genome.fa.s14995.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01014995.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130039, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  341517

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
581--638	28	2.1	28	83	6	73	44	8	5	41	1.57
1265--1299	14	2.5	14	90	0	52	65	0	8	25	1.21
1460--1501	21	2.0	22	90	4	68	23	4	0	71	1.05
1447--1502	28	2.0	28	82	0	67	25	3	0	71	1.02
1623--1675	23	2.3	24	77	9	65	32	1	0	66	1.03
1634--1671	16	2.2	17	90	9	60	26	0	0	73	0.83
4646--4758	60	1.9	60	94	0	199	27	23	15	32	1.95
8076--8219	71	2.0	71	89	0	216	37	13	24	25	1.91
8802--8867	29	2.2	29	86	5	87	25	0	10	63	1.26
9237--9267	16	1.9	16	93	0	53	25	6	3	64	1.33
9342--9377	18	2.0	18	94	0	63	36	11	2	50	1.53
12304--12348	19	2.2	21	85	14	60	22	2	4	71	1.15
12514--12554	21	2.0	21	85	0	55	75	2	0	21	0.92
13543--13586	22	2.0	22	95	0	79	29	22	4	43	1.73
14992--15033	22	1.9	22	95	0	75	30	19	0	50	1.48
31515--31566	22	2.3	23	80	6	54	9	28	23	38	1.86
35131--35163	16	2.0	17	94	5	59	24	6	9	60	1.49
35165--35234	32	2.2	32	81	0	86	18	24	20	37	1.94
35948--36057	52	2.1	52	89	3	168	40	0	2	55	1.20
35948--36057	35	3.2	35	86	1	150	40	0	2	55	1.20
35948--36057	17	6.4	17	84	7	141	40	0	2	55	1.20
36779--36827	3	16.3	3	100	0	98	67	0	0	32	0.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
39920--39956	3	12.3	3	100	0	74	67	0	0	32	0.91
41095--41579	58	8.3	57	75	11	312	31	26	3	38	1.73
41440--41582	29	4.8	28	68	22	96	32	30	5	31	1.81
41796--41990	97	2.0	98	83	6	245	30	18	13	37	1.90
42701--42731	15	2.0	16	93	6	55	51	0	6	41	1.27
50245--50277	16	2.1	16	94	0	57	57	0	6	36	1.23
51033--51091	29	2.0	30	86	3	84	30	1	13	54	1.49
55553--55591	19	2.1	19	100	0	78	61	20	0	17	1.34
58319--58367	20	2.4	21	76	10	57	42	0	2	55	1.11
58723--58791	29	2.6	25	77	16	75	26	11	7	55	1.61
58734--58813	29	2.7	30	86	3	101	28	12	10	48	1.73
59009--59077	31	2.2	33	84	5	88	44	8	15	30	1.77
59541--59586	23	2.0	23	82	0	56	39	0	8	52	1.33
65658--65697	21	1.9	21	89	0	62	40	17	0	42	1.49
70947--71243	29	10.1	30	69	21	159	39	4	24	31	1.76
70951--71239	59	4.9	59	79	9	270	39	4	23	32	1.76
72037--72159	62	2.0	62	98	0	237	23	10	14	51	1.73
73070--73139	17	4.2	17	81	1	88	54	4	0	41	1.20
73527--74001	49	9.7	47	74	7	360	18	25	17	38	1.92
73516--73997	98	4.9	98	86	0	662	19	25	17	38	1.92
79745--79774	15	1.9	16	93	6	53	13	20	13	53	1.72
84655--85321	39	17.2	39	67	12	201	27	19	28	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
84621--85425	78	10.4	78	79	4	689	27	19	29	23	1.98
84558--84799	117	2.1	117	81	3	272	28	19	29	23	1.98
84655--85419	39	19.7	39	70	9	176	27	19	29	23	1.98
96958--97009	14	3.6	14	77	12	52	61	5	11	21	1.50
97032--97195	28	5.6	29	76	6	116	35	1	25	36	1.67
97031--97321	88	3.3	86	80	6	325	35	2	25	36	1.69
97032--97313	29	9.7	29	78	8	243	35	2	25	36	1.70
97024--97350	29	11.2	29	77	8	231	36	2	24	36	1.70
98262--98298	13	3.1	13	81	18	53	29	0	0	70	0.88
112578--112616	15	2.6	15	84	8	53	35	2	0	61	1.10
113680--113739	30	2.0	30	100	0	120	46	0	6	46	1.29
114921--115019	29	3.4	29	82	0	117	41	17	17	24	1.90
114917--115065	29	5.1	29	77	8	99	40	15	18	24	1.90
114921--115030	58	1.9	58	82	0	139	40	17	19	22	1.91
115767--115806	19	2.1	19	95	0	71	22	45	15	17	1.85
120442--120490	24	2.0	24	84	0	62	24	12	10	53	1.69
122420--122487	24	2.8	24	90	0	100	29	10	5	54	1.58
122424--122495	24	2.8	26	77	12	76	27	11	8	52	1.65
125861--125885	5	5.0	5	100	0	50	0	20	0	80	0.72
126664--126755	45	2.0	45	89	4	141	29	19	4	46	1.69
126844--126881	19	2.2	18	86	13	53	44	0	5	50	1.24
129924--129971	8	6.0	8	87	4	55	18	2	2	77	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
129924--129971	17	3.0	15	80	19	53	18	2	2	77	0.97
129919--129971	15	3.2	16	81	13	63	22	1	1	73	1.03
130396--130444	25	2.0	25	83	0	62	44	2	2	51	1.24
150564--150629	12	5.6	12	81	3	80	71	13	3	12	1.26
150564--150625	23	2.7	23	87	2	88	70	14	3	11	1.27
150576--150649	23	3.2	24	82	3	62	74	10	2	12	1.18
150616--150685	18	3.8	18	90	3	86	75	11	2	10	1.14
152141--152189	22	2.2	21	79	10	53	55	6	4	34	1.44
155152--155231	27	3.0	27	71	10	67	35	23	17	23	1.96
160554--160623	29	2.4	29	76	7	70	55	1	11	31	1.44
160781--160829	14	3.4	15	80	5	57	40	0	0	59	0.98
164512--164821	140	2.2	136	79	6	320	40	11	15	32	1.84
167006--167057	26	2.0	26	85	7	70	57	1	5	34	1.33
168410--168447	19	2.0	19	89	0	58	50	7	15	26	1.72
168800--168843	22	1.9	24	86	9	65	38	4	2	54	1.33
169917--169963	6	8.0	6	81	9	53	63	12	21	2	1.39
171029--171083	28	2.1	25	83	10	65	52	7	7	32	1.56
182467--182499	6	5.5	6	96	0	57	87	0	12	0	0.53
183545--183581	3	12.3	3	94	0	65	32	2	0	64	1.07
196464--196497	17	2.0	17	88	11	52	52	11	17	17	1.73
204652--204687	18	2.1	18	89	5	56	41	0	25	33	1.55
212930--212972	8	5.4	8	81	10	52	65	0	0	34	0.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212921--212970	24	2.1	24	88	7	75	68	0	0	32	0.90
214200--214280	41	2.0	41	95	0	144	40	4	3	50	1.42
214384--214445	30	2.1	30	82	17	76	54	0	1	43	1.09
220485--220538	29	2.0	28	85	10	76	68	12	0	18	1.21
220987--221049	28	2.3	27	91	8	101	57	6	4	31	1.45
220987--221040	28	1.9	28	100	0	108	55	7	3	33	1.45
242485--242540	23	2.4	23	85	8	69	42	1	0	55	1.10
242640--242727	34	2.6	34	78	5	88	46	2	1	50	1.21
242948--242986	19	2.1	19	85	9	53	53	0	5	41	1.23
243440--243486	22	2.2	21	82	14	60	23	4	12	59	1.51
243442--243506	25	2.8	22	84	11	69	21	6	12	60	1.54
254673--254726	21	2.5	23	85	8	69	29	9	27	33	1.88
256542--256589	24	2.2	20	71	25	51	22	14	10	52	1.72
256547--256606	24	2.5	24	97	0	111	23	16	11	48	1.79
258690--258719	15	2.0	15	93	0	51	3	3	26	66	1.23
262114--262190	35	2.3	35	82	8	99	35	2	3	58	1.30
265437--265486	19	2.5	20	81	15	52	38	6	10	46	1.62
265447--265486	18	2.2	19	86	8	57	40	5	10	45	1.60
266848--266889	18	2.4	18	80	4	50	54	0	0	45	0.99
269249--269294	24	1.9	24	86	0	65	34	17	17	30	1.93
272280--272398	50	2.4	50	95	0	211	21	7	34	36	1.82
277769--277814	24	2.0	24	86	4	67	65	6	2	26	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
278135--278181	22	2.1	22	84	7	60	57	4	4	34	1.38
278141--278191	21	2.4	22	87	9	70	66	3	1	27	1.20
283135--283173	17	2.4	17	86	4	53	23	5	7	64	1.40
284081--284230	70	2.1	70	91	0	246	36	26	12	24	1.91
287693--287723	9	3.4	9	100	0	62	61	0	0	38	0.96
288127--288168	16	2.6	16	88	0	57	45	0	7	47	1.30
288122--288164	16	2.4	18	77	18	54	41	0	9	48	1.35
291583--291645	21	2.9	21	80	4	81	58	4	1	34	1.29
292727--292927	29	6.9	29	71	17	130	32	26	4	35	1.78
292858--292930	28	2.6	28	72	10	76	28	26	6	38	1.82

Tables:   1   2