genome.fa.s15179.2.7.7.80.10.50.1000.1.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NTFQ01015179.1 Kokia drynarioides strain JFW-HI SEQ_130223, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  658618

Tables:   1   2   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12333--12397	24	2.6	25	69	9	62	44	0	4	50	1.22
15244--15273	3	10.0	3	100	0	60	33	33	0	33	1.58
18371--18482	59	1.9	59	94	3	199	26	13	8	50	1.70
18460--18510	24	2.1	24	85	7	68	21	29	1	47	1.62
24576--24608	17	1.9	17	100	0	66	51	12	18	18	1.76
25016--25056	21	2.0	21	85	9	57	31	41	0	26	1.56
27192--27301	54	2.0	55	83	1	141	30	18	22	29	1.97
27222--27353	55	2.4	55	81	3	133	33	17	19	29	1.95
32481--32616	54	2.5	54	83	3	166	30	26	17	25	1.97
32481--32626	55	2.7	54	81	3	168	31	25	17	26	1.97
34441--34551	55	2.0	55	91	5	179	39	10	13	36	1.80
34745--34830	20	4.4	20	71	11	61	31	11	9	47	1.71
34899--35036	57	2.4	57	84	2	170	31	14	5	47	1.68
38890--38937	24	2.0	24	96	4	89	8	14	4	72	1.23
40617--40652	18	2.0	18	89	10	56	8	13	5	72	1.27
44633--44672	21	2.0	20	85	5	53	25	25	15	35	1.94
60626--60663	19	2.0	19	90	10	60	73	5	13	7	1.22
87345--87525	27	6.7	27	85	0	209	32	13	23	30	1.93
87657--87708	27	1.9	27	88	0	77	36	15	23	25	1.93
90581--90613	6	5.5	6	89	10	50	0	15	0	84	0.61
90589--90619	11	2.9	11	95	4	55	0	16	0	83	0.64
95761--95792	16	2.0	16	93	0	55	9	37	9	43	1.69
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
98723--98791	30	2.3	29	80	12	77	30	5	24	39	1.79
104246--104291	16	2.9	16	84	9	51	67	4	8	19	1.35
105023--105150	53	2.5	50	81	13	129	45	4	3	46	1.39
104854--105361	148	3.5	143	79	10	432	44	8	3	44	1.50
106286--106315	14	2.2	14	94	5	53	36	10	23	30	1.87
109489--109527	17	2.3	17	90	0	60	35	28	12	23	1.91
110961--111074	61	1.9	60	82	8	142	40	5	11	42	1.63
113918--113973	21	2.6	22	78	13	62	46	5	8	39	1.58
119590--119630	6	7.0	6	91	2	57	14	0	4	80	0.87
126597--126804	105	2.0	107	86	3	296	32	10	26	30	1.90
127471--127571	31	3.3	31	63	2	87	27	5	13	52	1.64
127435--127586	61	2.5	61	94	2	261	28	7	17	46	1.74
137434--137477	23	1.9	23	86	9	63	20	18	11	50	1.77
138598--138640	22	2.0	22	81	9	52	34	0	13	51	1.42
141127--141185	25	2.4	25	85	2	75	83	3	11	1	0.85
141130--141185	21	2.6	21	83	11	60	83	1	12	1	0.79
141130--141185	22	2.5	22	83	13	62	83	1	12	1	0.79
141504--141712	112	1.9	112	86	2	303	28	20	11	39	1.87
142135--142350	49	4.4	49	72	11	154	36	13	29	20	1.91
142135--142502	98	3.7	95	79	5	313	36	13	28	20	1.91
142233--142450	100	2.2	98	81	4	242	36	12	28	22	1.90
142432--142525	49	1.9	49	86	4	136	36	14	26	22	1.93
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
142616--142757	70	2.0	70	100	0	284	35	20	23	20	1.96
142810--143507	39	17.5	39	78	8	620	30	25	17	25	1.97
142814--143507	81	8.7	82	81	7	650	30	26	17	25	1.97
142815--143496	120	5.7	121	80	8	727	30	26	17	25	1.97
152246--152286	15	2.6	16	80	7	57	4	31	2	60	1.30
156331--156396	3	23.3	3	80	11	77	0	34	3	62	1.11
165232--165262	4	7.8	4	92	0	53	3	19	0	77	0.90
168616--168648	3	10.7	3	93	6	57	33	0	0	66	0.92
171422--171448	4	6.8	4	100	0	54	25	0	22	51	1.48
172391--172825	24	18.2	24	77	1	273	21	24	14	38	1.92
172413--172825	48	8.6	48	81	0	351	21	24	14	38	1.91
172391--172720	72	4.6	72	81	0	329	21	24	13	39	1.90
174293--174336	23	2.0	22	86	4	61	45	15	0	38	1.47
177408--177636	59	3.8	60	84	2	275	49	9	7	33	1.63
177895--177941	18	2.6	18	82	0	58	29	8	36	25	1.86
178094--178134	18	2.3	18	87	8	57	43	2	26	26	1.67
180218--180251	14	2.3	15	90	10	52	17	8	0	73	1.08
187646--187680	12	2.8	12	95	4	61	71	0	0	28	0.86
187624--187700	30	2.5	31	81	12	88	71	1	1	25	1.01
187650--187691	20	2.0	21	86	13	61	73	0	0	26	0.83
199101--199127	4	6.8	4	100	0	54	22	0	0	77	0.76
199254--199306	16	3.2	16	78	2	61	32	7	15	45	1.74
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
201915--202297	199	1.9	198	85	0	523	42	8	18	30	1.81
202404--202458	25	2.2	25	84	12	69	47	3	1	47	1.30
202534--202599	30	2.3	28	82	12	80	42	1	1	54	1.18
203171--203207	18	2.1	18	89	0	56	27	5	13	54	1.61
207356--207408	22	2.4	22	83	3	61	52	7	13	26	1.66
207372--207414	22	2.0	22	95	0	77	51	6	11	30	1.65
211559--211613	20	2.8	20	81	8	60	29	7	7	56	1.53
211856--211968	20	5.7	20	69	19	76	23	10	4	61	1.47
212326--212366	22	1.9	22	85	14	59	46	7	0	46	1.30
212925--212975	20	2.5	20	83	6	57	62	7	13	15	1.52
213198--213246	20	2.5	20	84	12	66	53	12	14	20	1.73
213312--213350	19	2.0	19	85	5	51	74	2	5	17	1.12
213310--213350	16	2.4	16	88	12	55	75	2	4	17	1.08
219059--219091	17	1.9	17	100	0	66	24	12	9	54	1.66
222481--222564	11	7.9	11	69	11	59	60	0	1	38	1.04
222519--222575	8	6.1	9	77	22	64	61	0	0	38	0.96
222510--222576	30	2.2	30	100	0	134	59	0	0	40	0.97
225767--225816	24	2.1	24	100	0	100	60	0	16	24	1.36
236914--237070	81	1.9	81	98	0	305	32	7	29	29	1.85
245412--245438	2	13.5	2	100	0	54	48	0	0	51	1.00
281999--282063	25	2.6	26	78	11	73	35	4	1	58	1.28
282004--282070	26	2.7	24	77	11	73	35	2	1	59	1.22
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
282946--282989	18	2.4	18	92	0	70	50	9	27	13	1.72
282941--282989	18	2.5	21	74	19	59	48	10	26	14	1.75
286530--286565	15	2.3	15	90	4	54	36	8	8	47	1.64
305159--305199	20	2.0	20	85	4	55	34	29	4	31	1.79
305463--305510	17	2.8	17	79	17	55	56	18	10	14	1.66
311504--311537	11	3.1	11	91	0	50	29	11	8	50	1.69
313706--313752	24	2.0	23	83	4	58	55	8	10	25	1.62
316051--316126	26	3.2	26	62	27	67	26	28	14	30	1.95
316034--316126	46	2.0	46	100	0	186	25	30	13	30	1.94
316040--316114	25	3.2	25	62	27	63	29	30	12	28	1.92
320882--320926	18	2.4	20	89	10	69	6	13	0	80	0.91
320875--320926	19	2.9	18	76	18	63	7	15	0	76	0.99
322008--322060	6	8.0	6	78	15	52	77	0	18	3	0.92
322011--322060	20	2.5	20	84	12	66	76	0	20	4	0.95
322008--322060	14	3.9	13	76	16	54	77	0	18	3	0.92
322673--322724	27	1.9	27	88	0	77	21	23	15	40	1.91
322831--322877	14	3.5	14	81	18	64	8	14	0	76	1.01
322831--322889	6	9.0	6	80	10	55	6	16	0	76	1.00
322831--322898	14	5.2	12	77	19	50	8	16	0	75	1.05
322831--322889	13	4.5	13	79	10	57	6	16	0	76	1.00
322944--322997	27	2.0	27	85	0	72	25	42	5	25	1.77
323164--323214	21	2.4	21	96	0	93	13	25	23	37	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
328310--328363	25	2.2	25	100	0	108	33	22	25	18	1.97
331708--331762	25	2.3	23	81	9	67	50	3	10	34	1.55
332061--332112	21	2.4	21	84	9	61	44	3	0	51	1.19
341027--341068	3	14.0	3	100	0	84	0	33	0	66	0.92
342051--342122	31	2.3	31	80	9	83	47	1	29	22	1.60
346330--346359	15	2.0	15	100	0	60	46	20	13	20	1.83
360915--360957	15	3.0	14	80	12	52	67	2	6	23	1.27
369486--369661	48	3.7	48	88	0	244	32	12	21	33	1.91
394609--394653	18	2.6	18	82	3	56	75	2	20	2	1.01
397662--397809	75	2.0	75	97	0	278	24	19	23	32	1.98

Tables:   1   2