genome.fa.s15005.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015005.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130049, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  495468

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
602--885	29	9.8	27	72	20	177	33	5	25	35	1.79
602--885	59	4.9	58	85	6	353	33	5	25	35	1.79
783--913	29	4.5	28	71	10	75	34	6	22	37	1.79
2184--2262	17	4.5	17	79	4	86	56	5	2	35	1.35
2710--2968	39	6.6	39	69	8	170	27	22	28	21	1.99
2663--2969	78	3.9	78	91	0	452	27	21	28	22	1.99
3215--4220	49	20.6	49	70	10	578	18	25	17	38	1.93
3209--4165	98	9.8	98	83	2	1041	18	25	18	37	1.93
5245--5310	15	4.4	16	77	11	68	4	13	0	81	0.83
5251--5299	12	3.7	14	82	15	52	4	12	0	83	0.77
6307--6375	33	2.1	33	100	0	138	44	17	27	10	1.80
9789--9964	97	1.8	97	87	4	266	39	14	17	28	1.89
9809--10005	97	2.0	97	79	6	213	40	13	16	29	1.87
16609--16633	9	2.8	9	100	0	50	20	24	56	0	1.43
18119--18145	2	13.5	2	100	0	54	51	0	0	48	1.00
21496--21687	96	2.0	96	82	8	230	37	14	18	29	1.90
21945--22383	30	14.9	30	75	14	344	34	3	28	33	1.74
22015--22380	89	4.1	89	75	10	338	33	3	27	35	1.72
21944--22385	59	7.5	58	78	10	344	34	3	28	33	1.74
24238--24683	196	2.3	196	91	1	716	23	21	19	34	1.96
30192--30635	29	15.1	27	71	15	217	34	2	26	36	1.70
30202--30635	59	7.3	58	80	8	450	34	2	26	36	1.68
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
30202--30635	119	3.7	116	83	7	504	34	2	26	36	1.68
31622--31655	9	3.7	9	92	4	50	41	0	0	58	0.98
31670--31717	18	2.6	19	80	12	55	47	2	4	45	1.33
32346--32378	15	2.2	15	89	10	50	36	24	21	18	1.95
33677--33743	15	4.1	15	71	17	53	38	2	11	46	1.56
33692--33752	20	3.3	20	69	21	69	39	4	11	44	1.62
33674--33759	35	2.5	35	96	0	163	41	4	9	44	1.57
34335--34427	15	6.4	15	75	7	102	23	7	33	35	1.83
34351--34429	30	2.6	30	87	0	113	22	8	32	35	1.85
35564--35619	19	3.0	19	76	5	69	32	3	1	62	1.23
43514--43879	59	6.2	58	87	6	486	32	4	30	32	1.77
43521--43867	119	2.9	118	88	5	506	31	4	30	33	1.76
43520--43890	30	12.5	29	74	13	283	32	4	29	33	1.77
44917--45013	46	2.1	46	84	0	122	35	3	6	55	1.40
44932--45019	15	5.8	15	71	12	54	31	3	7	56	1.45
45711--45808	6	17.0	6	70	18	66	52	1	1	45	1.14
45705--45808	11	9.1	11	67	19	52	50	0	0	47	1.14
45713--45808	17	5.6	17	76	9	70	53	1	1	44	1.14
46208--46272	16	3.9	16	76	10	60	63	1	1	33	1.13
60760--60810	20	2.6	20	79	17	54	49	5	0	45	1.26
61960--62019	29	2.0	30	84	9	79	41	3	40	15	1.63
71450--71488	17	2.2	17	86	9	51	66	2	7	23	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
79439--79468	15	2.0	15	93	0	51	13	23	26	36	1.92
80411--80447	14	2.4	16	86	8	51	56	0	0	43	0.99
82348--82373	3	8.7	3	100	0	52	65	0	0	34	0.93
88731--88768	19	2.0	19	94	0	67	26	2	10	60	1.43
89097--89146	3	16.7	3	100	0	100	66	0	0	34	0.92
98511--98545	18	1.9	18	88	11	54	57	0	2	40	1.14
101580--101607	6	4.7	6	100	0	56	85	0	14	0	0.59
104898--104936	20	2.0	19	85	5	51	43	10	0	46	1.37
106661--106703	22	2.0	22	86	9	61	48	6	20	23	1.73
109460--109485	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
110923--110998	30	2.5	31	78	20	79	50	5	0	44	1.24
124615--124654	20	2.0	20	95	0	71	27	5	17	50	1.67
130319--130424	52	2.0	53	88	1	160	26	23	11	38	1.88
136664--136696	2	16.5	2	100	0	66	51	0	0	48	1.00
137001--137034	2	16.5	2	87	6	50	50	0	2	47	1.16
137630--137697	29	2.3	29	80	16	77	58	2	2	35	1.28
140975--141047	33	2.2	33	90	0	110	35	19	15	30	1.92
141620--141657	14	2.5	16	79	12	53	63	0	2	34	1.09
141751--141785	3	11.7	3	88	11	54	31	0	2	65	1.07
142033--142093	28	2.1	29	82	8	72	22	1	6	68	1.21
151682--151727	2	23.0	2	95	0	83	47	0	0	52	1.00
151736--151786	24	2.2	23	82	3	57	27	1	5	64	1.27
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
151744--151799	22	2.4	25	80	17	66	26	1	5	66	1.23
158177--158210	16	2.1	16	100	0	68	11	29	20	38	1.88
159391--159420	5	6.0	5	96	0	51	20	56	0	23	1.42
163405--163476	33	2.2	32	82	2	81	59	11	1	27	1.40
163444--163536	46	2.0	46	89	4	143	52	10	2	34	1.48
164162--164199	18	2.1	18	85	9	51	13	23	18	44	1.85
164760--164811	23	2.3	22	80	3	59	36	1	11	50	1.50
168525--168570	13	3.8	12	78	16	51	54	8	0	36	1.32
168528--168580	23	2.3	23	80	6	63	58	7	0	33	1.26
173207--173316	54	2.0	54	100	0	220	36	18	17	28	1.93
188610--188805	29	6.7	30	78	10	181	31	4	30	34	1.78
188610--188800	59	3.3	58	85	2	238	31	4	28	34	1.78
191034--191152	45	2.6	44	80	7	141	21	25	16	36	1.94
191089--191564	208	2.3	207	87	2	681	21	23	20	34	1.96
203372--203582	29	7.2	30	75	6	175	31	3	28	36	1.74
203388--203591	58	3.5	58	90	0	291	32	2	28	35	1.72
203385--203589	87	2.4	87	79	4	218	32	3	28	35	1.74
205383--205431	17	2.9	17	84	6	55	48	6	0	44	1.27
205404--205437	17	2.0	17	88	0	50	55	5	2	35	1.39
212920--212964	2	23.0	2	90	4	74	48	0	2	48	1.13
220325--220350	3	8.7	3	100	0	52	34	0	0	65	0.93
224490--224534	18	2.4	19	77	3	56	53	0	4	42	1.21
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
225914--225961	20	2.4	20	79	6	53	47	2	2	47	1.25
227848--227900	27	2.0	27	82	13	67	47	13	16	22	1.82
239231--239321	45	2.0	45	93	0	155	42	14	15	27	1.85
245640--245687	22	2.2	22	81	7	53	58	0	2	39	1.10
252025--252073	22	2.4	19	86	10	62	46	2	0	51	1.12
252038--252082	22	2.0	22	82	4	54	44	4	4	46	1.43
255284--255328	22	2.0	22	100	0	90	55	8	4	31	1.51
255593--255656	34	1.9	33	90	9	103	28	14	6	51	1.66
255596--255674	34	2.5	31	78	17	90	29	13	7	49	1.70
255891--255942	26	2.0	27	88	3	79	51	9	13	25	1.71
256338--256393	6	9.2	6	81	16	62	50	0	0	50	1.00
256442--256498	3	19.0	3	100	0	114	33	0	0	66	0.92
256698--256727	11	2.6	12	94	5	53	26	0	0	73	0.84
257937--258060	30	4.1	30	92	2	187	40	20	4	34	1.74
264566--264653	25	3.4	25	68	14	63	59	3	2	35	1.27
265982--266036	24	2.4	22	77	14	58	7	20	3	69	1.28
273233--273259	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
273621--273659	18	2.2	18	85	0	51	53	0	5	41	1.23
274172--274200	3	9.7	3	100	0	58	65	0	0	34	0.93
288763--288788	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
299863--299904	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
303143--303179	14	2.6	14	91	0	56	64	5	5	24	1.36
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
313067--313112	22	2.1	22	91	0	74	36	19	6	36	1.78
318026--318081	23	2.4	23	90	0	85	16	26	23	33	1.95
318972--319048	39	2.0	39	100	0	154	44	12	7	35	1.72
321425--321486	31	2.1	29	85	11	81	33	8	11	46	1.69
324455--324496	22	1.9	22	85	0	57	52	14	4	28	1.62
343134--343172	20	1.9	21	84	5	53	41	10	5	43	1.61
344493--344531	20	1.9	21	89	5	62	10	0	20	69	1.17
344463--344518	12	4.7	12	80	8	60	7	3	19	69	1.27
356229--356272	20	2.4	17	79	20	52	38	2	0	59	1.10
356231--356274	19	2.2	21	92	8	74	34	2	0	63	1.07

Tables:   1   2