genome.fa.s15042.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015042.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130086, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  366595

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11120--11160	20	2.0	20	100	0	82	17	4	19	58	1.56
18866--18976	21	5.5	21	83	10	151	7	18	36	37	1.79
18849--19028	37	4.7	37	82	9	227	8	18	34	38	1.82
18866--19013	79	1.9	79	88	0	224	8	18	34	38	1.81
22910--22951	3	14.0	3	100	0	84	66	33	0	0	0.92
23251--23310	30	2.0	30	96	0	111	21	18	33	26	1.96
23452--23547	49	2.0	48	83	6	122	64	8	0	27	1.22
23657--23701	24	1.9	24	86	4	65	66	17	6	8	1.40
23653--23714	23	2.6	24	76	2	63	66	17	4	11	1.40
23693--23807	12	10.4	10	73	15	52	69	18	4	7	1.30
23709--23776	12	5.7	12	81	8	68	67	19	5	7	1.36
23704--23776	23	3.1	23	77	16	71	69	17	5	6	1.30
23772--23829	23	2.8	20	73	19	55	70	18	1	8	1.21
41168--41198	16	1.9	16	93	0	53	45	0	3	51	1.17
42359--42475	57	2.1	57	88	0	171	24	8	18	47	1.76
42499--42554	29	1.9	30	88	3	87	23	12	8	55	1.65
44728--44822	9	10.1	9	69	19	61	26	2	18	52	1.57
45221--45258	16	2.4	16	86	8	51	42	31	7	18	1.79
45289--45325	16	2.3	16	90	0	56	43	18	5	32	1.73
46267--46473	33	6.3	32	77	8	116	28	4	45	20	1.72
49637--49711	21	3.7	20	76	5	62	34	26	9	29	1.88
52643--53016	61	6.1	61	89	2	581	39	17	10	31	1.84
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
55523--55577	27	1.9	29	82	10	69	36	1	23	38	1.66
55574--55617	16	2.8	16	78	0	52	29	6	29	34	1.83
61858--61967	55	2.0	55	100	0	220	40	12	10	36	1.79
63526--63565	20	2.0	20	85	0	53	2	32	0	65	1.06
63783--63846	18	3.6	19	66	21	57	51	1	9	37	1.44
70052--70099	20	2.4	18	78	18	51	52	0	0	47	1.00
87722--87843	32	3.8	33	82	4	135	20	6	27	45	1.75
89503--89546	19	2.5	17	86	13	63	61	15	22	0	1.34
89508--89549	19	2.2	19	95	0	75	61	14	23	0	1.32
89580--89613	14	2.5	14	90	4	52	58	0	41	0	0.98
90628--90684	30	1.9	30	92	0	96	26	1	47	24	1.62
90738--90840	24	4.4	24	71	14	81	23	1	46	28	1.63
90690--90816	45	2.7	45	84	11	157	21	3	48	26	1.65
93148--93566	158	2.6	159	84	5	510	36	15	12	35	1.85
95226--95317	46	2.0	46	91	0	148	28	23	11	35	1.91
96263--96297	18	1.9	18	88	0	52	22	0	5	71	1.07
98765--99016	136	1.9	136	87	1	371	35	15	20	28	1.93
105506--105582	27	2.8	28	90	6	104	44	0	2	53	1.14
114231--114262	3	10.7	3	100	0	64	68	0	0	31	0.90
116387--116488	49	2.1	49	96	1	188	20	8	19	50	1.73
118374--118408	3	11.7	3	100	0	70	68	0	0	31	0.90
126284--126322	17	2.3	17	81	0	51	15	5	25	53	1.62
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
126312--126402	41	2.2	41	88	3	130	31	7	25	35	1.84
126671--126702	2	16.0	2	100	0	64	50	0	0	50	1.00
127879--127975	32	3.0	32	93	0	176	39	12	22	25	1.89
131291--131371	39	2.1	39	97	0	153	35	18	13	32	1.90
136316--136624	160	1.9	161	87	1	458	21	16	15	46	1.84
138822--138869	12	3.7	13	83	8	62	64	2	0	33	1.05
149165--149213	18	2.7	18	77	3	53	36	0	4	59	1.17
150523--150566	18	2.4	19	88	3	63	56	9	2	31	1.43
151146--151179	12	2.8	12	91	8	52	20	11	8	58	1.59
151717--151772	22	2.5	22	79	5	67	75	17	1	5	1.09
153129--153156	6	4.7	6	100	0	56	85	0	0	14	0.59
153406--153511	6	18.3	6	70	14	80	40	3	0	54	1.25
153419--153519	36	2.9	35	85	8	127	42	2	1	52	1.28
153406--153519	17	7.0	16	76	16	110	41	3	1	53	1.28
153488--153536	17	2.9	17	81	3	55	53	2	2	42	1.24
155341--155598	29	8.8	28	79	9	248	33	29	3	33	1.76
155337--155611	59	4.7	58	79	8	297	33	30	4	32	1.77
155341--155611	88	3.1	88	78	10	257	33	29	4	32	1.77
155349--155636	29	9.8	29	76	13	147	33	30	4	32	1.77
163391--163453	31	2.0	31	100	0	126	36	12	28	22	1.91
167601--168234	205	3.1	203	84	2	794	36	19	22	22	1.95
168676--168723	6	8.3	6	77	9	55	43	2	2	52	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
168676--168723	17	2.8	17	90	0	69	43	2	2	52	1.24
168679--168737	17	3.5	17	81	4	66	47	3	3	45	1.36
168679--168748	33	2.1	34	84	7	90	50	2	2	44	1.31
168700--168748	17	2.9	17	81	3	55	53	2	2	42	1.24
170529--170866	29	11.6	29	79	5	333	34	28	3	32	1.75
170529--170866	30	11.6	29	79	5	360	34	28	3	32	1.75
170529--170863	58	5.8	57	82	5	379	34	28	3	33	1.75
172949--173320	29	12.8	29	74	12	201	38	2	23	35	1.70
172966--173316	87	4.0	87	80	7	304	38	2	23	35	1.70
172971--173322	58	6.0	57	75	9	239	38	2	23	35	1.69
173284--173341	30	1.9	30	86	6	82	41	1	17	39	1.59
175517--175803	99	2.9	98	79	4	317	16	28	18	36	1.93
175553--176314	50	15.4	50	73	6	489	16	31	17	34	1.92
175562--176317	246	3.1	248	79	2	619	16	31	16	34	1.92
175817--176277	99	4.7	99	80	4	489	16	32	15	34	1.91
175800--176276	198	2.4	198	79	6	543	16	32	15	34	1.91
182838--182870	16	2.1	16	100	0	66	30	18	27	24	1.98
183211--183447	59	4.1	60	83	7	301	33	2	27	36	1.71
183217--183499	29	9.7	30	83	5	303	34	2	26	36	1.70
183247--183497	59	4.3	59	78	6	154	35	2	25	36	1.69
183420--183497	30	2.6	30	85	2	104	42	2	20	34	1.66
188507--188543	18	2.1	18	89	0	56	62	13	8	16	1.54
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
188519--188561	19	2.1	19	83	12	50	58	13	9	18	1.62
200605--200656	27	1.9	26	88	7	77	48	3	0	48	1.20
213713--213744	16	2.1	16	88	11	50	56	0	9	34	1.32
215526--215552	9	3.0	9	100	0	54	11	44	0	44	1.39
229178--229207	14	2.1	14	93	0	51	73	0	0	26	0.84
230998--231362	49	7.4	49	70	9	242	38	18	24	18	1.92
230996--231416	98	4.3	98	88	0	574	38	18	25	18	1.93
231501--231617	51	2.3	51	93	0	198	34	19	15	30	1.93
245012--245413	109	3.7	109	85	2	511	31	25	17	25	1.97
246226--246259	8	4.2	8	88	0	50	35	14	0	50	1.44
250646--250685	20	2.0	21	90	9	66	27	27	0	45	1.54
258226--258275	18	2.8	18	75	0	55	46	18	10	26	1.80
259097--259134	17	2.2	18	90	4	60	52	21	5	21	1.66
261233--261307	24	3.1	24	94	0	123	29	24	20	26	1.99
262022--262076	21	2.6	21	85	0	74	30	14	21	32	1.93
263796--263849	24	2.3	23	81	12	65	35	24	1	38	1.66
267374--267398	5	5.0	5	100	0	50	40	60	0	0	0.97
269557--269720	82	2.0	82	97	0	310	19	20	15	43	1.87
277027--277052	7	3.7	7	100	0	52	42	15	0	42	1.47
278127--278169	22	2.0	22	85	0	59	6	18	20	53	1.67
280373--280411	20	2.0	20	89	0	60	38	15	23	23	1.92
282858--282901	24	1.9	23	86	9	63	50	0	2	47	1.13
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
284232--284265	17	2.0	17	94	0	59	32	17	2	47	1.63
285394--285466	28	2.6	28	76	6	78	45	5	0	49	1.25
285391--285464	14	5.5	13	74	13	60	45	4	0	50	1.20
289120--289174	22	2.5	22	90	3	92	9	20	25	45	1.80
289129--289184	22	2.3	24	82	17	80	10	23	23	42	1.85
291886--291948	29	2.1	31	82	5	76	57	1	0	41	1.08
293040--293930	308	2.9	305	85	4	1214	31	17	14	35	1.91
298110--298171	32	1.9	32	90	0	97	38	14	3	43	1.62
298119--298182	32	2.0	32	93	0	110	32	14	3	50	1.58
298171--298199	15	1.9	15	100	0	58	13	10	0	75	1.04

Tables:   1   2