genome.fa.s15093.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015093.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130137, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  636787

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
600--646	20	2.3	21	85	3	60	48	6	8	36	1.59
624--651	14	2.0	14	100	0	56	42	0	14	42	1.45
867--898	6	5.3	6	100	0	64	31	34	15	18	1.93
20150--20189	20	2.0	21	85	14	57	57	0	2	40	1.12
20858--20942	30	2.8	29	77	16	75	40	16	12	30	1.86
23480--23542	30	2.1	30	100	0	126	31	6	3	58	1.39
24996--25027	3	10.7	3	100	0	64	0	34	0	65	0.93
35574--35607	16	2.1	17	88	5	52	64	0	8	26	1.22
35849--35889	20	2.0	20	100	0	82	39	9	14	36	1.79
35993--36048	8	6.9	8	89	2	67	48	10	8	32	1.69
35993--36054	16	3.9	16	85	4	81	48	9	9	32	1.69
36250--36283	12	2.9	11	87	12	50	55	0	8	35	1.31
36315--36787	238	2.0	236	95	1	858	28	12	18	40	1.87
37143--37203	27	2.3	27	80	8	72	32	6	42	18	1.76
38694--38767	22	3.2	22	81	10	94	43	25	20	10	1.84
44663--44718	23	2.5	23	82	8	71	16	3	12	67	1.35
45211--45459	125	2.0	124	96	2	464	27	24	8	38	1.85
47386--47874	161	3.0	161	91	0	818	33	18	15	32	1.92
49165--49224	30	2.0	30	100	0	120	56	16	13	13	1.67
59719--59757	9	4.0	9	81	18	51	28	0	0	71	0.86
59736--59760	13	1.9	13	100	0	50	32	0	0	68	0.90
67918--67959	20	2.2	18	84	16	50	35	0	0	64	0.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
69754--69806	24	2.2	24	93	0	88	30	18	5	45	1.73
69893--69921	3	9.7	3	100	0	58	34	0	0	65	0.93
74105--74155	24	2.1	24	85	3	66	56	1	3	37	1.29
80162--80230	32	2.1	34	81	5	79	34	8	14	42	1.77
84169--84247	40	2.0	41	94	2	142	25	18	15	40	1.90
89647--89673	3	9.0	3	100	0	54	33	0	33	33	1.58
96185--96276	42	2.2	42	92	0	148	28	19	16	35	1.93
96677--96711	18	1.9	18	100	0	70	51	8	11	28	1.67
105079--105111	7	4.9	7	96	3	59	30	15	27	27	1.96
108008--108143	32	4.2	32	97	0	245	32	4	10	52	1.55
108096--108263	47	3.6	46	78	12	191	30	7	11	50	1.66
108096--108268	91	1.9	90	86	3	249	31	7	10	50	1.65
108219--108248	14	2.1	15	93	6	53	43	0	13	43	1.43
114599--114643	22	2.0	22	87	8	65	22	4	2	71	1.15
114612--114658	21	2.2	22	88	3	69	19	6	2	72	1.17
114603--114658	22	2.4	23	77	14	62	17	7	3	71	1.23
115845--115877	16	2.1	16	100	0	66	39	24	12	24	1.89
119026--119103	30	2.7	28	79	11	86	25	10	11	52	1.69
120950--121008	31	1.9	31	86	6	84	37	5	15	42	1.69
123559--123611	25	2.1	25	86	6	72	33	0	1	64	1.05
123574--123604	16	1.9	16	93	0	53	38	0	0	61	0.96
135285--135330	22	2.1	22	83	0	56	34	4	0	60	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
141971--142009	14	2.8	14	88	0	51	46	2	12	38	1.56
153124--153160	18	2.1	18	100	0	74	21	16	10	51	1.74
156523--156577	28	1.9	29	96	3	103	40	14	5	40	1.69
156530--156579	15	3.5	15	69	20	52	40	10	6	44	1.63
157309--157352	18	2.4	18	88	3	61	63	0	0	36	0.95
157303--157356	19	2.7	20	77	13	58	61	0	0	38	0.96
159599--159668	28	2.5	29	86	11	101	15	17	18	48	1.81
160599--160624	8	3.2	8	100	0	52	53	0	0	46	1.00
167410--167499	27	3.4	27	77	17	82	65	1	0	33	1.00
167395--167502	27	3.9	27	75	13	80	63	1	1	32	1.15
180836--181010	63	2.8	63	84	3	194	33	29	7	29	1.85
183187--183252	31	2.1	31	91	0	105	43	10	12	33	1.76
194132--194186	26	2.1	26	93	0	92	32	12	21	32	1.91
196686--196728	22	2.0	22	90	0	68	20	0	4	74	1.00
200015--200047	16	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
206136--206215	31	2.6	30	82	5	90	31	8	15	45	1.76
207957--208007	22	2.3	23	86	10	70	50	1	1	45	1.24
208239--208287	7	7.1	7	97	2	91	71	0	0	28	0.86
208239--208295	21	2.8	21	92	7	91	70	0	0	29	0.88
210746--210791	23	2.0	23	91	0	74	32	17	13	36	1.88
215399--216533	378	3.0	376	85	3	1406	33	14	15	36	1.88
216728--216866	68	2.0	68	85	0	188	26	11	28	33	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217538--217592	28	1.9	29	81	3	67	25	0	7	67	1.16
218112--220611	324	7.9	319	79	7	2426	36	14	15	33	1.88
218112--220607	628	3.9	624	79	8	2380	36	14	15	33	1.88
219363--220611	303	4.0	304	81	8	1162	36	14	14	34	1.87
224169--224211	22	1.9	23	85	4	61	41	9	9	39	1.69
224312--224356	17	2.6	17	85	3	54	68	0	2	28	1.01
224525--224575	17	2.8	18	80	16	61	74	1	0	23	0.92
224592--224717	9	13.4	9	68	17	69	30	4	3	61	1.32
224596--224717	38	3.2	37	70	17	99	28	4	3	63	1.31
224592--224763	9	18.2	10	68	18	59	33	4	2	59	1.29
224616--224724	37	2.9	37	72	10	96	30	6	2	60	1.36
224708--224751	20	2.2	20	84	8	54	43	2	0	54	1.12
224699--224772	29	2.5	31	73	16	70	37	2	2	56	1.28
233528--233684	53	3.0	53	93	0	260	31	14	10	43	1.78
236711--236758	22	2.2	22	100	0	96	20	27	18	33	1.96
238502--238541	19	2.1	19	95	0	71	55	7	0	37	1.29
238503--238549	19	2.6	18	86	6	51	57	6	0	36	1.24
249694--249757	20	3.2	21	77	16	66	37	0	6	56	1.25
251603--251628	9	2.9	9	100	0	52	57	0	7	34	1.27
254377--254405	13	2.2	13	100	0	58	65	13	10	10	1.47
271467--271505	20	2.0	20	94	0	69	30	15	7	46	1.74
278637--278675	7	5.6	7	93	0	60	25	17	30	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
285117--285145	2	14.5	2	100	0	58	48	0	0	51	1.00
285981--286029	21	2.2	22	82	13	57	59	4	0	36	1.17
299339--299371	14	2.4	14	100	0	66	18	6	15	60	1.54
304063--304111	13	3.8	13	77	0	53	34	24	0	40	1.55
309755--309827	34	2.1	34	84	0	92	45	20	12	21	1.84
315131--315189	22	2.7	22	84	2	75	57	0	3	38	1.15
320077--320114	20	1.9	19	89	5	58	50	0	10	39	1.37
320101--320151	18	2.9	18	74	8	52	66	1	5	25	1.24
320327--320361	16	2.1	16	89	10	52	51	0	0	48	1.00
321482--321522	12	3.4	12	87	9	57	60	14	24	0	1.34
321482--321531	24	2.0	26	88	7	77	60	14	26	0	1.34
321606--321643	11	3.4	11	83	16	51	81	7	0	10	0.87
321794--321818	10	2.5	10	100	0	50	12	0	0	88	0.53
322683--323072	30	13.1	30	82	5	445	38	24	0	36	1.61
324304--324367	28	2.3	28	86	0	83	53	15	18	12	1.73
324319--324374	28	2.0	28	100	0	112	50	14	14	21	1.78
324621--324845	122	1.8	122	85	3	319	58	9	16	15	1.63
333700--333763	29	2.2	29	88	5	94	25	10	31	32	1.90
333748--334022	58	4.8	57	78	7	227	36	5	26	32	1.78
333772--333867	29	3.3	29	70	12	81	40	4	26	29	1.74
333846--334255	58	7.1	55	76	11	231	33	5	25	35	1.78
333846--334195	115	3.0	113	82	6	314	34	5	25	35	1.78
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
333923--334269	30	11.9	28	75	10	216	35	4	23	36	1.75
333923--334256	58	5.7	58	79	8	306	35	4	23	37	1.75
347388--347421	2	17.0	2	93	0	59	47	0	2	50	1.16
350736--350785	26	1.9	26	87	0	73	52	6	4	38	1.45
352006--352033	3	9.3	3	100	0	56	67	0	0	32	0.91
361278--361408	70	1.9	70	96	0	244	24	19	13	42	1.87
366930--366974	22	2.0	23	91	4	74	68	13	8	8	1.38
367487--367520	2	17.0	2	100	0	68	50	50	0	0	1.00
367528--367561	14	2.3	15	90	10	52	61	8	0	29	1.26
367528--367562	15	2.2	16	90	5	54	62	8	0	28	1.24

Tables:   1   2