genome.fa.s14963.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014963.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130007, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  411358

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1104--1183	40	2.0	40	90	0	124	43	3	26	26	1.71
36888--36923	18	2.0	18	88	0	54	63	5	11	19	1.46
38453--38517	6	10.8	6	98	0	112	33	46	0	20	1.51
43197--43223	2	13.5	2	100	0	54	0	48	0	51	1.00
45519--45563	24	2.0	22	86	8	63	24	22	2	51	1.60
46270--46550	141	2.0	141	98	0	544	23	14	19	42	1.88
48255--48400	72	2.0	72	95	0	265	45	14	1	39	1.53
48714--48761	10	4.8	10	77	10	53	68	6	2	22	1.23
48714--48761	20	2.4	20	89	0	69	68	6	2	22	1.23
48805--48951	10	15.6	9	65	16	50	29	1	3	65	1.16
48850--48902	20	2.8	19	81	10	56	30	1	3	64	1.22
48842--48909	17	3.7	19	70	14	54	29	1	2	66	1.15
48895--48939	22	2.0	22	86	0	63	24	0	4	71	1.05
49447--49493	22	2.1	22	88	0	67	51	12	14	21	1.76
55416--55441	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
74923--74973	26	1.9	27	84	11	70	29	7	5	56	1.51
77600--77660	29	2.0	31	87	12	92	59	1	4	34	1.29
78181--78850	238	2.9	221	82	9	717	29	10	20	39	1.85
81495--81527	17	1.9	17	93	0	57	33	18	6	42	1.75
83797--83844	3	16.0	3	82	0	51	70	2	27	0	0.98
84038--85830	93	18.1	99	76	14	1545	37	5	32	24	1.79
84405--84431	9	3.0	9	100	0	54	77	0	22	0	0.76
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84418--85830	99	14.1	97	82	12	1651	38	5	32	23	1.78
84909--84935	9	3.0	9	100	0	54	77	0	22	0	0.76
85614--85647	9	3.7	9	88	4	50	73	2	23	0	0.97
88197--88236	19	2.1	19	86	9	55	35	0	7	57	1.27
98128--98196	28	2.4	27	79	9	75	36	8	23	31	1.85
98266--98327	30	2.1	29	88	8	90	35	0	29	35	1.58
103932--103958	3	9.0	3	100	0	54	66	0	0	33	0.92
109532--109562	16	1.9	16	93	0	53	70	0	0	29	0.87
109533--109562	14	2.2	14	94	5	53	73	0	0	26	0.84
110021--110095	37	2.0	37	92	0	123	33	20	6	40	1.78
118128--118164	2	18.5	2	100	0	74	0	48	0	51	1.00
122035--122078	20	2.1	21	84	12	56	40	4	0	54	1.21
129915--130073	80	2.0	80	91	0	255	23	18	16	40	1.90
148115--148185	25	2.8	25	97	2	133	38	22	28	11	1.88
148167--148211	23	2.0	23	100	0	90	40	28	17	13	1.88
148236--148288	23	2.3	23	87	6	72	41	18	28	11	1.85
151649--151842	97	2.0	97	98	0	379	26	24	9	39	1.85
164211--164361	58	2.6	58	86	6	216	43	0	1	53	1.16
164461--164554	44	2.1	44	86	7	127	37	28	3	30	1.73
164536--164605	16	4.4	16	75	0	68	30	28	4	37	1.76
164536--164607	32	2.2	32	87	4	101	30	29	4	36	1.76
165427--165510	26	3.3	26	68	25	70	58	10	0	30	1.32
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165830--165872	19	2.3	19	96	4	79	13	30	0	55	1.39
178181--178901	49	14.8	49	63	12	223	18	25	17	38	1.92
178159--178909	98	7.7	98	85	1	954	18	24	17	38	1.92
180025--180072	11	4.1	12	81	8	55	0	14	0	85	0.60
180028--180069	12	3.7	11	84	12	50	0	14	0	85	0.59
180850--180894	21	2.1	21	87	0	63	0	20	0	80	0.72
180855--180887	14	2.3	15	89	5	50	0	24	0	75	0.80
185242--185275	14	2.3	15	90	5	52	52	8	20	17	1.71
186319--186373	24	2.3	23	84	6	65	12	9	1	76	1.10
188718--188770	21	2.5	21	76	14	56	13	41	0	45	1.43
191505--191564	15	4.2	14	78	16	54	68	3	1	26	1.15
191504--191550	15	3.0	15	81	6	58	65	4	2	27	1.22
191506--191559	11	5.2	10	78	12	56	68	1	1	27	1.10
191506--191564	19	2.7	22	77	15	61	67	3	1	27	1.16
191564--191655	37	2.8	31	77	16	96	60	13	5	20	1.52
192802--192834	17	2.1	17	88	11	52	33	6	24	36	1.80
193020--193052	17	2.1	17	88	11	52	33	6	24	36	1.80
193323--193936	42	14.9	42	76	10	484	24	15	26	33	1.95
193322--193937	81	7.5	81	85	2	739	24	15	26	33	1.95
193341--193916	244	2.3	243	84	2	722	24	15	26	33	1.95
206400--206442	15	3.0	15	83	10	63	62	6	11	18	1.50
207411--207520	33	3.4	31	80	14	132	65	9	2	22	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
207416--207521	35	3.2	33	82	11	144	65	9	2	22	1.36
208584--208617	17	2.1	16	88	5	50	38	2	26	32	1.71
209709--209755	20	2.3	20	85	3	58	46	4	2	46	1.34
209689--210321	147	4.3	148	88	4	859	42	9	3	45	1.51
209864--210242	48	7.7	48	67	16	132	42	8	2	46	1.48
210745--210810	3	22.0	3	96	0	123	65	0	1	33	1.02
211243--211838	42	14.2	42	85	0	697	37	22	17	22	1.94
212241--212287	23	2.1	23	88	7	71	2	10	6	80	0.96
212834--212886	11	4.9	11	83	2	72	1	9	5	83	0.89
215636--215675	21	1.9	21	89	0	62	32	25	15	27	1.95
228005--228093	30	3.0	30	90	8	130	42	8	2	46	1.47
228158--228194	18	2.1	18	89	0	56	45	0	0	54	1.00
228244--228323	43	2.0	43	87	9	123	37	0	6	56	1.25
233645--234329	342	2.0	342	87	1	980	23	21	16	38	1.93
237195--237250	24	2.4	24	84	3	69	30	16	17	35	1.92
238780--239049	56	4.7	56	72	15	169	7	5	19	67	1.34
238853--239072	68	3.4	67	71	14	219	8	5	17	69	1.31
238809--239071	124	2.1	121	91	2	418	7	5	18	68	1.35
238965--239051	12	7.6	12	69	10	56	4	6	19	68	1.30
238965--239022	24	2.4	24	88	0	80	5	6	20	67	1.34
238983--239069	32	2.7	33	78	7	97	6	4	17	71	1.26
238977--239059	12	7.2	12	71	13	59	7	6	15	71	1.29
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238977--239072	24	4.2	24	72	10	92	6	5	16	71	1.25
241832--241909	27	2.9	27	84	0	111	16	21	20	41	1.91
246174--246636	59	7.9	58	86	3	624	29	4	32	34	1.76
247845--247883	7	5.9	7	82	11	55	43	0	0	56	0.99
247845--247890	15	3.1	15	81	6	58	43	0	0	56	0.99
248614--248677	18	3.6	17	80	6	74	53	3	1	42	1.26
251742--251776	9	3.9	9	92	0	61	25	11	17	45	1.81
251734--251779	18	2.6	18	96	0	83	30	10	13	45	1.77
252335--252463	12	11.0	12	68	21	53	53	3	2	41	1.29
252335--252463	17	7.4	17	69	21	72	53	3	2	41	1.29
254278--254335	29	2.0	29	100	0	116	27	17	17	37	1.92
271472--271524	26	2.0	26	100	0	106	37	7	24	30	1.83
277102--277156	25	2.3	24	90	6	85	56	0	0	43	0.99
278506--278601	47	2.0	47	89	0	147	29	4	37	29	1.76
281089--281114	3	8.7	3	100	0	52	69	0	0	30	0.89
290818--290853	2	17.5	2	88	5	54	44	0	5	50	1.25
296877--296926	21	2.4	21	83	6	66	48	0	4	48	1.20
297134--297159	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
301846--301915	27	2.5	28	77	15	81	37	1	1	60	1.15
303138--303218	38	2.1	40	81	9	96	62	1	1	34	1.11
303124--303272	9	16.3	9	68	14	65	63	2	3	31	1.22
303205--303265	19	3.2	19	72	9	61	63	3	6	26	1.34
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
303175--303266	47	2.0	47	83	12	118	61	2	4	31	1.27
303444--303515	19	3.7	19	75	14	67	30	8	2	58	1.42
303489--303563	29	2.6	29	74	16	73	32	8	4	56	1.47
303604--303662	16	3.1	20	81	18	65	32	0	0	67	0.91
303603--303659	17	3.1	18	78	16	55	31	0	0	68	0.90
303577--303655	28	2.8	29	77	12	92	34	1	0	64	1.02
303817--303868	22	2.4	22	96	0	95	25	0	23	51	1.48
304252--304279	12	2.3	12	100	0	56	57	0	0	42	0.99
304626--304675	9	5.3	9	83	9	64	38	0	0	62	0.96
304626--304675	18	2.6	19	90	6	75	38	0	0	62	0.96

Tables:   1   2