genome.fa.s15002.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015002.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130046, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  397637

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1485--1524	18	2.1	18	86	9	53	30	0	5	65	1.14
1517--1564	23	2.1	23	88	7	71	60	2	0	37	1.09
10626--10687	25	2.4	26	78	10	74	37	11	11	40	1.77
16242--16277	17	2.1	17	90	10	56	38	0	2	58	1.13
25030--25062	17	1.9	17	93	0	57	75	0	0	24	0.80
35430--35455	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
35751--35814	28	2.3	27	76	10	67	60	0	9	29	1.28
36482--36522	21	2.0	21	85	9	57	46	4	17	31	1.69
37389--37575	52	3.6	51	79	5	196	28	14	23	33	1.94
38766--38862	27	3.5	27	87	4	140	35	21	18	24	1.96
40898--40954	21	2.7	22	81	8	73	33	12	22	31	1.91
43108--43187	9	9.2	9	70	24	57	48	0	1	50	1.08
43105--43209	22	5.0	22	70	22	75	46	0	1	51	1.12
43106--43189	11	7.4	11	70	26	59	46	0	1	52	1.08
43107--43190	29	2.8	29	87	3	123	46	0	1	52	1.08
43109--43212	31	3.4	29	82	15	131	50	0	1	48	1.12
43107--43221	60	1.9	60	87	7	171	48	0	1	49	1.11
43658--43726	9	8.2	9	73	26	71	49	0	0	50	1.00
43658--43725	29	2.4	28	90	9	102	48	0	0	51	1.00
43687--43728	20	2.0	22	90	9	70	52	0	0	47	1.00
43624--43734	49	2.2	51	90	4	174	47	1	0	50	1.11
43656--43696	20	2.0	20	100	0	82	51	0	0	48	1.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
44728--44771	22	2.0	23	90	4	72	45	0	4	50	1.22
46447--46480	4	8.8	4	93	6	61	76	0	23	0	0.79
48869--48914	23	2.0	23	95	0	83	63	8	4	23	1.42
49229--49272	18	2.4	18	96	0	79	75	0	15	9	1.05
52730--52782	26	2.0	28	85	7	74	20	11	1	66	1.33
55908--55948	21	2.0	20	90	4	64	43	0	9	46	1.36
56191--56230	19	2.1	19	85	0	53	20	0	10	70	1.16
56240--56269	12	2.6	12	94	5	53	50	0	0	50	1.00
60905--61044	71	2.0	71	98	0	271	31	32	10	25	1.89
64133--64201	30	2.3	30	89	0	111	52	0	0	47	1.00
65112--65203	9	10.7	9	71	26	67	48	0	0	51	1.00
65159--65201	21	2.0	23	90	9	72	53	0	0	46	1.00
65110--65198	28	3.1	28	93	6	144	47	0	0	52	1.00
74904--74946	18	2.4	19	84	11	63	51	0	2	46	1.13
74912--74945	17	1.9	18	94	5	61	50	0	2	47	1.16
77965--78006	15	2.7	15	79	20	50	64	0	0	35	0.94
86567--86599	17	1.9	17	100	0	66	60	3	12	24	1.46
86645--87221	287	2.0	288	93	3	980	35	21	18	24	1.95
87291--87549	82	3.2	82	92	1	430	44	15	27	11	1.82
88059--88107	21	2.3	22	86	6	66	48	0	0	51	1.00
89517--89543	13	2.1	13	100	0	54	51	0	18	29	1.46
93637--93725	30	3.0	28	78	8	79	34	4	12	48	1.61
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
93660--93716	29	1.9	30	85	3	80	31	3	12	52	1.55
104243--104283	19	2.1	20	86	4	57	34	14	2	48	1.57
105820--105877	25	2.3	25	82	14	66	29	5	5	60	1.40
111956--112059	19	5.7	18	65	18	54	30	1	3	63	1.23
111956--112053	9	10.8	9	69	22	55	32	2	3	62	1.22
114009--114068	22	2.9	21	78	12	61	46	0	1	51	1.10
117297--117348	26	2.0	26	84	3	68	57	9	13	19	1.63
118039--118063	2	12.5	2	100	0	50	0	48	0	52	1.00
118922--118955	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
123024--123077	26	2.0	27	82	10	67	62	11	7	18	1.50
124277--124427	74	2.0	74	94	5	277	34	13	7	43	1.73
137388--137457	11	6.4	11	73	12	63	71	14	7	7	1.29
137388--137472	12	7.5	12	73	11	72	70	14	7	8	1.32
137388--137458	23	3.2	22	90	8	108	71	14	7	7	1.28
137445--137496	26	2.0	27	84	3	70	69	9	7	13	1.37
137489--137547	21	2.9	19	85	5	73	71	20	5	3	1.20
146875--146899	3	8.3	3	100	0	50	0	36	0	64	0.94
148042--148081	15	2.7	15	84	7	55	40	7	0	52	1.30
164564--164621	27	2.1	27	83	3	71	41	15	1	41	1.57
164591--164809	29	7.7	27	70	11	134	34	24	3	37	1.73
164614--164779	57	2.9	56	80	5	172	33	24	4	38	1.75
166050--166089	14	2.9	14	82	14	55	72	2	0	25	0.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
171858--171904	19	2.3	21	78	7	53	42	4	2	51	1.33
173266--173307	18	2.3	19	91	4	68	66	4	9	19	1.38
177638--177662	3	8.3	3	100	0	50	32	0	0	68	0.90
183828--183855	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
185362--185444	42	2.0	42	87	0	121	25	18	20	36	1.95
187531--187561	16	1.9	16	100	0	62	22	12	19	45	1.84
187707--187759	10	5.1	10	79	6	52	67	16	1	13	1.31
187705--187760	16	3.5	16	74	16	62	66	16	1	16	1.35
193264--193467	114	1.8	113	84	5	270	25	17	29	27	1.97
195968--196020	18	2.9	18	97	0	97	45	16	5	32	1.71
198636--198666	16	1.9	16	93	0	53	54	3	0	41	1.16
199353--199399	24	1.9	25	91	4	78	36	14	8	40	1.77
210972--211075	54	1.9	54	94	0	181	41	13	19	25	1.88
211428--211458	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
212380--212431	7	7.0	7	75	12	50	71	3	1	23	1.13
212380--212437	15	3.9	14	78	14	62	70	3	1	24	1.12
217571--217684	23	4.7	23	85	10	165	31	19	36	12	1.89
217571--217767	51	3.8	51	84	5	250	30	19	37	12	1.88
217571--217789	28	8.2	28	73	8	154	30	19	37	12	1.89
217645--217716	32	2.2	33	85	2	101	33	18	38	9	1.83
217735--217899	23	7.4	23	72	20	86	29	21	34	14	1.93
217776--217912	28	4.8	28	72	21	104	31	21	32	15	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217758--217843	18	4.8	18	88	0	118	27	20	36	15	1.93
217784--217866	18	4.3	18	78	14	76	30	21	32	15	1.95
217833--217912	28	2.9	28	94	0	133	33	21	31	13	1.92
217815--217897	23	3.4	23	80	15	94	33	21	31	13	1.92
221372--221418	15	3.2	14	80	17	51	74	4	2	19	1.09
222359--222438	20	4.1	20	81	12	87	37	0	6	56	1.25
222671--222735	20	3.2	20	74	10	60	66	4	3	26	1.26
222753--222794	19	2.3	18	84	8	50	54	2	9	33	1.46
224567--224593	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
227943--227990	24	1.9	26	84	16	66	45	0	22	31	1.53
228053--228123	23	3.1	23	82	8	74	9	22	23	43	1.83
228118--228186	21	3.2	20	86	11	93	13	21	28	36	1.91
231727--231770	18	2.2	21	84	11	58	68	0	0	31	0.90
231697--231770	22	3.5	22	68	22	59	60	0	4	35	1.15
233447--233483	18	2.1	18	89	0	56	24	27	0	48	1.51
233783--233818	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
234293--234317	2	12.5	2	100	0	50	48	0	0	52	1.00
238058--238100	18	2.4	18	80	0	50	27	6	32	32	1.84
244123--244221	28	3.6	28	73	10	96	44	23	18	14	1.86
246080--246225	23	6.3	23	81	7	145	10	23	23	42	1.85
246080--246225	46	3.2	45	80	9	161	10	23	23	42	1.85
247477--247598	29	4.2	29	76	4	111	45	27	8	18	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
247472--247598	58	2.2	58	82	2	157	44	28	7	18	1.78
254702--254731	14	2.1	15	93	6	53	56	0	0	43	0.99
256291--256355	21	3.2	21	67	18	57	40	9	0	50	1.34
257040--257069	15	2.0	15	100	0	60	26	13	26	33	1.93
266697--266807	55	2.0	55	91	3	179	40	4	13	41	1.65
273143--273193	22	2.4	21	81	9	59	58	0	0	41	0.98
273762--273791	2	15.5	2	93	6	53	0	50	0	50	1.00
275791--276090	30	10.1	30	83	12	306	34	28	1	36	1.66
275791--276062	59	4.6	60	86	10	341	34	27	1	36	1.65
275791--276242	119	3.8	117	80	11	385	32	27	3	37	1.72

Tables:   1   2