genome.fa.s15012.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015012.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130056, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  316062

Tables:   1   2   

This is table  1  of  2  ( 142 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1328--1441	43	2.7	43	83	2	149	23	28	27	20	1.99
2140--2282	43	3.3	43	82	3	171	22	32	25	18	1.97
2222--2497	86	3.2	85	76	6	243	22	30	22	23	1.99
10391--10426	19	1.9	19	94	5	65	33	44	5	16	1.71
10565--10784	43	5.1	43	73	7	178	22	32	24	20	1.98
10743--10956	86	2.5	85	75	7	191	24	28	23	23	2.00
11006--11388	86	4.5	85	78	6	321	22	30	21	25	1.99
11100--11316	85	2.5	85	81	2	220	24	32	19	23	1.98
11013--11388	171	2.2	172	77	3	382	22	30	21	25	1.99
11374--11481	53	2.1	52	85	1	144	19	33	22	25	1.97
11470--11551	43	1.9	43	85	5	112	25	31	21	20	1.98
11621--11664	21	2.2	21	84	8	56	63	2	0	34	1.07
17951--18497	218	2.5	217	79	7	561	35	10	11	42	1.75
21682--21731	20	2.5	21	83	6	59	30	10	20	40	1.85
21619--21809	92	2.1	93	80	13	216	34	14	17	32	1.91
22723--22819	23	4.2	23	71	17	76	41	20	26	11	1.86
22907--22950	20	2.2	20	87	0	61	40	29	0	29	1.57
23675--23713	20	2.0	20	89	0	60	33	15	0	51	1.44
23706--23738	17	1.9	17	93	0	57	42	21	0	36	1.53
30450--30484	18	1.9	18	88	0	52	40	20	17	22	1.92
36495--36549	3	18.3	3	78	14	60	70	0	29	0	0.87
36493--36549	15	3.8	15	80	15	73	71	0	28	0	0.86
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
37603--37639	2	19.5	2	83	10	51	45	0	2	51	1.15
40794--40855	25	2.5	25	75	12	65	32	11	0	56	1.35
40839--40885	21	2.3	21	92	7	80	36	0	0	63	0.94
40962--41081	43	2.9	41	79	12	138	20	22	30	27	1.98
41087--41827	86	8.4	86	70	11	383	25	23	30	20	1.98
41184--41341	53	3.0	52	83	4	183	25	24	33	16	1.96
41240--41358	53	2.3	53	80	4	125	31	24	28	15	1.96
41294--41994	172	4.1	172	77	5	611	24	23	30	21	1.99
41355--41974	43	14.5	43	67	16	198	23	22	30	22	1.99
41758--41985	43	5.3	43	81	5	246	21	24	32	22	1.98
48506--49136	86	7.3	86	79	3	581	23	22	31	23	1.99
54312--54349	13	2.9	13	92	0	58	73	7	5	13	1.22
58177--58215	17	2.3	17	86	8	53	17	12	23	46	1.83
73080--73154	21	3.5	21	68	14	55	48	4	5	42	1.44
73183--73236	22	2.5	22	82	8	65	27	11	18	42	1.84
73342--73398	12	4.8	12	83	12	82	15	17	14	52	1.75
73537--73596	30	2.1	28	85	11	79	55	15	8	21	1.66
76402--76469	30	2.3	31	80	10	79	39	25	4	30	1.75
77936--77966	6	5.2	6	92	0	53	16	48	16	19	1.81
79587--79628	20	2.1	20	86	0	57	33	21	30	14	1.93
80803--80882	25	3.3	25	86	10	96	37	21	26	15	1.92
80792--80871	25	3.3	25	89	10	121	40	22	26	11	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
85594--85633	18	2.3	18	86	4	55	52	10	17	20	1.72
89767--89800	11	3.1	11	86	0	50	38	8	5	47	1.59
104105--104179	30	2.5	29	79	14	82	38	28	4	29	1.75
104648--104700	24	2.2	25	83	12	67	62	7	11	18	1.52
105474--105519	5	8.8	5	86	9	65	19	2	2	76	1.00
105475--105524	16	3.1	15	83	11	64	22	2	2	74	1.03
105730--105779	19	2.4	21	80	12	68	18	2	4	76	1.04
106322--106361	19	2.2	18	86	4	53	75	12	12	0	1.06
109974--110001	2	14.0	2	100	0	56	50	0	0	50	1.00
111234--111294	11	5.5	11	82	7	79	63	0	29	6	1.19
111234--111300	22	3.0	22	86	0	89	61	0	31	7	1.24
114845--114915	11	6.5	11	78	1	81	61	0	26	11	1.29
117367--117405	21	1.9	20	89	5	60	84	0	15	0	0.62
117368--117422	25	2.2	25	90	6	85	81	0	16	1	0.77
117375--117405	14	2.2	14	94	0	53	83	0	16	0	0.64
117736--117947	112	1.9	112	88	0	316	27	19	12	40	1.88
118364--118617	49	5.2	49	77	4	224	37	12	24	25	1.91
118364--118617	98	2.6	98	79	1	249	37	12	24	25	1.91
118829--119318	93	5.2	93	77	6	419	33	18	23	24	1.97
118773--119678	192	4.7	191	78	5	776	34	16	22	26	1.95
118973--119488	93	5.4	93	72	11	278	34	16	23	25	1.95
121392--121469	15	4.8	16	75	21	58	21	2	1	74	1.01
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
121398--121482	4	21.0	4	69	23	54	21	3	2	72	1.10
121394--121468	13	5.3	14	79	17	84	21	2	1	74	1.01
121398--121480	44	2.0	41	83	11	105	20	3	2	73	1.10
121792--121992	110	1.8	108	89	2	312	32	13	12	41	1.82
122378--122421	21	2.0	23	86	8	65	47	6	13	31	1.69
124220--124285	7	9.7	7	72	21	52	80	3	13	3	0.95
124220--124285	27	2.4	27	83	14	91	80	3	13	3	0.95
124597--124813	112	1.9	112	86	0	308	29	18	13	38	1.89
125349--125504	49	3.2	48	75	5	143	37	19	22	21	1.95
125606--126589	93	10.6	93	75	6	687	34	16	23	25	1.95
125605--126589	186	5.3	186	80	3	850	34	16	23	25	1.95
125604--126424	371	2.2	376	82	3	987	34	17	23	24	1.95
126338--126689	180	2.0	180	83	3	449	34	15	23	26	1.94
127274--127320	21	2.2	22	85	11	62	63	17	19	0	1.30
127446--127489	15	2.8	16	75	10	54	27	2	2	68	1.14
139235--139271	19	1.9	19	94	0	65	48	13	0	37	1.43
141844--141890	16	2.9	16	93	6	78	31	6	17	44	1.73
145502--145545	20	2.2	20	100	0	88	22	29	25	22	1.99
147064--147185	32	3.8	32	87	0	181	31	17	17	34	1.93
149675--149749	36	2.1	37	87	2	107	22	24	16	37	1.93
156741--156768	14	2.0	14	100	0	56	28	14	35	21	1.92
157260--157308	21	2.2	24	82	10	59	77	0	16	4	0.90
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
165332--165400	26	2.7	26	93	0	120	44	17	21	15	1.86
170171--170501	50	6.5	50	84	2	392	21	26	16	35	1.94
170348--170425	24	3.2	24	70	13	68	20	28	16	34	1.94
170171--170501	150	2.2	152	85	3	441	21	26	16	35	1.94
174788--174827	20	1.9	21	90	10	64	25	2	5	67	1.23
174789--174835	22	2.2	20	85	7	58	23	2	6	68	1.24
179198--179260	24	2.6	24	84	0	81	26	14	7	50	1.70
181162--181216	24	2.3	24	87	0	74	27	14	9	49	1.73
183375--183421	22	2.2	21	84	3	58	72	8	8	10	1.29
188825--188870	23	2.0	23	100	0	92	21	17	13	47	1.81
189208--189251	15	3.1	15	83	9	56	34	4	11	50	1.59
189214--189252	13	2.8	13	88	7	51	38	2	10	48	1.51
193879--194099	41	5.4	41	88	1	291	40	10	22	26	1.87
198635--198939	41	7.4	41	92	1	461	37	10	24	26	1.89
203550--203822	41	6.6	41	89	3	406	36	12	24	26	1.91
207645--207684	16	2.5	16	95	0	71	10	25	25	40	1.86
208052--208094	9	4.6	9	80	8	50	20	2	2	74	1.04
208640--208690	21	2.4	21	96	0	93	35	35	15	13	1.87
208839--208876	16	2.4	16	86	8	51	31	2	2	63	1.22
208841--208890	26	2.0	25	84	4	64	32	2	4	62	1.25
209781--209820	18	2.2	18	95	0	71	55	10	25	10	1.64
210702--210746	21	2.1	21	88	8	65	37	4	20	37	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
216133--216202	21	3.6	20	75	18	76	14	20	30	35	1.92
216112--216370	37	7.0	37	86	0	349	16	19	28	34	1.94
216125--216181	16	3.2	16	71	21	51	12	21	29	36	1.90
216251--216313	21	3.2	21	65	28	57	11	22	33	33	1.89
229697--229860	82	2.0	82	95	0	292	31	18	21	28	1.97
233824--234185	42	8.3	42	81	8	411	28	28	18	24	1.98
233828--233931	53	2.0	52	90	1	163	26	28	20	24	1.99
233881--234185	42	7.2	42	87	2	414	28	29	18	23	1.98
233881--234185	85	3.6	84	86	2	421	28	29	18	23	1.98
241946--241976	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00

Tables:   1   2