genome.fa.s15150.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015150.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130194, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  411378

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14712--14741	14	2.1	14	100	0	60	50	6	20	23	1.71
15758--15856	24	4.1	24	77	2	81	38	23	14	24	1.91
15756--15845	24	3.8	24	77	4	83	37	24	13	24	1.91
21288--21313	3	8.7	3	100	0	52	69	0	30	0	0.89
24315--24343	2	14.5	2	100	0	58	51	0	0	48	1.00
32604--32641	14	2.5	15	83	12	51	60	0	0	39	0.97
32715--32948	113	2.1	113	90	0	369	30	19	6	43	1.77
33615--33652	15	2.6	15	87	4	51	47	5	5	42	1.48
39754--39802	25	2.0	25	100	0	98	26	16	20	36	1.93
45501--45531	11	2.8	11	100	0	62	0	16	0	83	0.64
46921--46955	18	1.9	18	88	0	52	34	0	11	54	1.37
60526--60832	152	2.0	152	91	1	499	31	16	18	32	1.94
61231--61296	27	2.4	27	85	9	91	51	0	3	45	1.16
61296--61328	16	2.0	17	88	5	50	24	3	0	72	0.98
61292--61339	17	2.8	17	81	9	53	27	2	2	68	1.11
76047--76101	25	2.1	27	87	12	80	67	0	9	23	1.19
79831--79883	27	2.0	26	85	10	72	45	16	3	33	1.66
80380--80432	21	2.5	20	77	19	54	43	1	1	52	1.23
80854--80888	17	2.1	17	88	0	52	48	0	0	51	1.00
84161--84188	6	4.7	6	100	0	56	50	0	50	0	1.00
91182--91237	28	2.0	29	82	10	71	50	3	1	44	1.29
91627--91661	18	1.9	18	88	11	54	48	0	2	48	1.16
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
92674--92707	14	2.6	14	90	9	54	67	5	0	26	1.13
97022--97069	21	2.4	20	80	13	55	47	4	4	43	1.41
98284--98338	17	3.2	17	80	10	67	40	1	5	52	1.35
99010--99039	12	2.5	12	94	0	51	56	0	0	43	0.99
99851--99875	12	2.1	12	100	0	50	24	0	44	32	1.54
100372--100741	29	12.6	29	73	15	298	34	31	4	30	1.76
100372--100741	58	6.3	59	89	4	525	34	31	4	30	1.76
100372--100754	176	2.2	176	86	4	479	33	31	4	30	1.77
110966--112734	211	8.4	211	89	1	2565	37	19	22	20	1.94
113249--113325	17	4.5	17	80	0	91	41	1	5	51	1.32
115106--115309	29	6.9	30	75	15	185	32	31	3	31	1.76
115101--115334	29	8.0	27	73	15	164	32	32	3	30	1.76
115101--115333	59	3.9	59	90	0	349	32	33	3	30	1.76
117867--117951	27	3.1	27	79	3	82	40	11	21	27	1.88
117906--117968	28	2.3	27	83	2	72	36	11	23	28	1.89
118765--118798	13	2.7	13	86	4	52	26	5	8	58	1.51
135061--135107	25	1.9	25	91	4	78	40	19	4	36	1.71
135193--135297	51	2.1	50	83	1	129	25	6	6	60	1.46
141747--141796	25	1.9	27	88	8	77	38	6	16	40	1.73
142230--142260	14	2.2	14	94	0	53	51	0	0	48	1.00
143157--143191	14	2.5	14	85	0	52	71	2	2	22	1.13
152514--152550	18	2.1	18	89	0	56	32	5	10	51	1.60
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
159353--159440	9	9.6	9	73	17	56	32	5	1	60	1.28
159485--159572	8	11.0	8	71	21	60	26	2	2	69	1.12
159959--160040	11	7.2	12	78	12	75	40	1	0	58	1.06
159961--160040	17	4.8	16	87	4	97	41	1	0	57	1.07
159961--160038	33	2.3	33	84	2	102	42	1	0	56	1.07
159971--160050	6	14.0	6	77	15	80	46	2	0	51	1.14
160081--160160	26	3.1	25	66	18	65	43	27	11	17	1.83
160637--160919	30	9.4	30	77	7	254	35	27	2	33	1.72
160645--160919	60	4.6	59	85	6	302	35	27	2	34	1.72
160637--160919	90	3.1	90	83	5	324	35	27	2	33	1.72
160877--161042	87	1.9	87	81	8	205	34	25	5	34	1.79
172197--172255	27	2.2	27	84	0	73	18	20	10	50	1.75
172956--173479	181	2.9	181	93	0	922	33	21	24	21	1.97
174084--174173	17	5.4	16	86	5	99	46	2	1	50	1.21
174084--174157	33	2.2	33	87	0	103	44	1	1	52	1.17
174112--174173	11	5.5	11	77	11	63	50	3	0	46	1.17
174111--174173	6	11.0	6	79	16	71	49	3	0	47	1.17
175850--176142	30	9.9	30	80	8	264	35	29	2	32	1.72
175850--176142	29	10.0	28	78	11	232	35	29	2	32	1.72
175884--176142	58	4.4	59	84	8	305	36	28	1	32	1.68
175888--176210	58	5.5	58	80	7	230	36	28	2	32	1.71
181832--181917	29	3.0	29	92	0	136	40	11	17	30	1.85
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
182644--182851	57	3.6	56	73	12	186	30	36	13	19	1.90
182644--182824	61	3.0	60	78	7	185	31	35	13	19	1.91
188813--188837	13	1.9	13	100	0	50	28	0	0	72	0.86
195466--195495	2	15.0	2	100	0	60	50	0	0	50	1.00
195638--195678	20	2.0	20	90	0	64	75	4	4	14	1.14
199349--199380	14	2.3	14	94	0	55	43	0	9	46	1.35
202661--202719	6	10.0	6	73	10	50	45	0	3	50	1.18
202664--202704	17	2.4	17	87	0	64	41	0	2	56	1.13
202661--202750	17	5.5	17	74	10	62	46	1	3	48	1.25
203410--203454	17	2.4	19	75	24	51	51	0	2	46	1.13
203419--203452	17	2.0	18	88	11	54	50	0	0	50	1.00
204386--204637	29	8.6	30	72	20	144	31	27	3	36	1.75
204386--204608	58	3.8	59	84	8	294	31	27	3	36	1.74
204386--204585	59	3.4	59	86	8	275	32	28	4	35	1.76
204386--204607	117	1.9	117	86	5	315	31	27	3	36	1.74
204587--204650	28	2.2	29	88	2	94	34	23	6	35	1.80
204598--204660	29	2.2	28	83	8	74	31	25	6	36	1.81
208069--208126	29	1.9	31	86	6	84	34	10	20	34	1.87
209027--209116	41	2.2	41	96	4	164	38	8	17	34	1.81
209812--210027	113	1.9	114	90	2	346	37	7	18	37	1.79
211495--211548	9	5.8	9	78	8	54	37	1	37	24	1.66
211503--211548	19	2.4	20	82	10	60	36	0	36	26	1.57
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
212485--212529	22	2.0	22	100	0	90	31	13	0	55	1.38
217135--217182	19	2.6	19	80	3	62	35	0	2	62	1.07
217172--217212	18	2.3	18	82	0	55	48	0	0	51	1.00
217208--217272	20	3.4	19	79	12	62	38	1	6	53	1.35
217733--217780	19	2.5	19	89	0	78	33	18	8	39	1.81
218239--218553	169	1.9	168	81	7	388	37	1	37	24	1.64
218513--218567	28	1.9	29	96	3	103	45	0	32	21	1.52
218544--218590	22	2.1	23	84	11	62	48	0	27	23	1.51
218542--218590	21	2.3	22	75	3	55	46	0	28	24	1.53
219788--219824	16	2.2	17	90	4	58	59	0	2	37	1.12
220693--220766	36	2.1	36	100	0	148	48	13	2	35	1.57
223609--223656	19	2.5	20	79	6	62	62	6	4	27	1.38
223930--224325	207	1.9	207	81	5	487	18	26	11	43	1.84
228589--228649	26	2.3	26	82	0	68	37	0	4	57	1.20
229681--229760	38	2.1	39	92	2	135	51	2	1	45	1.22
231332--231432	23	4.3	23	79	15	109	37	21	29	10	1.88
231306--231432	48	2.7	48	77	12	122	37	20	30	11	1.89
234080--234182	53	1.9	53	96	0	188	12	34	9	42	1.76
237628--237878	134	1.9	134	92	0	421	32	12	12	42	1.80
238333--238378	23	2.0	23	87	8	67	19	2	2	76	1.00
238327--238368	17	2.5	17	88	3	59	21	2	2	73	1.06
238410--238440	16	1.9	16	93	0	53	12	6	3	77	1.08
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
238490--238532	22	2.0	22	95	0	77	30	25	13	30	1.94
239198--239243	22	2.1	22	84	8	58	26	2	13	58	1.46
243906--243940	17	2.0	18	88	5	54	28	0	5	65	1.15
245580--245629	18	2.5	20	75	18	50	2	24	0	74	0.93
248052--248131	9	8.3	9	78	9	61	61	5	1	32	1.26
248098--248150	10	5.1	10	80	8	52	66	3	3	26	1.26
258167--258197	14	2.2	14	94	0	53	29	0	0	70	0.87
258572--258597	2	13.0	2	100	0	52	50	0	0	50	1.00
262993--263027	18	1.9	18	94	0	61	40	17	20	22	1.92
269993--270032	20	1.9	22	85	10	57	40	2	12	45	1.56

Tables:   1   2