genome.fa.s15119.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015119.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130163, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  310394

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
1052--1095	21	2.1	21	100	0	88	38	22	9	29	1.85
1860--1893	13	2.6	13	85	0	50	58	11	0	29	1.33
2391--2477	37	2.4	37	92	0	138	40	16	18	25	1.90
3569--3610	21	2.0	21	86	13	59	42	2	0	54	1.13
11056--11103	16	2.9	18	74	20	52	0	35	0	64	0.94
11089--11133	21	2.2	20	84	7	65	2	24	0	73	0.95
22501--22556	29	2.0	28	82	10	69	60	0	1	37	1.07
22830--22872	19	2.3	19	79	0	50	34	6	2	55	1.39
22870--22943	28	2.7	27	77	6	69	32	5	1	60	1.27
23176--23222	24	2.0	24	87	8	69	51	6	0	42	1.27
28867--28941	35	2.1	35	97	0	141	25	21	24	29	1.99
33677--33864	96	2.0	96	82	6	229	34	13	20	31	1.92
34092--34147	28	2.0	29	85	3	78	30	14	26	28	1.95
34155--34475	59	5.4	58	85	6	412	33	2	26	38	1.69
34164--34475	30	10.5	30	77	11	295	33	1	26	38	1.66
35475--35542	3	21.0	3	82	14	82	30	2	2	63	1.24
41975--42007	5	6.6	5	100	0	66	18	0	60	21	1.36
47826--47858	16	2.0	17	88	5	50	30	0	0	69	0.88
49652--49680	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
50774--50822	26	1.9	26	91	4	82	46	0	2	51	1.12
53114--53140	4	6.8	4	100	0	54	51	22	0	25	1.48
53130--53284	75	2.1	75	85	2	213	34	24	10	30	1.89
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
59790--59831	17	2.4	17	88	4	57	47	2	28	21	1.63
59806--59881	34	2.2	34	88	0	116	46	2	31	19	1.64
61329--61369	17	2.5	17	96	4	75	34	12	7	46	1.69
67038--67289	126	2.0	126	95	0	450	34	18	18	29	1.94
91550--91604	24	2.2	24	81	9	58	20	0	9	70	1.13
96470--96533	22	3.0	20	76	14	74	10	1	17	70	1.24
96472--96540	21	3.2	20	70	22	59	13	2	15	68	1.33
96543--96626	12	7.3	12	68	10	50	9	2	16	71	1.23
96543--96624	23	3.6	23	80	4	87	9	2	17	70	1.25
96543--96627	44	1.9	44	83	9	111	9	2	16	71	1.22
96739--96834	49	2.0	48	81	6	113	27	1	8	63	1.29
106028--106077	23	2.1	24	81	7	57	24	12	0	64	1.27
111475--111506	8	3.9	8	95	4	55	46	0	0	53	1.00
112734--112780	24	2.0	24	83	8	60	68	0	0	31	0.90
113395--113490	41	2.3	41	100	0	192	33	32	16	17	1.93
150970--151007	19	2.0	19	85	10	51	23	28	0	47	1.52
154061--154207	59	2.5	58	86	3	188	32	3	27	36	1.73
154098--154229	29	4.5	29	82	5	167	32	3	26	37	1.72
154098--154237	59	2.4	58	86	7	185	32	3	26	37	1.74
155206--155253	12	4.0	12	86	0	69	33	2	6	58	1.35
155195--155252	24	2.5	24	85	2	82	31	3	3	62	1.29
155989--156069	17	4.7	18	84	6	98	50	2	2	44	1.28
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
155986--156069	6	14.7	6	70	14	61	50	2	2	45	1.27
155980--156069	23	3.7	23	68	18	65	51	2	3	43	1.30
158868--158901	15	2.3	15	90	5	52	20	8	5	64	1.43
164780--164814	17	2.1	17	88	0	52	37	0	2	60	1.12
165545--165608	16	3.9	16	69	16	51	28	0	4	67	1.11
165567--165608	19	2.2	19	87	8	59	28	0	2	69	1.01
166455--166508	25	2.1	26	82	3	65	59	3	12	24	1.50
167389--167512	29	4.2	30	72	15	98	49	9	13	27	1.73
167430--167613	59	3.1	58	81	3	206	50	11	11	26	1.73
167329--167523	88	2.2	89	87	0	284	49	7	12	30	1.69
167329--167523	89	2.2	88	88	3	284	49	7	12	30	1.69
170748--170825	39	2.0	39	94	0	138	30	20	6	42	1.77
175442--175483	9	4.6	9	80	14	50	66	7	0	26	1.17
175435--175484	19	2.5	20	81	12	68	62	8	0	30	1.24
175566--175624	27	2.2	27	81	0	73	69	5	5	20	1.27
175503--175619	46	2.6	46	79	4	130	59	6	5	27	1.46
176105--176159	11	5.0	11	74	12	51	27	1	3	67	1.17
176465--176511	25	1.9	24	86	4	67	38	2	2	57	1.23
182145--182205	32	1.9	31	86	3	86	57	1	0	40	1.08
183619--183688	28	2.4	30	83	4	90	31	8	17	42	1.79
184435--184481	20	2.6	18	78	15	60	46	0	0	53	1.00
184610--184661	26	1.9	28	84	7	72	40	1	3	53	1.30
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
186223--186301	27	2.8	29	78	16	85	43	3	2	50	1.33
191092--191152	29	2.1	29	84	9	79	27	1	3	67	1.16
194942--194973	15	2.1	15	94	0	55	84	0	15	0	0.63
200932--201013	29	2.7	31	80	12	84	50	7	1	41	1.38
202711--202757	24	2.0	24	87	8	69	38	6	10	44	1.65
206575--206614	9	4.4	9	83	0	53	60	5	0	35	1.19
207550--207587	18	2.1	18	85	9	51	73	0	10	15	1.09
208700--208752	28	1.9	27	88	3	79	22	30	28	18	1.98
212169--212220	21	2.6	19	85	11	77	21	5	3	69	1.26
212171--212220	19	2.5	19	93	6	82	20	6	4	70	1.25
212532--212675	7	20.4	7	68	14	57	47	27	0	24	1.57
212538--212638	35	2.9	34	77	14	91	48	25	0	25	1.51
212814--212889	26	2.8	26	78	4	71	56	10	1	31	1.41
215526--215636	17	6.4	18	81	7	97	40	1	3	54	1.28
215544--215636	6	16.0	6	72	14	79	41	2	2	53	1.25
215526--215636	52	2.1	52	86	3	152	40	1	3	54	1.28
215555--215616	23	2.7	23	83	14	83	40	1	3	54	1.26
215546--215654	52	2.1	52	79	6	114	45	3	2	47	1.34
216273--216323	3	16.7	3	91	4	84	66	1	0	31	1.03
217449--217693	29	8.4	29	73	11	164	32	24	4	38	1.74
217438--217876	58	7.5	58	77	9	319	33	24	5	36	1.79
217592--217927	58	5.8	57	77	8	286	33	24	6	35	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
217477--217927	117	3.9	115	78	9	332	33	23	5	36	1.80
217469--217869	29	13.8	29	68	16	115	33	23	5	36	1.78
217769--217869	30	3.5	28	75	11	89	37	23	4	33	1.77
219858--219909	27	1.9	27	84	0	68	15	26	30	26	1.96
219963--220030	9	7.6	9	69	11	50	35	0	1	63	1.04
219964--220010	16	2.9	16	82	14	60	31	0	0	68	0.90
219964--220010	17	2.8	17	84	12	62	31	0	0	68	0.90
219975--220025	25	2.0	26	84	7	68	31	0	1	66	1.03
223417--223460	15	2.7	15	86	10	52	77	2	4	15	1.04
229804--229841	20	1.9	19	85	15	51	42	15	36	5	1.70
230583--230612	14	2.1	14	93	0	51	60	0	0	40	0.97
231193--231270	4	21.0	4	73	12	51	73	0	23	3	1.00
231221--231266	14	3.2	14	81	3	56	69	0	26	4	1.07
231607--231645	21	1.9	20	89	5	60	25	2	12	58	1.47
232401--232449	16	3.2	16	75	16	59	59	6	0	34	1.22
233763--233847	43	2.0	43	83	4	109	31	9	11	47	1.72
234415--234519	45	2.3	46	86	3	151	33	28	18	20	1.96
234797--234850	28	1.9	28	85	7	74	48	24	0	27	1.52
234813--234873	21	2.9	22	80	9	74	49	24	1	24	1.60
234812--234871	20	3.0	20	80	9	68	50	25	1	23	1.59
237848--237886	15	2.5	15	87	8	51	2	35	0	61	1.10
238016--238054	19	2.1	19	95	0	69	66	20	0	12	1.24
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
239199--239276	4	19.8	4	83	7	79	69	1	26	2	1.09
239242--239281	20	2.0	20	85	0	53	62	0	37	0	0.95
241414--242513	546	2.0	546	97	0	2092	29	21	22	25	1.99
243204--243294	45	2.0	45	93	0	155	19	16	28	35	1.94
245259--245308	16	3.2	16	71	21	52	36	2	4	58	1.29
246178--246255	23	3.3	22	71	20	59	65	10	0	24	1.23
246448--246519	4	19.0	4	76	13	55	0	27	0	72	0.85
247393--247447	21	2.7	19	78	16	58	63	1	0	34	1.05
248613--248680	28	2.4	28	76	11	68	52	11	13	22	1.72
254826--254883	2	30.0	2	77	19	61	46	1	1	50	1.22

Tables:   1   2