genome.fa.s15038.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015038.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130082, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  531193

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16233--16273	19	2.1	20	90	4	66	34	0	0	65	0.93
16245--16341	31	3.2	30	78	15	94	37	0	4	58	1.17
16307--16345	20	1.9	21	89	5	62	43	0	2	53	1.14
16327--16359	14	2.4	14	90	5	50	39	6	6	48	1.53
16371--16455	20	4.2	20	70	8	64	25	2	29	42	1.68
30361--30396	18	2.1	18	89	5	56	33	25	0	41	1.55
41959--41997	15	2.5	16	83	4	53	71	0	0	28	0.86
41964--41997	8	4.4	8	88	7	52	70	0	0	29	0.87
45539--45730	96	2.0	96	85	6	264	39	13	17	29	1.87
46107--46202	29	3.3	30	69	14	74	36	1	20	41	1.60
46124--46381	29	8.8	29	66	16	102	34	3	27	35	1.74
46079--46387	59	5.2	59	76	7	272	33	3	26	35	1.74
46091--46381	119	2.5	117	79	5	291	34	3	26	35	1.74
46130--46418	30	9.8	29	71	12	162	34	3	26	35	1.75
47977--48055	13	6.2	13	69	22	53	49	5	2	43	1.38
48010--48051	11	3.7	11	87	6	57	57	2	0	40	1.12
48010--48055	23	2.0	23	95	0	83	54	2	0	43	1.12
48025--48069	17	2.6	17	92	3	72	55	0	2	42	1.12
48010--48055	6	8.0	6	80	9	60	54	2	0	43	1.12
48534--48744	115	1.8	115	91	2	352	22	25	18	33	1.97
48856--49184	115	2.9	114	88	1	487	24	22	17	34	1.96
48534--49358	436	1.9	436	89	2	1282	23	22	18	35	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
49207--49494	132	2.2	133	83	2	346	22	23	18	36	1.95
49600--49874	78	3.5	78	83	4	313	25	18	29	26	1.98
49821--49896	39	1.9	39	84	5	100	26	17	28	27	1.97
50347--50525	49	3.7	49	75	10	152	16	25	17	40	1.90
51724--51778	27	2.0	29	82	7	69	1	16	5	76	1.06
56984--57179	96	2.0	96	81	5	227	38	11	18	31	1.87
57556--57976	58	7.2	58	74	11	270	33	3	25	37	1.72
57590--57984	29	13.4	29	68	17	162	32	3	26	37	1.73
57707--57986	87	3.2	85	76	14	214	32	3	26	37	1.75
57548--57953	59	6.9	59	74	13	256	34	2	25	36	1.71
69472--69531	26	2.2	26	88	5	84	25	6	31	36	1.82
69604--69888	29	9.8	28	76	13	240	32	4	27	36	1.77
69516--69889	59	6.4	58	76	11	225	33	4	25	35	1.78
69512--69765	118	2.2	118	80	6	277	33	5	26	34	1.79
71118--71170	3	17.7	3	78	0	52	33	0	5	60	1.20
71805--71830	11	2.4	11	100	0	52	46	7	0	46	1.31
71810--71858	6	8.3	6	80	11	57	48	6	0	44	1.27
71810--71854	17	2.6	17	93	6	74	46	6	0	46	1.29
71826--71889	17	3.6	17	78	12	65	53	7	1	37	1.40
78132--78158	13	2.1	13	100	0	54	37	7	14	40	1.74
81613--81654	16	2.4	18	81	18	54	52	0	0	47	1.00
82967--83016	6	8.3	6	100	0	100	36	64	0	0	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
88931--88970	21	1.9	21	85	10	55	27	2	12	57	1.48
89030--89102	26	2.6	28	73	14	71	38	2	5	53	1.39
95730--95760	2	15.5	2	100	0	62	51	0	0	48	1.00
99051--99085	16	2.2	16	90	10	54	51	2	17	28	1.59
106313--106852	269	2.0	272	95	1	978	26	17	20	34	1.95
114908--114974	15	4.8	15	75	17	63	64	11	1	22	1.35
116134--116158	4	6.2	4	100	0	50	24	0	0	76	0.80
124933--124975	21	2.0	22	86	4	61	32	23	2	41	1.67
128433--128488	19	2.8	21	76	13	64	42	17	3	35	1.67
132973--133006	17	2.0	17	100	0	68	47	23	11	17	1.81
133014--133038	13	1.9	13	100	0	50	56	8	8	28	1.57
137970--138002	2	16.5	2	93	0	57	51	0	0	48	1.00
139747--139772	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
140782--140846	12	5.4	12	81	0	58	10	3	16	69	1.30
140803--140849	24	2.0	24	86	0	67	14	2	12	70	1.26
140793--140875	36	2.3	36	82	0	103	10	4	13	71	1.29
140803--140872	12	5.8	12	77	0	59	12	4	11	71	1.28
140854--140920	32	2.1	31	83	2	80	10	7	16	65	1.45
142365--142431	27	2.5	27	78	2	73	52	10	4	32	1.56
142390--142442	17	3.1	17	77	2	61	54	11	7	26	1.62
148041--148075	3	11.7	3	100	0	70	31	0	0	68	0.90
149422--149479	29	2.0	29	93	0	98	39	12	22	25	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
152174--152215	21	2.0	22	85	4	59	64	4	19	11	1.44
153839--153872	17	2.0	17	88	11	52	29	5	0	64	1.17
153860--153904	22	2.1	21	84	8	56	15	6	4	73	1.21
154824--154923	48	2.1	48	100	0	200	39	18	21	22	1.93
164951--165011	18	3.2	19	76	13	63	67	1	1	29	1.10
167941--168024	25	3.2	26	86	8	118	29	23	19	27	1.98
167941--168197	27	9.6	27	81	6	231	35	22	16	25	1.95
167984--168202	81	2.7	81	84	0	276	37	21	15	25	1.93
167986--168202	27	8.0	27	86	2	238	37	21	15	25	1.93
168814--168860	23	2.0	23	88	8	69	31	6	0	61	1.21
172793--173078	52	5.5	52	86	0	374	33	21	12	32	1.90
178096--178388	52	5.7	52	89	0	435	34	22	13	30	1.92
178096--178388	103	2.8	104	88	2	437	34	22	13	30	1.92
178096--178388	155	1.9	156	89	0	453	34	22	13	30	1.92
180164--180213	26	1.9	26	87	0	73	32	26	20	22	1.98
180181--180334	50	3.0	50	80	6	139	33	24	18	24	1.97
180193--180299	25	4.2	25	85	8	144	30	26	18	24	1.98
180193--180506	27	11.8	27	82	7	220	35	23	16	25	1.95
192872--193178	153	2.0	153	98	0	596	35	12	7	44	1.70
193814--193865	26	2.0	26	88	7	79	57	15	13	13	1.65
195901--195940	10	4.1	10	96	3	73	57	0	0	42	0.98
203296--203402	50	2.1	50	92	0	178	22	11	13	53	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
208135--208168	3	11.3	3	100	0	68	67	0	32	0	0.91
211156--211285	58	2.3	55	88	9	183	21	17	12	48	1.80
211173--211285	58	1.9	58	92	3	192	22	16	12	48	1.79
212004--212056	21	2.5	22	90	6	83	47	0	1	50	1.12
213046--213119	30	2.4	30	93	2	121	45	1	0	52	1.09
213080--213122	23	2.0	23	90	9	72	51	0	0	48	1.00
215038--215082	22	2.0	22	95	0	81	48	26	6	17	1.72
217399--217442	23	2.0	21	91	8	70	31	2	0	65	1.05
219656--219691	18	2.0	18	100	0	72	22	27	5	44	1.75
227329--227386	27	2.2	27	84	9	75	63	8	0	27	1.23
228754--228812	30	2.0	31	90	6	95	20	40	0	38	1.53
234892--234931	21	2.0	20	85	5	53	62	2	0	35	1.09
243429--243465	2	18.5	2	94	0	65	51	2	0	45	1.15
245130--245184	28	2.0	27	82	13	67	40	5	1	52	1.35
245477--245568	35	2.6	36	81	15	102	25	6	1	67	1.21
245507--245567	19	3.3	18	76	17	56	26	4	0	68	1.09
247273--247313	18	2.3	18	86	0	55	21	7	17	53	1.67
251623--251665	9	4.7	9	80	5	50	62	0	2	34	1.08
251623--251665	18	2.3	19	92	4	70	62	0	2	34	1.08
251925--252080	73	2.1	73	97	0	294	37	1	16	43	1.59
254022--254091	26	2.7	26	84	6	81	37	0	1	61	1.05
255177--255384	30	7.2	29	75	10	151	37	23	3	36	1.71
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
255303--255386	28	3.0	27	82	3	87	36	27	4	30	1.78
261557--261616	3	20.0	3	92	0	102	70	0	30	0	0.88
262869--262954	42	2.0	42	86	0	118	47	15	24	12	1.80
263698--264478	99	8.0	99	75	6	367	34	17	30	17	1.93
263900--264219	148	2.2	149	79	2	340	34	17	30	17	1.93
263793--264556	49	15.4	49	71	7	362	34	16	30	17	1.92
263797--264464	346	1.9	346	80	3	781	34	16	31	17	1.92
264129--264556	198	2.2	198	84	3	549	36	16	30	16	1.91
264049--264556	99	5.1	97	78	7	488	35	17	30	16	1.92
265083--265121	16	2.4	16	95	0	69	43	33	0	23	1.54

Tables:   1   2