genome.fa.s14852.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014852.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_129895, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  730378

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12125--12183	30	2.0	30	83	6	75	22	11	11	54	1.69
12424--12569	58	2.5	57	80	8	152	47	8	17	26	1.77
20617--20660	21	2.1	21	83	8	54	43	0	2	54	1.12
20626--20672	23	2.1	22	84	11	60	42	2	0	55	1.12
21628--21938	29	10.5	30	80	7	296	35	25	2	36	1.69
21628--21938	89	3.5	87	84	3	363	35	25	2	36	1.69
23249--23305	31	1.9	28	86	10	78	66	0	7	26	1.17
23280--23319	17	2.4	17	82	0	53	60	0	7	32	1.25
25069--25098	9	3.3	9	95	0	51	73	10	10	6	1.25
28307--28362	24	2.3	24	90	0	85	48	8	17	25	1.76
34591--34686	40	2.4	40	92	0	165	22	27	8	41	1.82
34714--34807	41	2.3	41	94	0	161	28	22	13	35	1.92
40937--41015	21	3.8	21	71	6	70	32	22	11	32	1.90
41676--41811	40	3.4	40	85	4	193	23	27	8	41	1.82
41839--41942	41	2.5	41	90	1	154	29	21	12	36	1.90
48342--48395	6	9.3	6	82	9	51	81	0	0	18	0.69
48343--48399	12	5.0	12	77	10	57	78	0	0	21	0.74
48358--48398	14	3.0	14	86	13	59	87	0	0	12	0.53
48364--48393	8	3.6	8	91	8	51	90	0	0	10	0.47
48364--48394	9	3.6	9	95	4	55	90	0	0	9	0.46
51943--51985	19	2.3	19	84	8	52	58	4	0	37	1.19
65450--65482	15	2.3	15	89	5	50	21	12	6	60	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
78662--78700	15	2.7	14	84	7	51	10	7	7	74	1.22
80972--81203	51	4.5	51	83	4	265	34	15	21	29	1.94
87296--87340	22	2.1	22	83	4	56	55	2	13	28	1.50
88206--88384	51	3.5	53	87	6	251	34	13	22	29	1.93
88311--88436	51	2.5	48	81	10	119	31	14	23	30	1.94
88192--88435	102	2.4	102	75	10	228	34	13	22	29	1.92
96901--96950	25	2.0	25	84	7	66	2	20	0	78	0.86
96901--96949	13	4.0	12	79	10	55	2	18	0	79	0.83
96901--96950	19	2.6	19	81	12	59	2	20	0	78	0.86
98026--98055	15	2.0	15	93	0	51	0	26	3	70	1.03
114996--115042	24	2.0	24	87	8	69	27	14	8	48	1.73
122422--122470	20	2.4	19	80	12	53	16	14	10	59	1.61
143914--143952	18	2.1	19	90	4	62	58	5	0	35	1.20
144028--144076	20	2.7	18	77	22	57	44	2	2	51	1.24
146622--146754	27	4.9	27	80	0	149	36	21	14	27	1.92
146631--146754	54	2.3	54	85	0	185	34	23	14	27	1.94
152598--152631	4	8.5	4	93	0	59	29	0	23	47	1.52
152818--152861	18	2.4	18	85	11	54	56	0	2	40	1.11
179324--179376	27	1.9	28	84	3	72	45	5	0	49	1.26
180190--180243	18	3.1	17	76	10	56	61	0	1	37	1.07
187193--187295	14	7.3	14	82	3	109	33	12	16	37	1.86
187193--187294	42	2.4	42	83	4	125	33	12	16	37	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
187850--187881	16	2.1	16	94	5	57	21	0	46	31	1.52
209110--209224	62	1.9	59	87	5	167	42	3	3	50	1.36
212685--212759	28	2.7	28	89	0	114	20	10	29	40	1.86
224916--224995	39	2.1	39	97	0	151	35	10	16	38	1.82
233937--233984	24	2.0	24	100	0	96	37	8	25	29	1.85
237255--237336	28	2.8	29	81	5	76	40	9	12	37	1.76
237285--237370	29	2.9	30	82	3	102	33	9	10	46	1.70
237285--237370	30	2.8	30	84	8	102	33	9	10	46	1.70
239441--239469	3	10.0	3	92	7	51	0	31	0	68	0.89
240093--240255	90	1.8	89	83	1	218	38	5	14	41	1.69
241818--241856	17	2.4	16	86	4	51	51	0	5	43	1.24
244263--244492	125	1.9	123	87	3	336	32	11	15	40	1.83
246690--246829	59	2.4	59	80	8	144	36	7	25	30	1.83
246791--246934	27	5.1	27	82	9	164	31	1	28	38	1.66
246808--246933	57	2.3	55	85	10	175	34	0	26	38	1.63
246810--246974	85	1.9	85	85	4	226	33	1	26	38	1.67
246808--246995	30	6.6	27	79	11	171	34	1	25	39	1.65
246808--246994	57	3.3	54	80	13	164	34	1	25	39	1.66
248035--248062	3	9.3	3	100	0	56	35	0	0	64	0.94
248727--248810	37	2.3	36	83	6	107	25	10	22	41	1.86
248803--248951	17	8.4	17	73	12	102	52	4	0	42	1.27
248837--248951	6	20.0	6	70	8	87	55	4	0	40	1.20
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
248849--248918	23	3.3	23	78	19	96	57	1	0	41	1.08
248849--248939	41	2.2	41	92	0	146	57	4	0	38	1.19
248849--248952	35	3.0	34	80	7	93	57	3	0	38	1.17
248892--248958	35	1.9	35	90	0	107	58	5	0	35	1.23
249064--249177	53	2.2	53	91	0	183	11	28	16	43	1.82
249447--250251	209	4.0	198	87	6	1050	21	22	18	37	1.95
262380--262511	59	2.2	59	81	2	149	34	6	24	35	1.80
262402--262540	59	2.4	60	81	6	160	35	5	24	34	1.79
262559--262733	87	2.0	85	83	8	221	30	3	26	38	1.73
262577--262831	30	8.7	30	77	10	199	33	2	24	39	1.70
263908--263950	3	14.3	3	85	0	50	39	0	0	60	0.97
264602--264690	36	2.4	36	81	5	108	24	11	21	42	1.85
264683--264727	11	4.1	11	85	0	54	51	4	0	44	1.21
265504--265572	32	2.1	32	84	7	86	30	14	7	47	1.71
265859--265948	31	3.0	30	80	9	103	52	10	11	26	1.68
265873--265961	31	3.0	30	80	4	108	53	6	11	28	1.61
266763--266946	100	1.8	102	87	5	275	22	15	17	44	1.87
266872--266980	54	2.0	53	84	5	139	21	19	19	40	1.92
266930--267086	59	2.6	57	81	11	174	27	19	18	34	1.95
272487--272523	18	2.0	20	89	10	60	54	2	16	27	1.56
277705--277743	18	2.0	20	90	9	64	51	2	12	33	1.54
285605--285646	16	2.6	16	78	14	50	4	19	0	76	0.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
286674--286707	15	2.3	15	89	0	50	0	35	0	64	0.94
290491--290538	24	2.0	24	100	0	96	25	33	8	33	1.86
302818--302868	18	2.8	18	84	0	66	13	27	7	50	1.69
303755--303806	26	2.0	26	88	7	79	59	5	5	28	1.44
320779--320901	62	2.0	61	96	1	228	19	13	15	51	1.77
321561--321649	20	4.4	20	85	0	115	17	20	28	33	1.95
321561--321649	40	2.2	40	89	0	133	17	20	28	33	1.95
322495--322547	20	2.6	21	76	8	56	24	16	35	22	1.95
342796--342836	17	2.4	18	84	8	50	70	2	9	17	1.25
353586--353632	22	2.1	23	88	4	69	42	29	0	27	1.56
355171--355246	29	2.6	29	85	4	100	34	25	15	25	1.95
355248--355332	28	2.9	29	77	7	82	47	29	10	12	1.76
355282--355335	28	1.9	28	92	0	90	42	31	9	16	1.80
359651--359704	21	2.4	22	81	9	56	61	7	1	29	1.34
361460--361511	25	2.1	25	96	0	95	38	13	34	13	1.84
361513--361566	22	2.4	23	90	6	92	38	25	24	11	1.88
366358--366481	22	5.6	22	95	0	212	41	27	20	10	1.84
366358--366522	44	3.5	44	86	7	213	42	26	20	10	1.85
371212--371256	2	22.5	2	86	0	63	51	42	0	6	1.28
376724--376798	18	4.2	18	82	0	78	25	20	24	30	1.98
376724--376798	36	2.1	36	82	0	87	25	20	24	30	1.98
382001--382291	52	5.6	52	86	1	370	36	22	12	27	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
382001--382292	104	2.8	104	89	3	419	36	22	12	28	1.91
383968--384000	7	4.7	7	88	11	50	57	12	0	30	1.35
390471--390543	5	14.4	5	71	13	51	34	4	20	41	1.72
390472--390536	25	2.6	25	80	2	67	33	4	20	41	1.72
404673--404704	17	1.9	17	93	6	57	12	12	15	59	1.61
409675--409725	5	10.2	5	79	8	50	39	1	15	43	1.58
409675--409725	15	3.4	15	83	0	66	39	1	15	43	1.58
412923--412960	18	2.0	20	85	15	53	28	13	0	57	1.36
421429--421454	7	3.7	7	100	0	52	15	53	0	30	1.42
429239--429296	29	2.0	29	96	0	107	48	12	10	29	1.73

Tables:   1   2