	4.1	14	84	6	71	17	16	25	41	1.89
150150--150268	59	2.0	60	96	1	222	35	23	21	19	1.96
152141--152219	32	2.5	32	97	2	151	43	26	8	21	1.82
152141--152200	31	2.1	26	85	14	75	43	26	10	20	1.83
181586--181619	12	2.8	12	86	0	50	23	64	11	0	1.26
186158--186196	19	2.0	20	95	5	71	41	0	12	46	1.42
186355--186609	29	8.8	29	81	0	224	41	21	12	23	1.88
186363--186611	86	2.9	85	79	1	273	41	21	12	24	1.88
186701--186741	20	2.0	20	90	4	64	60	0	2	36	1.10
186694--186740	20	2.4	19	82	10	58	57	0	2	40	1.11
186732--186761	12	2.4	13	94	5	53	70	0	3	26	1.03
197977--198019	18	2.4	18	84	7	61	39	0	0	60	0.97
206964--207085	61	2.0	61	98	0	235	29	23	21	25	1.99
207044--207159	57	2.1	57	85	1	153	37	13	18	29	1.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207051--207448	59	6.6	59	74	15	259	30	16	17	35	1.92
207162--207301	70	2.0	70	98	0	271	27	15	15	42	1.87
207174--207319	70	2.1	70	87	2	204	28	17	15	39	1.90
207109--207354	129	1.9	129	84	6	329	30	16	16	36	1.91
208282--208343	30	2.1	30	87	0	88	67	4	3	24	1.25
209623--209670	20	2.5	20	86	6	64	62	6	6	25	1.42
209417--209724	144	2.2	140	84	8	397	56	4	5	33	1.43
209700--209737	20	2.0	18	90	10	58	63	7	0	28	1.23
209868--209902	15	2.2	16	90	5	54	71	0	2	25	1.00
210735--210799	30	2.2	30	86	5	87	29	21	30	18	1.97
211037--211576	96	5.7	96	89	4	837	43	4	6	45	1.51
211029--211576	188	2.9	190	89	4	856	43	4	6	45	1.51
211037--211566	284	1.9	283	92	2	893	43	4	6	45	1.51
214159--214259	50	2.0	50	98	0	193	22	26	9	40	1.85
222238--222288	16	2.7	19	74	22	54	64	0	5	29	1.17
223330--223379	19	2.7	19	73	14	50	24	4	6	66	1.32
223461--223504	21	2.1	21	83	4	54	47	0	2	50	1.13
227551--227767	28	7.5	28	80	9	231	40	1	22	35	1.65
227551--227767	57	3.8	57	81	10	253	40	1	22	35	1.65
227551--227776	29	7.8	29	78	8	192	39	1	21	37	1.64
228831--228864	3	11.7	3	87	6	52	38	0	0	61	0.96
229688--229757	28	2.5	26	80	13	77	57	5	1	35	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
230972--231030	31	1.9	31	82	0	73	32	13	15	38	1.86
240168--240196	4	7.5	4	92	7	51	75	0	0	24	0.80
242334--242407	30	2.5	30	86	2	96	51	1	0	47	1.09
242369--242410	23	1.9	23	90	9	70	50	0	0	50	1.00
248281--248329	21	2.2	23	89	10	75	40	6	0	53	1.26
248355--248411	29	2.0	29	89	0	87	31	7	14	47	1.70
248494--248604	55	2.0	55	100	0	222	21	21	16	40	1.91
250956--250989	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
251320--251379	16	3.8	16	72	14	52	50	0	0	50	1.00
262360--262428	34	2.0	34	100	0	138	39	2	23	34	1.70

Tables:   1   2