genome.fa.s14829.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014829.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129871, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  469256

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
2400--2446	20	2.3	21	85	10	71	31	23	4	40	1.74
3268--3295	8	3.5	8	100	0	56	10	0	0	89	0.49
3260--3298	16	2.4	17	79	12	55	7	10	0	82	0.86
9323--9348	1	26.0	1	100	0	52	0	0	0	100	0.00
9732--9800	31	2.3	31	82	2	77	53	10	7	28	1.61
10602--10640	17	2.4	16	83	8	51	43	2	2	51	1.29
10624--10675	10	4.8	10	80	17	59	46	1	0	51	1.12
10609--10661	27	2.0	27	92	0	88	41	1	1	54	1.22
10621--10675	17	3.3	17	76	2	58	47	1	0	50	1.11
12481--12820	29	11.6	29	83	3	385	34	29	4	32	1.76
12481--12820	88	3.9	89	83	6	433	34	29	4	32	1.76
12481--12820	59	5.8	58	88	3	398	34	29	4	32	1.76
12804--12868	28	2.3	29	83	5	87	36	30	7	24	1.84
15881--15929	15	3.3	15	72	21	50	57	22	6	14	1.59
15873--15929	29	2.0	28	89	3	87	57	21	7	14	1.60
19834--19882	18	2.7	18	87	0	71	2	16	2	79	0.92
19838--19882	9	5.1	8	80	19	54	2	15	2	80	0.92
29525--29551	7	3.9	7	100	0	54	11	29	0	59	1.32
49878--50037	80	2.0	81	93	1	277	45	14	8	31	1.75
51024--51053	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
64816--64864	22	2.3	22	86	10	66	71	0	0	28	0.86
65704--65838	21	7.0	19	72	17	84	57	2	0	39	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
65696--65734	20	2.0	20	84	0	51	58	2	0	38	1.12
65704--65777	38	1.9	39	86	2	105	51	2	1	44	1.24
65774--65823	10	4.8	11	76	14	52	68	2	0	30	1.01
65771--65823	20	2.6	20	84	3	70	64	1	0	33	1.05
68290--68368	30	2.6	31	76	8	90	27	15	8	48	1.74
68318--68431	59	1.9	59	84	5	151	24	14	8	51	1.71
68588--68677	31	3.1	29	76	7	92	57	10	13	18	1.63
68600--68729	31	4.4	30	73	13	117	51	11	13	23	1.74
68588--68734	60	2.5	59	86	4	199	55	10	12	21	1.67
68588--68759	60	2.9	60	82	6	192	54	10	11	23	1.66
69116--69409	142	2.1	138	81	8	346	43	12	4	39	1.64
69359--69394	18	2.0	19	89	10	58	33	16	0	50	1.46
69527--69584	25	2.3	25	90	0	89	41	8	25	24	1.83
70483--70553	31	2.3	31	80	11	83	56	9	4	29	1.51
70502--70567	31	2.1	31	85	0	87	65	10	3	21	1.37
73240--73969	364	2.0	365	95	1	1311	34	10	16	37	1.84
76721--76912	97	2.0	97	87	8	284	39	13	14	32	1.85
76730--76937	97	2.1	97	80	11	230	42	12	13	31	1.82
77123--77184	28	2.2	28	88	0	88	27	9	32	30	1.89
77169--77484	59	5.4	59	84	6	340	39	4	25	30	1.76
77134--77242	28	3.8	28	72	11	94	33	9	28	29	1.88
77281--77484	30	6.9	28	68	14	90	39	2	26	30	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
77266--77467	29	6.8	28	73	12	145	37	3	26	32	1.73
77316--77487	30	5.8	30	76	11	135	40	2	25	31	1.70
78631--78675	3	14.3	3	86	9	63	33	0	4	62	1.15
78631--78675	10	4.8	9	89	5	63	33	0	4	62	1.15
79412--79470	17	3.6	15	78	21	57	52	6	1	38	1.38
79406--79469	33	1.9	33	90	0	101	53	6	1	39	1.36
79566--79675	17	6.4	17	81	5	132	54	3	0	40	1.24
79566--79646	6	14.0	6	75	12	71	54	2	0	43	1.13
79598--79646	23	2.1	23	88	7	73	55	4	0	40	1.19
88585--88641	25	2.3	25	93	0	96	21	22	12	43	1.85
96733--96922	99	1.9	98	85	7	258	55	3	5	35	1.40
96848--96946	51	1.9	51	82	12	121	58	1	2	38	1.16
100280--100604	102	3.2	101	84	2	402	27	24	23	24	2.00
100906--101274	136	2.8	136	94	3	628	39	18	4	37	1.71
114065--114123	24	2.5	24	82	0	64	30	23	20	25	1.98
117592--117626	14	2.6	13	86	8	52	77	0	5	17	0.96
127628--127682	24	2.3	24	96	0	101	10	7	41	40	1.68
128443--128524	40	2.0	40	100	0	164	32	7	19	40	1.79
129076--129108	5	6.8	5	93	6	50	0	33	0	66	0.92
134052--134612	42	13.4	42	84	3	664	20	18	24	36	1.95
134052--134606	126	4.4	126	86	2	740	20	18	23	36	1.95
135658--136142	148	3.2	150	84	6	631	44	3	10	41	1.55
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
135550--136142	298	2.0	291	83	6	741	44	3	9	42	1.56
138290--138339	16	3.2	16	73	21	52	34	0	6	60	1.21
142300--142352	27	2.0	27	85	7	72	7	22	18	50	1.72
144584--144613	6	5.0	6	95	0	51	33	36	13	16	1.88
148761--148790	3	10.3	3	92	7	53	66	0	33	0	0.92
167308--167336	1	29.0	1	100	0	58	100	0	0	0	0.00
185144--185190	21	2.2	22	88	3	69	74	2	6	17	1.12
185144--185204	22	2.8	22	80	11	65	72	3	9	14	1.24
185882--185924	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
195013--195039	12	2.2	12	100	0	54	66	7	11	14	1.43
195290--195342	16	3.3	16	83	0	61	79	1	15	3	0.96
195769--195804	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
199162--199205	16	2.8	16	82	3	54	45	0	18	36	1.49
199445--199524	22	3.6	22	94	0	142	13	21	21	43	1.87
199539--199586	21	2.3	21	92	7	80	20	14	18	45	1.85
199639--199671	15	2.2	15	100	0	66	54	0	24	21	1.45
202434--202479	22	2.1	22	100	0	92	30	21	13	34	1.91
212729--212770	13	2.9	14	79	13	50	52	0	4	42	1.22
216963--216997	18	1.9	18	88	0	52	40	0	14	45	1.45
217148--217198	22	2.3	23	80	13	61	45	5	0	49	1.26
217687--217718	2	16.0	2	93	0	55	46	0	0	53	1.00
218844--218869	3	8.7	3	100	0	52	30	34	0	34	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
221333--221374	5	8.4	5	100	0	84	0	40	0	59	0.97
243625--243664	20	2.0	20	90	0	62	42	17	7	32	1.77
253212--253249	2	19.0	2	94	0	67	50	2	0	47	1.15
258497--258521	1	25.0	1	100	0	50	100	0	0	0	0.00
273301--273341	19	2.2	19	86	0	55	14	21	4	58	1.55
277532--277576	6	7.5	6	89	0	72	15	46	0	37	1.46
277750--277779	3	10.0	3	100	0	60	33	66	0	0	0.92
278804--278899	41	2.3	41	89	0	138	36	26	7	30	1.83
282890--282928	18	2.2	18	90	4	62	33	5	7	53	1.51
284951--285003	6	8.8	6	78	0	52	33	20	3	41	1.70
284949--285006	9	6.8	9	73	11	50	32	22	3	41	1.71
292485--292516	16	2.0	16	100	0	64	25	18	12	43	1.85
295308--295391	44	1.9	44	85	4	116	57	7	1	34	1.34
295788--295834	13	3.6	13	75	11	51	51	10	0	38	1.37
298598--298643	19	2.3	20	88	3	67	65	0	19	15	1.28
303685--303803	43	2.7	43	84	6	134	49	15	21	14	1.79
304736--304896	85	1.9	85	86	0	232	37	15	22	24	1.93
304821--304912	48	1.9	48	84	0	121	39	14	21	25	1.91
304945--305109	85	1.9	85	86	2	233	38	14	22	24	1.91
304736--305311	209	2.8	207	85	5	722	38	16	21	24	1.93
305806--305837	12	2.7	12	100	0	64	15	59	15	9	1.60
307287--307622	30	11.3	30	77	12	262	36	24	2	36	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
307286--307622	59	5.7	59	76	11	251	36	24	2	36	1.69
307546--307699	77	2.0	78	89	1	238	36	27	1	35	1.65
307627--307714	29	3.0	29	81	3	113	35	28	3	32	1.74
310571--310626	17	3.4	17	76	14	62	14	39	16	30	1.88
311472--311525	28	1.9	28	88	0	81	48	9	9	33	1.67
314926--314985	28	2.1	28	82	11	70	61	1	0	36	1.06
314943--315021	32	2.5	31	75	6	79	63	0	0	36	0.95
318463--318495	16	2.1	16	94	0	57	18	18	30	33	1.94
325522--325559	18	2.1	18	85	9	51	28	21	2	47	1.64
333087--333142	24	2.3	24	87	0	85	46	32	12	8	1.73

Tables:   1   2